genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.29.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56598092

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  29  of  185  ( 22116 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8038093--8038123	16	2.0	16	93	6	55	38	0	0	61	0.96
8038112--8038157	17	2.6	19	80	12	55	52	0	2	45	1.13
8041158--8041229	36	2.0	36	94	0	126	23	22	16	37	1.94
8047017--8047045	15	1.9	15	100	0	58	44	0	6	48	1.29
8046892--8047095	88	2.3	91	93	2	342	47	2	3	46	1.36
8047105--8047280	59	2.9	62	69	13	168	43	2	3	49	1.36
8051550--8051594	23	2.0	23	91	4	74	37	4	17	40	1.70
8051560--8051604	23	2.0	23	86	4	65	33	4	15	46	1.66
8055206--8055270	31	2.1	32	85	2	87	35	3	3	58	1.29
8064186--8064325	46	3.0	46	91	0	208	30	26	7	35	1.85
8073782--8073811	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
8073842--8073874	12	2.8	12	90	0	57	30	3	0	66	1.06
8075354--8075387	16	2.1	16	88	0	50	20	14	20	44	1.87
8078612--8078778	41	4.0	41	90	0	253	29	19	27	22	1.98
8082143--8082188	21	2.1	22	92	8	76	65	8	0	26	1.21
8082225--8082266	16	2.6	16	81	7	50	78	0	21	0	0.75
8083520--8083801	46	5.9	49	80	10	266	29	19	23	28	1.98
8083549--8083780	46	5.0	46	84	5	270	29	20	21	27	1.98
8083551--8083780	91	2.5	92	82	7	275	29	20	22	27	1.99
8085471--8085499	12	2.4	12	100	0	58	34	6	0	58	1.25
8086886--8086923	18	2.2	19	86	13	55	47	7	0	44	1.32
8090855--8090880	9	2.9	9	100	0	52	0	11	19	69	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8093635--8093677	17	2.5	17	84	0	59	34	6	4	53	1.49
8097222--8097260	15	2.7	15	84	4	53	58	0	2	38	1.12
8097894--8098245	185	1.9	185	83	4	460	20	24	26	29	1.99
8098043--8098613	113	5.1	113	81	5	584	22	20	25	31	1.98
8098838--8098870	15	2.4	14	90	10	50	36	0	27	36	1.57
8098892--8098952	20	3.2	20	88	4	81	21	0	40	37	1.53
8098903--8098953	13	4.1	12	83	16	68	19	0	47	33	1.50
8098903--8098953	6	8.2	6	83	16	68	19	0	47	33	1.50
8099052--8099109	6	9.0	6	78	14	53	22	1	44	31	1.63
8099352--8099394	20	2.2	20	86	0	59	62	4	6	25	1.40
8099390--8099429	11	3.7	10	87	12	53	85	0	5	10	0.75
8099908--8100310	198	2.0	197	93	1	691	29	17	20	33	1.95
8101543--8101586	18	2.4	19	84	3	54	13	15	13	56	1.67
8102207--8102264	24	2.4	25	85	2	73	43	12	1	43	1.52
8102207--8102264	12	4.8	12	79	12	55	43	12	1	43	1.52
8102227--8102259	13	2.6	13	90	4	50	45	12	0	42	1.41
8102240--8102361	52	2.3	53	90	1	192	37	11	4	45	1.62
8102503--8102751	9	28.8	9	71	12	173	44	19	3	31	1.68
8107940--8107984	23	2.0	23	82	8	56	35	17	6	40	1.76
8117372--8117415	23	1.9	23	81	9	54	56	9	6	27	1.55
8118004--8118054	5	10.2	5	95	0	75	19	5	0	74	1.02
8118012--8118061	15	3.3	15	88	2	55	22	6	0	72	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8133404--8133432	12	2.4	12	100	0	58	34	6	0	58	1.25
8141301--8141343	17	2.5	17	84	0	59	34	6	4	53	1.49
8144901--8144939	15	2.7	15	84	4	53	58	0	2	38	1.12
8145575--8145928	187	1.9	186	84	4	471	20	24	26	29	1.99
8145723--8146299	114	5.1	114	83	3	633	22	20	25	31	1.98
8146527--8146560	14	2.4	14	90	5	50	35	0	29	35	1.58
8146583--8146645	21	3.1	21	84	8	78	20	0	42	36	1.52
8146594--8146646	7	8.0	7	79	12	58	18	0	49	32	1.48
8146594--8146646	13	4.1	13	82	7	72	18	0	49	32	1.48
8146746--8146807	7	8.9	7	87	0	70	20	1	48	29	1.59
8146778--8146962	96	1.9	96	82	2	228	28	1	29	40	1.66
8147059--8147101	20	2.2	20	86	0	59	62	4	6	25	1.40
8147097--8147135	17	2.3	17	86	8	53	82	0	5	12	0.83
8147620--8148022	198	2.0	197	93	1	691	29	17	20	33	1.95
8149261--8149304	18	2.4	19	84	3	54	13	15	13	56	1.67
