genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.50.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56598092

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   

This is table  50  of  185  ( 22116 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14122122--14122163	16	2.7	15	85	7	57	57	2	2	38	1.25
14122200--14122282	38	2.2	39	95	2	150	38	2	3	55	1.30
14122316--14122437	60	2.0	60	85	3	165	54	14	0	30	1.47
14122478--14122712	22	9.8	24	78	17	226	54	13	0	31	1.45
14122482--14122703	49	4.5	49	90	4	349	53	13	0	32	1.45
14122493--14122740	49	5.4	44	76	16	170	54	13	0	30	1.45
14122751--14122837	22	4.2	21	79	11	90	57	11	2	28	1.46
14122589--14122838	83	3.0	81	71	17	197	55	12	1	31	1.45
14122994--14123081	11	7.2	11	77	9	50	0	27	1	71	0.93
14123014--14123057	3	15.3	3	81	9	56	0	34	2	63	1.07
14123010--14123064	14	4.1	14	82	13	71	0	32	1	65	1.03
14123010--14123071	20	3.6	17	80	19	67	0	33	1	64	1.03
14124210--14124276	31	2.2	30	89	2	98	58	4	4	32	1.38
14128198--14128291	17	5.5	17	66	22	54	42	3	5	48	1.41
14129787--14129819	17	2.0	16	94	5	57	51	6	0	42	1.26
14141351--14141479	29	4.5	29	78	1	125	23	15	20	41	1.90
14141661--14141700	5	8.0	5	91	0	62	40	0	25	35	1.56
14145583--14145649	31	2.2	31	97	0	125	32	2	17	46	1.64
14147655--14147711	23	2.3	23	82	8	60	50	1	5	42	1.35
14148322--14148379	22	2.6	22	81	7	64	41	17	5	36	1.72
14149163--14149449	100	2.9	99	93	2	466	27	23	20	28	1.99
14149185--14149454	50	5.4	50	72	1	236	27	24	19	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14149604--14149804	44	4.8	44	78	15	151	30	25	16	27	1.97
14149671--14149735	34	1.9	34	90	0	103	30	24	21	23	1.99
14149705--14149825	44	2.8	44	88	2	181	31	28	15	24	1.96
14151674--14151728	23	2.3	23	81	9	58	50	1	5	41	1.36
14162712--14162765	19	2.8	18	78	13	63	53	5	0	40	1.24
14165297--14165371	11	7.4	11	74	21	58	37	2	0	60	1.11
14165328--14165386	21	2.9	20	75	9	66	40	1	0	57	1.09
14165354--14165393	21	1.9	21	89	0	62	37	2	0	60	1.11
14165353--14165407	21	2.5	20	80	13	56	38	1	3	56	1.28
14166858--14167169	30	10.4	30	75	12	205	37	13	25	24	1.91
14166858--14167169	89	3.5	89	78	9	278	37	13	25	24	1.91
14166857--14167169	119	2.6	119	86	3	414	37	13	24	24	1.91
14169137--14169178	19	2.2	19	80	12	50	57	2	0	40	1.12
14169138--14169178	20	2.1	19	86	4	55	58	2	0	39	1.11
14172644--14172737	41	2.3	41	98	0	179	30	20	25	23	1.98
14173633--14173684	26	1.9	28	85	14	74	73	15	11	0	1.11
14177474--14177509	18	1.9	19	94	5	65	36	19	0	44	1.51
14182084--14182201	42	2.8	43	83	3	150	28	17	23	29	1.97
14182045--14182201	43	3.7	42	79	10	167	27	18	24	29	1.98
14185145--14185236	41	2.2	41	90	5	141	33	4	16	45	1.67
14189625--14189669	23	2.0	23	90	0	72	57	4	6	31	1.44
14189718--14190017	24	12.8	24	69	14	153	54	4	5	35	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14189749--14190008	69	3.7	69	76	10	181	54	5	5	35	1.45
14190792--14190867	19	3.7	21	76	16	61	36	15	7	39	1.77
14190795--14190839	22	2.0	22	86	4	63	33	17	6	42	1.76
14190818--14190871	19	2.8	20	88	8	85	35	14	9	40	1.78
14191263--14191345	42	2.0	42	82	15	102	38	10	14	36	1.81
14200941--14201025	13	6.4	13	72	10	55	43	2	18	35	1.63
14200941--14201026	40	2.2	40	82	4	111	44	2	18	34	1.63
14200948--14201009	27	2.3	26	83	8	72	40	3	19	37	1.68
14201913--14201969	30	1.9	30	88	0	87	17	26	26	29	1.97
14203433--14203484	23	2.3	23	82	0	68	34	11	15	38	1.83
14211875--14211963	44	2.0	44	97	0	169	37	21	14	26	1.92
14217849--14217906	29	2.0	30	83	10	75	46	3	0	50	1.18
14228557--14228629	36	1.9	39	83	8	98	39	21	0	38	1.54
14241593--14241770	27	6.6	27	82	5	180	29	28	15	26	1.96
14241614--14241769	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
