genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.73.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56598092

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   

This is table  73  of  185  ( 22116 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22348349--22349134	388	2.0	387	79	4	850	25	23	19	30	1.98
22348702--22349115	172	2.4	172	82	4	415	26	23	20	30	1.98
22348834--22349097	85	3.1	85	73	12	295	27	24	18	29	1.98
22348781--22349128	172	2.0	172	90	0	552	26	23	18	31	1.97
22349211--22349378	88	1.9	88	80	0	192	25	25	22	26	2.00
22351684--22351717	6	5.7	6	85	0	50	0	17	2	79	0.86
22351681--22351717	12	3.1	12	88	0	56	0	21	2	75	0.92
22351684--22351776	7	13.6	7	74	9	52	7	11	2	78	1.04
22352856--22352921	25	2.6	25	85	9	80	57	6	16	19	1.60
22358150--22358183	16	2.2	15	89	5	50	79	5	14	0	0.91
22360541--22360593	26	2.0	26	85	0	70	24	32	18	24	1.97
22363142--22363259	40	3.0	40	77	5	123	16	29	18	35	1.93
22363168--22363259	20	4.6	20	75	5	78	17	28	18	35	1.93
22369292--22369360	13	5.2	13	75	3	57	30	20	2	46	1.65
22369251--22369360	53	2.1	53	83	6	134	32	19	2	45	1.64
22369266--22369351	40	2.2	39	85	2	109	33	18	3	44	1.67
22369296--22369347	27	1.9	27	84	0	68	30	19	3	46	1.68
22369277--22369361	40	2.2	40	80	6	93	30	22	3	43	1.70
22380713--22380755	13	3.4	12	81	9	50	39	18	0	41	1.51
22383968--22384013	2	23.0	2	100	0	92	50	50	0	0	1.00
22394893--22394954	33	2.0	32	85	14	87	38	1	12	46	1.52
22402540--22402802	40	6.6	40	88	3	325	24	20	27	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22402579--22402837	80	3.3	80	85	3	256	25	20	27	25	1.99
22410470--22410732	40	6.6	40	88	3	325	24	20	27	26	1.99
22410509--22410767	80	3.3	80	85	3	256	25	20	27	25	1.99
22428727--22428949	40	5.6	40	83	6	213	24	20	27	27	1.99
22428727--22428951	80	2.8	79	82	7	242	24	20	28	27	1.99
22428802--22428984	79	2.3	80	81	1	217	25	20	27	26	1.99
22428727--22428984	119	2.2	120	80	4	281	25	20	27	26	1.99
22436630--22436892	40	6.6	40	88	3	316	24	20	27	26	1.99
22444232--22444416	51	3.7	50	77	7	160	23	19	26	30	1.98
22444638--22444662	8	3.1	8	100	0	50	64	0	24	12	1.27
22444650--22444681	16	2.0	16	93	0	55	59	0	15	25	1.36
22458022--22458083	30	2.1	30	84	6	81	50	11	6	32	1.64
22471655--22471698	13	3.4	13	87	0	61	40	18	0	40	1.50
22488448--22488515	22	3.3	21	64	27	56	48	23	2	25	1.65
22488426--22488519	39	2.4	39	89	0	134	44	24	2	28	1.65
22501277--22501315	19	2.1	19	85	9	53	33	5	2	58	1.33
22504634--22504674	3	13.7	3	94	0	73	36	0	29	34	1.58
22514244--22515012	126	6.1	126	87	3	1036	28	17	16	38	1.91
22514245--22515012	373	2.0	376	87	2	1107	28	17	16	38	1.91
22515074--22515195	33	3.7	31	80	13	129	46	19	0	33	1.50
22515096--22515185	34	2.8	31	88	8	135	42	17	0	40	1.50
22515218--22515265	6	6.7	7	84	15	55	45	41	0	12	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22518495--22518528	16	2.2	16	89	5	52	55	14	2	26	1.53
22521638--22521671	14	2.4	15	90	9	54	52	32	11	2	1.53
22521706--22521916	41	5.1	41	79	2	199	25	18	23	32	1.97
22521919--22521960	20	2.2	19	86	4	57	23	4	4	66	1.30
22522009--22522059	26	2.0	26	84	0	66	58	5	11	23	1.55
22522356--22522395	14	2.9	14	88	3	64	20	0	50	30	1.49
22523670--22523723	24	2.2	25	93	3	92	11	72	7	9	1.29
22523836--22523904	36	1.9	36	96	0	129	23	2	17	56	1.54
22523830--22523895	19	3.5	19	72	17	66	24	4	18	53	1.63
22523845--22523907	17	3.3	21	70	25	75	22	3	17	57	1.54
22524453--22524482	2	15.0	2	100	0	60	50	0	50	0	1.00
22528134--22528298	43	3.9	43	83	2	190	23	19	30	26	1.98
22531498--22531531	16	2.2	16	94	5	61	52	14	5	26	1.64
22536440--22536488	25	2.0	25	84	8	64	44	12	12	30	1.78
22537069--22537156	28	3.1	28	83	0	104	20	21	15	42	1.89
22539936--22539996	30	2.0	30	100	0	122	40	16	13	29	1.86
