genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.72.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56598092

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   

This is table  72  of  185  ( 22116 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21832753--21832920	79	2.1	80	79	4	180	25	21	27	25	1.99
21842782--21843729	480	2.0	480	92	0	1601	23	20	19	36	1.95
21852348--21852494	67	2.2	67	85	0	195	22	21	38	17	1.93
21869849--21870026	27	6.6	27	95	2	295	26	11	28	33	1.91
21869849--21870026	55	3.3	54	93	3	295	26	11	28	33	1.91
21878088--21878297	28	7.5	28	95	0	359	27	11	27	34	1.91
21878063--21878297	84	2.8	84	90	1	355	26	11	27	34	1.91
21887170--21887346	27	6.6	27	82	5	196	27	14	28	29	1.95
21887171--21887325	81	1.9	81	86	5	224	27	14	28	29	1.95
21887167--21887346	81	2.2	81	82	3	220	27	15	27	30	1.96
21895225--21895402	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
21895226--21895381	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
21895222--21895402	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
21900491--21900559	25	2.8	23	77	12	75	20	4	2	72	1.15
21902006--21902218	75	2.8	76	85	2	284	34	26	17	22	1.96
21914109--21914336	43	5.4	41	72	11	147	37	25	14	22	1.93
21914103--21914337	85	2.8	85	85	1	301	36	24	15	22	1.94
21915405--21915483	24	3.4	24	84	5	108	40	10	13	35	1.79
21920381--21920432	20	2.6	20	87	0	77	50	1	26	21	1.59
21933558--21933595	10	3.5	11	86	13	53	63	2	0	34	1.09
21940642--21940671	15	2.0	15	93	0	51	33	23	0	43	1.54
21943447--21943552	47	2.3	47	86	3	151	33	19	16	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21943605--21943644	20	2.0	20	90	9	64	45	15	0	40	1.46
21945379--21945649	27	10.1	26	85	6	292	42	20	15	21	1.89
21945379--21945649	54	5.0	54	85	3	341	42	20	15	21	1.89
21945383--21945650	134	2.0	135	86	5	373	42	19	15	22	1.89
21946164--21946246	42	2.0	42	97	0	157	33	19	8	38	1.82
21947247--21947310	26	2.5	26	76	0	74	28	21	17	32	1.96
21947390--21947590	28	7.2	29	84	6	247	25	23	19	30	1.98
21947390--21947590	84	2.4	83	85	2	285	25	23	19	30	1.98
21964927--21964959	17	1.9	17	88	11	50	27	27	12	33	1.92
21982527--21982703	55	3.2	55	90	0	255	31	29	12	26	1.93
21982527--21982681	27	5.7	27	93	3	238	30	29	12	27	1.93
21990695--21990846	55	2.8	55	91	0	232	30	28	13	26	1.94
21990695--21990846	27	5.6	27	92	3	223	30	28	13	26	1.94
21997471--21997521	27	1.9	27	84	11	70	15	29	19	35	1.93
21997561--21997620	27	2.3	27	82	8	70	25	25	18	31	1.97
22004919--22005075	43	3.7	44	80	10	182	22	17	29	29	1.97
22004912--22005067	85	1.8	84	83	8	208	23	17	28	30	1.97
22012473--22012626	43	3.6	41	80	6	175	24	18	26	30	1.98
22018868--22018897	15	1.9	16	93	6	53	36	20	0	43	1.52
22033894--22033936	20	2.3	18	88	11	61	30	23	20	25	1.99
22050161--22050194	3	11.3	3	100	0	68	67	0	32	0	0.91
22053041--22053082	20	2.0	21	86	4	59	28	2	21	47	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22057750--22057934	50	3.7	50	81	4	198	21	28	22	27	1.99
22076052--22076102	24	2.1	24	85	0	66	23	25	17	33	1.96
22077107--22077139	15	2.2	15	94	0	57	39	9	15	36	1.79
22100979--22101027	24	2.0	24	92	0	80	24	32	16	26	1.96
22104193--22104411	39	5.6	40	85	9	258	26	21	27	24	1.99
22104193--22104411	79	2.8	80	82	11	263	26	21	27	24	1.99
22104241--22104444	79	2.6	79	83	6	211	26	21	27	24	1.99
22112206--22112412	39	5.3	39	89	6	298	25	21	28	24	1.99
22112155--22112412	76	3.3	78	83	12	302	25	21	28	24	1.99
22112156--22112412	39	6.6	39	79	13	232	25	21	28	24	1.99
22114820--22114868	25	1.9	26	84	12	66	71	6	8	14	1.29
22117444--22117539	29	3.3	29	91	0	138	30	29	15	25	1.96
22133305--22133527	101	2.2	101	80	9	258	24	15	27	31	1.96
22133331--22133521	51	3.8	51	75	11	194	23	16	27	32	1.96
