genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.79.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56598092

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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This is table  79  of  185  ( 22116 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24305482--24305868	115	3.4	112	76	10	365	28	19	18	33	1.96
24305781--24306025	74	3.3	74	80	2	269	29	15	20	34	1.94
24308270--24308331	19	3.2	19	73	13	63	40	1	4	53	1.32
24308283--24308348	20	3.3	20	73	12	73	42	1	1	54	1.18
24308268--24308358	39	2.4	39	90	5	141	42	1	4	51	1.29
24308326--24308374	15	3.3	15	71	23	50	42	0	2	55	1.11
24308324--24308390	29	2.3	29	87	7	91	44	1	1	52	1.19
24308565--24308790	9	25.8	9	72	11	105	45	16	1	36	1.58
24308565--24308809	52	4.7	52	82	6	298	45	16	2	35	1.59
24308627--24308776	45	3.2	43	81	10	147	45	16	1	36	1.56
24308669--24308784	45	2.6	45	84	2	155	43	18	1	36	1.61
24314143--24314171	14	2.1	14	93	6	51	34	0	10	55	1.34
24333500--24333615	29	4.0	29	80	8	121	25	29	15	29	1.96
24333674--24333707	18	1.9	18	88	5	52	20	38	23	17	1.93
24333826--24333868	16	2.7	16	96	0	77	13	23	13	48	1.79
24339331--24339401	26	2.7	26	82	8	99	9	30	8	50	1.65
24343981--24344033	23	2.3	23	86	0	70	45	15	11	28	1.80
24344094--24344206	38	2.9	39	89	2	174	45	11	9	33	1.73
24345559--24345736	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
24345580--24345735	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
24347641--24347723	15	5.6	14	72	18	53	66	4	2	26	1.24
24347663--24347717	24	2.3	23	84	12	67	67	3	3	25	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24347647--24347702	3	18.7	3	77	14	53	62	5	3	28	1.34
24349168--24349262	47	2.0	47	87	2	138	29	13	13	43	1.83
24350069--24350288	45	4.9	45	90	0	350	23	22	26	26	2.00
24356642--24356717	31	2.5	31	97	0	143	56	21	6	15	1.62
24356953--24356993	21	2.0	21	90	0	64	7	41	14	36	1.74
24357417--24357445	13	2.1	14	93	6	51	55	6	3	34	1.44
24362510--24362666	9	18.0	9	70	9	85	35	1	16	47	1.55
24362589--24362656	33	2.1	33	88	5	102	33	1	11	52	1.47
24362589--24362638	16	3.1	16	78	15	59	36	2	8	54	1.42
24362523--24362682	85	1.9	88	86	4	236	36	1	15	47	1.53
24363928--24363968	20	2.0	20	100	0	82	39	19	9	31	1.84
24366840--24366918	41	1.9	41	84	5	106	26	16	18	37	1.92
24366882--24367071	41	4.6	41	85	0	245	25	20	20	34	1.96
24366830--24367041	82	2.6	81	80	7	198	25	19	20	34	1.96
24367871--24367946	36	2.1	36	87	0	107	32	5	11	50	1.62
24368271--24368308	17	2.3	17	86	4	51	57	0	0	42	0.98
24370870--24370920	22	2.3	23	80	10	61	35	0	7	56	1.28
24370918--24371056	66	2.1	66	98	0	269	32	8	10	48	1.67
24371276--24371342	29	2.3	28	87	7	107	32	11	4	50	1.59
24372096--24372152	17	3.5	17	74	13	66	57	17	3	21	1.54
24372095--24372159	31	2.1	31	100	0	130	63	15	3	18	1.44
24374477--24374524	24	2.0	24	100	0	96	29	16	12	41	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24379061--24379310	126	2.0	127	83	6	316	35	16	18	29	1.93
24382198--24382246	14	3.5	13	76	13	53	42	18	4	34	1.69
24383618--24383683	13	5.1	13	80	7	62	37	24	6	31	1.80
24384813--24384954	66	2.1	67	85	5	191	24	23	16	35	1.95
24391415--24391463	25	1.9	26	87	4	73	40	10	8	40	1.69
24392237--24392356	15	7.6	15	65	29	54	34	3	10	51	1.53
24392208--24392356	48	3.1	48	99	0	289	33	4	10	51	1.56
24410323--24410382	30	2.0	31	83	3	77	11	26	18	43	1.84
24421578--24421730	75	2.0	75	100	0	306	28	16	13	41	1.85
24425269--24425302	2	17.0	2	93	0	59	0	47	0	52	1.00
24429983--24430061	20	4.0	20	65	6	61	24	17	17	40	1.91
24429983--24430108	60	2.1	60	82	2	146	23	19	17	38	1.93
24430098--24430156	20	3.0	20	69	0	55	20	20	23	35	1.96
24432083--24432156	28	2.7	27	85	6	94	28	16	25	29	1.97
