genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.75.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56598092

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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This is table  75  of  185  ( 22116 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23151282--23151507	118	1.9	118	95	2	409	49	4	1	45	1.30
23151426--23151459	17	2.0	17	100	0	68	58	0	0	41	0.98
23151288--23151512	117	1.9	118	94	3	391	49	4	1	44	1.30
23151614--23151646	14	2.3	15	89	5	50	75	6	0	18	1.00
23151992--23152130	59	2.4	58	87	2	197	36	21	18	23	1.95
23154432--23154478	19	2.6	18	78	15	53	46	2	6	44	1.40
23154432--23154481	17	2.7	19	76	11	52	46	2	6	46	1.39
23156319--23156363	3	15.0	3	95	0	81	31	0	2	66	1.04
23156807--23156853	16	2.8	17	70	9	51	31	2	2	63	1.18
23156927--23156959	10	3.4	10	87	4	50	30	0	0	69	0.88
23162650--23162690	21	2.0	21	85	9	57	39	17	12	31	1.86
23170646--23170695	23	2.3	22	86	6	66	22	22	8	48	1.76
23175339--23175450	55	2.0	55	96	0	206	41	21	15	22	1.90
23176786--23176842	20	2.8	20	89	0	78	22	29	0	47	1.52
23177498--23177786	40	7.2	40	88	2	375	44	27	13	13	1.82
23183113--23183165	8	6.0	8	79	12	52	77	0	3	18	0.92
23183109--23183160	20	2.6	21	75	9	63	76	0	3	19	0.93
23186332--23186471	50	2.8	50	84	0	154	27	22	28	21	1.99
23186340--23186525	50	3.8	49	77	5	151	26	23	27	22	1.99
23190984--23191036	21	2.5	22	87	9	83	26	7	37	28	1.83
23191204--23191260	30	1.9	30	92	0	96	31	14	10	43	1.79
23197185--23197223	18	2.2	18	100	0	78	46	10	20	23	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23202092--23202146	22	2.4	23	82	11	69	63	3	0	32	1.12
23205457--23205498	20	2.1	20	86	0	57	7	21	4	66	1.35
23208319--23208517	98	2.0	98	93	0	335	37	24	9	28	1.87
23209829--23209941	19	5.8	19	83	4	154	34	15	10	39	1.81
23209829--23209940	40	2.8	40	91	2	174	34	14	10	40	1.80
23210155--23211001	44	19.6	43	70	15	407	27	23	19	29	1.98
23210144--23211023	217	4.1	217	93	0	1433	27	23	19	30	1.98
23210115--23211020	433	2.1	434	91	2	1464	27	22	19	30	1.98
23211016--23211763	132	5.7	132	93	0	1237	25	24	19	31	1.98
23211054--23211751	44	15.9	44	61	14	154	24	24	19	30	1.98
23212964--23213006	20	2.2	20	86	0	59	4	18	0	76	0.95
23212970--23213015	21	2.2	21	84	7	58	2	23	0	73	0.94
23212977--23213014	20	1.9	20	88	0	58	0	26	0	73	0.83
23217775--23217821	25	2.0	24	87	8	69	57	4	8	29	1.48
23218075--23218115	22	1.9	22	90	5	66	65	0	9	24	1.22
23218453--23218566	19	5.8	19	83	6	156	34	15	11	38	1.84
23218453--23218565	40	2.8	40	92	4	176	34	15	11	38	1.83
23218453--23218566	59	1.9	58	87	5	167	34	15	11	38	1.84
23226845--23226888	23	2.0	22	86	4	61	22	4	18	54	1.61
23227557--23227597	18	2.3	18	100	0	82	43	24	0	31	1.54
23237434--23237475	20	2.2	20	86	4	59	52	0	0	47	1.00
23237788--23237825	17	2.2	18	90	9	62	52	2	0	44	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23238286--23238350	32	2.0	33	96	3	123	58	3	3	35	1.29
23243630--23243695	29	2.2	29	78	2	69	57	1	12	28	1.44
23245002--23245277	51	5.1	52	85	10	319	30	21	6	41	1.78
23245043--23245277	58	4.2	58	85	11	294	29	22	5	41	1.77
23249041--23249073	2	16.5	2	93	0	57	51	45	0	3	1.16
23253055--23253247	63	3.1	63	82	0	188	26	20	21	31	1.98
23254840--23256094	644	1.9	643	92	1	2077	21	28	10	39	1.86
23261550--23261975	47	8.9	47	91	3	588	32	8	29	29	1.87
23261550--23261975	96	4.5	94	93	3	692	32	8	29	29	1.87
23263358--23263780	40	10.6	40	91	2	618	24	21	28	26	1.99
23267459--23267794	47	6.9	49	89	7	517	32	8	29	29	1.86
23267459--23267783	98	3.3	98	96	0	573	32	8	29	29	1.87
23271382--23271465	21	4.3	19	70	14	55	48	9	3	38	1.53
23271382--23271494	58	1.9	58	98	0	217	48	10	3	37	1.55
23281744--23281823	40	2.0	40	97	0	151	26	26	10	37	1.88
