genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.27.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56598092

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  27  of  185  ( 22116 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7455794--7455849	13	4.5	13	78	13	73	50	14	0	35	1.43
7456429--7456453	13	1.9	13	100	0	50	8	0	4	88	0.64
7466984--7467163	89	2.0	89	85	2	245	35	17	10	36	1.84
7467386--7467434	19	2.4	21	86	6	75	59	0	2	38	1.09
7467398--7467441	19	2.2	20	84	4	54	61	2	2	34	1.21
7467653--7467721	19	3.7	19	77	9	70	39	0	1	59	1.06
7467671--7467753	10	8.4	10	81	6	71	34	2	1	61	1.17
7467670--7467742	29	2.5	29	84	6	85	36	1	1	60	1.14
7467764--7467822	30	2.0	30	87	9	86	42	1	0	55	1.09
7471353--7471388	2	18.0	2	100	0	72	50	0	50	0	1.00
7480129--7480270	72	2.0	72	98	0	275	42	11	18	28	1.84
7480964--7481004	21	2.0	21	90	4	66	41	4	14	39	1.67
7484207--7484244	19	2.1	18	90	5	58	65	2	5	26	1.27
7486588--7487006	44	9.1	44	67	16	143	31	20	19	28	1.97
7486595--7486778	94	2.0	94	84	0	242	33	19	18	28	1.95
7486728--7486966	94	2.5	94	80	9	272	31	21	18	28	1.97
7486820--7487136	138	2.3	138	85	2	395	29	19	21	29	1.98
7486503--7487186	232	2.9	229	72	11	577	31	19	20	28	1.97
7486827--7487180	138	2.6	138	81	1	334	29	18	20	30	1.97
7487121--7487232	50	2.2	50	85	4	163	31	14	21	33	1.93
7487121--7487250	50	2.6	50	78	7	122	33	14	21	30	1.93
7488684--7488724	16	2.5	17	76	11	50	31	9	2	56	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7499105--7499139	18	1.9	18	94	0	61	65	14	5	14	1.44
7502182--7502216	14	2.3	16	90	9	56	68	5	2	22	1.24
7502359--7502446	30	3.1	27	77	18	81	59	5	1	34	1.29
7502342--7502419	28	2.7	27	82	9	84	57	5	2	34	1.34
7502740--7502827	3	30.0	3	86	8	119	67	1	1	30	1.06
7503099--7503196	21	4.7	21	86	8	112	41	14	8	35	1.75
7505753--7505798	22	2.1	22	100	0	92	39	4	13	43	1.63
7510536--7510594	29	2.0	29	90	0	91	20	8	35	35	1.83
7515280--7515325	9	5.2	9	77	15	51	23	28	2	45	1.65
7521919--7522025	49	2.2	49	81	3	126	25	14	30	29	1.94
7522567--7522673	49	2.2	49	85	6	137	30	28	15	24	1.96
7522578--7522693	49	2.4	48	82	8	128	31	28	14	25	1.95
7529368--7529435	33	2.1	33	100	0	136	22	26	5	45	1.75
7532548--7532572	13	1.9	13	100	0	50	8	0	24	68	1.16
7534322--7534467	41	3.6	40	77	12	120	27	20	24	27	1.99
7535142--7535176	17	2.1	17	89	10	54	40	0	0	60	0.97
7541276--7541304	14	2.1	14	100	0	58	44	6	13	34	1.71
7568853--7568973	60	2.0	60	96	0	224	25	19	14	41	1.88
7578655--7578695	13	3.0	13	89	7	55	19	2	7	70	1.22
7579868--7579904	15	2.5	15	90	0	56	29	13	5	51	1.63
7581098--7581172	37	2.0	37	85	10	100	42	0	0	57	0.98
7581096--7581182	21	4.4	19	76	17	81	44	0	0	55	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7581234--7581342	13	9.2	13	70	21	51	37	0	2	58	1.19
7581257--7581300	19	2.2	21	92	8	74	38	0	0	61	0.96
7581280--7581334	28	2.0	28	89	6	87	29	0	1	69	0.99
7581280--7581334	13	4.1	14	80	17	64	29	0	1	69	0.99
7581280--7581343	25	2.5	25	80	9	76	32	0	3	64	1.10
7589522--7589582	10	6.4	10	74	9	56	65	0	3	31	1.09
7589522--7589683	19	8.3	19	64	18	66	61	0	6	30	1.26
7589519--7589574	9	6.2	9	76	13	53	64	0	3	32	1.11
7589854--7589945	37	2.4	38	80	10	107	32	2	5	59	1.32
7592927--7592951	12	2.1	12	100	0	50	24	36	24	16	1.94
7593108--7593194	9	9.3	9	73	12	50	42	27	9	20	1.82
7593153--7593195	11	4.2	11	82	14	56	48	25	6	18	1.73
7593107--7593191	20	4.5	19	77	16	88	41	28	9	21	1.84
7594176--7594247	25	2.7	27	75	10	78	62	1	0	36	1.04
7595456--7595515	26	2.3	26	97	0	111	26	11	16	45	1.82
