genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.67.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56598092

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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This is table  67  of  185  ( 22116 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19756444--19756488	16	2.7	17	79	6	56	0	11	0	88	0.50
19763840--19763869	13	2.4	13	94	5	53	13	10	0	76	1.01
19766243--19766278	18	1.9	19	94	5	65	36	19	0	44	1.51
19766546--19766599	25	2.2	25	100	0	108	38	12	11	37	1.79
19775181--19775219	12	3.2	12	85	0	51	20	23	5	51	1.67
19775418--19775657	50	4.7	50	77	5	180	23	27	21	27	1.99
19782967--19783209	50	4.7	51	79	8	212	25	26	20	28	1.99
19783017--19783203	100	1.8	104	83	6	256	24	28	19	27	1.99
19798573--19798736	87	1.9	86	83	3	213	25	16	23	34	1.95
19799116--19799159	19	2.3	19	84	7	54	50	6	15	27	1.70
19800352--19800450	40	2.5	40	84	0	144	38	18	26	17	1.92
19800343--19800471	40	3.2	40	74	9	120	34	17	27	20	1.94
19814558--19814656	44	2.2	44	98	0	189	25	30	19	25	1.98
19817464--19817492	15	1.9	15	100	0	58	24	0	20	55	1.44
19821193--19821328	57	2.4	57	84	7	188	44	5	18	31	1.71
19821296--19821378	41	2.0	42	83	2	105	49	2	22	25	1.62
19826927--19827067	57	2.6	54	87	4	201	41	5	21	31	1.76
19827026--19827106	43	1.9	43	85	5	112	53	2	22	22	1.58
19830802--19830866	32	2.0	33	82	8	80	36	3	1	58	1.23
19844688--19844752	33	2.0	33	87	6	96	20	18	23	38	1.93
19847741--19847795	24	2.3	24	96	0	101	43	3	20	32	1.69
19851901--19851976	20	3.8	20	67	19	59	17	31	18	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19859839--19859880	21	2.0	21	81	9	50	33	7	26	33	1.83
19863127--19863169	22	2.0	22	90	0	68	69	2	0	27	1.00
19864863--19864935	23	3.2	23	82	5	94	30	24	19	26	1.98
19871587--19871626	17	2.4	17	95	0	71	57	25	0	17	1.40
19872133--19872185	23	2.3	23	83	0	70	32	20	22	24	1.98
19873804--19873921	59	2.0	60	83	5	150	22	27	14	34	1.93
19873864--19874032	40	4.2	40	84	2	207	17	27	17	37	1.92
19873965--19874026	20	3.1	20	70	9	63	12	32	17	37	1.88
19875825--19875940	25	4.6	25	72	12	76	16	24	20	38	1.92
19875883--19875965	25	3.3	25	80	12	82	21	25	19	33	1.97
19883550--19883702	73	2.1	73	90	0	234	21	22	20	35	1.96
19883802--19883873	25	2.9	26	76	13	71	23	23	18	34	1.96
19883891--19883943	25	2.1	25	82	0	61	20	26	20	32	1.98
19889268--19889308	21	2.0	21	85	9	57	26	19	21	31	1.97
19931799--19931991	49	3.9	49	89	3	289	34	29	12	23	1.91
19933035--19933086	26	2.0	26	92	0	86	26	30	23	19	1.98
19933132--19933185	27	2.0	27	96	0	99	29	29	24	16	1.97
19932858--19933391	102	5.3	101	91	2	804	32	27	18	20	1.96
19932858--19933391	202	2.6	201	90	3	802	32	27	18	20	1.96
19937262--19937452	48	3.9	49	87	3	269	34	28	12	24	1.91
19938399--19938534	42	3.5	42	77	17	182	35	27	16	20	1.94
19938294--19938495	102	2.0	103	91	1	325	33	28	18	19	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19938397--19938569	75	2.3	74	95	1	310	34	27	18	19	1.95
19938516--19938596	28	2.8	28	84	7	99	33	27	23	16	1.95
19938472--19938670	102	2.0	101	91	3	328	34	26	19	19	1.96
19938259--19938708	177	2.6	175	90	2	672	33	26	18	20	1.96
19942568--19942760	49	3.9	49	87	3	289	34	28	12	24	1.92
19943723--19943858	42	3.5	42	77	17	182	35	27	16	20	1.94
19943618--19943819	102	2.0	103	91	1	325	33	28	18	19	1.96
19943765--19943995	33	6.6	33	69	20	139	35	25	18	20	1.95
19943721--19943894	75	2.3	75	95	0	312	34	27	17	20	1.95
19943583--19944037	178	2.6	177	90	1	687	33	26	18	21	1.96
19943765--19943997	103	2.2	103	89	3	349	35	26	18	20	1.95
19943901--19944038	42	3.5	42	71	17	159	35	27	15	21	1.94
19947863--19947991	49	2.6	49	86	0	168	28	15	16	39	1.89
19966259--19966307	21	2.3	20	77	16	55	18	16	26	38	1.91
