genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.77.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56598092

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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This is table  77  of  185  ( 22116 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23620631--23620684	20	2.7	20	82	0	63	24	20	18	37	1.94
23620631--23620704	30	2.5	30	86	8	98	21	20	18	39	1.93
23620631--23620695	20	3.2	20	71	16	53	23	21	16	38	1.93
23623856--23623927	12	5.5	12	78	15	63	76	4	6	12	1.13
23623920--23623959	17	2.4	17	87	8	55	72	7	15	5	1.24
23624888--23624919	15	2.1	16	94	5	57	71	0	21	6	1.07
23625002--23625035	18	1.9	18	88	5	52	52	2	35	8	1.47
23626301--23626354	20	2.7	20	82	0	63	24	20	18	37	1.94
23626301--23626374	30	2.5	30	86	8	98	21	20	18	39	1.93
23626301--23626365	20	3.2	20	71	16	53	23	21	16	38	1.93
23628344--23628384	15	2.7	16	74	11	50	7	26	0	65	1.18
23628542--23628580	15	2.4	15	87	12	51	10	20	2	66	1.33
23629435--23629494	26	2.3	27	86	11	81	11	11	3	73	1.21
23629477--23629501	13	1.9	13	100	0	50	0	16	0	84	0.63
23629542--23629594	12	4.5	12	79	9	56	13	5	5	75	1.16
23632351--23632468	55	2.1	55	83	6	150	25	22	13	38	1.91
23636655--23636720	21	3.0	22	86	4	80	30	4	30	34	1.78
23643959--23643997	20	2.0	20	84	0	51	43	12	17	25	1.85
23645777--23645839	33	1.9	33	84	12	85	12	25	6	55	1.60
23645837--23645892	21	2.7	21	72	5	51	8	17	1	71	1.21
23645836--23645892	14	4.1	14	75	16	57	8	17	1	71	1.19
23645854--23645957	18	5.6	18	73	10	84	6	18	3	71	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23645854--23645961	6	17.7	6	70	5	74	6	18	3	71	1.23
23646995--23647056	25	2.4	25	84	15	83	6	14	6	72	1.25
23648588--23648626	20	2.0	20	84	0	51	43	12	17	25	1.85
23649128--23649180	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
23656962--23657007	13	3.6	13	91	2	76	76	4	2	17	1.06
23656962--23657015	12	4.6	12	84	8	67	77	5	1	14	1.03
23659102--23659155	15	3.8	14	76	11	56	74	1	22	1	1.02
23662743--23662783	15	2.7	16	74	11	50	7	26	0	65	1.18
23662941--23662979	15	2.4	15	87	12	51	10	20	2	66	1.33
23663082--23663136	12	4.4	13	84	13	71	12	1	5	80	0.97
23663082--23663136	13	4.5	12	82	10	67	12	1	5	80	0.97
23664332--23664389	10	5.7	10	76	11	64	29	27	13	29	1.94
23664332--23664392	20	3.0	20	83	9	79	27	26	13	32	1.93
23667016--23667058	13	3.8	11	84	9	52	16	4	0	79	0.90
23667016--23667065	12	4.3	12	82	12	61	18	6	2	74	1.12
23667027--23667058	13	2.5	13	95	5	57	15	6	0	78	0.95
23667281--23667327	20	2.3	20	85	0	67	29	36	12	21	1.91
23669113--23669230	59	2.0	59	100	0	236	42	20	20	16	1.89
23673056--23673114	20	2.9	19	80	9	64	30	25	10	33	1.89
23673034--23673097	30	2.1	30	85	5	85	28	29	12	29	1.93
23673053--23673110	10	5.7	10	72	11	55	31	27	12	29	1.92
23678315--23678358	22	2.0	22	90	0	70	36	4	34	25	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23679480--23679527	20	2.4	20	67	0	51	33	18	27	20	1.96
23680117--23680181	20	3.3	19	73	16	51	36	15	21	26	1.93
23686078--23686130	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
23687965--23688011	20	2.3	20	85	0	67	21	12	36	29	1.91
23714757--23714804	23	2.0	25	84	12	64	50	6	14	29	1.67
23717682--23717859	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
23717683--23717838	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
23717679--23717859	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
23719514--23719579	32	2.1	32	97	0	123	27	12	3	57	1.49
23726704--23726876	45	3.8	45	78	6	145	44	13	18	23	1.85
23726757--23727007	90	2.8	90	82	2	218	41	14	20	23	1.90
23726799--23727035	45	5.3	45	83	4	255	40	15	21	23	1.91
23726799--23727016	90	2.4	90	86	1	303	39	15	21	23	1.91
23730535--23730559	6	4.2	6	100	0	50	0	32	0	68	0.90
