genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.40.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56598092

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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This is table  40  of  185  ( 22116 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11262307--11262336	3	10.3	3	92	7	53	66	0	0	33	0.92
11264122--11264219	50	2.0	50	89	0	151	34	27	13	24	1.93
11264123--11264232	50	2.2	50	86	0	148	34	24	15	25	1.95
11264212--11264432	94	2.4	94	78	6	227	31	18	18	31	1.95
11275727--11275770	20	2.2	20	84	8	54	70	4	4	20	1.23
11278128--11278296	42	4.0	42	85	0	203	15	23	18	42	1.88
11278153--11278221	21	3.3	21	70	0	75	14	23	18	43	1.87
11278153--11278233	21	3.9	21	71	0	72	13	20	19	45	1.84
11287043--11287497	158	2.9	154	74	14	453	31	10	7	49	1.66
11287827--11288005	4	44.5	4	71	24	53	1	28	0	69	0.99
11287825--11287912	32	2.6	35	81	13	105	2	29	1	67	1.10
11287831--11288012	10	18.7	10	69	17	84	1	28	0	69	0.99
11287893--11288024	14	9.0	14	68	17	72	0	29	0	70	0.88
11287882--11288007	24	5.2	26	69	21	78	0	29	0	69	0.94
11287857--11287964	46	2.3	47	92	4	184	0	25	0	72	0.97
11287897--11288012	38	3.1	38	85	7	141	0	28	0	71	0.86
11287894--11287954	27	2.2	28	74	8	54	0	26	0	73	0.83
11298994--11299040	2	23.5	2	95	0	85	53	0	46	0	1.00
11303774--11303836	31	2.0	31	84	6	83	50	1	3	44	1.27
11312084--11312197	9	12.7	9	72	18	51	56	2	2	38	1.27
11312113--11312196	9	9.4	9	78	18	54	58	2	1	38	1.19
11312703--11312937	9	24.6	9	69	13	105	33	3	2	60	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11312837--11312889	11	5.2	11	84	13	69	24	1	0	73	0.93
11312828--11312889	20	3.1	20	77	13	65	24	3	0	72	0.99
11312823--11312891	29	2.4	29	90	0	102	27	2	0	69	1.02
11312837--11312949	20	5.7	20	76	13	83	26	4	2	66	1.24
11313711--11313747	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
11314273--11314301	9	3.2	9	100	0	58	31	0	0	68	0.89
11314920--11314959	20	2.0	20	85	9	55	55	25	17	2	1.55
11318380--11318423	19	2.3	20	84	7	56	27	22	11	38	1.88
11321860--11321898	18	2.3	18	86	8	55	76	0	15	7	0.99
11323182--11323459	83	3.3	82	70	14	269	31	19	20	28	1.97
11323157--11323677	44	12.1	43	70	13	294	31	19	21	27	1.97
11323183--11323556	170	2.2	170	96	0	678	31	19	20	28	1.97
11323528--11323689	87	1.9	87	84	2	218	30	20	23	25	1.99
11323352--11323793	218	2.0	213	79	7	464	31	19	22	26	1.98
11323874--11324146	86	3.2	86	86	3	361	31	22	23	23	1.99
11324291--11324396	44	2.4	44	77	10	119	29	25	24	20	1.99
11324931--11324970	20	2.0	20	85	9	55	55	25	17	2	1.55
11327602--11327702	35	2.9	35	89	0	148	28	13	12	44	1.81
11333123--11333168	23	2.0	23	100	0	92	21	4	4	69	1.24
11337665--11337710	24	1.9	24	86	8	67	28	8	21	41	1.83
11346326--11346431	6	18.2	6	93	5	137	33	0	10	55	1.34
11349632--11349727	35	2.7	35	76	13	90	29	22	16	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11350719--11350824	41	2.5	41	84	6	133	34	17	19	27	1.95
11350648--11350884	42	5.7	42	79	3	172	39	17	17	25	1.91
11350857--11350908	26	2.0	26	92	0	86	36	21	23	19	1.95
11350883--11351085	42	4.8	42	77	11	157	38	16	19	25	1.92
11350786--11350994	110	1.9	110	82	5	262	36	16	21	25	1.94
11350737--11351036	152	2.0	151	82	4	372	36	17	20	26	1.94
11350883--11351090	84	2.5	85	78	7	210	38	16	19	25	1.92
11352996--11353046	13	3.7	13	86	7	57	37	1	25	35	1.67
11354125--11354213	31	2.9	31	69	21	80	49	0	3	47	1.18
11362396--11362563	79	2.1	81	92	2	286	39	11	11	36	1.79
11365486--11365667	92	2.0	92	98	0	355	37	18	19	24	1.93
11366032--11366126	3	31.7	3	73	8	68	31	6	2	60	1.34
11366229--11366270	20	2.1	20	82	8	50	38	4	0	57	1.20
11366215--11366260	16	3.0	16	82	17	62	39	2	0	58	1.10
11366215--11366270	16	3.2	17	78	12	60	39	3	0	57	1.16