22548187--22548285	42	2.3	43	81	8	114	23	33	23	20	1.97
22550279--22550308	11	2.7	11	89	0	51	26	0	6	66	1.16
22554622--22554797	88	2.0	88	100	0	352	35	15	18	30	1.92
22556535--22556587	26	2.1	26	92	3	90	54	1	7	35	1.40
22557251--22557292	16	2.4	18	88	11	70	59	0	0	40	0.97
22557606--22557634	14	2.0	15	93	6	51	55	0	13	31	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22558106--22558276	86	2.0	86	98	0	333	33	5	16	45	1.70
22559852--22559876	12	2.1	12	100	0	50	28	16	40	16	1.89
22569848--22569906	30	2.0	30	86	0	82	40	5	25	28	1.77
22570231--22570280	26	1.9	26	91	0	82	18	22	34	26	1.96
22570260--22570486	43	5.4	42	76	11	223	23	16	25	35	1.95
22570259--22570494	85	2.8	84	88	0	337	23	17	25	34	1.96
22573593--22573782	68	2.8	68	85	0	272	36	17	21	24	1.94
22577174--22577364	50	3.7	50	76	4	184	27	20	29	23	1.99
22584476--22584531	28	2.0	28	85	0	76	26	23	19	30	1.98
22598248--22599087	49	17.6	49	93	2	1353	31	8	29	30	1.87
22598248--22599087	192	4.4	192	93	1	1429	31	8	29	30	1.87
22598601--22598678	22	3.4	22	66	10	66	26	10	34	28	1.89
22601320--22601545	40	5.7	40	88	4	271	26	27	21	24	1.99
22604647--22604927	40	7.1	40	88	2	395	24	22	27	24	2.00
22608250--22609326	47	22.6	47	94	2	1785	32	8	29	29	1.87
22608250--22609326	96	11.3	96	93	2	1823	32	8	29	29	1.87
22608250--22609326	143	7.5	141	93	2	1758	32	8	29	29	1.87
22614607--22614846	28	8.6	28	77	3	178	28	28	17	25	1.97
22614647--22614846	56	3.6	56	80	3	215	28	29	17	25	1.97
22614647--22614846	84	2.4	84	77	3	197	28	29	17	25	1.97
22619323--22619361	20	2.0	20	90	10	62	15	23	5	56	1.59
22619570--22619742	50	3.5	50	80	5	156	22	27	21	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22619633--22619811	50	3.5	50	78	9	157	22	26	21	28	1.99
22624283--22624324	23	1.9	21	90	9	66	23	9	14	52	1.71
22631298--22631339	23	1.9	21	90	9	66	23	9	14	52	1.71
22632868--22633014	46	3.2	46	74	7	145	30	19	21	29	1.97
22632869--22633047	46	3.9	46	75	4	137	30	19	21	29	1.97
22632873--22633047	93	1.9	93	86	2	253	29	20	21	29	1.98
22632891--22633044	46	3.3	46	77	1	164	29	18	22	29	1.98
22633810--22634101	51	5.8	49	70	12	198	28	14	26	31	1.95
22633810--22634099	102	2.9	101	81	9	340	28	14	26	31	1.95
22640811--22641104	51	5.8	50	72	11	249	27	14	27	29	1.96
22640811--22641100	102	2.9	102	84	6	358	27	14	27	30	1.95
22644436--22644494	25	2.3	26	82	2	66	30	27	6	35	1.83
22654742--22654815	26	2.8	26	75	0	76	33	16	8	41	1.77
22668336--22668394	20	3.0	20	71	0	55	11	30	23	33	1.91
22670342--22670383	18	2.4	18	80	15	52	35	7	2	54	1.41
22674786--22674810	13	1.9	13	100	0	50	8	8	0	84	0.79
22681788--22681835	17	2.8	17	90	3	69	12	18	29	39	1.88
22683769--22683807	21	1.9	19	85	10	51	25	12	7	53	1.65
22701911--22702088	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
22701912--22702067	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
22701908--22702088	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
22708989--22709164	27	6.6	27	82	6	187	29	28	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22709644--22709669	12	2.2	12	100	0	52	42	0	7	50	1.31
22724449--22724493	1	45.0	1	95	0	81	2	0	0	97	0.15
22724445--22724491	22	2.1	22	100	0	94	4	0	0	95	0.25
22724444--22724493	25	2.0	25	96	4	91	6	0	0	94	0.33
22724449--22724494	24	1.9	24	100	0	92	4	0	0	95	0.26
22724675--22724741	29	2.2	31	94	5	120	26	52	5	14	1.65
22725188--22725316	25	5.5	23	73	12	86	35	6	2	55	1.37
22725252--22725402	25	6.0	26	73	13	95	33	6	4	54	1.47
22725306--22725401	24	4.1	23	78	12	97	32	5	5	57	1.43
22725380--22725438	23	2.8	20	72	16	57	32	6	5	55	1.48

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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