genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56598092

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  5  of  185  ( 22116 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1465329--1465373	19	2.4	19	81	7	56	68	6	2	22	1.24
1479116--1479145	5	6.0	5	100	0	60	60	0	0	40	0.97
1482406--1482438	5	6.6	5	100	0	66	18	42	0	39	1.50
1482724--1482814	45	2.0	44	85	6	121	31	3	27	37	1.73
1482959--1483000	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
1482968--1483009	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
1483077--1483128	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
1482962--1483190	119	1.9	119	100	0	458	49	6	1	41	1.40
1487029--1487123	4	24.2	4	95	4	176	50	24	0	25	1.49
1488425--1488474	17	2.9	17	93	0	91	22	22	8	48	1.76
1494217--1494311	48	2.0	48	100	0	190	33	17	27	21	1.96
1495401--1495425	3	8.3	3	100	0	50	36	0	0	64	0.94
1495613--1495707	31	3.2	31	62	17	83	33	5	7	53	1.51
1495593--1495714	58	2.1	58	98	0	235	30	4	9	54	1.54
1497190--1497214	6	4.2	6	100	0	50	32	0	32	36	1.58
1497686--1497745	31	1.9	31	89	0	93	38	15	6	40	1.73
1507093--1507146	8	6.4	8	79	8	54	40	0	0	59	0.98
1507098--1507143	5	9.2	5	77	17	51	41	0	0	58	0.98
1507090--1507146	30	2.0	28	89	6	87	43	0	0	56	0.99
1508377--1508517	39	3.6	38	94	1	228	19	21	21	37	1.94
1511290--1511365	25	3.3	23	74	15	61	71	3	22	2	1.16
1511983--1512072	41	2.3	37	81	11	101	26	15	24	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1514002--1514053	19	2.6	20	73	14	54	42	15	0	42	1.47
1515282--1515311	6	5.0	6	95	0	51	36	16	33	13	1.88
1524680--1524715	6	5.8	6	96	3	63	0	47	16	36	1.47
1527911--1527954	18	2.5	18	81	3	54	45	4	15	34	1.67
1540105--1540144	19	2.1	19	86	9	55	62	5	0	32	1.17
1541581--1541622	7	6.0	7	97	0	66	42	28	9	19	1.82
1553127--1553151	11	2.3	11	100	0	50	44	0	0	56	0.99
1553142--1553191	20	2.5	20	83	9	66	32	2	2	64	1.16
1553142--1553191	21	2.4	21	81	12	68	32	2	2	64	1.16
1553183--1553219	18	2.1	18	89	0	56	48	0	0	51	1.00
1553195--1553233	19	2.1	19	85	4	53	41	0	2	56	1.13
1556679--1556721	22	2.0	22	85	0	59	13	18	25	41	1.88
1556810--1557020	43	4.9	43	84	5	257	29	32	17	20	1.95
1556798--1556977	43	4.2	43	90	3	274	27	33	17	21	1.96
1561580--1561620	21	2.0	21	90	4	66	34	51	0	14	1.43
1562227--1562363	40	3.4	39	78	7	114	19	19	22	37	1.94
1570689--1570731	21	2.0	21	82	8	52	34	2	6	55	1.39
1571043--1571096	16	3.4	16	87	5	74	29	27	3	38	1.74
1572418--1572497	30	2.6	32	77	13	89	36	15	12	36	1.85
1575783--1575849	34	1.9	35	93	3	118	46	11	8	32	1.72
1576246--1576284	20	2.0	20	94	0	69	61	0	5	33	1.18
1582131--1582273	9	15.6	9	65	20	57	32	4	2	60	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1582181--1582221	16	2.5	16	88	4	55	31	0	0	68	0.90
1582195--1582249	19	2.8	20	81	8	60	27	1	3	67	1.17
1582207--1582273	19	3.4	18	83	8	62	29	4	2	62	1.29
1584442--1584524	34	2.4	34	80	4	87	55	1	7	36	1.35
1584722--1584770	15	3.1	16	82	8	55	59	0	6	34	1.22
1589940--1589977	14	2.8	14	84	4	51	23	2	5	68	1.23
1592794--1592833	18	2.2	18	90	0	62	45	0	2	52	1.14
1610314--1610383	34	2.1	34	100	0	140	31	12	20	35	1.90
1614675--1614708	13	2.6	13	90	0	50	79	0	2	17	0.86
1615008--1615092	12	6.8	12	81	7	89	58	2	8	30	1.40
1615008--1615098	3	30.3	3	76	8	78	60	2	7	29	1.36
1616941--1617139	44	4.5	43	77	5	166	26	21	21	30	1.99
1616929--1617139	87	2.4	87	81	5	219	26	22	21	30	1.99
1638413--1638441	12	2.3	13	94	5	51	55	3	0	41	1.17
1643698--1643723	11	2.4	11	100	0	52	53	0	7	38	1.30
1643840--1643864	13	1.9	13	100	0	50	24	16	12	48	1.79
