genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.30.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56598092

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  30  of  185  ( 22116 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8317534--8317587	28	1.9	28	88	7	83	18	16	7	57	1.62
8317769--8317811	21	2.1	21	86	4	61	65	2	0	32	1.06
8317779--8317845	21	3.0	21	82	6	62	58	0	0	41	0.98
8319907--8319958	21	2.4	21	87	3	68	15	34	25	25	1.95
8322801--8323109	43	7.3	42	74	7	248	29	15	22	33	1.94
8322798--8323113	127	2.5	128	90	2	485	29	15	22	33	1.95
8323514--8323707	98	2.0	98	89	0	298	38	25	8	27	1.85
8325415--8325441	14	1.9	14	100	0	54	18	22	29	29	1.97
8325679--8326273	44	13.8	43	71	11	315	28	22	19	29	1.98
8325725--8326346	44	14.5	41	70	14	215	28	22	19	28	1.98
8325946--8326137	84	2.3	84	89	0	303	31	22	19	26	1.98
8325732--8326353	301	2.1	300	90	0	1001	28	22	20	28	1.98
8337629--8337825	98	2.0	98	95	0	358	37	25	10	26	1.88
8341746--8341943	41	4.8	41	84	7	199	27	20	25	26	1.99
8355287--8355490	41	5.0	39	83	9	196	28	19	24	26	1.99
8355305--8355490	82	2.3	81	83	7	216	27	19	25	26	1.99
8369758--8369799	20	2.1	20	90	0	66	42	7	0	50	1.30
8374853--8374894	20	2.1	20	90	0	66	42	7	0	50	1.30
8375232--8375257	3	8.7	3	100	0	52	34	0	30	34	1.58
8382438--8382645	103	2.0	103	96	1	382	35	12	4	48	1.62
8390645--8390689	23	2.0	23	90	0	72	55	15	8	20	1.66
8392611--8392674	29	2.2	29	86	5	85	29	23	4	42	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8394043--8394086	14	2.8	16	86	10	56	63	4	2	29	1.26
8397451--8397494	21	2.1	21	86	0	61	34	0	25	40	1.56
8397971--8398023	25	2.2	24	90	10	81	18	20	20	39	1.92
8400489--8400553	30	2.2	30	91	2	105	30	26	3	40	1.71
8400950--8401201	114	2.2	114	86	7	370	25	23	26	24	2.00
8401154--8401244	41	2.2	41	98	0	173	18	24	32	24	1.97
8401038--8401357	155	2.1	154	90	0	505	24	23	28	24	2.00
8401945--8402000	7	7.9	7	82	4	58	19	0	46	33	1.50
8401927--8402011	14	5.9	14	75	6	64	20	0	43	36	1.52
8401994--8402047	21	2.7	20	76	2	54	22	1	38	37	1.65
8401921--8402020	50	2.0	50	80	3	112	23	0	40	37	1.55
8401559--8402244	267	2.6	267	92	1	1126	29	1	26	42	1.66
8402195--8402241	14	3.3	15	82	8	62	27	0	31	40	1.57
8402256--8402323	15	4.7	15	82	10	63	22	0	42	35	1.54
8402236--8402323	14	6.1	14	75	17	56	21	0	42	36	1.53
8402698--8403138	147	3.0	147	94	2	771	44	13	16	25	1.85
8403010--8403404	125	3.0	127	84	8	458	45	13	16	24	1.83
8403137--8403671	147	3.7	148	87	5	761	45	13	15	25	1.82
8406030--8406309	23	12.3	23	70	15	143	28	7	25	39	1.82
8406039--8406304	91	2.9	91	92	3	421	29	6	24	39	1.80
8407227--8407490	42	6.2	43	88	3	338	22	18	31	26	1.97
8407227--8407490	85	3.1	84	86	4	343	22	18	31	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8412196--8412241	18	2.6	18	77	16	51	69	0	4	26	1.07
8412198--8412246	25	1.9	26	83	4	64	71	2	2	24	1.07
8412942--8413004	29	2.2	28	83	11	74	65	4	1	28	1.22
8412970--8413082	51	2.2	51	80	4	120	66	1	4	27	1.21
8413089--8413150	19	3.3	18	77	22	65	61	3	9	25	1.42
8413090--8413152	20	3.2	21	76	17	73	61	3	9	25	1.41
8413331--8413375	21	2.2	20	88	4	63	26	0	6	66	1.16
8413341--8413443	20	5.1	21	69	22	60	29	2	3	64	1.26
8413390--8413481	19	4.8	19	76	9	71	30	3	1	65	1.16
8413551--8413607	26	2.2	26	84	6	80	36	12	12	38	1.80
8414565--8414601	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
8414960--8415020	17	3.4	17	78	15	61	22	27	0	49	1.50
8418946--8418987	22	1.9	22	90	0	66	54	0	4	40	1.21
8425470--8425769	110	2.8	109	86	5	403	34	18	16	30	1.93
8425924--8425976	12	4.3	12	77	20	56	67	7	3	20	1.31
