genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.49.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56598092

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  49  of  185  ( 22116 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13837182--13837215	5	6.6	5	93	6	59	0	20	0	79	0.73
13837185--13837215	16	1.9	16	100	0	62	0	22	0	77	0.77
13837223--13837269	24	2.0	24	82	0	58	19	6	10	63	1.47
13838124--13838155	7	4.4	7	96	4	55	53	0	3	43	1.16
13842197--13842290	48	2.0	48	100	0	188	26	19	32	21	1.97
13844606--13844715	57	1.9	57	85	5	150	43	8	20	28	1.80
13848809--13848857	22	2.2	22	96	0	89	30	2	22	44	1.64
13850656--13850703	23	2.0	25	84	8	64	39	20	0	39	1.53
13850908--13851029	23	5.3	23	84	3	165	28	24	22	23	1.99
13850908--13851029	46	2.7	46	90	2	183	28	24	22	23	1.99
13857605--13857670	33	2.0	33	100	0	132	36	24	15	24	1.93
13864217--13864295	31	2.6	30	82	6	79	43	10	10	36	1.72
13866440--13866547	57	1.9	57	86	0	153	35	16	27	20	1.94
13867357--13867412	28	2.0	28	100	0	112	42	17	14	25	1.87
13867760--13867840	9	8.3	9	71	15	63	65	1	1	32	1.08
13867758--13867841	19	4.3	20	75	13	86	64	1	1	33	1.09
13867750--13867840	10	9.2	10	72	14	57	63	1	1	34	1.09
13867750--13867821	30	2.4	30	83	6	92	65	1	1	31	1.10
13868020--13868137	8	13.5	8	76	16	94	25	3	0	71	1.02
13868020--13868138	17	6.8	17	77	13	100	25	3	0	71	1.01
13868020--13868138	33	3.4	32	80	15	112	25	3	0	71	1.01
13868249--13868415	91	1.8	91	84	5	230	36	8	18	36	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13869441--13869484	22	1.9	24	90	9	74	40	11	2	45	1.53
13870023--13870088	26	2.5	25	78	9	69	31	6	1	60	1.30
13873571--13873636	30	2.2	29	91	2	114	69	0	1	28	0.97
13875838--13875887	25	2.0	25	100	0	100	12	16	24	48	1.79
13876356--13876447	29	3.2	27	73	17	78	45	0	3	51	1.17
13876319--13876493	59	3.0	58	84	9	187	44	1	2	50	1.26
13876653--13876703	16	3.2	16	85	0	66	23	27	9	39	1.86
13877039--13877096	23	2.4	24	75	16	66	46	1	3	48	1.29
13877117--13877171	23	2.3	23	96	3	101	52	3	0	43	1.18
13877117--13877180	23	2.8	23	90	4	76	57	3	0	39	1.14
13883322--13883361	6	6.7	6	85	0	53	77	12	0	10	0.99
13883320--13883355	18	1.9	19	94	5	65	77	11	0	11	0.99
13883346--13883412	28	2.4	28	78	14	75	73	7	11	7	1.26
13883421--13883445	6	4.2	6	100	0	50	68	0	16	16	1.22
13884324--13884365	21	2.0	21	86	9	59	71	0	16	11	1.14
13884323--13884362	14	2.9	14	80	0	53	75	0	15	10	1.05
13885601--13886263	88	7.6	88	85	2	838	27	23	25	23	2.00
13885620--13886020	44	9.2	44	67	15	208	25	25	25	23	2.00
13885745--13886146	44	9.2	44	67	10	140	26	24	25	23	2.00
13886356--13886445	40	2.2	40	100	0	180	36	18	13	31	1.90
13886436--13886632	44	4.2	45	67	17	134	32	19	20	27	1.97
13886421--13886602	98	1.9	97	80	9	217	31	20	20	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13886709--13886974	50	5.3	49	74	4	210	30	22	20	25	1.98
13886707--13886999	100	2.9	99	85	2	381	31	22	20	25	1.98
13890102--13890315	44	4.6	44	79	15	241	28	23	15	31	1.96
13890100--13890308	51	4.3	51	81	12	258	28	23	15	32	1.95
13890102--13890315	95	2.3	94	92	2	358	28	23	15	31	1.96
13891847--13891916	22	3.3	22	62	22	58	12	34	5	47	1.66
13891838--13891935	42	2.3	42	98	0	187	18	28	7	45	1.75
13894418--13894511	30	3.1	30	95	1	161	26	25	6	41	1.79
13894428--13894505	15	5.2	15	70	11	70	26	23	7	42	1.81
13898795--13898820	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
13902435--13902499	32	2.1	32	97	2	123	30	9	12	47	1.72
13903043--13903137	18	4.7	19	75	15	84	74	10	13	1	1.12
13903043--13903082	9	4.3	9	96	3	71	80	10	10	0	0.92
13903043--13903137	10	9.4	10	73	13	79	74	10	13	1	1.12
13903047--13903199	58	2.6	57	84	11	202	71	11	16	1	1.21