22133747--22133778	16	2.0	16	93	0	55	59	0	15	25	1.36
22145474--22145502	12	2.4	12	100	0	58	72	20	6	0	1.07
22152073--22152105	17	1.9	17	88	11	50	27	27	12	33	1.92
22153804--22153843	20	2.0	20	85	9	55	40	12	10	37	1.77
22158185--22158298	57	2.0	57	93	3	194	38	7	17	36	1.77
22167497--22167547	24	2.2	24	89	6	79	41	31	17	9	1.82
22168195--22168358	87	1.9	86	85	6	224	34	19	15	29	1.93
22171421--22171470	23	2.2	22	82	3	64	74	10	0	16	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22176128--22176195	31	2.2	30	80	12	77	67	7	7	17	1.38
22177499--22177705	43	4.8	43	83	0	227	30	23	16	28	1.96
22177597--22177727	43	3.1	42	82	4	111	33	22	15	29	1.94
22178009--22178076	30	2.3	30	87	7	95	22	13	19	45	1.84
22178078--22178117	21	1.9	21	94	0	71	0	35	20	45	1.51
22180533--22180714	27	6.8	26	78	8	129	23	12	20	43	1.85
22180583--22180715	27	5.0	27	81	7	146	24	12	19	43	1.86
22180533--22180700	53	3.2	51	79	7	149	23	12	19	44	1.84
22187354--22187441	34	2.6	34	94	3	153	30	5	4	59	1.41
22195569--22195633	20	3.2	19	75	14	60	53	1	1	43	1.19
22195567--22195637	21	3.4	22	69	13	60	54	1	1	42	1.17
22195602--22195643	18	2.2	20	83	8	52	61	0	2	35	1.09
22208676--22208759	43	2.0	41	86	9	116	48	2	23	25	1.63
22208955--22209162	111	1.9	111	97	0	398	36	18	21	24	1.95
22211383--22211429	23	2.0	23	100	0	94	21	29	4	44	1.71
22222543--22222615	31	2.4	31	83	4	85	52	6	1	39	1.37
22222575--22222628	22	2.5	21	76	5	54	51	9	1	37	1.45
22223285--22223320	18	1.9	19	88	5	56	5	5	47	41	1.50
22223468--22223496	12	2.4	12	100	0	58	13	17	51	17	1.76
22224903--22224950	7	6.7	7	77	13	53	75	2	2	20	1.02
22224903--22224950	21	2.2	22	88	3	71	75	2	2	20	1.02
22232233--22232633	151	2.7	149	83	1	480	21	31	21	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22238974--22239119	20	7.3	20	65	11	57	18	28	17	35	1.93
22238971--22239133	40	4.1	40	84	3	220	19	28	17	34	1.94
22242220--22242527	40	7.7	40	97	0	571	22	27	19	30	1.98
22250959--22251306	40	8.7	40	96	0	642	22	27	20	30	1.98
22255394--22255450	20	2.8	20	81	0	60	49	0	29	21	1.50
22258711--22258790	26	3.1	26	89	1	117	37	23	20	18	1.94
22258943--22259003	27	2.3	27	82	0	68	19	16	29	34	1.94
22258961--22259094	27	5.0	27	91	0	214	17	17	23	41	1.90
22259969--22259997	14	2.0	15	93	6	51	34	6	10	48	1.64
22277258--22277604	40	8.7	40	96	0	642	22	27	20	30	1.98
22281690--22281746	20	2.8	20	81	0	60	49	0	29	21	1.50
22285043--22285123	26	3.1	26	90	0	126	37	24	19	18	1.94
22285276--22285336	27	2.3	27	82	0	68	19	16	29	34	1.94
22285294--22285427	27	5.0	27	91	0	214	17	17	23	41	1.90
22286320--22286351	16	2.0	16	93	0	55	40	6	9	43	1.62
22286515--22286642	50	2.5	51	79	3	134	23	19	28	28	1.98
22301104--22301149	24	1.9	24	86	8	67	47	17	23	10	1.79
22305104--22305353	132	1.9	132	85	4	344	28	18	23	29	1.98
22305664--22305774	19	5.8	19	81	0	132	41	9	13	36	1.76
22305671--22305774	38	2.7	38	90	0	163	42	8	11	37	1.72
22309528--22309658	43	3.0	44	73	8	122	28	22	18	30	1.97
22312466--22312510	22	2.0	22	87	8	65	53	20	0	26	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22313983--22314031	26	1.9	26	87	4	73	42	4	16	36	1.67
22330870--22330921	20	2.5	22	72	15	56	76	3	15	3	1.07
22330947--22330980	18	1.9	18	88	5	52	64	0	26	8	1.22
22330921--22330969	24	2.0	24	81	18	57	61	0	32	6	1.21
22335502--22335527	9	2.9	9	100	0	52	69	11	0	19	1.18
22346565--22346597	17	2.1	16	88	11	50	63	9	0	27	1.24
22347273--22347305	15	2.1	16	88	5	50	75	6	15	3	1.11
22348161--22348249	41	2.2	41	91	0	142	35	15	19	29	1.93
22348300--22348423	44	2.8	44	82	6	117	25	25	19	29	1.98
22348181--22348987	216	3.7	216	90	1	1231	26	23	19	30	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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