19969435--19969467	16	2.1	16	94	5	59	30	0	0	69	0.88
19984632--19984663	8	4.0	8	95	0	55	59	12	0	28	1.34
19995104--19995141	20	1.9	20	88	0	58	44	0	10	44	1.38
19998107--19998135	15	1.9	15	100	0	58	34	27	13	24	1.93
19998122--19998415	27	11.0	27	75	7	201	38	19	20	22	1.94
19998122--19998494	54	7.0	54	75	8	192	37	18	20	22	1.94
19998139--19998604	81	5.8	81	78	5	232	36	18	20	24	1.95
19998320--19998612	27	10.9	27	81	0	325	34	18	21	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19998650--19998731	24	3.5	24	77	1	76	23	3	25	47	1.68
19998906--19999105	32	6.3	32	83	2	224	19	20	22	38	1.93
19998906--19999105	64	3.1	64	84	2	251	19	20	22	38	1.93
19998910--19999091	96	1.9	96	86	2	258	19	20	22	37	1.94
20000738--20000767	16	1.9	16	93	6	53	30	0	20	50	1.49
20002738--20002781	20	2.2	19	84	15	54	27	6	11	54	1.61
20006307--20006361	27	2.0	27	89	0	83	25	16	14	43	1.86
20012909--20013393	27	18.1	27	79	4	378	43	21	17	17	1.88
20013729--20013838	28	4.0	28	87	1	168	25	23	20	30	1.99
20025584--20025618	15	2.3	15	100	0	70	28	20	8	42	1.81
20027678--20027825	54	2.7	54	84	4	183	17	28	27	27	1.98
20027735--20027862	54	2.4	54	86	2	168	17	28	27	27	1.97
20037714--20037760	24	2.0	24	83	8	60	48	2	4	44	1.34
20038820--20038878	29	2.0	29	86	0	82	33	32	10	23	1.88
20047906--20047948	21	2.1	21	83	12	54	39	13	2	44	1.57
20062143--20062220	29	2.7	28	84	11	104	25	15	30	28	1.96
20062173--20062676	175	2.9	175	98	0	965	30	14	24	30	1.94
20068442--20068502	29	2.1	29	87	6	88	37	13	21	27	1.90
20068526--20068598	30	2.4	30	88	0	101	36	8	27	27	1.85
20076053--20076077	13	1.9	13	100	0	50	40	16	12	32	1.84
20076254--20076291	19	2.0	19	94	0	67	26	23	10	39	1.87
20086031--20086129	50	2.0	50	81	0	117	25	26	19	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20099228--20099337	43	2.6	43	80	2	141	34	20	19	25	1.96
20100789--20100823	14	2.4	14	95	4	61	34	20	2	42	1.66
20118326--20118498	74	2.4	73	79	13	201	34	12	19	32	1.90
20124131--20124340	40	5.3	40	92	0	314	24	20	28	26	1.99
20124078--20124340	80	3.3	80	85	2	316	24	20	27	26	1.99
20124078--20124340	120	2.2	120	83	3	325	24	20	27	26	1.99
20124131--20124375	80	3.1	80	85	2	253	25	20	28	25	1.99
20139815--20139856	21	2.0	22	85	4	59	50	11	0	38	1.40
20141782--20141833	23	2.3	23	89	0	77	28	9	21	40	1.84
20142169--20142284	48	2.5	48	88	2	173	49	12	16	22	1.78
20145954--20145987	12	2.8	12	90	0	59	32	2	0	64	1.08
20146022--20146074	21	2.5	20	82	8	61	16	3	5	73	1.17
20146136--20146177	3	14.0	3	89	0	66	30	2	2	64	1.19
20151261--20151333	18	4.1	18	76	0	74	46	19	4	30	1.68
20151263--20151341	36	2.2	36	86	4	106	46	18	5	29	1.70
20153035--20153078	23	2.0	21	83	16	54	40	6	0	52	1.28
20153008--20153078	31	2.3	31	83	13	85	40	5	0	53	1.24
20154744--20154778	14	2.5	14	100	0	70	31	14	8	45	1.75
20156203--20156239	17	2.2	17	90	0	56	51	0	0	48	1.00
20160682--20160988	40	7.7	40	97	0	569	29	20	27	21	1.98
20168008--20168314	40	7.7	40	97	0	569	29	20	27	21	1.98
20170163--20170288	51	2.5	51	86	2	164	23	16	26	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20170301--20170432	45	2.9	46	95	2	232	24	15	25	34	1.95
20174418--20174466	16	3.1	16	76	2	55	38	0	0	61	0.96
20174417--20174492	34	2.3	32	82	10	91	38	0	1	60	1.05
20174430--20174477	16	2.8	17	79	14	55	33	0	0	66	0.92
20174445--20174494	20	2.5	20	83	3	57	34	0	2	64	1.05
20174619--20175289	87	7.8	84	78	7	534	33	12	10	43	1.78
20174619--20175289	85	7.8	84	77	10	526	33	12	10	43	1.78
20174802--20175350	255	2.1	254	88	2	812	32	13	11	42	1.80
20174897--20175350	85	5.4	84	76	10	392	32	13	11	42	1.79
20180673--20180727	15	3.7	15	72	13	51	72	0	20	7	1.07

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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