genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.69.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56598092

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   

This is table  69  of  185  ( 22116 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20592882--20593139	123	2.1	124	80	5	281	29	26	20	22	1.99
20592861--20593091	82	2.8	82	79	0	264	29	25	22	22	1.99
20605120--20605228	54	2.0	54	96	0	200	31	28	11	29	1.91
20624109--20624239	51	2.6	49	80	9	138	27	17	22	32	1.96
20624056--20624239	101	1.8	102	86	3	273	27	16	22	32	1.96
20624465--20624496	16	2.0	16	93	0	55	59	0	15	25	1.36
20644740--20644775	18	1.9	19	88	5	56	80	0	2	16	0.83
20647830--20648081	27	9.3	27	84	5	253	44	16	19	19	1.87
20648256--20648327	26	2.8	26	82	0	90	15	15	23	45	1.84
20648230--20648351	26	4.7	26	78	3	77	16	18	22	43	1.88
20655452--20655725	27	10.1	27	81	3	291	43	20	18	17	1.88
20655452--20655725	54	5.1	54	83	4	331	43	20	18	17	1.88
20655452--20655731	81	3.5	81	81	3	332	42	20	19	17	1.89
20655922--20655970	26	1.9	25	83	4	62	18	16	18	46	1.84
20673670--20673887	79	2.7	81	82	7	243	24	26	22	26	2.00
20673684--20673887	40	5.1	39	79	11	218	24	26	22	25	2.00
20680193--20680395	40	5.1	39	78	13	191	24	27	22	25	2.00
20680212--20680396	79	2.3	82	84	7	238	25	27	22	24	2.00
20697101--20697826	88	8.3	87	83	4	718	23	24	24	27	2.00
20697101--20697826	263	2.8	259	82	4	848	23	24	24	27	2.00
20697074--20697826	176	4.3	176	83	4	815	23	24	24	28	2.00
20699009--20699036	13	2.2	13	100	0	56	14	14	0	71	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20699894--20699958	12	5.6	12	83	10	55	6	20	0	73	1.03
20699931--20699976	18	2.6	18	85	0	56	15	10	6	67	1.40
20699931--20699958	6	4.7	6	100	0	56	14	14	0	71	1.15
20706445--20706489	14	3.1	14	84	15	65	17	0	4	77	0.92
20706450--20706480	10	3.1	10	95	0	53	16	0	3	80	0.83
20715023--20716872	927	2.0	926	92	1	3091	31	18	20	29	1.97
20730195--20730372	27	6.6	27	79	3	169	25	16	29	28	1.97
20730196--20730351	82	1.9	81	84	3	206	25	16	29	28	1.97
20730192--20730372	82	2.2	81	80	2	202	25	16	28	28	1.97
20751113--20751289	27	6.5	27	80	3	167	25	16	29	28	1.97
20751113--20751268	82	1.9	81	84	3	206	25	16	29	28	1.97
20751109--20751289	82	2.2	81	80	2	202	25	16	28	28	1.97
20759096--20759273	27	6.6	27	79	3	169	25	16	29	28	1.97
20759097--20759252	82	1.9	81	84	3	206	25	16	29	28	1.97
20759093--20759273	82	2.2	81	80	2	202	25	16	28	28	1.97
20760628--20760714	38	2.3	39	86	9	117	24	20	27	27	1.99
20767635--20767854	79	2.8	79	80	8	225	25	20	26	26	1.99
20767635--20767819	40	4.7	40	82	6	216	24	21	27	26	1.99
20774593--20774693	48	2.1	48	85	3	132	41	25	16	15	1.88
20780752--20780832	41	2.0	41	85	0	108	49	6	18	25	1.71
20784149--20784326	27	6.6	27	81	3	187	27	15	27	29	1.96
20784150--20784305	82	1.9	81	85	3	215	27	16	27	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20784146--20784326	82	2.2	81	81	2	211	27	16	27	29	1.97
20789170--20789214	22	2.0	23	82	8	56	40	22	4	33	1.74
20790334--20790388	17	3.2	17	76	19	69	36	16	7	40	1.76
20793360--20793385	8	3.2	8	100	0	52	23	0	11	65	1.25
20808325--20808564	29	8.3	29	79	3	173	25	25	12	37	1.90
20808263--20808517	87	2.9	87	75	5	210	25	26	12	36	1.91
20808307--20808453	58	2.5	58	78	4	188	25	25	12	36	1.91
20808310--20808542	116	2.0	116	82	3	281	24	26	12	36	1.91
20808325--20808546	87	2.5	86	74	7	205	25	25	12	37	1.90
20816156--20816194	18	2.1	19	86	13	55	35	0	17	46	1.49
20816420--20816501	23	3.6	23	88	0	110	23	21	24	30	1.99
20816512--20816545	16	2.1	17	88	5	52	38	5	17	38	1.74
20817376--20817808	219	2.0	220	89	2	674	25	12	19	42	1.87
20823240--20823273	15	2.3	15	90	10	52	17	26	5	50	1.69
20824572--20824999	220	1.9	220	89	2	655	26	12	19	41	1.87
