genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.84.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56598092

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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This is table  84  of  185  ( 22116 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26070649--26070820	37	4.6	37	96	0	290	40	13	20	25	1.89
26070783--26070906	46	2.8	46	91	3	200	33	16	22	27	1.96
26072714--26072905	33	5.7	33	70	11	106	30	15	25	29	1.96
26072753--26072907	33	4.7	33	70	7	107	29	16	25	29	1.96
26072716--26072907	100	1.9	101	90	1	305	29	16	25	29	1.96
26072848--26072955	33	3.3	32	77	13	94	30	17	26	25	1.97
26076975--26077080	53	2.0	54	96	1	196	30	13	13	43	1.82
26103382--26103414	15	2.2	15	94	0	57	42	6	3	48	1.43
26105451--26105484	16	2.1	17	88	5	52	29	0	0	70	0.87
26105447--26105484	17	2.2	17	86	9	51	31	0	0	68	0.90
26112719--26112757	20	2.0	20	90	10	62	56	5	23	15	1.59
26119896--26119991	50	1.9	50	84	0	129	30	25	27	17	1.97
26120288--26120336	20	2.5	20	78	15	57	57	8	20	14	1.63
26126013--26126252	40	6.1	40	77	3	200	37	17	28	15	1.91
26126067--26126252	78	2.3	80	76	1	187	38	17	27	15	1.90
26143075--26143442	182	2.0	182	94	0	637	36	16	14	32	1.89
26144198--26144259	27	2.3	28	86	8	85	22	14	19	43	1.87
26144213--26144309	27	3.6	27	72	0	95	23	11	21	43	1.85
26158974--26159042	25	2.7	25	84	4	75	23	27	23	26	2.00
26166167--26166294	29	4.4	29	85	0	175	40	11	22	25	1.88
26166167--26166294	58	2.2	58	90	0	193	40	11	22	25	1.88
26166276--26166355	29	2.8	29	81	7	108	40	12	26	21	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26169213--26169255	23	1.9	22	90	4	68	34	2	0	62	1.08
26169966--26170016	7	7.7	7	82	8	54	58	17	5	17	1.57
26173873--26173948	27	2.8	27	71	0	71	18	25	30	26	1.98
26180880--26180922	21	2.0	21	95	0	77	23	34	13	27	1.93
26189474--26189573	50	2.0	50	100	0	200	20	24	20	36	1.95
26197958--26198008	25	2.0	25	92	0	84	35	17	21	25	1.95
26202489--26202537	25	2.0	25	91	0	80	32	16	22	28	1.95
26203552--26203626	37	2.0	37	100	0	150	18	21	13	46	1.83
26206465--26206548	35	2.4	35	97	0	159	33	10	16	39	1.83
26208631--26208755	27	4.7	26	77	6	99	41	19	17	21	1.90
26209999--26210023	10	2.5	10	100	0	50	16	0	20	64	1.30
26209907--26210056	74	2.0	76	88	2	223	24	6	19	50	1.71
26212020--26212081	18	3.3	18	80	12	70	64	1	24	9	1.33
26213796--26213853	19	3.1	19	94	0	98	27	10	12	50	1.72
26213801--26213853	9	5.7	9	73	8	52	28	7	13	50	1.68
26213951--26213997	10	4.8	10	86	5	69	25	0	19	55	1.43
26213951--26213997	19	2.4	20	92	3	78	25	0	19	55	1.43
26213966--26214104	74	1.9	74	92	0	233	25	5	20	47	1.72
26214045--26214071	10	2.7	10	100	0	54	22	0	22	55	1.44
26222940--26222968	13	2.1	14	93	6	51	68	17	0	13	1.20
26230694--26230809	40	2.9	41	84	2	153	25	29	12	33	1.92
26231255--26231294	21	2.0	21	85	5	55	12	22	0	65	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26238811--26238914	34	3.0	34	82	1	136	43	20	24	12	1.86
26246479--26246526	5	9.6	5	86	0	69	25	35	0	39	1.56
26246479--26246526	15	3.2	15	90	0	78	25	35	0	39	1.56
26247435--26247483	23	2.1	23	100	0	98	30	26	16	26	1.97
26247458--26247801	153	2.3	149	82	5	404	29	25	14	29	1.95
26247460--26247801	51	6.7	51	80	5	347	29	25	14	29	1.95
26247460--26247802	102	3.4	102	86	1	458	30	25	14	29	1.95
26252551--26252715	41	4.1	41	77	4	174	37	19	18	24	1.94
26252547--26252699	82	1.9	81	83	6	202	34	18	20	26	1.96
26252547--26252711	81	2.0	81	82	6	201	35	20	19	24	1.95
26275865--26275919	17	3.2	17	89	0	83	29	29	16	25	1.97
26284494--26284532	8	4.9	8	84	9	53	79	0	10	10	0.94
26284484--26284532	17	3.0	16	78	21	57	75	0	14	10	1.04
26286920--26286955	18	1.9	19	88	5	56	38	19	0	41	1.52
26289159--26289183	13	1.9	13	100	0	50	96	4	0	0	0.24
