genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.63.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56598092

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   

This is table  63  of  185  ( 22116 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18291139--18291170	15	2.1	15	94	0	55	50	0	0	50	1.00
18297755--18297896	63	2.3	62	85	6	182	34	16	7	41	1.77
18297789--18297896	31	3.5	30	69	17	85	35	15	9	39	1.80
18315743--18315861	44	2.7	45	85	5	161	43	14	21	21	1.87
18315843--18315884	22	1.9	22	100	0	84	47	14	14	23	1.80
18315865--18315982	45	2.6	45	81	2	130	42	14	16	27	1.86
18320297--18320370	29	2.5	29	82	4	85	27	13	12	47	1.78
18333453--18333494	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
18333462--18333503	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
18333572--18333623	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
18333501--18333810	59	5.1	64	63	20	189	48	7	3	41	1.47
18333459--18333871	120	3.4	120	94	1	666	48	5	3	42	1.44
18333912--18333972	28	2.2	28	85	5	81	50	3	0	45	1.17
18333919--18334062	47	3.1	46	65	23	113	49	4	2	44	1.33
18333887--18334094	91	2.3	90	90	4	326	46	4	3	45	1.39
18333912--18334054	44	3.2	43	68	16	119	48	3	2	46	1.31
18333937--18334075	47	3.0	47	68	17	137	49	4	2	43	1.34
18339635--18339664	2	15.0	2	100	0	60	50	0	50	0	1.00
18340463--18340487	11	2.3	11	100	0	50	24	0	52	24	1.48
18345713--18345759	16	2.9	16	75	12	60	44	10	0	44	1.38
18345738--18345782	22	2.1	21	84	12	56	53	11	0	35	1.37
18349745--18349778	18	1.9	18	88	5	52	11	41	26	20	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18354735--18354781	16	2.9	16	75	12	60	44	10	0	44	1.38
18354917--18354958	17	2.5	17	88	0	66	19	16	9	54	1.69
18366599--18366631	15	2.1	16	88	11	50	78	0	3	18	0.87
18374151--18374235	27	3.2	27	86	6	111	30	17	23	28	1.97
18374151--18374224	27	2.8	27	91	2	114	28	17	24	29	1.97
18378532--18378640	51	2.1	52	89	1	166	44	7	19	28	1.77
18393943--18394021	27	2.9	27	77	7	88	68	1	24	6	1.20
18394056--18394126	33	2.1	33	81	7	79	47	8	35	8	1.64
18397438--18397496	20	3.0	20	90	5	93	27	18	28	25	1.98
18405933--18405984	23	2.3	22	75	21	54	9	23	1	65	1.32
18405978--18406016	18	2.2	18	85	0	51	12	23	2	61	1.43
18419920--18419954	14	2.5	14	100	0	70	65	5	11	17	1.43
18425469--18425513	17	2.4	19	85	10	58	62	2	15	20	1.43
18426943--18426972	16	1.9	15	93	6	51	20	3	33	43	1.68
18432471--18432502	12	2.7	12	100	0	64	18	6	0	75	1.01
18454146--18454191	21	2.1	22	88	4	67	43	0	10	45	1.39
18456051--18456088	19	2.0	20	89	5	60	18	34	7	39	1.80
18466781--18466811	11	2.7	11	95	5	53	83	6	3	6	0.88
18466898--18466925	13	2.2	13	100	0	56	78	7	0	14	0.95
18466898--18466935	12	3.1	12	88	11	51	76	7	2	13	1.11
18466929--18466993	13	5.2	12	73	20	53	73	3	15	7	1.18
18468007--18468036	11	2.7	11	94	0	51	80	6	13	0	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18468007--18468113	6	17.7	6	67	12	58	71	3	17	6	1.22
18468074--18468111	13	2.8	13	82	17	51	73	0	18	7	1.06
18467993--18468111	12	10.0	12	68	21	54	70	3	17	8	1.26
18468117--18468148	12	2.7	12	95	0	55	59	0	21	18	1.38
18471647--18471696	13	3.8	13	92	5	82	72	6	4	18	1.22
18477829--18477906	29	2.7	28	80	11	95	25	14	30	29	1.94
18477859--18478360	174	2.9	174	99	0	986	30	14	24	31	1.94
18486054--18486232	27	6.6	27	83	5	191	29	27	15	27	1.96
18486080--18486230	82	1.9	81	87	4	223	28	27	15	27	1.96
18486779--18486803	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
18487887--18488562	100	6.9	101	78	8	615	39	17	15	27	1.89
18488323--18488489	88	1.9	87	90	3	264	40	13	17	28	1.88
18488512--18488608	46	2.1	46	88	1	142	44	8	11	36	1.70
18488558--18489352	101	7.9	100	79	6	660	42	17	14	26	1.87
18488558--18494659	201	31.3	200	72	12	1041	39	18	15	26	1.90