20831612--20831640	14	2.0	15	93	6	51	6	6	34	51	1.55
20839473--20839649	46	3.8	46	86	2	248	28	25	9	35	1.88
20840346--20840399	17	3.0	18	76	15	58	44	20	0	35	1.52
20842352--20842609	80	3.3	79	80	4	252	25	20	27	25	1.99
20842352--20842574	40	5.6	40	85	3	227	25	21	27	26	1.99
20842428--20842609	79	2.3	80	84	1	233	26	20	27	25	1.99
20849526--20849592	35	1.9	36	85	11	95	37	20	8	32	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20866885--20866963	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
20867082--20867243	47	3.4	47	90	0	243	28	30	8	32	1.86
20868292--20868492	56	3.8	56	84	15	309	22	22	7	46	1.77
20868341--20868499	44	3.3	44	81	18	210	22	22	8	46	1.78
20868292--20868499	100	2.1	100	99	0	407	22	23	8	46	1.78
20869677--20869793	40	2.9	40	77	5	128	25	27	22	24	2.00
20869689--20869800	40	2.8	40	79	0	134	25	27	21	25	1.99
20871215--20871407	80	2.4	80	82	5	221	26	29	20	23	1.99
20871185--20871354	40	4.3	40	90	0	234	25	28	21	24	1.99
20871185--20871407	120	1.9	119	81	6	272	26	28	21	24	1.99
20871339--20871416	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
20872903--20873180	40	7.0	40	82	7	230	25	28	21	24	1.99
20872903--20873179	80	3.5	78	81	6	272	25	28	21	24	1.99
20875037--20875115	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
20875234--20875456	47	4.7	47	90	1	322	28	30	8	32	1.87
20877047--20877346	56	5.8	56	81	18	416	23	22	7	47	1.77
20877096--20877353	44	5.3	44	80	19	309	22	22	7	46	1.77
20877047--20877353	100	3.1	100	99	0	598	22	22	7	46	1.77
20877240--20877346	55	1.9	56	98	1	207	23	21	7	47	1.76
20877693--20877794	49	2.1	50	85	5	136	21	17	38	22	1.93
20879341--20879521	42	4.5	42	75	13	182	22	16	26	34	1.95
20879383--20879558	77	2.3	75	86	1	235	22	18	26	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20882549--20882675	31	4.3	29	69	21	86	37	2	18	40	1.64
20890853--20890992	50	2.8	51	77	6	158	22	27	22	27	1.99
20897440--20897529	28	3.2	29	76	7	89	64	1	23	11	1.32
20901594--20901628	3	11.7	3	93	0	61	71	0	28	0	0.86
20901804--20901841	12	3.2	12	81	11	51	0	71	2	26	1.00
20903708--20903737	14	2.1	15	93	6	53	46	0	0	53	1.00
20905742--20906006	124	2.1	124	85	2	354	29	15	23	31	1.95
20908420--20908819	33	12.9	32	80	15	379	28	0	23	48	1.53
20908420--20908832	94	4.5	94	85	9	500	28	0	23	48	1.53
20908579--20908749	29	6.0	26	72	18	96	26	0	25	47	1.52
20908687--20908741	22	2.5	22	93	3	92	25	0	27	47	1.52
20908463--20908844	116	3.2	117	87	10	524	28	0	22	48	1.53
20908802--20908869	23	2.9	24	80	8	86	27	1	26	44	1.63
20911127--20911182	28	2.0	29	89	3	87	60	3	0	35	1.14
20911224--20911265	22	1.9	22	90	0	66	33	0	33	33	1.58
20911237--20911295	30	2.0	30	93	0	100	33	0	35	30	1.58
20911215--20911317	52	2.0	51	85	9	138	34	0	33	32	1.58
20911267--20911334	22	3.1	21	85	8	91	39	0	29	30	1.57
20912071--20912161	20	4.6	19	73	10	85	37	5	6	50	1.52
20916452--20916497	15	2.9	15	87	9	56	41	0	2	56	1.11
20917348--20917384	2	19.0	2	94	5	67	48	0	51	0	1.00
20917550--20917582	15	2.2	16	89	10	52	78	6	0	15	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20919677--20919713	18	2.0	20	89	10	60	40	0	2	56	1.13
20922937--20923141	91	2.3	91	75	1	214	30	20	16	33	1.94
20947822--20947890	30	2.3	30	89	0	102	31	17	24	26	1.97
20949157--20949186	8	3.8	8	100	0	60	46	0	0	53	1.00
20951449--20951485	18	2.1	18	89	0	56	35	8	13	43	1.74
20953947--20954014	25	2.6	26	86	9	86	20	26	23	29	1.99
20963558--20963595	12	2.9	13	85	11	51	73	23	0	2	0.95
20970696--20970873	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
20970717--20970872	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
20993525--20993702	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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