genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56598092

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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This is table  6  of  185  ( 22116 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1789015--1789046	15	2.1	15	94	0	55	46	3	12	37	1.57
1789897--1789929	16	2.1	16	88	11	50	75	12	9	3	1.14
1791752--1791794	19	2.3	19	88	4	61	67	0	6	25	1.15
1797861--1797904	23	1.9	23	95	0	79	50	4	0	45	1.22
1797862--1797911	23	2.2	23	88	0	73	48	8	0	44	1.32
1798923--1798956	13	2.6	13	80	0	50	41	0	5	52	1.25
1809445--1809510	3	22.3	3	74	9	55	63	3	3	30	1.24
1816624--1816683	3	20.3	3	89	3	95	66	1	1	30	1.11
1818281--1818601	44	7.3	44	73	10	237	28	21	19	30	1.97
1818219--1818646	88	4.9	87	73	10	307	28	21	19	31	1.97
1818301--1818646	44	7.8	45	72	11	171	27	21	19	31	1.97
1831076--1831118	3	14.3	3	80	9	52	67	2	2	27	1.15
1832627--1832682	30	1.9	28	85	7	76	44	0	35	19	1.51
1832901--1832937	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
1832990--1833020	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
1837520--1837566	8	5.8	8	79	20	53	74	2	2	21	1.03
1837785--1837836	26	2.0	26	88	0	77	44	1	1	51	1.23
1839760--1839796	15	2.3	17	81	9	51	37	10	0	51	1.37
1843586--1843614	13	2.1	14	93	6	51	34	0	20	44	1.52
1857621--1857665	3	15.3	3	86	4	65	66	2	2	28	1.15
1859196--1859252	30	1.9	29	85	3	78	45	0	35	19	1.50
1859472--1859508	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1859561--1859591	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
1864095--1864141	8	5.8	8	79	20	53	74	2	2	21	1.03
1864361--1864412	26	2.0	26	88	0	77	44	1	1	51	1.23
1866336--1866372	15	2.3	17	81	9	51	37	10	0	51	1.37
1872717--1872776	23	2.7	23	87	7	70	38	3	8	50	1.49
1874960--1875044	42	2.0	42	95	0	152	22	12	23	41	1.88
1879763--1879813	3	17.0	3	76	15	52	64	1	0	33	1.05
1879763--1879813	15	3.4	15	89	5	68	64	1	0	33	1.05
1880282--1880309	6	4.7	6	100	0	56	32	0	67	0	0.91
1881286--1881326	21	2.0	21	90	0	64	17	39	17	26	1.91
1881249--1881392	78	1.8	78	92	0	243	17	42	16	23	1.89
1882107--1882148	13	3.4	13	74	12	52	45	9	2	42	1.49
1882254--1882387	67	2.0	66	92	1	223	51	7	11	29	1.66
1888434--1888497	26	2.4	27	81	2	85	20	23	35	20	1.96
1888555--1888608	22	2.4	23	84	12	76	64	1	31	1	1.14
1888555--1888615	24	2.7	22	77	7	61	63	1	31	3	1.20
1888888--1888931	16	2.8	15	83	10	61	59	2	2	36	1.23
1888966--1889047	38	2.2	38	93	0	137	37	3	4	53	1.40
1889081--1889202	60	2.0	60	85	3	165	54	14	0	30	1.47
1889190--1889352	22	7.2	22	72	18	129	53	14	1	30	1.49
1889190--1889422	49	5.1	49	79	13	257	54	14	1	29	1.48
1889263--1889544	41	6.6	41	75	16	229	55	12	1	30	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1889242--1889546	90	3.2	90	78	14	328	55	12	0	31	1.44
1889242--1889544	22	13.9	22	71	22	205	55	12	0	30	1.44
1889379--1889563	61	3.0	60	73	16	182	55	12	1	31	1.44
1889353--1889580	122	1.8	123	85	4	325	54	12	1	31	1.48
1889700--1889737	14	2.5	15	87	12	60	0	39	0	60	0.97
1889855--1889918	27	2.4	27	94	0	119	14	32	23	29	1.94
1889975--1890009	10	3.2	11	92	8	54	65	0	0	34	0.93
1890768--1890855	45	2.0	43	95	4	158	35	15	21	27	1.94
1892955--1892990	18	1.9	19	88	5	56	55	2	2	38	1.29
1896923--1896961	19	2.0	20	95	5	71	46	10	0	43	1.37
1903517--1903556	19	2.1	19	100	0	80	25	20	10	45	1.81
1905701--1905867	17	9.5	17	76	12	119	49	10	12	28	1.73
1905700--1905832	35	3.9	35	81	5	164	46	11	12	29	1.77
1906040--1906086	20	2.5	19	77	16	53	44	8	17	29	1.78
1906086--1906124	21	1.9	21	84	5	53	33	2	12	51	1.54