23733761--23733786	4	6.5	4	100	0	52	50	0	23	26	1.50
23749238--23749333	34	2.7	36	85	12	128	26	27	19	27	1.99
23757023--23757192	40	4.3	40	87	0	207	26	27	20	25	1.99
23757059--23757245	80	2.3	79	79	4	196	26	28	20	24	1.99
23757177--23757254	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
23766702--23766916	45	4.7	46	86	4	247	46	15	20	17	1.84
23768693--23768722	12	2.5	12	94	0	51	23	40	30	6	1.80
23776649--23776681	3	11.3	3	87	6	50	30	3	0	66	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23780407--23780453	18	2.7	19	84	12	57	14	17	4	63	1.45
23781226--23781266	6	6.8	6	91	0	64	85	12	2	0	0.70
23781794--23781843	7	7.0	7	82	17	59	72	0	14	14	1.14
23781794--23781843	15	3.5	14	84	15	59	72	0	14	14	1.14
23781794--23781843	22	2.3	22	86	10	68	72	0	14	14	1.14
23781800--23781845	15	3.1	15	87	12	60	69	0	17	13	1.19
23783105--23783651	132	4.1	132	93	1	882	29	18	23	27	1.98
23783169--23783504	44	7.6	44	69	10	238	29	18	24	28	1.98
23783169--23783653	44	11.0	44	68	9	227	29	18	23	27	1.98
23785351--23785611	39	6.7	39	87	7	318	25	27	21	25	2.00
23785351--23785610	79	3.3	78	82	10	309	25	27	21	25	2.00
23793307--23793568	40	6.7	40	88	7	319	25	27	21	25	1.99
23793307--23793568	117	2.2	122	84	9	339	25	27	21	25	1.99
23796413--23796445	3	11.3	3	87	6	50	30	3	0	66	1.06
23798302--23798331	16	1.9	16	93	6	53	0	10	6	83	0.81
23806427--23806490	31	2.1	31	96	0	119	54	9	20	15	1.68
23808649--23808695	23	2.0	23	91	0	76	31	14	10	42	1.80
23808786--23808904	51	2.3	51	82	2	141	33	17	8	40	1.80
23815666--23815691	9	2.9	9	100	0	52	69	7	11	11	1.37
23822900--23823014	27	4.3	27	80	10	119	40	13	20	26	1.89
23822898--23823025	54	2.3	55	82	4	152	37	13	21	28	1.91
23826845--23826967	40	3.1	39	84	5	165	30	24	19	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23826858--23826983	40	3.2	39	81	4	103	33	23	16	26	1.96
23832599--23832707	56	2.0	54	87	3	155	27	27	16	28	1.97
23838839--23838942	40	2.6	40	90	4	167	25	28	23	23	1.99
23838926--23838977	27	2.0	27	88	3	79	21	23	25	30	1.99
23838886--23839019	66	2.0	66	100	0	268	23	26	22	27	2.00
23838952--23839089	39	3.5	40	78	10	149	24	26	23	25	2.00
23838846--23839036	106	1.8	106	89	3	305	25	26	22	25	2.00
23855671--23856019	44	8.0	43	71	10	192	28	23	17	30	1.97
23870208--23870241	5	6.8	5	93	0	59	38	17	0	44	1.49
23871048--23871086	17	2.4	17	82	4	53	71	5	0	23	1.05
23871292--23871325	4	8.2	4	93	6	59	23	29	0	47	1.52
23873456--23873498	22	1.9	23	85	4	61	37	4	6	51	1.50
23873822--23873847	11	2.4	11	100	0	52	26	0	0	73	0.84
23873990--23874034	16	2.8	16	86	3	54	8	20	22	48	1.76
23875558--23875594	19	1.9	19	88	0	56	18	0	8	72	1.08
23875647--23875679	17	1.9	17	93	0	57	45	3	0	51	1.16
23876097--23876166	11	6.4	11	76	0	68	71	10	1	17	1.20
23876113--23876169	30	1.9	30	86	13	82	70	10	1	17	1.24
23876097--23876170	22	3.4	22	82	0	85	70	12	1	16	1.24
23876298--23876330	14	2.4	14	94	0	57	18	24	12	45	1.83
23876554--23876622	31	2.2	31	94	0	120	55	26	15	2	1.55
23889913--23890045	61	2.2	58	85	6	178	42	3	3	50	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23890442--23890493	26	2.0	26	82	10	63	15	19	9	55	1.67
23903598--23903642	22	2.0	22	86	0	63	37	2	4	55	1.32
23906728--23906815	45	2.0	45	86	0	122	28	18	21	31	1.97
23912497--23912681	40	4.6	39	83	6	212	24	22	27	25	2.00
23912497--23912681	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
23912498--23912714	79	2.7	78	80	11	210	25	21	27	25	2.00
23920475--23920659	40	4.6	39	83	6	212	24	22	27	25	2.00
23920475--23920659	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
23920476--23920692	79	2.7	78	80	11	210	25	21	27	25	2.00
23927356--23927553	51	3.9	50	75	4	200	30	27	17	24	1.97

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