14249818--14249995	27	6.6	27	82	5	180	29	28	15	26	1.96
14249839--14249994	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
14251492--14251537	24	2.0	24	83	12	60	13	17	0	69	1.19
14258149--14258264	57	2.0	57	98	0	223	41	13	17	27	1.87
14274514--14274545	12	2.5	13	95	5	57	68	0	0	31	0.90
14276485--14276527	21	2.2	20	88	12	63	41	4	2	51	1.35
14292620--14292660	14	2.8	15	82	14	50	73	7	4	14	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14301640--14301676	19	1.9	19	88	0	56	5	13	8	72	1.24
14319698--14319806	37	3.0	37	93	2	177	24	22	16	36	1.94
14319770--14320038	46	5.6	46	85	10	367	27	22	14	34	1.94
14319813--14320032	52	4.3	52	86	8	326	27	22	14	35	1.93
14319770--14320038	98	2.7	98	95	0	466	27	22	14	34	1.94
14323162--14323365	49	4.0	50	83	10	241	32	29	13	24	1.94
14323246--14323364	58	2.0	59	98	1	231	31	31	13	23	1.93
14323255--14323345	28	3.2	28	66	22	80	27	31	15	25	1.95
14324616--14324724	37	3.0	37	93	2	177	24	22	16	36	1.94
14324688--14324956	46	5.6	46	85	10	367	27	22	14	34	1.94
14324731--14324950	52	4.3	52	86	8	326	27	22	14	35	1.93
14324688--14324956	98	2.7	98	95	0	466	27	22	14	34	1.94
14330900--14330952	8	6.4	8	75	16	54	66	3	0	30	1.10
14330882--14330952	34	2.1	34	94	0	124	61	5	1	30	1.27
14331241--14331294	27	2.0	27	100	0	108	33	7	14	44	1.73
14335711--14335784	22	3.3	22	71	17	71	47	12	18	21	1.81
14335687--14335785	45	2.2	45	87	3	137	48	12	18	21	1.80
14335908--14335971	18	3.4	18	74	16	58	32	3	4	59	1.34
14337371--14337402	16	2.1	16	94	5	57	25	6	15	53	1.65
14347404--14347563	25	6.5	24	82	8	92	31	23	21	23	1.99
14347437--14347556	25	4.8	25	84	3	136	32	22	22	22	1.98
14347423--14347552	50	2.6	50	82	1	145	31	22	22	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14355960--14356079	25	4.8	25	83	3	100	24	25	22	27	2.00
14361915--14361992	25	3.2	24	81	13	95	20	20	20	38	1.94
14361925--14362030	50	2.1	50	80	3	115	26	21	21	30	1.99
14363131--14363160	16	1.9	16	93	6	53	30	0	20	50	1.49
14381038--14381062	11	2.3	11	100	0	50	88	0	12	0	0.53
14386230--14386270	20	2.0	20	86	9	57	58	4	4	31	1.40
14398173--14398211	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
14398437--14398534	23	4.3	23	89	2	153	21	20	25	32	1.97
14398442--14398527	45	1.9	45	95	0	154	18	20	26	33	1.96
14420648--14420945	29	10.2	28	78	8	258	25	25	12	36	1.90
14420649--14420945	58	5.1	57	77	6	290	25	25	12	37	1.90
14420680--14420945	117	2.3	116	80	6	313	25	25	12	37	1.90
14423361--14423537	50	3.7	50	81	14	248	24	20	32	22	1.98
14423445--14423526	40	2.0	40	95	0	146	25	20	29	24	1.99
14423522--14423549	14	2.0	14	100	0	56	14	21	42	21	1.88
14433392--14433425	14	2.4	14	100	0	68	23	20	35	20	1.96
14436321--14436446	63	2.0	63	95	0	225	41	11	25	21	1.87
14442664--14442703	21	1.9	21	89	0	62	35	12	30	22	1.91
14445301--14445703	68	6.0	68	80	2	409	29	21	14	34	1.93
14445301--14445664	135	2.7	135	81	3	392	29	21	14	34	1.93
14445303--14445695	203	1.9	203	84	3	522	29	21	14	34	1.93
14459048--14459090	21	2.0	21	86	8	61	39	13	4	41	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14462122--14462199	27	3.0	27	74	12	74	60	10	11	17	1.58
14462859--14462918	30	2.0	29	84	9	77	30	0	26	43	1.55
14463323--14463352	15	2.0	15	93	0	51	20	23	40	16	1.91
14463415--14463448	16	2.1	16	94	0	59	20	20	38	20	1.94
14463317--14463521	96	2.1	98	89	4	317	23	23	24	28	2.00
14468242--14468336	49	2.0	47	91	4	154	10	51	2	35	1.48
14471646--14471688	3	14.0	3	95	4	77	65	0	2	32	1.06
14475985--14476044	31	2.0	30	81	12	70	51	21	5	21	1.66
14476158--14476190	3	11.0	3	100	0	66	0	33	0	66	0.92
14476743--14476781	19	2.1	19	85	9	53	69	2	17	10	1.28

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185