genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.71.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56598092

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   

This is table  71  of  185  ( 22116 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21462816--21463112	100	2.9	100	81	3	326	22	28	21	27	1.99
21464137--21464541	202	2.0	202	97	0	758	40	14	11	34	1.81
21471268--21471366	42	2.4	42	81	6	112	27	24	27	21	1.99
21471274--21471377	42	2.5	42	80	3	102	25	22	29	23	1.99
21476779--21476840	30	2.1	30	81	0	70	53	9	6	30	1.59
21484488--21484607	60	2.0	60	91	0	195	32	32	15	19	1.93
21488698--21488748	21	2.4	21	83	0	57	11	0	35	52	1.38
21488965--21489256	126	2.3	126	89	0	431	31	19	21	27	1.97
21492334--21492406	11	6.6	11	78	10	69	42	1	32	23	1.63
21494715--21494792	21	4.2	17	72	20	57	58	1	1	38	1.14
21494907--21494956	22	2.3	22	80	16	59	48	0	0	52	1.00
21496101--21496142	20	2.2	19	83	12	50	42	7	2	47	1.43
21495917--21496667	247	3.0	251	81	7	796	36	10	8	44	1.68
21497016--21497115	44	2.4	41	85	9	146	33	19	20	28	1.96
21497030--21497121	44	2.1	44	95	2	168	38	15	20	26	1.92
21497205--21497718	41	12.8	41	81	5	530	18	19	34	27	1.96
21498381--21498421	21	2.0	20	90	4	64	21	0	39	39	1.54
21502040--21502130	43	2.1	43	86	6	123	35	10	9	43	1.73
21502401--21502707	43	7.2	42	82	4	357	25	18	28	27	1.98
21502401--21502707	85	3.6	85	81	4	359	25	18	28	27	1.98
21502414--21502707	128	2.3	128	83	5	364	26	19	27	26	1.99
21511174--21511241	31	2.2	31	82	10	77	19	22	19	39	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21514463--21514507	22	2.0	22	100	0	90	26	8	17	46	1.78
21515657--21515684	14	2.0	14	100	0	56	42	7	7	42	1.59
21524627--21525409	389	2.0	389	92	0	1287	30	20	16	32	1.95
21536799--21536834	17	2.1	18	89	5	56	66	0	0	33	0.92
21536800--21536834	13	2.8	13	91	4	54	65	0	0	34	0.93
21537601--21537645	20	2.2	20	100	0	90	4	0	31	64	1.13
21537599--21537650	20	2.8	18	86	13	79	3	0	40	55	1.18
21543587--21543650	18	3.6	17	77	12	51	29	4	6	59	1.42
21543611--21543661	3	17.3	3	76	11	52	29	3	3	62	1.31
21543613--21543662	21	2.5	20	76	23	59	28	4	4	64	1.30
21544525--21544797	106	2.5	106	88	5	388	29	16	18	35	1.93
21550460--21550704	44	5.6	44	78	5	226	29	22	18	29	1.97
21550460--21550704	132	1.9	132	84	1	330	29	22	18	29	1.97
21550470--21550704	88	2.7	87	80	5	249	30	21	18	30	1.97
21551609--21551731	44	2.8	44	81	3	142	31	29	16	22	1.96
21556149--21556208	30	2.0	30	96	0	111	36	10	5	48	1.59
21557221--21557377	78	2.0	78	100	0	314	45	7	14	33	1.73
21567529--21568311	389	2.0	389	91	0	1278	30	20	16	32	1.95
21578878--21578922	15	2.9	16	83	12	58	60	4	0	35	1.17
21607510--21607554	15	2.9	16	83	12	58	60	4	0	35	1.17
21618472--21618496	12	2.1	12	100	0	50	32	32	20	16	1.94
21618941--21618997	28	2.0	28	100	0	114	24	17	10	47	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21624876--21624987	50	2.2	50	80	3	127	22	23	23	31	1.99
21626341--21626379	20	2.0	20	90	10	62	15	23	5	56	1.59
21626686--21626818	51	2.5	54	79	8	148	25	28	18	27	1.98
21626686--21626823	56	2.6	50	79	7	141	25	27	19	27	1.99
21626931--21626975	22	2.1	22	84	12	58	48	13	6	31	1.68
21630159--21630189	14	2.2	14	94	0	53	38	0	41	19	1.51
21640266--21640295	14	2.1	14	93	0	51	40	0	43	16	1.48
21646509--21646693	40	4.7	40	82	6	216	24	21	28	26	1.99
21646562--21646726	79	2.1	79	80	6	183	26	19	27	26	1.99
21654104--21654288	40	4.7	40	82	7	209	23	23	27	24	2.00
21654104--21654288	79	2.3	81	83	7	236	23	23	27	24	2.00
21654105--21654321	79	2.7	78	78	12	228	25	23	27	24	2.00
21657319--21657389	25	2.9	24	79	6	88	23	22	18	35	1.96
21657322--21657398	25	3.1	24	77	7	82	24	19	19	36	1.95
21657319--21657429	50	2.2	50	80	6	127	26	20	19	33	1.97