7600955--7601040	23	3.8	23	76	10	79	20	25	19	33	1.97
7601963--7601987	13	1.9	13	100	0	50	48	0	16	36	1.46
7604811--7604904	41	2.3	41	81	0	107	36	26	20	17	1.94
7605158--7605292	42	3.0	42	78	15	139	34	2	0	62	1.07
7605187--7605212	11	2.4	11	100	0	52	38	7	0	53	1.30
7605198--7605244	16	3.0	16	78	9	53	36	2	0	61	1.08
7605179--7605308	40	3.2	39	82	10	129	38	2	0	59	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7605279--7605328	13	4.3	13	76	23	58	46	0	0	54	1.00
7605229--7605328	22	4.7	23	75	15	92	42	1	0	57	1.05
7605217--7605328	22	5.4	22	69	19	80	41	0	0	57	1.05
7607895--7607950	23	2.5	22	75	18	60	46	10	1	41	1.49
7607955--7607984	15	2.0	15	93	0	51	33	6	23	36	1.81
7611534--7611573	14	2.9	14	84	0	53	42	17	7	32	1.77
7622982--7623013	15	2.1	15	100	0	64	37	12	0	50	1.41
7623102--7623163	30	2.1	30	96	0	115	43	3	27	25	1.70
7624299--7624371	28	2.8	26	76	10	76	42	2	1	53	1.23
7630797--7630860	20	3.3	20	70	12	62	43	18	6	31	1.75
7630817--7630877	17	3.4	17	70	12	59	50	16	3	29	1.61
7630770--7630877	37	2.9	37	95	1	189	49	15	4	30	1.65
7632012--7632056	21	2.2	20	84	11	56	6	13	0	80	0.91
7637648--7637678	13	2.4	13	100	0	62	64	22	0	12	1.27
7640775--7640804	3	10.0	3	100	0	60	66	0	33	0	0.92
7647991--7648015	2	12.5	2	100	0	50	0	48	0	52	1.00
7654631--7654665	17	2.1	17	89	10	54	60	0	0	40	0.97
7666019--7666044	8	3.2	8	100	0	52	26	0	23	50	1.50
7666584--7666627	22	2.0	22	86	0	61	56	13	13	15	1.67
7671397--7671487	41	2.2	41	86	2	119	29	17	27	25	1.97
7681971--7682028	30	1.9	30	86	6	82	25	5	15	53	1.63
7692624--7692678	28	2.0	28	96	0	101	25	10	12	50	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7697246--7697276	15	2.1	14	94	5	53	22	12	19	45	1.84
7697613--7697655	21	2.0	21	90	0	68	32	0	6	60	1.23
7703733--7703762	14	2.1	14	100	0	60	36	6	23	33	1.81
7712292--7712331	14	2.9	14	84	0	62	42	0	7	50	1.30
7723585--7723677	48	1.9	48	86	0	132	39	18	5	36	1.73
7725609--7725647	19	2.1	19	100	0	78	35	15	0	48	1.45
7728202--7728261	27	2.3	25	88	5	84	41	10	16	31	1.81
7729866--7729962	35	2.5	39	76	17	96	40	0	3	56	1.15
7734158--7734209	26	2.0	26	88	0	77	25	19	21	34	1.96
7743697--7743768	27	2.6	29	82	6	78	36	2	11	50	1.53
7747275--7747339	26	2.5	26	82	5	87	35	12	10	41	1.78
7747969--7748071	42	2.5	42	82	3	127	32	17	22	28	1.96
7749303--7749646	124	2.8	124	92	0	553	29	14	21	34	1.93
7752686--7752907	37	6.0	37	97	0	417	50	2	8	38	1.47
7754295--7754350	22	2.5	22	94	2	94	41	0	30	28	1.57
7754335--7754367	10	3.0	11	86	13	50	45	0	36	18	1.49
7756445--7756512	33	2.1	33	91	0	109	55	4	11	27	1.55
7757043--7757144	39	2.6	40	81	7	120	42	5	2	49	1.42
7757128--7757169	19	2.2	19	83	8	50	52	2	2	42	1.27
7757398--7757432	18	1.9	18	88	0	52	25	2	2	68	1.17
7774431--7774485	22	2.5	22	79	5	67	61	9	7	21	1.50
7777686--7777724	14	2.7	14	84	4	51	74	0	25	0	0.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7789149--7789229	39	2.1	39	100	0	162	37	18	9	34	1.84
7789299--7789392	41	2.3	41	92	0	143	27	24	20	27	1.99
7800327--7800382	13	4.2	14	76	19	57	75	7	5	12	1.18
7800326--7800412	14	6.3	14	70	17	56	78	5	5	10	1.09
7802629--7802796	88	1.9	88	80	4	196	29	26	24	20	1.99
7802774--7803033	44	5.9	44	87	0	376	28	18	26	26	1.98
7802787--7803061	132	2.1	132	84	1	345	29	17	26	26	1.97
7803108--7803573	50	9.4	50	68	5	271	34	20	19	25	1.96
7803160--7803632	50	9.5	50	69	7	262	34	21	20	24	1.97
7803100--7803644	100	5.5	100	91	0	833	33	21	20	24	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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