genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.85.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56598092

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26529440--26529473	7	4.7	7	88	3	50	26	0	32	41	1.56
26529440--26529491	14	3.7	15	78	19	58	26	0	30	42	1.56
26529443--26529506	21	3.0	22	79	9	69	25	0	35	39	1.56
26529472--26529544	21	3.4	21	79	9	76	24	0	42	32	1.55
26529847--26530026	72	2.5	72	100	0	360	49	3	15	32	1.60
26530215--26530263	25	1.9	26	91	4	82	59	14	4	22	1.52
26532988--26533154	43	3.9	43	78	6	169	26	17	29	25	1.98
26532949--26533123	86	2.0	85	83	5	219	25	17	30	26	1.97
26532988--26533166	86	2.1	86	82	4	209	27	17	29	25	1.98
26547060--26547130	35	2.0	35	100	0	142	32	5	22	39	1.77
26554738--26554842	52	2.0	52	100	0	210	22	20	29	26	1.99
26556039--26556072	16	2.1	17	88	5	52	35	5	20	38	1.77
26566324--26566358	18	1.9	18	88	11	54	40	0	5	54	1.24
26566264--26566682	138	3.0	138	89	1	626	39	7	4	47	1.52
26568050--26568249	45	4.5	44	78	9	181	25	18	13	43	1.86
26568087--26568293	89	2.3	90	83	4	267	24	17	13	44	1.85
26568087--26568293	45	4.6	44	82	3	227	24	17	13	44	1.85
26572698--26572746	25	2.0	25	83	0	62	34	18	16	30	1.93
26575909--26576060	27	5.6	27	93	3	232	30	28	13	26	1.94
26575909--26576085	55	3.2	55	90	0	264	31	29	13	25	1.94
26584053--26584204	27	5.6	27	93	3	241	30	28	13	26	1.94
26584053--26584204	55	2.8	55	94	0	259	30	28	13	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26589146--26589187	22	1.9	22	90	0	66	28	19	26	26	1.98
26589544--26589727	27	7.0	27	78	11	134	32	8	16	41	1.79
26589580--26589794	27	8.1	27	77	13	164	32	8	18	40	1.82
26592973--26593026	26	2.1	26	100	0	108	46	3	31	18	1.67
26595172--26595460	48	6.0	48	90	2	465	34	6	28	30	1.83
26595172--26595451	94	2.9	95	90	1	454	35	6	27	30	1.83
26595190--26595482	94	3.1	93	82	11	371	33	7	29	30	1.84
26595601--26595740	37	3.8	37	94	0	235	25	18	32	24	1.97
26619873--26619918	19	2.3	21	85	11	69	19	17	4	58	1.55
26619879--26619924	19	2.4	18	83	16	58	26	15	2	56	1.50
26620897--26621750	288	3.0	289	86	1	1133	33	18	17	29	1.94
26623357--26623457	27	3.8	27	80	1	114	27	16	18	36	1.93
26623437--26623507	26	2.7	26	88	0	97	22	11	29	36	1.89
26629129--26629179	26	2.0	26	88	0	75	43	17	19	19	1.89
26629392--26629770	27	14.2	27	79	9	334	19	17	19	43	1.88
26629408--26629770	81	4.5	81	82	4	391	19	17	19	43	1.88
26631209--26631238	14	2.1	14	93	0	51	40	0	43	16	1.48
26643851--26643891	18	2.3	18	87	4	57	21	4	7	65	1.37
26647197--26647283	23	3.7	23	87	7	122	13	5	44	35	1.68
26653489--26653519	15	2.1	15	100	0	62	45	25	6	22	1.76
26656744--26657236	247	2.0	246	92	0	815	17	16	16	49	1.80
26657185--26657237	17	3.6	14	75	20	54	3	20	0	75	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26666920--26667152	102	2.3	102	92	0	378	28	28	20	22	1.98
26667100--26667149	26	1.9	26	100	0	100	28	32	24	16	1.96
26667167--26667367	51	4.0	51	81	5	255	29	29	17	23	1.97
26667158--26667358	101	2.0	101	90	3	316	30	27	17	23	1.97
26670894--26670953	26	2.3	26	85	0	75	23	18	18	40	1.92
26670973--26671156	58	3.2	58	76	4	167	24	15	19	40	1.91
26670957--26671133	29	6.0	29	71	7	117	26	15	18	39	1.90
26670975--26671156	29	6.3	29	74	11	122	24	15	19	40	1.90
26671028--26671184	29	5.5	28	71	12	88	21	14	21	42	1.89
26675203--26675264	11	5.6	11	80	0	61	40	46	3	9	1.53
26697992--26698099	19	5.8	18	72	12	67	26	1	3	67	1.17
26699738--26699765	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
26710536--26710618	2	41.5	2	97	0	157	0	49	0	50	1.00
26716904--26717138	58	4.1	58	76	7	201	40	20	13	25	1.89
26716910--26717142	29	8.1	29	76	9	174	42	19	12	25	1.87