8426264--8426319	3	18.7	3	84	0	76	58	0	5	35	1.21
8427216--8427255	20	1.9	20	85	10	53	2	17	10	70	1.27
8428045--8428446	218	1.8	218	86	3	585	26	25	20	27	1.99
8428333--8429495	44	26.7	44	70	12	406	27	21	19	30	1.98
8428328--8428746	129	3.2	129	91	0	606	28	21	19	30	1.97
8428546--8428880	175	1.9	173	85	4	460	28	22	18	30	1.97
8428845--8429492	88	7.4	88	74	10	502	27	22	19	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8428715--8429542	265	3.1	265	90	2	1294	27	22	19	29	1.98
8428890--8429670	219	3.6	218	82	6	752	27	22	20	30	1.98
8430147--8430197	17	3.0	17	100	0	102	23	29	17	29	1.97
8431792--8431854	6	10.7	6	80	13	51	14	4	9	71	1.28
8435222--8435490	110	2.5	109	88	1	396	32	20	15	30	1.94
8435974--8436024	15	3.4	15	94	0	93	56	0	7	35	1.28
8435974--8436023	3	16.7	3	82	0	64	58	0	6	36	1.23
8437668--8437731	21	3.0	20	72	19	58	6	10	4	78	1.08
8441799--8441858	18	3.4	18	68	25	56	46	15	18	20	1.84
8441799--8441866	34	2.0	34	94	0	118	44	17	17	20	1.87
8445428--8445627	63	3.2	62	74	7	188	26	23	29	21	1.99
8445415--8445642	125	1.8	127	87	5	347	25	24	29	20	1.99
8453979--8454032	22	2.5	22	84	3	74	40	5	1	51	1.36
8459839--8459945	39	2.7	40	78	5	119	36	18	23	21	1.95
8460224--8460277	7	7.9	7	79	4	56	14	1	40	42	1.57
8460237--8460276	21	1.9	21	89	0	62	12	2	42	42	1.56
8460349--8460389	21	2.0	21	90	0	64	19	2	26	51	1.59
8461813--8461892	31	2.6	31	89	0	124	20	13	22	43	1.86
8462721--8462748	12	2.3	12	100	0	56	32	7	10	50	1.64
8464044--8464186	43	3.2	42	81	7	160	25	18	25	30	1.98
8468020--8468139	41	2.9	42	75	6	118	21	15	27	35	1.94
8468040--8468135	42	2.3	41	83	1	111	21	16	29	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8467940--8468140	82	2.4	82	76	7	201	20	16	27	34	1.94
8467940--8468148	83	2.5	81	75	7	197	21	16	28	34	1.94
8468346--8468390	21	2.0	21	83	8	54	42	2	4	51	1.34
8469126--8469164	14	2.7	15	84	15	55	25	0	41	33	1.56
8469118--8469219	36	2.8	38	86	5	147	26	0	42	30	1.62
8471903--8471932	13	2.3	13	100	0	60	36	0	13	50	1.42
8472776--8472867	13	6.9	13	74	18	91	45	9	1	43	1.44
8472759--8473011	40	6.5	38	80	10	228	45	11	1	42	1.47
8472773--8472876	13	7.8	13	73	16	79	44	11	1	42	1.51
8472904--8472994	22	4.6	21	72	20	72	43	13	0	42	1.43
8472908--8472998	18	4.9	18	77	15	96	46	12	0	41	1.41
8472908--8472969	17	3.6	17	84	4	70	46	12	0	40	1.42
8473266--8473560	9	34.8	9	69	15	182	45	20	2	31	1.64
8473273--8473371	20	5.1	19	69	27	73	50	19	1	29	1.54
8473272--8473355	25	3.6	25	81	9	97	50	20	1	28	1.56
8473318--8473492	34	4.7	34	69	22	127	46	20	1	31	1.61
8473292--8473523	59	3.9	59	80	4	288	46	20	2	30	1.63
8473272--8473374	25	4.3	24	79	13	81	48	20	0	30	1.56
8473399--8473557	25	6.3	26	76	13	113	45	20	1	32	1.59
8473275--8473560	118	2.4	118	90	4	454	46	20	2	31	1.63
8473423--8473560	25	5.5	25	79	8	131	46	21	1	31	1.60
8478513--8478719	42	5.0	41	81	7	220	27	20	20	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8481910--8481978	27	2.7	25	80	8	84	15	27	23	33	1.95
8484027--8484115	38	2.2	41	82	7	103	52	3	1	42	1.25
8484118--8484156	12	3.2	12	92	0	60	66	0	33	0	0.92
8484122--8484186	23	2.9	23	71	19	66	69	0	30	0	0.89
8484121--8484176	20	2.7	21	76	15	62	69	0	30	0	0.89
8485037--8485168	40	3.3	40	76	13	130	24	14	25	36	1.93
8485037--8485139	37	2.7	38	79	11	111	24	15	23	36	1.93
8485334--8485376	22	2.0	22	90	4	70	44	4	25	25	1.73
8490698--8491674	489	2.0	489	98	0	1891	27	22	14	35	1.93
8497728--8497851	43	2.9	43	77	11	110	29	29	20	20	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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