11366589--11367121	108	5.0	108	90	3	781	28	17	20	33	1.95
11378787--11379036	45	5.3	45	76	13	263	32	21	21	25	1.98
11378735--11379102	95	3.9	95	90	1	540	30	20	22	26	1.98
11380522--11380622	3	33.7	3	75	7	80	31	5	1	60	1.32
11380697--11380754	14	4.1	14	77	18	57	36	5	1	56	1.32
11381084--11381401	108	3.0	108	86	3	437	28	18	20	32	1.96
11400496--11400536	2	20.5	2	100	0	82	48	0	51	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11400967--11400992	7	3.7	7	100	0	52	46	0	42	11	1.40
11401503--11401537	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
11401391--11401706	157	2.0	156	94	1	553	43	3	5	47	1.43
11401640--11401681	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
11401649--11401690	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
11401759--11401810	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
11401880--11401927	15	3.1	15	82	8	53	52	2	0	45	1.12
11401879--11401921	15	2.8	16	79	10	54	53	2	0	44	1.13
11401643--11402056	120	3.4	120	93	4	681	49	5	2	41	1.41
11402021--11402058	18	2.2	17	86	9	51	55	0	2	42	1.14
11402075--11402282	91	2.3	91	87	4	276	47	3	3	45	1.39
11404424--11404473	26	1.9	26	84	8	66	46	0	0	54	1.00
11407372--11407396	13	1.9	13	100	0	50	68	8	24	0	1.16
11407423--11407448	13	2.0	13	100	0	52	61	7	30	0	1.24
11421097--11421131	4	9.0	4	93	6	63	74	0	0	25	0.82
11421434--11421498	32	2.1	32	94	2	114	49	10	9	30	1.69
11426401--11426520	45	2.8	45	88	7	185	10	15	11	62	1.54
11426407--11426520	41	2.6	44	89	8	180	9	14	12	64	1.51
11428219--11428263	23	2.0	23	100	0	90	33	26	22	17	1.96
11428351--11428379	8	3.6	8	100	0	58	34	27	13	24	1.93
11435551--11435620	23	3.0	24	91	4	117	32	25	20	21	1.97
11435708--11435736	8	3.6	8	100	0	58	34	27	13	24	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11436951--11437010	32	1.9	32	93	3	104	48	13	5	33	1.64
11442183--11442239	19	2.9	19	75	15	62	57	3	1	36	1.26
11443539--11443604	7	9.7	7	98	1	118	84	0	0	15	0.61
11454548--11454664	45	2.6	45	86	1	155	44	10	19	25	1.82
11459312--11460324	505	2.0	505	99	0	2017	35	8	18	37	1.82
11460941--11461141	101	2.0	101	87	1	287	32	16	22	28	1.95
11460966--11461153	33	5.6	33	76	8	139	32	16	22	28	1.95
11460949--11461257	101	3.1	100	80	4	266	32	16	23	28	1.96
11460966--11461254	134	2.2	134	89	1	445	31	16	23	28	1.96
11460958--11461254	33	8.9	34	72	8	128	31	16	22	28	1.96
11460966--11461290	134	2.4	134	85	3	368	31	17	24	26	1.97
11467557--11467590	16	2.1	17	88	5	52	44	0	2	52	1.16
11470050--11470165	40	2.9	41	75	5	112	33	21	26	18	1.96
11470223--11470501	41	6.8	41	77	7	244	16	23	23	35	1.95
11470223--11470461	123	1.9	123	80	5	277	16	23	23	35	1.95
11470956--11470987	16	1.9	17	93	6	57	37	0	21	40	1.54
11472616--11472685	35	2.0	36	86	8	99	55	7	0	37	1.27
11475538--11476135	31	19.8	31	80	10	686	47	11	2	38	1.53
11475572--11475625	22	2.3	22	87	9	72	46	11	1	40	1.50
11475587--11475750	22	7.1	22	67	23	88	47	11	1	39	1.48
11475538--11476135	62	9.9	62	86	6	779	47	11	2	38	1.53
11475538--11476135	118	5.0	121	86	7	749	47	11	2	38	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11476011--11476055	22	2.0	22	95	0	81	46	11	0	42	1.39
11476138--11476240	9	12.3	9	70	19	71	44	16	0	38	1.48
11476095--11476170	34	2.2	33	81	9	82	42	13	2	42	1.57
11476150--11476235	34	2.6	34	83	3	104	46	13	0	39	1.44
11476208--11476240	16	2.1	16	94	0	57	51	18	0	30	1.46
11475539--11476252	305	2.3	303	80	9	908	46	11	2	39	1.54
11481658--11481812	66	2.4	65	85	4	204	40	18	27	14	1.89
11481801--11481841	21	2.0	21	85	0	55	39	17	39	4	1.71
11481822--11481910	42	2.1	42	85	0	115	35	16	42	4	1.69
11481832--11481910	21	3.8	21	93	0	122	37	15	41	5	1.69

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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