genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.78.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56598092

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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This is table  78  of  185  ( 22116 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23927364--23927549	101	1.8	101	87	3	275	32	26	17	23	1.97
23929651--23929703	24	2.1	26	83	13	67	32	5	1	60	1.31
23929651--23929703	25	2.1	26	82	10	65	32	5	1	60	1.31
23933100--23933133	15	2.1	17	89	10	54	23	44	0	32	1.54
23935103--23935167	28	2.3	27	82	10	69	63	0	4	32	1.15
23935512--23935571	3	20.0	3	72	6	50	60	5	3	31	1.35
23935512--23935562	15	3.4	15	78	5	59	58	5	1	33	1.33
23939719--23939762	23	1.9	23	100	0	88	31	45	4	18	1.69
23939720--23939769	23	2.2	23	88	0	73	34	48	4	14	1.62
23945056--23945237	85	2.0	94	82	11	231	37	14	12	35	1.84
23946602--23946744	50	2.7	53	79	8	141	25	23	20	30	1.99
23953558--23953732	50	3.6	47	76	14	140	22	26	21	29	1.99
23953690--23953773	41	2.0	41	86	4	116	26	30	14	28	1.95
23954847--23954897	20	2.7	20	75	6	52	68	1	0	29	1.00
23954870--23954908	20	2.0	20	85	10	53	61	7	2	28	1.37
23955091--23955116	10	2.6	10	100	0	52	23	7	0	69	1.14
23957293--23957326	16	2.1	16	94	0	59	61	0	0	38	0.96
23971997--23972030	17	2.0	17	88	0	50	29	20	14	35	1.93
23977878--23977941	33	2.0	33	84	3	85	54	10	3	31	1.51
23979100--23979128	14	2.0	15	93	6	51	62	6	3	27	1.37
23979148--23979276	24	5.7	23	78	16	117	51	2	7	38	1.44
23992048--23992335	150	1.9	150	97	0	549	23	11	20	44	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23995896--23996042	41	3.6	41	91	0	231	29	19	26	25	1.98
23996019--23996111	26	3.6	25	90	7	143	22	18	33	25	1.97
23997452--23997629	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
23997473--23997628	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
23999245--23999276	14	2.3	14	100	0	64	34	15	6	43	1.72
24004814--24004871	30	1.9	30	100	0	116	41	15	17	25	1.89
24005905--24005930	11	2.4	11	100	0	52	53	19	7	19	1.68
24016330--24016359	10	3.0	10	100	0	60	70	0	10	20	1.16
24020630--24020811	29	6.3	29	73	11	108	25	25	12	36	1.91
24020742--24020838	28	3.4	29	76	17	96	29	21	10	38	1.87
24024949--24024993	24	2.0	23	87	12	67	31	22	13	33	1.92
24025483--24025607	43	2.9	43	86	1	162	25	20	3	51	1.62
24026197--24026235	19	2.1	19	90	4	62	56	5	17	20	1.60
24026629--24026653	11	2.3	11	100	0	50	76	16	0	8	1.02
24030044--24030297	39	6.5	39	80	4	235	18	32	16	32	1.93
24030179--24030280	19	5.3	19	73	9	89	14	34	17	33	1.91
24030170--24030297	20	6.6	20	71	11	86	16	32	17	32	1.93
24030057--24030297	78	3.1	78	82	4	281	18	32	15	33	1.93
24034215--24034284	23	3.0	23	83	8	88	28	8	22	40	1.84
24042303--24042360	3	19.0	3	82	3	53	55	0	8	36	1.31
24055083--24055127	23	2.0	23	82	8	56	31	11	22	35	1.89
24062953--24063145	50	3.9	50	76	4	162	27	21	27	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24063348--24063396	20	2.5	20	81	15	66	57	6	24	12	1.58
24073103--24073150	21	2.3	22	85	10	73	41	4	0	54	1.20
24073112--24073154	21	2.0	21	100	0	86	37	4	0	58	1.19
24077868--24077942	32	2.3	32	93	0	123	25	26	2	45	1.67
24082322--24082374	16	3.3	16	72	27	58	18	32	3	45	1.68
24082319--24082393	32	2.3	32	97	0	141	24	29	2	44	1.67
24083322--24083346	8	3.1	8	100	0	50	24	52	24	0	1.48
24084663--24084726	24	2.6	25	75	9	60	51	1	1	45	1.20
24084689--24084745	29	2.0	29	82	6	71	49	1	0	49	1.11
24084695--24084754	29	2.0	30	83	3	77	43	1	0	55	1.10
24088193--24088463	50	5.1	50	78	12	218	21	30	22	26	1.99
24088252--24088373	62	2.0	62	96	0	226	19	31	25	22	1.98
24090559--24090607	25	1.9	26	84	12	66	57	12	10	20	1.64
24090561--24090615	24	2.3	24	76	17	60	58	9	9	23	1.58
24094674--24094727	20	2.8	20	91	2	92	59	11	9	20	1.59
