genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.48.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56598092

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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This is table  48  of  185  ( 22116 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13553542--13553862	123	2.6	123	81	2	358	21	20	27	31	1.98
13554227--13554253	14	1.9	14	100	0	54	25	0	37	37	1.57
13554230--13554356	35	3.7	33	75	14	96	24	2	37	35	1.69
13554515--13554567	21	2.5	21	79	11	63	22	0	39	37	1.54
13554585--13554613	8	3.8	8	90	9	51	24	0	37	37	1.56
13555031--13555181	40	3.8	40	90	3	223	30	22	21	25	1.99
13555031--13555181	81	1.9	80	87	4	223	30	22	21	25	1.99
13557283--13557356	23	3.2	23	64	11	60	31	16	6	45	1.73
13558375--13558511	42	3.3	42	80	7	145	24	13	27	35	1.93
13560439--13560492	23	2.4	23	82	14	60	46	11	3	38	1.57
13566294--13566344	20	2.5	20	100	0	102	31	3	31	33	1.76
13569716--13569776	29	2.1	29	85	8	81	27	13	13	45	1.80
13578086--13578111	13	2.0	13	100	0	52	76	7	0	15	0.99
13581824--13581861	3	12.3	3	88	5	58	65	2	31	0	1.06
13582359--13582728	125	3.0	125	90	3	575	29	15	21	32	1.95
13587378--13587402	7	3.6	7	100	0	50	60	12	0	28	1.32
13587573--13587610	20	1.9	20	84	10	51	55	7	2	34	1.43
13588615--13588648	11	3.2	11	95	4	61	44	0	32	23	1.54
13594103--13594168	28	2.4	28	94	0	114	33	18	27	21	1.96
13603902--13603949	24	2.0	24	91	0	78	31	22	14	31	1.94
13606125--13606176	9	5.8	9	95	0	86	23	9	28	38	1.86
13606238--13606296	28	2.1	28	83	0	73	44	8	16	30	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13606335--13606359	12	2.1	12	100	0	50	16	24	36	24	1.94
13607398--13607474	13	5.9	13	76	0	64	31	7	23	37	1.83
13607398--13607469	26	2.8	25	75	8	72	26	8	25	40	1.83
13607944--13608038	15	6.5	15	81	13	126	37	0	9	52	1.34
13607949--13608029	29	2.8	29	100	0	162	38	0	9	51	1.35
13607964--13608014	14	3.6	14	80	15	68	37	0	11	50	1.39
13607944--13608038	44	2.2	44	85	11	124	37	0	9	52	1.34
13609319--13609387	35	2.0	35	85	5	95	43	11	8	36	1.72
13615301--13615331	9	3.6	9	91	8	55	35	9	22	32	1.87
13617148--13617182	18	1.9	18	88	0	52	57	5	0	37	1.23
13617176--13617216	13	3.2	13	78	0	55	46	0	0	53	1.00
13619395--13619498	49	2.1	49	90	0	163	31	9	9	49	1.68
13620979--13621013	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
13620979--13621032	15	3.4	16	80	19	53	46	0	0	53	1.00
13621098--13621132	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
13621098--13621151	15	3.4	16	80	19	53	46	0	0	53	1.00
13620881--13621333	239	1.9	241	97	0	856	43	1	4	50	1.29
13620881--13621333	120	3.8	120	97	0	854	43	1	4	50	1.29
13621218--13621252	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
13621218--13621271	15	3.4	16	80	19	53	46	0	0	53	1.00
13621321--13621346	7	3.7	7	100	0	52	46	0	0	53	1.00
13622760--13622814	27	2.0	27	96	0	101	34	21	12	30	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13625529--13625593	23	2.8	23	83	4	69	33	6	9	50	1.59
13630593--13630627	15	2.3	15	95	0	61	25	22	5	45	1.74
13631675--13631707	15	2.2	16	89	10	52	81	0	6	12	0.85
13631665--13631711	16	2.9	17	81	9	53	78	2	4	14	0.99
13631681--13631714	15	2.3	15	89	0	50	85	0	2	11	0.71
13633474--13634089	44	14.1	45	69	14	288	27	22	19	30	1.98
13633491--13633913	129	3.2	128	84	3	472	27	21	19	30	1.98
13633762--13634182	217	1.9	217	92	0	700	28	22	20	28	1.99
13645840--13645882	19	2.3	19	84	8	52	53	6	9	30	1.59
13654440--13654810	67	5.5	67	80	5	408	37	19	19	23	1.94
13654441--13654810	135	2.7	134	84	5	444	37	19	19	23	1.94
13657317--13657669	180	2.0	180	90	0	553	36	15	16	31	1.90
13664076--13664100	12	2.1	12	100	0	50	16	12	8	64	1.49
13670366--13670516	79	1.9	76	84	6	196	47	15	3	33	1.64