1906447--1906530	7	12.0	7	73	12	66	0	20	0	79	0.73
1906446--1906529	8	10.8	8	74	13	77	0	19	0	80	0.70
1906446--1906529	38	2.2	38	85	8	107	0	19	0	80	0.70
1906447--1906530	15	5.5	15	85	8	98	0	20	0	79	0.73
1906447--1906530	22	4.0	21	73	14	66	0	20	0	79	0.73
1906643--1906672	15	2.0	15	100	0	60	0	20	20	60	1.37
1906691--1906733	21	2.2	19	87	8	59	2	0	18	79	0.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1906850--1906877	3	9.3	3	100	0	56	0	32	0	67	0.91
1906943--1906992	10	5.2	10	80	7	59	0	30	0	70	0.88
1906947--1906989	19	2.3	19	88	11	63	0	30	0	69	0.88
1907255--1907356	30	3.4	30	82	2	125	45	3	21	29	1.70
1907627--1907844	54	4.1	55	88	8	324	37	17	16	28	1.92
1907823--1907857	14	2.5	14	90	0	52	60	2	17	20	1.49
1907946--1908193	85	2.8	87	81	10	308	35	18	18	26	1.94
1908106--1908139	16	2.1	16	88	0	50	64	5	11	17	1.45
1907946--1908200	91	2.9	88	83	9	324	36	18	18	26	1.94
1908158--1908965	192	4.2	192	96	0	1411	35	20	13	29	1.91
1908791--1908965	71	2.5	70	84	5	203	33	24	14	28	1.94
1917278--1917313	12	3.0	12	95	0	63	41	5	25	27	1.77
1918287--1918339	26	2.0	26	100	0	106	32	18	33	15	1.92
1918744--1918887	17	8.4	17	78	8	139	47	10	11	30	1.72
1918656--1918783	38	3.4	37	70	19	104	42	11	10	35	1.75
1918744--1918906	35	4.7	35	82	5	188	47	10	11	30	1.73
1919084--1919130	20	2.5	19	77	16	53	44	8	17	29	1.78
1919490--1919585	8	12.2	8	78	8	92	0	20	0	79	0.74
1919490--1919583	7	13.1	7	76	10	84	0	20	0	79	0.73
1919493--1919583	22	4.3	22	77	13	93	0	19	0	80	0.72
1919488--1919572	44	1.9	44	85	4	118	0	20	0	80	0.72
1919490--1919583	15	6.1	15	79	10	100	0	20	0	79	0.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1919698--1919737	15	2.6	15	85	14	55	0	15	17	67	1.23
1919713--1919785	31	2.3	31	84	13	87	1	6	20	71	1.17
1919888--1919943	13	4.1	14	84	9	55	0	23	0	76	0.78
1919908--1919948	3	13.3	3	94	5	73	0	31	0	68	0.90
1919996--1920045	10	5.2	10	80	7	59	0	30	0	70	0.88
1920000--1920042	19	2.3	19	88	11	63	0	30	0	69	0.88
1920293--1920409	30	3.9	29	77	11	94	44	3	22	29	1.69
1920308--1920409	30	3.4	30	84	2	134	44	3	22	29	1.71
1921041--1921102	29	2.2	29	85	2	81	32	1	1	64	1.13
1922997--1923038	18	2.4	18	92	4	68	61	0	2	35	1.09
1923078--1923111	17	2.0	17	88	11	52	47	0	0	52	1.00
1929475--1929564	40	2.2	41	82	2	101	31	16	28	23	1.96
1929677--1929811	41	3.3	42	74	7	141	20	14	22	42	1.89
1929677--1929830	82	1.9	81	83	5	202	18	14	24	42	1.88
1929672--1929844	82	2.1	80	79	9	188	21	15	24	38	1.92
1930433--1930545	22	4.7	23	76	20	99	19	0	45	35	1.51
1930416--1930526	29	4.0	28	80	14	106	21	0	43	35	1.53
1930434--1930544	7	14.9	7	68	15	62	19	0	45	34	1.51
1930427--1930554	15	8.5	15	68	21	63	20	0	44	34	1.57
1932050--1932095	22	2.0	22	91	8	74	34	41	0	23	1.55
1936770--1937045	43	6.3	43	81	10	285	18	19	30	31	1.96
1936770--1937045	88	3.2	85	84	8	324	18	19	30	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1936770--1937053	86	3.3	85	83	10	333	18	19	30	30	1.96
1937119--1937161	22	2.0	22	90	0	68	44	27	18	9	1.80
1939029--1939054	12	2.2	12	100	0	52	23	30	15	30	1.95
1941712--1941781	31	2.3	31	100	0	140	38	17	10	34	1.83
1944014--1944130	62	1.9	59	87	5	171	41	3	3	52	1.35
1946421--1946466	20	2.3	20	85	7	58	63	0	0	36	0.95
1947995--1948074	33	2.4	33	93	0	133	20	22	17	40	1.92
1953320--1953431	24	4.8	24	80	9	124	30	2	9	57	1.45
1953365--1953443	24	3.3	24	84	7	72	31	3	7	56	1.45
1957125--1957322	50	3.7	56	89	6	249	31	15	23	30	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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