26289158--26289184	14	1.9	14	100	0	54	96	3	0	0	0.23
26289158--26289187	15	2.0	15	100	0	60	93	6	0	0	0.35
26306618--26306667	18	2.8	18	82	8	57	6	30	4	60	1.39
26306640--26306681	15	2.5	18	85	11	54	4	23	0	71	1.05
26307814--26307846	17	1.9	17	93	0	57	24	6	3	66	1.28
26309491--26309517	8	3.4	8	100	0	54	51	11	0	37	1.37
26314835--26314877	15	2.9	15	93	3	70	41	6	6	44	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26318780--26318922	50	2.8	50	89	1	214	19	30	24	25	1.98
26319259--26319316	30	1.9	30	86	6	82	27	24	6	41	1.80
26323582--26323619	18	2.1	18	90	0	58	31	26	10	31	1.90
26326996--26327084	36	2.5	36	89	3	137	15	11	31	41	1.83
26329919--26330054	20	6.8	19	72	11	94	11	29	19	38	1.88
26329930--26330063	40	3.4	38	76	9	117	11	29	20	38	1.88
26330020--26330074	20	2.8	19	84	13	60	9	25	21	43	1.82
26338371--26338398	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
26340587--26340741	67	2.3	68	81	5	172	38	5	16	38	1.73
26340826--26340960	70	2.0	68	81	8	157	39	9	17	33	1.83
26341127--26341265	70	2.0	70	83	8	176	38	7	16	36	1.78
26341209--26341383	95	1.9	95	87	1	262	41	7	16	35	1.76
26343823--26343888	31	2.1	31	88	0	96	27	34	13	24	1.93
26358296--26358670	183	2.0	183	98	0	723	44	6	10	37	1.67
26361610--26361757	62	2.4	62	98	0	287	43	9	26	20	1.82
26364402--26364443	18	2.2	20	83	8	52	47	0	16	35	1.47
26364511--26364548	19	2.0	18	90	10	58	47	0	13	39	1.42
26367454--26367566	47	2.4	48	85	5	142	23	13	23	39	1.90
26374645--26374679	18	1.9	18	88	0	52	2	34	8	54	1.46
26375170--26376011	434	1.9	434	91	1	1386	32	19	16	31	1.94
26380311--26380355	18	2.5	18	82	7	56	44	0	11	44	1.39
26381488--26381514	14	1.9	14	100	0	54	18	22	51	7	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26382138--26382231	44	2.1	45	88	2	136	28	27	12	30	1.93
26382257--26382631	132	2.8	132	87	1	554	27	22	19	30	1.98
26382649--26383524	100	8.8	100	91	0	1288	26	24	20	28	1.99
26383357--26383517	50	3.2	50	63	13	132	24	27	21	26	1.99
26394767--26394808	6	6.3	7	89	10	54	16	19	0	64	1.30
26402721--26402763	18	2.4	17	85	11	59	46	0	0	53	1.00
26402985--26403069	45	1.9	44	83	11	111	16	8	5	69	1.33
26403202--26403232	15	2.1	15	100	0	62	45	0	6	48	1.28
26420235--26420272	19	2.0	20	94	5	69	36	10	34	18	1.85
26423919--26424070	27	5.6	27	93	3	241	30	28	13	26	1.94
26423919--26424070	55	2.8	55	94	0	259	30	28	13	26	1.94
26427799--26427824	9	2.9	9	100	0	52	23	30	23	23	1.99
26428148--26428438	145	2.0	145	95	0	519	40	16	12	30	1.85
26454532--26454741	28	7.5	28	93	2	316	32	29	12	25	1.92
26462801--26462980	28	6.5	28	96	1	303	32	28	12	26	1.92
26477332--26477367	6	5.7	6	87	12	54	13	16	0	69	1.19
26485312--26485354	18	2.4	17	85	11	59	46	0	0	53	1.00
26485572--26485655	44	1.9	43	83	11	109	16	8	5	69	1.34
26485787--26485817	15	2.1	15	100	0	62	45	0	6	48	1.28
26510103--26510139	14	2.6	14	100	0	74	48	21	8	21	1.76
26516439--26516477	12	3.2	12	85	0	51	17	23	5	53	1.63
26523885--26523923	12	3.2	12	85	0	51	20	23	5	51	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26524172--26524312	49	2.8	51	76	8	139	23	27	21	26	1.99
26528450--26528475	12	2.2	12	100	0	52	7	15	30	46	1.74
26528478--26528588	40	2.8	40	79	1	125	39	19	18	21	1.92
26528652--26528805	41	3.8	41	85	1	211	21	20	29	28	1.98
26528653--26528852	81	2.5	80	81	3	204	22	21	25	31	1.98
26528653--26528852	41	4.9	41	79	6	138	22	21	25	31	1.98
26529081--26529134	7	7.6	7	78	12	56	18	1	29	50	1.58
26529086--26529134	14	3.4	14	86	13	64	16	2	32	48	1.57
26529349--26529399	21	2.7	17	82	17	57	15	13	15	54	1.71
26529349--26529399	18	2.6	21	87	9	72	15	13	15	54	1.71

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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