13676266--13676385	61	2.0	62	83	5	154	38	15	7	39	1.75
13680962--13681007	17	2.8	18	84	15	64	28	36	30	4	1.76
13683361--13683396	18	1.9	19	88	5	56	16	0	5	77	0.94
13683782--13683812	16	2.0	16	93	6	55	80	0	0	19	0.71
13683782--13683812	5	6.0	5	92	7	53	80	0	0	19	0.71
13687986--13688011	13	2.0	13	100	0	52	53	0	0	46	1.00
13689047--13689098	21	2.5	21	100	0	104	36	9	9	44	1.70
13703484--13703526	22	2.0	22	85	0	59	65	2	2	30	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13704789--13704822	6	5.7	6	100	0	68	14	0	50	35	1.44
13709437--13709481	13	3.4	13	85	14	65	17	13	15	53	1.73
13709441--13709492	6	8.3	6	76	23	54	17	15	15	51	1.76
13710206--13710245	15	2.5	17	84	15	59	62	0	0	37	0.95
13710206--13710246	16	2.7	14	88	11	55	60	0	0	39	0.96
13711292--13711335	19	2.3	18	88	7	61	75	4	9	11	1.19
13717231--13717279	18	2.7	18	75	6	55	38	4	40	16	1.67
13724045--13724083	20	2.0	19	85	5	51	20	5	35	38	1.75
13734227--13734279	27	2.0	27	85	7	74	41	9	15	33	1.79
13734241--13734304	27	2.4	27	84	5	76	34	14	18	32	1.91
13737974--13738322	38	8.9	38	84	2	245	15	21	28	34	1.94
13737991--13738338	41	8.8	41	83	4	231	16	20	28	34	1.95
13738033--13738337	82	3.8	81	79	6	261	17	20	27	34	1.95
13745104--13745151	24	2.0	24	91	0	78	31	22	25	20	1.98
13745429--13745490	25	2.5	25	82	7	81	29	16	20	33	1.94
13751832--13751905	25	3.0	25	89	0	121	25	24	24	25	2.00
13755879--13755925	24	1.9	24	86	4	67	36	0	38	25	1.56
13756982--13757261	54	5.2	54	84	6	320	43	20	15	20	1.87
13756982--13757263	27	10.4	27	83	4	281	43	20	15	20	1.87
13756981--13757263	81	3.5	81	84	5	358	43	20	15	20	1.87
13762605--13762853	27	9.2	27	79	7	256	44	17	17	20	1.87
13762605--13762853	54	4.6	54	84	5	290	44	17	17	20	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13762605--13762854	81	3.1	81	82	5	290	44	18	17	20	1.87
13778672--13778793	9	12.7	9	71	12	66	63	0	3	32	1.17
13778672--13778734	19	3.4	19	74	10	58	65	1	3	30	1.18
13778691--13778770	29	2.8	28	84	7	97	61	0	2	36	1.10
13778762--13778823	10	6.6	9	75	15	54	64	0	6	29	1.18
13778767--13778824	18	3.2	17	79	13	53	62	0	6	31	1.22
13778786--13778832	20	2.4	20	75	10	53	57	0	8	34	1.29
13779061--13779097	19	1.9	19	88	0	56	21	5	2	70	1.20
13779091--13779123	9	3.6	9	95	4	57	30	9	0	60	1.27
13779090--13779131	10	4.3	10	87	9	52	28	9	2	59	1.41
13779154--13779191	19	2.0	20	89	5	60	42	0	0	57	0.98
13779348--13779565	88	2.5	88	76	6	233	33	8	18	38	1.81
13779646--13779697	19	2.7	19	75	16	54	32	3	3	59	1.33
13780134--13780303	58	2.9	59	79	9	188	42	14	17	25	1.87
13781753--13781827	29	2.6	29	93	0	123	26	12	18	42	1.85
13785636--13785666	12	2.5	12	94	5	53	70	3	12	12	1.27
13790141--13790166	13	2.0	13	100	0	52	46	7	0	46	1.31
13801705--13801739	17	2.0	18	88	5	54	11	42	31	14	1.81
13808539--13808594	27	2.1	28	83	12	73	28	3	10	57	1.49
13814021--13814118	28	3.6	27	91	4	153	30	26	21	21	1.98
13814488--13814850	27	13.4	27	80	4	304	21	18	19	41	1.91
13814518--13814850	54	6.2	53	81	4	337	21	18	19	41	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13814518--13814850	81	4.1	81	82	3	364	21	18	19	41	1.90
13817312--13817398	28	3.1	28	90	6	140	32	24	21	21	1.98
13817503--13817551	26	1.9	25	91	0	71	36	22	20	20	1.95
13817791--13818117	134	2.4	134	83	6	394	19	17	22	40	1.91
13817810--13818117	107	2.9	107	85	2	404	18	17	22	41	1.90
13817791--13818117	27	12.2	26	80	3	323	19	17	22	40	1.91
13825439--13825489	26	2.0	26	100	0	102	39	23	19	17	1.92
13825440--13825496	26	2.2	26	93	3	96	42	21	17	19	1.90
13826499--13826526	13	2.2	13	100	0	56	21	14	0	64	1.29
13834902--13834943	18	2.3	18	91	0	66	23	9	26	40	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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