genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.28.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56598092

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  28  of  185  ( 22116 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7807873--7807898	13	2.0	13	100	0	52	76	0	0	23	0.78
7815200--7815367	81	2.1	81	97	0	318	29	12	16	41	1.85
7819193--7819242	21	2.4	21	96	0	91	34	4	8	54	1.49
7834220--7834269	20	2.4	21	90	6	84	20	0	46	34	1.51
7835751--7835797	22	2.1	22	100	0	94	40	4	12	42	1.63
7837000--7837044	18	2.5	18	96	0	81	48	11	0	40	1.39
7837004--7837044	9	4.6	9	81	0	55	46	12	0	41	1.41
7837066--7837099	17	1.9	18	88	5	52	38	5	0	55	1.24
7837116--7837258	46	3.2	46	73	18	176	48	16	0	34	1.47
7837116--7837297	86	2.1	86	98	0	355	49	17	0	33	1.47
7837159--7837297	40	3.3	40	75	18	156	51	16	0	32	1.45
7837326--7837945	9	67.2	9	78	9	519	46	16	0	36	1.52
7842518--7842845	42	7.7	42	82	5	367	25	21	20	32	1.98
7842521--7842845	127	2.5	127	82	6	390	25	21	20	32	1.98
7844240--7844275	14	2.6	15	83	16	51	41	11	2	44	1.54
7845525--7845600	40	1.9	40	86	5	109	21	28	27	22	1.99
7847859--7847984	43	2.9	43	97	1	234	22	21	30	26	1.99
7847865--7848174	43	7.2	43	78	5	200	25	26	22	25	2.00
7848096--7848188	43	2.2	43	78	3	98	25	29	17	27	1.97
7848522--7848634	21	5.4	21	81	0	109	7	38	15	38	1.75
7848522--7848623	42	2.4	42	81	0	123	6	39	15	38	1.74
7848605--7848751	66	2.2	66	87	4	208	14	27	17	40	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7848625--7848775	66	2.3	65	86	5	196	15	24	18	41	1.90
7854141--7854475	9	39.8	9	70	16	229	31	1	20	46	1.61
7854163--7854469	16	18.8	16	73	14	149	30	1	20	47	1.58
7854147--7854475	25	13.0	25	75	13	152	31	1	20	47	1.61
7854241--7854305	34	1.9	34	90	0	103	32	1	18	47	1.58
7854249--7854435	34	6.0	33	70	21	136	31	1	20	46	1.60
7854146--7854466	118	2.7	116	90	7	499	30	1	19	47	1.59
7854522--7854954	121	3.6	121	95	0	760	46	6	8	39	1.58
7854744--7854803	32	1.9	32	86	10	88	50	5	0	45	1.23
7854978--7855069	13	6.9	13	74	18	91	43	1	9	45	1.44
7854961--7855069	40	2.7	40	92	0	182	42	1	11	44	1.50
7855103--7855135	10	3.1	11	86	8	50	36	21	9	33	1.85
7859104--7859155	22	2.3	23	86	3	79	32	46	1	19	1.61
7859127--7859184	16	3.8	16	80	11	77	31	43	1	24	1.64
7860013--7860164	41	3.7	42	69	8	107	32	26	17	23	1.96
7860331--7860420	39	2.3	38	79	7	101	21	23	22	33	1.97
7861451--7861490	19	2.2	18	86	4	53	40	2	0	57	1.12
7861563--7861824	136	1.9	135	82	2	328	50	13	13	22	1.77
7863959--7863998	17	2.2	19	86	8	57	40	2	0	57	1.12
7864908--7864956	21	2.4	21	86	6	66	73	6	2	18	1.14
7866165--7866211	10	4.7	11	75	21	50	21	2	6	70	1.20
7866162--7866208	19	2.4	20	86	10	62	21	2	4	72	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7868773--7868814	22	1.9	22	90	0	66	7	19	16	57	1.62
7876152--7876188	19	1.9	19	88	0	56	48	2	48	0	1.15
7877511--7877760	73	3.5	72	90	5	382	31	18	17	32	1.94
7877514--7877774	72	3.6	71	87	5	346	31	18	16	32	1.94
7877782--7877921	71	2.0	71	88	0	208	32	20	19	27	1.97
7877623--7878800	158	7.5	158	84	9	1356	34	20	17	28	1.95
7877940--7878237	71	4.0	71	73	14	265	32	20	19	27	1.96
7878570--7878792	74	3.0	75	84	5	301	31	20	17	29	1.96
7878269--7878802	228	2.3	227	86	7	715	34	20	17	28	1.95
7878571--7878787	75	2.9	74	92	1	353	30	21	17	30	1.96
7878851--7878959	55	2.0	55	89	3	166	28	25	18	27	1.98
7896620--7896677	26	2.2	26	90	9	91	60	3	0	36	1.14
7898265--7898322	26	2.3	26	88	5	84	32	15	10	41	1.81
7898265--7898337	26	2.9	26	82	8	71	34	16	8	41	1.78
7900610--7900648	19	2.1	19	100	0	78	48	0	15	35	1.45
