genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.59.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56598092

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   

This is table  59  of  185  ( 22116 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17006822--17007002	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
17026999--17027141	51	2.8	51	81	7	157	32	22	14	30	1.94
17044900--17045051	27	5.6	27	92	3	232	26	13	28	30	1.94
17044900--17045051	55	2.8	55	93	0	250	26	13	28	30	1.94
17052922--17053073	27	5.6	27	93	3	241	26	13	28	30	1.94
17052922--17053073	55	2.8	55	94	0	259	26	13	28	30	1.94
17059175--17059296	43	2.8	43	83	2	163	25	27	2	44	1.67
17061768--17061904	42	3.3	42	87	4	197	28	14	26	30	1.95
17070218--17070310	30	3.0	30	88	3	132	24	26	4	44	1.72
17085014--17085174	40	4.0	40	81	0	196	15	31	14	39	1.87
17085030--17085174	20	7.3	19	66	14	69	15	33	13	38	1.86
17085017--17085192	40	4.4	40	72	8	144	14	31	14	39	1.86
17088436--17088526	38	2.4	37	89	3	137	29	24	14	31	1.94
17089242--17089457	39	5.5	39	93	2	362	28	4	22	45	1.71
17091579--17091612	3	11.3	3	87	0	50	32	5	0	61	1.20
17091579--17091612	12	2.8	12	100	0	68	32	5	0	61	1.20
17092725--17092758	3	11.3	3	87	0	50	32	5	0	61	1.20
17092725--17092758	12	2.8	12	100	0	68	32	5	0	61	1.20
17100488--17100539	16	3.5	16	66	28	51	19	7	23	50	1.73
17100482--17100538	28	2.0	28	100	0	114	17	7	24	50	1.70
17108294--17108368	30	2.5	31	89	8	120	40	12	30	17	1.86
17108353--17108606	30	8.5	30	76	11	175	36	14	24	24	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17108292--17108606	60	5.3	59	73	8	194	37	13	25	23	1.92
17108383--17108616	119	2.0	119	79	6	260	36	14	24	24	1.93
17108276--17108606	179	1.8	179	84	2	450	36	14	25	23	1.93
17108894--17108943	15	3.2	17	75	16	54	26	18	28	28	1.98
17108889--17108959	30	2.4	30	82	0	79	23	19	33	22	1.97
17116862--17116906	22	2.0	22	83	8	56	40	4	0	55	1.20
17122503--17122532	14	2.1	14	100	0	60	53	30	0	16	1.44
17131806--17131862	30	1.9	30	92	0	96	40	8	22	28	1.84
17131964--17131995	10	3.3	10	95	4	57	65	0	18	15	1.27
17132105--17132284	96	1.9	97	87	3	265	23	15	28	32	1.95
17132293--17132378	45	1.9	45	95	0	154	26	16	23	33	1.95
17137372--17137428	30	1.9	30	89	7	89	38	5	22	33	1.77
17137658--17137767	51	2.2	51	81	3	123	25	16	24	33	1.96
17137778--17137863	45	1.9	45	87	0	127	25	13	22	38	1.91
17140198--17140375	27	6.6	27	85	3	214	30	28	14	26	1.95
17140219--17140374	82	1.9	81	89	3	242	30	28	14	26	1.95
17148368--17148545	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
17148389--17148544	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
17149000--17149096	46	2.1	46	92	0	158	44	21	1	32	1.59
17154680--17154737	20	2.9	20	75	10	57	12	29	15	43	1.83
17158300--17158392	37	2.5	37	82	5	107	30	24	13	31	1.94
17159062--17159277	39	5.5	39	97	0	405	28	2	23	45	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17163730--17163906	51	3.5	51	76	6	207	32	28	16	23	1.96
17166195--17166436	50	4.7	50	80	5	218	28	19	27	24	1.98
17166197--17166437	99	2.3	104	80	9	262	29	19	27	24	1.98
17168326--17168540	39	5.5	39	91	0	349	27	2	22	46	1.65
17170448--17170480	6	5.7	6	89	3	50	57	0	24	18	1.40
17173163--17173575	127	3.2	127	83	2	477	27	20	20	31	1.98
17173391--17173570	44	4.2	44	70	9	127	27	21	20	30	1.98
17173413--17173570	85	1.9	85	82	2	201	27	23	18	29	1.98
17173604--17174218	131	4.7	131	86	2	763	24	22	21	31	1.99
17173737--17174051	44	7.2	44	65	5	145	23	21	22	31	1.98
17173604--17174220	262	2.4	263	85	2	841	24	22	21	30	1.99
17175456--17175492	14	2.5	15	86	8	58	13	18	0	67	1.23
17182713--17182839	26	5.0	25	77	9	132	38	8	16	36	1.80
17182729--17182825	51	1.9	50	87	2	140	39	7	16	37	1.76
17193288--17193478	50	3.8	50	83	2	195	21	28	21	28	1.99