18489267--18489527	88	3.0	88	89	1	380	36	18	19	24	1.95
18489422--18490138	100	7.0	100	73	8	523	39	19	15	24	1.91
18490064--18490226	86	1.9	87	82	8	208	43	14	14	27	1.84
18490138--18490317	100	1.8	100	80	9	224	41	15	16	26	1.88
18489964--18490375	186	2.2	187	79	7	426	41	16	14	27	1.87
18490790--18490982	88	2.2	86	82	5	237	37	18	16	27	1.92
18490876--18491559	100	6.8	99	81	4	658	38	19	16	26	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18490876--18494683	201	19.5	200	72	11	2497	38	18	15	27	1.91
18491567--18494683	100	31.9	100	72	11	1018	39	17	15	27	1.91
18491964--18492156	87	2.2	86	82	3	217	39	19	13	26	1.89
18492273--18492533	87	3.0	86	74	3	245	40	14	14	30	1.86
18492442--18494683	101	22.8	101	74	10	1469	39	17	16	27	1.90
18492744--18493006	87	3.0	87	79	2	244	38	14	16	30	1.89
18493303--18493469	88	1.9	84	81	4	199	38	15	16	28	1.90
18493461--18493735	150	1.8	150	88	4	421	37	20	16	25	1.93
18493756--18493855	46	2.2	46	87	3	139	47	8	10	35	1.67
18493662--18493953	147	2.0	147	86	1	415	42	15	12	29	1.84
18493802--18494683	301	2.9	300	82	4	1044	40	18	15	25	1.90
18516489--18516538	17	2.9	17	93	0	91	24	26	6	44	1.76
18518788--18518982	40	4.9	40	84	5	164	26	25	21	26	2.00
18536464--18536499	17	2.1	17	100	0	72	22	27	5	44	1.75
18541174--18541646	47	10.1	47	92	0	732	28	30	9	32	1.88
18548024--18548057	14	2.4	14	86	13	52	2	11	0	85	0.71
18548024--18548056	17	1.9	17	88	11	50	3	12	0	84	0.72
18565740--18565784	22	2.0	22	83	8	56	40	4	0	55	1.20
18566392--18566435	21	2.1	21	83	8	54	20	6	18	54	1.66
18573100--18573130	16	1.9	16	100	0	62	25	9	0	64	1.24
18575067--18575136	36	1.9	36	85	0	95	15	12	28	42	1.84
18576047--18576072	12	2.2	12	100	0	52	57	0	7	34	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18583836--18583918	36	2.3	36	87	4	114	16	15	27	39	1.89
18583865--18583952	36	2.4	36	83	3	106	20	13	26	39	1.90
18583873--18583961	36	2.5	36	83	0	97	19	11	28	41	1.85
18587279--18587386	55	1.9	56	92	1	182	35	6	13	44	1.70
18588070--18588120	19	2.6	19	77	20	52	52	0	3	43	1.19
18588565--18588650	39	2.2	39	79	4	93	43	6	11	38	1.68
18589307--18589381	22	3.4	22	75	10	64	62	1	1	34	1.12
18589320--18589381	15	4.0	15	72	14	54	64	1	1	32	1.13
18589305--18589366	7	8.9	7	77	5	63	61	0	1	37	1.06
18589313--18589367	8	7.4	8	76	15	55	63	0	1	34	1.05
18589313--18589367	15	3.7	15	85	2	58	63	0	1	34	1.05
18590151--18590206	27	2.0	28	86	10	80	53	5	1	39	1.34
18596012--18596267	128	2.0	128	98	0	494	38	12	21	28	1.89
18597099--18597138	16	2.3	18	83	12	57	32	0	2	65	1.06
18601182--18601237	16	3.5	16	80	0	76	39	5	25	30	1.78
18601184--18601456	133	2.0	134	88	0	404	35	4	24	35	1.77
18601517--18601568	26	2.0	26	88	3	79	46	0	3	50	1.20
18601526--18601639	55	2.0	57	84	3	151	51	1	0	45	1.17
18601660--18601693	12	2.8	13	86	13	54	50	0	0	50	1.00
18602081--18602340	144	1.8	144	83	6	348	28	19	18	33	1.96
18602580--18602655	20	3.8	20	75	8	73	15	1	35	47	1.54
18604370--18604449	31	2.6	31	92	4	126	18	12	21	47	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18605296--18605362	12	5.8	12	71	25	56	47	0	2	49	1.16
18605292--18605362	34	2.1	35	84	12	94	47	0	2	49	1.16
18606621--18606690	3	23.3	3	100	0	140	67	0	0	32	0.91
18609783--18609817	14	2.5	14	90	0	52	28	0	34	37	1.58
18609791--18609819	14	2.1	14	100	0	58	27	0	27	44	1.54
18614451--18614530	5	15.8	5	96	2	142	78	0	0	21	0.75
18614706--18614749	15	2.9	15	82	0	61	27	11	4	56	1.53
18614773--18614809	19	1.9	20	94	5	67	54	32	0	13	1.40
18620258--18620297	15	2.6	16	80	4	55	35	2	20	42	1.65
18620485--18620634	49	3.0	51	82	2	187	27	15	22	34	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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