7902569--7902661	48	1.9	48	86	0	132	36	5	18	39	1.73
7930666--7930711	9	5.1	9	83	0	65	28	8	15	47	1.74
7930666--7930711	18	2.6	18	92	0	83	28	8	15	47	1.74
7933108--7934056	42	22.6	42	85	0	1036	23	16	18	41	1.90
7940359--7940400	6	7.0	6	94	0	57	42	0	40	16	1.48
7940359--7940400	12	3.5	12	90	0	66	42	0	40	16	1.48
7945270--7945327	30	1.9	31	86	6	84	34	1	8	55	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7949542--7949616	37	2.0	38	84	7	100	48	12	14	25	1.78
7950450--7950488	18	2.2	18	86	13	55	5	25	0	69	1.09
7954858--7954894	12	3.0	13	84	11	51	29	40	18	10	1.85
7955064--7955102	18	2.2	18	86	13	55	5	25	0	69	1.09
7965098--7965463	180	2.0	180	93	0	633	40	18	10	29	1.85
7966161--7966365	44	4.6	44	80	2	214	31	18	20	29	1.97
7966297--7966665	146	2.5	147	84	2	467	33	18	18	29	1.95
7966297--7966620	51	6.6	50	69	13	176	33	18	17	29	1.94
7966592--7966707	44	2.6	44	86	0	151	27	15	26	30	1.96
7968962--7969001	21	1.9	21	89	0	62	67	2	2	27	1.16
7969602--7969644	23	1.9	23	85	4	61	37	4	20	37	1.74
7979361--7979392	14	2.3	14	94	0	55	46	0	3	50	1.17
7981349--7981382	18	1.9	17	88	5	50	35	0	0	64	0.94
7981690--7981729	21	1.9	21	85	10	55	50	5	5	40	1.46
7983680--7983850	47	3.6	47	86	1	236	23	20	18	37	1.94
7984561--7984593	15	2.1	17	88	11	52	75	0	21	3	0.93
7985575--7985675	45	2.2	45	84	10	143	20	14	19	44	1.86
7987481--7987511	15	2.0	16	93	6	55	58	0	3	38	1.15
7989551--7989618	31	2.2	32	84	10	95	25	20	27	26	1.99
7989587--7989817	44	5.2	44	65	4	142	29	25	19	25	1.98
7989477--7989698	119	1.9	119	88	1	338	26	24	22	27	2.00
7989584--7989786	45	4.6	43	67	4	127	28	25	19	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7989587--7990227	88	7.3	88	91	0	957	28	26	19	25	1.99
7989900--7990213	43	7.2	44	63	10	140	29	28	18	23	1.98
7991470--7991514	15	3.1	15	84	15	60	13	20	0	66	1.24
7991472--7991514	7	6.1	7	80	20	54	13	18	0	67	1.23
7991491--7991537	13	3.8	12	81	13	60	12	14	2	70	1.26
7992012--7992158	54	2.8	53	81	8	172	4	12	5	78	1.06
7992041--7992160	18	6.8	17	71	20	68	4	12	3	80	0.99
7992082--7992160	18	4.3	18	79	10	72	5	12	2	79	0.99
7996546--7996581	17	2.1	18	94	5	65	58	0	2	38	1.13
7996770--7996817	18	2.7	17	81	9	60	64	8	0	27	1.22
7996765--7996817	21	2.6	21	82	8	65	64	7	0	28	1.21
8000266--8000520	128	2.0	128	97	0	483	44	10	4	40	1.59
8000597--8000634	19	2.1	19	85	9	53	44	2	5	47	1.39
8000967--8000991	7	3.6	7	100	0	50	68	0	0	32	0.90
8001240--8001608	114	3.2	113	88	3	526	24	21	26	27	1.99
8001540--8001649	41	2.7	41	91	0	166	20	19	30	30	1.97
8001999--8002070	15	4.6	16	80	5	67	19	1	44	34	1.59
8002082--8002117	13	2.8	14	84	16	51	33	0	5	61	1.19
8002333--8002409	36	2.1	37	85	2	102	18	1	45	35	1.58
8002392--8002455	15	4.3	15	75	13	69	17	1	50	31	1.55
8002385--8002461	31	2.5	31	86	0	109	18	1	48	32	1.56
8002841--8003148	149	2.1	149	93	0	526	30	17	14	37	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8003014--8003474	109	4.2	109	95	0	807	32	15	12	38	1.86
8003014--8003474	217	2.1	218	93	0	807	32	15	12	38	1.86
8003340--8003624	150	1.9	149	91	0	471	31	16	13	38	1.87
8003489--8003733	109	2.2	109	94	0	427	32	15	13	37	1.87
8003232--8003844	259	2.4	258	93	0	1057	31	16	12	38	1.87
8004261--8004311	26	1.9	27	96	4	95	43	19	25	11	1.85
8006817--8007014	43	4.6	43	85	0	254	18	18	28	33	1.95
8006860--8007037	86	2.1	86	80	4	207	20	19	26	33	1.96
8038030--8038082	26	2.0	26	85	7	70	50	3	0	45	1.19
8038074--8038118	20	2.1	21	88	8	65	48	0	0	51	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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