17193288--17193468	100	1.8	100	82	7	233	21	28	22	28	1.99
17207646--17207683	20	1.9	20	89	10	60	34	0	5	60	1.19
17227574--17227640	33	2.0	33	100	0	134	17	26	2	52	1.59
17227933--17228162	50	4.5	50	81	5	219	21	27	23	27	1.99
17227933--17228114	100	1.8	100	85	0	256	19	29	23	28	1.98
17236292--17236376	42	2.0	42	97	0	161	27	12	7	52	1.65
17258509--17258543	17	2.1	17	94	0	61	54	8	11	25	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17261278--17261320	20	2.2	20	83	8	52	34	4	4	55	1.41
17262925--17263582	208	3.2	208	87	0	938	30	18	21	29	1.97
17263939--17263969	14	2.2	14	94	0	53	16	0	16	67	1.23
17264370--17264415	22	2.1	22	88	8	67	26	2	36	34	1.69
17267077--17267117	18	2.3	18	88	12	59	43	12	2	41	1.55
17267147--17267203	19	3.2	19	76	19	68	42	0	1	56	1.10
17267286--17267700	9	47.0	9	67	16	111	49	18	1	30	1.55
17267292--17267698	34	12.1	34	71	16	156	49	18	1	29	1.55
17267352--17267391	12	3.3	12	85	0	53	50	17	0	32	1.47
17267286--17267461	96	1.8	95	96	1	325	54	17	1	27	1.50
17267444--17267698	16	15.4	17	77	16	227	46	20	1	32	1.58
17267440--17267698	25	10.5	24	86	3	235	46	20	1	32	1.58
17267440--17267698	50	5.4	50	81	11	335	46	20	1	32	1.58
17273613--17273815	43	4.8	43	83	6	270	31	18	27	23	1.97
17279461--17279683	40	5.6	40	85	3	236	26	27	21	24	1.99
17279615--17279692	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
17281734--17281772	20	1.9	21	84	5	53	38	2	28	30	1.70
17285475--17285552	39	2.0	39	100	0	156	33	2	25	38	1.70
17299922--17300003	38	2.2	38	100	0	164	28	2	21	47	1.64
17299923--17299985	18	3.2	21	65	17	62	30	1	20	47	1.60
17316585--17316847	42	6.3	42	87	0	373	20	19	22	37	1.94
17317698--17317917	50	4.4	49	69	16	128	43	3	9	44	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17317693--17317974	149	1.9	147	88	5	424	42	4	9	43	1.58
17321749--17321778	14	2.2	13	94	5	51	0	16	3	80	0.85
17329253--17329312	23	2.7	23	72	12	61	53	1	5	40	1.33
17329357--17329381	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
17329406--17329462	6	9.2	6	81	7	60	75	5	5	14	1.15
17330837--17331517	50	13.6	50	71	4	451	23	19	23	32	1.97
17330817--17331533	100	7.2	101	88	2	991	23	20	23	32	1.98
17331601--17331880	142	2.0	142	92	0	470	28	20	17	33	1.95
17331792--17331889	44	2.2	44	92	0	160	25	24	19	30	1.98
17333197--17333254	7	8.3	7	73	19	50	10	13	1	74	1.15
17333197--17333255	14	4.1	14	80	8	66	10	13	1	74	1.14
17334070--17334159	46	2.0	46	82	6	112	8	13	7	70	1.34
17334083--17334168	40	2.2	39	81	10	102	9	11	8	70	1.33
17334104--17334169	34	1.9	34	90	0	105	7	10	9	72	1.27
17342577--17342660	34	2.5	32	78	16	89	32	27	16	23	1.96
17343823--17343855	15	2.2	15	94	0	57	63	9	12	15	1.51
17344234--17344274	21	2.0	20	85	4	55	63	9	2	24	1.37
17348488--17348574	43	2.0	43	97	0	165	31	9	21	37	1.85
17364317--17364401	28	2.8	31	77	12	86	29	23	21	25	1.99
17364331--17364382	28	1.9	27	92	7	88	26	26	25	21	1.99
17364506--17364571	26	2.5	27	85	7	91	36	21	21	21	1.95
17367337--17367406	26	2.7	26	93	0	113	25	27	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17368656--17368684	15	1.9	15	100	0	58	13	27	27	31	1.94
17372080--17372141	32	2.0	32	87	9	92	56	20	0	22	1.42
17372611--17372735	46	2.7	45	79	7	144	27	24	16	32	1.96
17372619--17372749	46	2.8	45	77	8	131	29	25	15	30	1.96
17376459--17376551	31	2.9	31	80	7	98	36	0	31	32	1.58
17377475--17377499	12	2.1	12	100	0	50	44	0	8	48	1.32
17379306--17379386	33	2.5	33	91	0	126	16	49	9	24	1.75
17379704--17379755	26	2.0	26	92	0	86	48	9	17	25	1.77
17379730--17379869	48	2.9	48	89	0	199	46	10	12	31	1.74
17383601--17383627	11	2.5	11	100	0	54	66	7	0	25	1.17

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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