24122594--24122623	8	3.8	8	95	0	51	76	6	3	13	1.11
24123110--24123158	23	2.1	24	85	11	66	36	4	0	59	1.17
24123110--24123157	22	2.1	23	81	11	55	37	4	0	58	1.18
24127631--24127669	19	2.0	20	90	5	62	33	10	17	38	1.84
24131871--24132011	50	2.8	50	81	6	178	26	22	29	21	1.99
24133666--24133716	24	2.1	24	92	0	84	33	11	25	29	1.91
24139520--24139577	29	2.0	29	89	0	89	24	20	39	15	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24160668--24160716	25	2.0	25	83	0	62	32	14	16	36	1.89
24164355--24164496	41	3.5	41	84	1	169	22	28	19	29	1.98
24164355--24164513	41	3.9	41	83	6	162	23	28	19	28	1.98
24164395--24164528	41	3.3	41	84	4	137	25	27	20	26	1.99
24164355--24164524	82	2.1	82	80	4	182	24	27	18	29	1.98
24168864--24169108	122	2.0	122	99	0	481	38	13	21	26	1.90
24174633--24174936	47	6.4	47	90	3	416	33	9	30	26	1.88
24174787--24174908	22	5.3	22	62	21	61	34	11	29	24	1.91
24183958--24184271	44	7.1	44	87	2	452	25	24	21	28	1.99
24188515--24188586	22	3.0	25	69	19	80	45	15	9	29	1.78
24188449--24188783	47	7.1	47	87	2	397	44	17	12	25	1.84
24188468--24188645	25	7.5	24	68	17	79	43	17	12	25	1.85
24189758--24189855	28	3.6	26	86	9	133	29	26	12	31	1.92
24194197--24194470	145	1.9	145	94	0	485	30	23	15	30	1.95
24194453--24194520	29	2.3	29	82	5	84	27	29	13	29	1.94
24194310--24194669	174	2.1	174	98	0	693	30	24	14	30	1.95
24194629--24194700	29	2.5	30	82	13	96	30	29	12	27	1.93
24202487--24202759	144	1.9	145	94	0	485	30	23	15	30	1.95
24202742--24202809	29	2.3	29	82	5	84	27	29	13	29	1.94
24202600--24202958	174	2.1	173	97	0	682	30	24	14	30	1.95
24202918--24202984	29	2.3	30	85	10	86	31	28	11	28	1.92
24203001--24203036	16	2.2	16	100	0	72	25	0	36	38	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24203272--24203306	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
24203159--24203475	157	2.0	157	95	0	562	44	2	4	47	1.38
24203409--24203450	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
24203418--24203459	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
24218802--24219115	44	7.1	44	90	0	477	25	24	22	27	2.00
24223212--24223394	39	4.6	41	84	11	208	25	22	27	24	2.00
24247438--24247625	26	7.2	25	76	12	139	19	14	33	32	1.92
24247450--24247625	52	3.4	52	82	6	198	20	14	33	31	1.92
24247454--24247626	78	2.2	78	85	2	231	20	14	32	32	1.92
24254133--24254162	16	1.9	16	93	6	53	50	20	0	30	1.49
24259388--24259460	26	2.8	26	82	0	74	38	12	19	30	1.88
24262351--24262401	20	2.6	19	90	6	75	11	35	1	50	1.50
24271348--24271392	18	2.5	18	96	0	81	37	0	0	62	0.96
24272899--24272973	37	2.0	37	84	5	98	26	29	20	24	1.99
24273098--24273507	47	8.4	47	81	9	372	28	30	8	31	1.87
24273204--24273240	17	2.2	17	100	0	74	32	35	0	32	1.58
24273157--24273287	64	2.0	64	98	0	253	30	30	6	32	1.82
24273111--24273334	111	2.0	111	90	0	349	28	31	8	31	1.87
24273221--24273507	94	3.1	94	97	0	529	29	30	8	31	1.87
24273221--24273507	141	2.0	141	97	0	538	29	30	8	31	1.87
24275331--24275361	8	4.0	8	91	8	55	12	0	0	87	0.55
24275332--24275361	15	2.0	15	100	0	60	13	0	0	86	0.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24297712--24297883	46	3.7	46	74	13	172	22	19	27	30	1.98
24304245--24304620	194	1.9	195	85	4	526	31	19	19	28	1.97
24304914--24305108	14	13.7	14	68	14	96	18	1	32	47	1.56
24304920--24304973	27	2.0	28	89	10	85	22	0	31	46	1.52
24305031--24305108	7	11.0	7	81	8	77	16	1	38	43	1.56
24305012--24305108	21	4.7	20	78	7	79	17	1	36	45	1.56
24305046--24305143	35	2.8	36	78	9	96	20	1	37	40	1.59
24305058--24305143	35	2.4	37	80	7	97	20	1	38	39	1.61
24305049--24305150	42	2.4	42	76	15	102	19	0	37	42	1.58
24305179--24305212	9	3.8	9	88	11	52	44	0	0	55	0.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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