1644512--1644569	30	1.9	31	93	6	102	18	43	0	37	1.51
1653186--1653229	19	2.2	20	92	4	72	63	0	9	27	1.24
1653197--1653239	10	4.4	10	82	5	52	60	0	6	32	1.23
1653487--1653538	19	2.8	19	82	8	54	25	1	3	69	1.16
1653515--1653562	20	2.5	20	82	3	62	33	0	2	64	1.05
1653718--1653925	87	2.4	87	84	5	249	34	10	18	37	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1657692--1657791	49	2.0	49	96	0	182	48	9	17	26	1.76
1660980--1661017	18	2.1	18	85	9	51	23	10	7	57	1.58
1662957--1662993	2	18.5	2	100	0	74	0	48	0	51	1.00
1662993--1663021	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
1664045--1664109	20	3.2	20	82	4	67	50	1	3	44	1.26
1664384--1664438	28	1.9	29	85	3	76	65	1	1	30	1.13
1664531--1664589	17	3.5	17	73	11	59	18	3	3	74	1.10
1666304--1666352	25	2.0	25	83	0	62	34	26	20	18	1.95
1666319--1666383	24	2.7	24	74	11	60	32	23	27	16	1.96
1670052--1670107	26	2.1	28	83	6	71	58	5	7	28	1.46
1671624--1671673	17	3.0	17	80	8	50	64	0	0	36	0.94
1678880--1678967	39	2.3	39	84	4	106	44	2	2	51	1.26
1679456--1679496	21	1.9	22	85	5	57	73	0	2	24	0.96
1679690--1679715	13	2.0	13	100	0	52	53	15	7	23	1.67
1683361--1683385	7	3.6	7	100	0	50	36	0	16	48	1.46
1694909--1694961	25	2.1	25	100	0	106	22	3	16	56	1.56
1695031--1695063	18	1.9	18	88	11	52	33	0	12	54	1.37
1697942--1697972	6	5.2	6	92	0	53	64	0	0	35	0.94
1699986--1700048	31	2.0	31	100	0	126	28	0	19	52	1.46
1705821--1705853	16	2.2	16	89	10	52	48	9	0	42	1.35
1708389--1708438	26	1.9	26	88	8	75	38	2	0	60	1.09
1708380--1708430	14	3.7	13	75	14	57	37	1	0	60	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1710441--1710505	31	2.1	31	82	5	78	38	0	6	55	1.25
1711286--1711324	19	2.1	19	100	0	78	64	0	0	35	0.94
1716774--1716801	2	14.0	2	100	0	56	0	50	0	50	1.00
1721012--1721396	191	2.0	191	100	0	770	30	15	13	41	1.85
1725308--1725359	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
1726215--1726249	14	2.5	14	85	0	52	2	40	0	57	1.14
1726213--1726249	16	2.3	16	90	0	56	2	40	0	56	1.13
1737634--1737907	137	2.0	137	90	1	433	37	19	15	27	1.92
1740148--1740172	13	1.9	13	100	0	50	32	4	0	64	1.12
1740162--1740233	9	8.2	9	70	10	51	40	0	5	54	1.24
1740161--1740199	17	2.2	18	86	4	53	41	0	2	56	1.13
1740196--1740245	19	2.6	20	84	15	70	30	0	8	62	1.24
1740168--1740244	18	4.3	18	77	8	70	37	0	6	55	1.26
1740716--1740762	19	2.5	18	80	16	51	55	10	0	34	1.35
1754094--1754124	12	2.6	12	89	0	53	74	0	9	16	1.07
1762356--1762429	37	2.0	37	89	0	112	37	10	16	35	1.83
1773649--1773702	27	2.0	26	86	13	74	51	1	0	46	1.11
1775076--1775127	14	3.7	14	82	14	54	48	26	1	23	1.62
1775526--1775566	21	2.0	21	85	9	57	41	26	0	31	1.56
1775696--1775857	83	2.0	83	82	2	200	52	25	1	20	1.56
1775853--1775911	20	2.9	19	82	9	64	47	28	0	23	1.52
1776044--1776117	21	3.5	21	76	10	62	51	31	0	17	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1776552--1776666	35	3.3	34	75	13	110	44	32	0	22	1.59
1776620--1776684	20	3.2	20	84	4	85	49	32	0	18	1.48
1777867--1777909	22	2.0	22	82	13	54	37	0	11	51	1.39
1778187--1778265	30	2.5	31	83	10	106	17	5	20	56	1.59
1780701--1780752	21	2.5	21	83	0	68	36	40	11	11	1.78
1781875--1781905	15	2.1	15	93	0	53	0	54	0	45	0.99
1781861--1781911	21	2.3	22	76	6	59	0	43	0	56	0.99
1784468--1784522	28	2.0	28	85	7	76	49	0	1	49	1.11
1784640--1784683	21	2.2	20	87	4	61	61	0	0	38	0.96
1788152--1788220	30	2.3	30	89	0	102	13	13	4	69	1.33

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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