24436101--24436191	28	3.2	27	83	7	110	21	21	23	32	1.98
24436111--24436202	28	3.2	28	85	1	112	23	23	19	32	1.97
24436111--24436216	56	1.9	55	80	7	124	21	22	19	35	1.96
24442711--24442855	40	3.6	40	83	0	182	25	24	26	24	2.00
24443994--24444176	79	2.3	81	84	7	232	24	22	27	25	2.00
24443995--24444178	40	4.6	40	83	9	216	23	22	28	25	2.00
24444047--24444211	79	2.1	79	84	6	210	25	21	27	25	1.99
24449414--24449481	28	2.4	28	95	0	118	33	26	7	32	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24449587--24449677	28	3.2	28	85	4	121	23	24	20	31	1.98
24458171--24458267	50	1.9	50	87	0	140	35	22	21	20	1.96
24462358--24462629	46	5.8	47	82	8	265	26	20	30	22	1.98
24462354--24462625	140	1.9	141	85	5	372	26	19	30	22	1.98
24466143--24466327	40	4.7	40	82	7	209	24	22	28	25	1.99
24466143--24466321	79	2.2	80	84	7	231	24	22	28	24	2.00
24474255--24474396	39	3.6	39	82	11	166	23	22	26	26	2.00
24477714--24477762	24	2.0	24	96	0	89	40	6	8	44	1.59
24478447--24478484	19	2.0	19	89	0	58	65	2	2	28	1.19
24481423--24481478	20	2.8	21	79	15	57	21	0	7	71	1.09
24481422--24481470	21	2.5	20	81	12	57	20	0	8	71	1.11
24481434--24481470	18	2.0	18	89	5	56	21	0	5	72	1.04
24494195--24494379	79	2.3	82	82	7	220	24	27	23	24	2.00
24494176--24494379	40	5.1	40	80	8	220	24	27	23	25	2.00
24500714--24500856	51	2.8	51	85	4	182	33	25	16	23	1.96
24506351--24506446	31	3.1	31	95	3	174	31	9	13	45	1.75
24506748--24506781	4	9.0	4	93	6	54	26	0	0	73	0.83
24506971--24507064	44	2.1	44	96	3	172	67	10	13	8	1.43
24512582--24512677	31	3.1	31	95	3	174	31	9	13	45	1.75
24517621--24517658	17	2.2	18	85	4	51	57	13	0	28	1.36
24526822--24526877	26	2.2	26	84	9	71	35	19	25	19	1.95
24527508--24527545	20	2.0	20	84	5	51	36	10	2	50	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24530033--24530088	25	2.2	26	93	6	96	42	17	7	32	1.77
24530319--24530593	41	6.7	41	88	0	397	24	28	18	28	1.98
24530323--24530593	82	3.3	82	91	2	454	23	28	18	28	1.98
24537504--24538197	47	14.6	47	92	2	1091	31	8	30	29	1.87
24537504--24538197	96	7.3	96	92	3	1111	31	8	30	29	1.87
24539751--24540037	41	7.0	41	89	0	430	23	28	18	29	1.98
24554578--24554694	62	1.9	61	82	5	148	50	4	2	42	1.35
24554679--24554733	25	2.2	25	81	12	60	49	5	1	43	1.36
24556160--24556190	16	1.9	16	93	0	53	70	6	12	9	1.31
24571411--24571548	66	2.1	66	91	0	222	31	15	28	23	1.95
24578027--24578270	118	2.1	118	96	0	443	26	19	15	38	1.91
24579068--24579110	18	2.4	18	80	7	52	25	30	16	27	1.97
24587008--24587063	29	1.9	29	86	13	80	66	3	3	26	1.25
24587779--24587842	31	2.1	31	93	0	110	28	14	9	48	1.74
24588573--24588620	15	3.3	14	77	8	51	52	2	0	45	1.12
24626252--24626302	16	3.2	16	88	0	75	19	15	11	52	1.73
24631444--24631484	21	2.0	21	85	0	55	65	2	24	7	1.30
24639347--24639373	14	1.9	14	100	0	54	7	0	33	59	1.25
24641094--24641144	24	2.2	23	82	10	59	74	1	19	3	1.07
24641094--24641154	20	2.9	20	80	11	61	72	3	18	6	1.21
24645415--24645441	6	4.5	6	100	0	54	48	37	0	14	1.45
24649102--24649164	23	2.7	24	80	9	76	36	33	4	25	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24655704--24655735	12	2.7	12	95	0	55	75	3	6	15	1.14
24657795--24657822	14	2.0	14	100	0	56	78	7	14	0	0.95
24667829--24667890	18	3.2	20	75	6	56	66	3	22	8	1.33
24669853--24669898	20	2.3	21	81	11	60	45	13	13	28	1.80
24672347--24672400	20	2.7	20	82	0	63	24	20	18	37	1.94
24672347--24672420	30	2.5	30	86	8	98	21	20	18	39	1.93
24672347--24672411	20	3.2	20	71	16	53	23	21	16	38	1.93
24674972--24675025	20	2.7	21	85	5	60	25	25	14	33	1.95
24676919--24676977	20	3.0	21	87	5	70	23	28	15	32	1.95
24678254--24678289	19	1.9	19	88	5	56	5	19	2	72	1.17

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