23284451--23284621	93	1.8	94	96	1	317	56	9	8	25	1.61
23287693--23287725	15	2.2	15	100	0	66	48	6	6	39	1.53
23294827--23294944	61	1.9	61	92	0	200	48	6	2	42	1.43
23294822--23294924	31	3.4	30	70	8	91	51	5	2	39	1.41
23296533--23296584	23	2.3	23	100	0	104	48	0	11	40	1.40
23307727--23307753	8	3.4	8	100	0	54	66	0	0	33	0.92
23309379--23309449	32	2.3	31	85	4	97	23	26	4	45	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23314069--23314153	40	2.1	41	82	2	100	31	8	17	42	1.79
23314360--23314460	45	2.2	45	89	3	150	21	15	19	42	1.89
23318962--23319021	23	2.6	22	82	12	68	46	0	1	51	1.10
23321633--23321671	17	2.3	17	90	0	60	23	2	7	66	1.30
23322840--23323267	140	3.1	140	91	0	667	24	19	24	32	1.98
23327325--23327364	10	3.2	13	83	16	50	42	0	0	57	0.98
23327429--23327475	18	2.8	17	84	9	53	46	0	0	53	1.00
23327193--23327595	117	3.4	120	94	3	708	43	1	3	51	1.27
23327541--23327575	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
23327732--23327829	45	2.2	44	87	8	137	35	28	4	31	1.76
23328631--23328974	123	2.8	123	94	0	598	28	15	22	33	1.94
23329342--23329485	19	7.7	18	73	24	113	50	2	7	39	1.43
23329332--23329496	37	4.5	37	93	3	271	50	2	6	40	1.42
23329363--23329464	27	3.8	25	70	21	55	53	2	4	38	1.37
23329493--23330041	29	19.4	28	83	10	658	24	0	30	44	1.55
23329809--23329905	35	3.0	32	75	20	94	25	0	31	42	1.56
23329873--23329958	23	3.5	23	75	17	91	23	0	31	45	1.53
23329829--23329906	35	2.3	35	93	2	131	24	0	33	42	1.55
23331790--23331943	28	5.5	28	92	0	247	26	11	27	33	1.91
23333485--23333753	29	9.3	29	88	4	400	23	0	31	43	1.57
23333488--23333752	115	2.3	116	94	0	460	23	0	31	44	1.57
23333952--23333998	21	2.2	21	85	7	60	2	27	34	36	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23334946--23334971	7	3.7	7	100	0	52	57	15	0	26	1.38
23336147--23336293	22	6.4	22	71	14	109	45	0	27	26	1.54
23336111--23336277	73	2.3	73	96	1	309	46	0	26	26	1.58
23336260--23336292	10	3.0	11	86	13	50	45	0	36	18	1.49
23338132--23338163	13	2.6	12	90	9	55	25	12	18	43	1.85
23339361--23339573	72	2.9	72	79	3	205	24	17	16	40	1.90
23339478--23339579	36	2.8	38	79	7	120	23	18	17	40	1.91
23339350--23339559	36	5.9	34	68	13	136	23	17	17	41	1.90
23341003--23341097	47	2.0	47	85	0	127	28	11	25	34	1.91
23345703--23345745	19	2.3	18	84	4	59	60	4	0	34	1.17
23345780--23345808	7	4.1	7	100	0	58	58	0	0	41	0.98
23349216--23349311	4	24.0	4	97	0	183	48	25	1	25	1.57
23350094--23350134	21	2.0	21	85	0	55	24	2	29	43	1.67
23353454--23353490	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
23354275--23354334	22	2.7	22	84	0	84	56	8	16	18	1.64
23355452--23355727	146	1.9	142	80	12	323	46	5	6	42	1.52
23357381--23357405	4	6.2	4	100	0	50	76	0	0	24	0.80
23360234--23360265	12	2.7	12	100	0	64	50	0	6	43	1.27
23362223--23362249	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
23362374--23362424	3	17.3	3	75	4	50	60	3	1	33	1.26
23363973--23364774	134	6.0	134	95	0	1362	29	23	20	26	1.99
23364695--23365273	44	13.1	43	75	7	473	29	26	17	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23364695--23365273	132	4.4	132	93	0	951	29	26	17	27	1.97
23390505--23390547	12	3.6	12	100	0	86	25	16	13	44	1.85
23390608--23390657	6	8.2	6	81	16	50	2	20	2	76	0.99
23390597--23390667	37	1.9	37	86	11	101	2	18	2	76	1.04
23390593--23390653	16	3.8	16	77	14	63	3	19	1	75	1.03
23391586--23391633	12	4.0	12	81	8	53	18	6	2	72	1.15
23391578--23391629	23	2.3	23	96	0	95	13	7	3	75	1.17
23391578--23391627	11	4.5	11	82	5	64	14	6	4	76	1.13
23393314--23393385	30	2.4	30	84	11	103	33	12	23	30	1.92
23393332--23393397	30	2.2	30	81	10	73	28	15	30	25	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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