8149308--8149371	7	9.3	7	76	10	69	3	10	12	73	1.21
8149308--8149371	21	3.1	21	86	6	87	3	10	12	73	1.21
8149943--8150097	13	11.8	13	70	10	82	40	10	4	45	1.59
8149962--8150097	53	2.6	53	90	0	218	38	11	4	45	1.60
8150242--8150492	9	28.8	9	71	12	175	44	19	3	31	1.69
8150399--8150503	25	4.2	25	78	11	115	44	18	2	34	1.64
8150399--8150503	51	2.1	50	87	1	147	44	18	2	34	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8155861--8155905	23	2.0	23	82	8	56	35	17	6	40	1.76
8157741--8157770	14	2.1	14	93	0	51	40	0	3	56	1.16
8163681--8163712	12	2.7	12	95	0	55	62	0	3	34	1.11
8166030--8166103	38	1.9	38	81	10	89	58	4	1	36	1.26
8166346--8166396	5	10.2	5	95	0	75	19	5	0	74	1.02
8166354--8166403	15	3.3	15	88	2	55	22	6	0	72	1.07
8174250--8174530	132	2.1	133	92	1	467	29	23	19	28	1.98
8174515--8175006	44	11.3	44	71	15	258	28	22	19	29	1.98
8174581--8175075	44	11.4	45	72	13	265	27	22	19	30	1.98
8174520--8175089	217	2.6	217	90	0	899	28	21	19	29	1.98
8191140--8191174	9	4.0	9	88	3	54	74	0	2	22	0.95
8192249--8192287	16	2.4	17	86	4	53	53	2	17	25	1.56
8196092--8196137	22	2.0	24	84	16	62	36	0	28	34	1.58
8202569--8202602	16	2.1	16	100	0	68	50	0	11	38	1.39
8202915--8202946	13	2.5	13	94	0	55	43	6	6	43	1.54
8204616--8204710	34	2.7	34	88	4	127	32	16	6	44	1.73
8207470--8207548	29	2.7	30	76	7	83	53	2	10	34	1.48
8209305--8209564	50	5.2	50	74	4	209	23	16	23	37	1.94
8209305--8209593	100	2.9	101	82	1	348	24	17	22	35	1.95
8209588--8210247	46	15.1	46	68	16	232	28	20	18	32	1.96
8209644--8210377	173	4.2	174	93	0	1195	28	20	18	32	1.96
8209616--8210377	348	2.2	348	91	3	1232	28	20	18	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8210306--8210403	44	2.2	44	83	0	124	25	23	18	32	1.97
8212852--8212925	38	2.0	37	86	7	105	32	21	1	44	1.61
8213054--8213128	23	3.3	23	90	0	114	33	25	20	21	1.97
8214156--8214202	23	2.0	24	87	4	69	12	19	0	68	1.21
8214181--8214222	19	2.2	19	87	8	59	7	21	0	71	1.09
8219095--8219173	29	2.7	30	76	7	83	53	2	10	34	1.48
8238998--8239091	3	31.3	3	76	8	84	60	2	7	29	1.36
8240217--8240249	15	2.2	15	89	10	50	6	6	45	42	1.53
8241121--8241257	43	3.2	42	65	17	100	24	21	24	29	1.99
8241103--8241452	87	4.1	86	83	6	370	25	24	21	28	1.99
8241103--8241452	170	2.0	174	85	4	469	25	24	21	28	1.99
8241347--8241484	44	3.2	43	68	15	120	26	24	20	28	1.99
8241120--8241520	88	4.6	85	84	6	432	26	23	21	28	1.99
8241378--8241516	44	3.2	44	67	11	113	26	23	23	27	2.00
8242596--8242642	21	2.2	21	88	0	67	25	38	10	25	1.88
8245790--8245832	19	2.3	19	84	8	52	41	13	20	23	1.88
8248129--8248222	3	31.3	3	76	8	84	60	2	7	29	1.36
8249391--8249423	15	2.2	15	89	10	50	6	6	45	42	1.53
8255024--8255086	30	2.1	30	96	0	117	57	12	3	26	1.51
8255117--8255147	14	2.2	14	94	0	53	61	12	6	19	1.53
8263593--8263690	51	1.9	52	87	2	144	35	10	15	38	1.81
8267078--8267116	20	1.9	21	89	5	62	43	5	7	43	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8271003--8271080	34	2.3	34	86	4	104	28	12	15	43	1.83
8271296--8271395	45	2.2	45	85	0	128	24	21	19	36	1.95
8278275--8278434	62	2.6	62	87	0	221	29	11	13	45	1.79
8278970--8279064	29	3.2	29	77	3	100	42	15	11	30	1.83
8298345--8298402	29	2.0	29	83	6	73	65	3	3	27	1.25
8298315--8298402	9	9.1	9	68	18	52	63	2	2	31	1.19
8306073--8306120	20	2.3	22	82	13	57	41	6	0	52	1.27
8307779--8307826	20	2.6	18	81	12	60	43	2	0	54	1.12
8307986--8308047	25	2.4	25	94	2	106	38	3	1	56	1.25
8316524--8316548	13	1.9	13	100	0	50	32	0	4	64	1.12

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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