26720918--26720946	14	2.0	15	93	6	51	58	0	0	41	0.98
26724234--26724280	24	2.0	24	87	8	69	46	2	0	51	1.13
26727400--26727426	2	13.5	2	100	0	54	0	0	48	51	1.00
26727817--26727911	48	2.0	48	93	0	163	56	6	6	30	1.49
26727912--26728433	120	4.3	120	95	0	839	43	2	4	49	1.33
26727969--26728399	61	7.2	59	67	20	223	44	2	4	48	1.35
26728380--26728414	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26735261--26735305	6	7.8	6	82	9	58	66	0	2	31	1.04
26735263--26735305	22	2.0	22	90	0	68	65	0	2	32	1.06
26735254--26735302	16	2.9	16	81	9	53	67	0	4	28	1.09
26747340--26747364	13	1.9	13	100	0	50	48	16	4	32	1.64
26748582--26749007	126	3.4	125	85	3	536	31	16	22	29	1.96
26752015--26752118	53	2.0	53	94	0	181	43	3	9	43	1.55
26752118--26752395	43	6.5	42	83	3	315	24	0	27	47	1.57
26752118--26752395	65	4.3	65	84	2	323	24	0	27	47	1.57
26752363--26752417	15	3.9	15	75	20	64	20	0	36	43	1.52
26752118--26752395	22	13.0	22	80	4	311	24	0	27	47	1.57
26752364--26752418	28	2.0	28	96	0	101	20	0	36	43	1.52
26752661--26752709	21	2.3	21	82	6	64	2	22	38	36	1.66
26752965--26753007	18	2.4	18	84	0	59	46	9	27	16	1.77
26754870--26754946	11	6.9	11	73	19	63	44	0	29	25	1.55
26754870--26754945	33	2.3	35	80	13	88	43	0	30	26	1.55
26755124--26755200	40	1.9	40	89	0	118	24	27	24	23	2.00
26756309--26756350	19	2.3	18	84	12	50	69	2	7	21	1.25
26757340--26757393	25	2.2	24	90	6	90	61	0	0	38	0.96
26758216--26758257	21	2.0	21	85	0	57	28	4	16	50	1.66
26758800--26758889	32	2.8	31	81	6	99	24	27	23	24	2.00
26759463--26759487	13	1.9	13	100	0	50	24	0	20	56	1.43
26759873--26759961	26	3.5	26	93	3	162	38	3	0	58	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26759951--26759987	11	3.5	11	92	7	67	48	0	0	51	1.00
26761406--26761768	41	8.9	41	78	3	358	21	19	27	32	1.97
26761408--26761767	161	2.2	162	81	3	411	21	18	27	32	1.97
26762142--26762168	14	1.9	14	100	0	54	22	0	40	37	1.54
26762138--26762202	21	3.0	22	80	8	71	21	0	40	38	1.54
26762428--26762518	15	6.3	15	80	12	91	27	0	32	39	1.57
26762499--26762566	15	4.7	15	77	17	63	27	1	36	33	1.66
26762068--26762659	304	1.9	304	88	4	901	29	2	26	41	1.69
26764482--26764572	47	1.9	47	95	0	164	38	9	23	28	1.86
26767724--26767778	27	2.0	27	92	0	92	25	12	23	38	1.90
26767687--26767820	70	1.9	70	84	3	180	25	13	26	35	1.93
26767825--26767853	14	2.1	14	100	0	58	27	24	27	20	1.99
26767784--26767896	57	2.0	57	89	5	176	25	20	26	27	1.99
26767839--26767996	43	3.7	43	87	5	207	23	17	26	32	1.97
26767840--26767996	85	1.8	86	86	6	230	23	17	26	32	1.96
26769941--26769995	29	2.0	27	82	13	67	60	10	14	14	1.60
26772978--26773083	48	2.2	48	86	0	149	30	9	11	49	1.70
26776900--26777064	43	3.9	43	78	6	156	29	24	15	30	1.95
26776908--26777064	44	3.6	45	78	6	155	28	24	15	31	1.95
26783934--26783981	23	2.1	23	85	11	64	41	8	10	39	1.69
26784072--26784465	199	2.0	199	92	2	666	40	12	13	33	1.82
26792225--26792733	100	5.1	100	89	0	748	23	19	23	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26792272--26792733	50	9.2	50	70	6	317	22	19	24	33	1.97
26792788--26793622	131	6.4	131	93	0	1375	24	24	20	30	1.99
26794798--26794873	26	2.9	25	72	5	62	7	11	3	76	1.14
26794836--26794928	8	11.5	8	72	13	57	8	4	8	78	1.08
26794878--26794928	13	3.9	13	75	17	52	11	1	7	78	1.04
26794836--26794934	16	6.1	16	72	16	78	9	4	8	78	1.07
26794830--26794939	14	8.0	14	72	18	70	10	4	8	76	1.14
26794886--26794939	15	3.5	15	82	12	65	12	1	9	75	1.11
26794922--26794964	22	2.0	22	82	8	54	23	4	11	60	1.50
26801896--26801997	42	2.4	44	80	8	120	27	22	30	19	1.98

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