21664298--21664326	15	1.9	15	100	0	58	27	27	13	31	1.94
21668196--21668245	25	2.0	25	100	0	100	28	28	4	40	1.74
21668187--21668256	25	2.5	30	73	23	89	30	24	4	41	1.74
21672126--21672155	12	2.4	13	94	5	53	36	0	0	63	0.95
21672282--21672338	30	1.9	30	96	0	105	56	12	3	28	1.52
21672383--21672430	22	2.2	22	88	7	71	54	6	20	18	1.65
21672382--21672420	11	3.5	11	78	0	51	48	10	20	20	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21672843--21672890	23	2.1	23	100	0	96	20	27	4	47	1.68
21674879--21675056	27	6.5	28	82	5	188	27	15	27	29	1.96
21674880--21675035	82	1.9	81	86	3	224	27	15	27	29	1.96
21674876--21675056	82	2.2	82	82	2	222	27	15	27	29	1.96
21682903--21683080	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
21682904--21683059	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
21682900--21683080	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
21684469--21684531	21	3.0	21	73	19	67	33	3	0	63	1.10
21684471--21684528	10	5.5	11	80	12	52	32	3	0	63	1.11
21684442--21684556	43	2.8	41	79	14	105	32	4	1	61	1.25
21685124--21685476	126	2.8	126	88	3	514	28	14	22	34	1.94
21688505--21688722	116	1.9	116	98	0	418	43	9	9	38	1.69
21688724--21688769	22	2.2	20	88	11	67	26	0	28	45	1.54
21688728--21688835	23	4.5	23	77	18	105	27	0	25	46	1.53
21688748--21689599	29	30.4	29	76	15	759	27	0	27	44	1.59
21688748--21689593	59	15.2	58	75	16	382	27	0	27	44	1.59
21689140--21689185	22	2.2	20	88	11	67	26	0	28	45	1.54
21689092--21689593	80	6.2	80	80	11	499	27	0	27	44	1.59
21689220--21689265	22	2.2	20	88	11	67	28	0	26	45	1.54
21689615--21689727	25	4.7	25	68	18	96	42	13	0	43	1.49
21689615--21689770	70	2.3	69	93	2	260	44	13	0	41	1.48
21689624--21689734	35	3.2	35	64	19	95	45	13	0	40	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21690203--21690237	18	1.9	18	94	0	61	34	8	31	25	1.86
21690887--21690917	7	4.4	7	100	0	62	58	12	0	29	1.35
21702343--21702454	56	2.0	56	100	0	224	37	5	19	37	1.75
21718723--21718929	28	7.4	28	93	2	310	32	29	13	24	1.93
21744060--21744107	24	2.0	24	91	0	78	20	31	18	29	1.97
21749387--21749648	40	6.6	40	83	6	248	25	28	20	24	1.99
21749387--21749648	120	2.2	119	81	6	291	25	28	20	24	1.99
21749352--21749648	80	3.7	80	77	10	238	25	27	20	25	1.99
21756950--21757212	40	6.6	39	81	7	217	25	27	21	25	1.99
21756948--21757159	80	2.7	79	83	5	257	25	27	21	25	1.99
21756950--21757212	120	2.2	119	79	7	275	25	27	21	25	1.99
21759635--21759670	15	2.5	14	91	8	63	33	0	0	66	0.92
21772564--21772825	39	6.7	40	85	9	319	25	22	27	24	2.00
21772616--21772858	78	3.1	79	86	6	273	26	21	27	24	1.99
21781319--21781396	38	2.1	35	81	11	86	32	19	11	37	1.87
21793827--21793957	64	2.0	64	88	0	190	29	21	20	29	1.98
21793904--21793950	24	2.0	24	86	0	67	29	21	19	29	1.97
21794041--21794152	42	2.7	42	84	0	134	38	19	14	27	1.91
21800200--21800253	24	2.2	26	77	12	60	37	3	14	44	1.63
21800548--21800599	17	3.2	16	86	7	70	44	9	17	28	1.80
21804837--21804875	20	2.0	20	94	0	69	43	0	5	51	1.24
21810597--21810637	19	2.2	19	91	8	66	31	9	7	51	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21815060--21815103	15	2.9	15	82	0	61	43	4	20	31	1.72
21817143--21817183	19	2.2	19	91	8	66	31	9	7	51	1.62
21819045--21819082	20	1.9	20	88	0	58	34	0	2	63	1.09
21820602--21820645	15	2.9	15	89	3	52	20	15	0	63	1.31
21820614--21820645	15	2.1	15	100	0	64	18	18	0	62	1.33
21824210--21824448	51	4.7	50	76	5	203	25	17	26	30	1.97
21825664--21825729	33	2.0	33	100	0	132	27	12	24	36	1.91
21825679--21825731	16	3.2	16	73	5	61	26	11	24	37	1.89
21832726--21832897	79	2.2	79	84	3	220	25	21	27	25	1.99
21832673--21832895	40	5.6	39	81	8	209	25	21	27	25	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185