13903107--13903197	23	4.0	23	79	10	107	73	10	14	1	1.15
13907727--13907791	32	2.1	32	97	2	123	30	9	12	47	1.72
13909977--13910027	21	2.4	21	86	0	66	21	35	7	35	1.83
13920358--13920390	14	2.4	14	85	14	50	57	6	6	30	1.47
13924294--13924353	30	2.0	31	90	3	95	20	38	0	41	1.52
13925099--13925126	5	5.6	5	100	0	56	21	17	21	39	1.93
13940310--13940379	25	2.8	25	91	0	104	25	24	14	35	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13940362--13940399	19	2.0	19	89	0	58	23	26	15	34	1.95
13940393--13940479	22	3.8	22	83	4	84	17	25	18	39	1.92
13954252--13954312	30	2.0	30	96	0	113	42	27	0	29	1.56
13967981--13968036	24	2.3	25	81	9	80	28	12	50	8	1.70
13971727--13971776	7	7.3	7	90	2	75	60	0	38	2	1.09
13978383--13978421	15	2.4	17	87	8	55	74	2	10	12	1.17
13980699--13980769	26	2.8	26	82	2	81	38	16	7	38	1.76
13984728--13984770	17	2.5	17	81	7	52	48	2	0	48	1.14
13984751--13984879	62	2.2	58	86	9	172	41	3	3	51	1.33
13992679--13992713	18	1.9	18	94	0	61	5	5	45	42	1.51
13995506--13995541	3	12.3	3	94	5	65	69	0	30	0	0.89
13997851--13997895	18	2.4	18	82	10	56	33	0	0	66	0.92
13998300--13998345	22	2.0	23	83	4	58	58	2	4	34	1.30
14002808--14002929	62	2.0	61	81	10	142	38	6	8	46	1.60
14005875--14005903	14	2.0	15	93	6	51	37	0	0	62	0.96
14006261--14006422	22	7.1	22	76	8	153	17	23	18	40	1.91
14006250--14006422	47	3.7	47	87	5	255	17	23	18	40	1.91
14014952--14015339	126	3.1	126	92	0	616	26	18	17	37	1.93
14015437--14015561	34	3.6	34	79	7	128	45	16	0	37	1.53
14023417--14023524	23	4.7	23	76	1	99	42	25	2	29	1.69
14023417--14023524	46	2.3	46	83	1	126	42	25	2	29	1.69
14024547--14024631	5	16.6	5	98	1	152	0	20	58	21	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14026908--14027052	66	2.2	66	88	0	209	24	24	29	21	1.99
14028129--14028218	25	3.6	25	77	4	76	31	21	24	23	1.98
14029705--14029913	55	3.8	56	76	14	177	26	16	23	33	1.95
14029900--14030002	52	2.0	52	86	1	143	24	17	17	40	1.90
14036596--14036620	13	1.9	13	100	0	50	16	8	12	64	1.49
14044642--14044695	25	2.1	26	83	16	69	31	3	3	61	1.31
14045588--14045637	3	16.7	3	95	0	91	66	0	32	2	1.03
14057516--14057624	38	2.8	40	75	15	104	53	7	8	31	1.58
14064513--14064619	20	5.3	20	78	4	117	41	21	29	7	1.80
14071873--14071987	51	2.2	52	81	4	135	43	5	17	33	1.71
14076379--14076416	20	1.9	20	94	0	67	44	15	0	39	1.47
14076384--14076426	20	2.2	20	86	0	59	46	20	2	30	1.63
14080825--14080880	29	2.0	28	85	3	76	30	26	3	39	1.73
14089999--14090039	18	2.2	19	87	12	59	60	9	4	24	1.47
14090096--14090139	23	2.0	23	86	4	63	68	13	6	11	1.39
14093706--14093763	28	2.1	28	100	0	116	37	6	0	55	1.27
14100025--14100068	14	3.1	14	84	12	63	29	0	25	45	1.54
14100025--14100064	21	1.9	21	84	0	53	30	0	25	45	1.54
14104196--14104228	15	2.3	15	89	5	50	30	0	0	69	0.88
14105118--14105142	13	1.9	13	100	0	50	28	40	8	24	1.83
14106202--14106244	21	2.0	21	82	8	52	34	0	6	58	1.25
14106227--14106300	37	2.0	36	84	10	96	45	1	4	48	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14107385--14107425	15	2.5	17	80	11	59	65	0	0	34	0.93
14107391--14107447	22	2.6	22	76	13	55	57	1	0	40	1.09
14109940--14109986	22	2.1	22	84	7	60	51	4	8	36	1.52
14112738--14112771	12	2.8	12	90	0	59	70	0	0	29	0.87
14112738--14112775	12	3.1	12	92	3	58	68	0	0	31	0.90
14114120--14114162	22	2.0	22	86	9	61	53	4	0	41	1.21
14114118--14114174	23	2.5	23	80	11	64	54	3	0	42	1.17
14114686--14114727	22	1.9	22	90	0	66	42	19	0	38	1.51
14117318--14117393	27	2.8	27	90	4	109	19	22	36	21	1.95
14117450--14117503	22	2.4	23	84	12	76	64	1	31	1	1.14

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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