genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.87.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56598092

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   

This is table  87  of  185  ( 22116 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27152994--27153041	24	2.0	25	91	4	80	60	10	12	16	1.58
27153067--27153097	16	1.9	16	93	0	53	29	0	9	61	1.28
27159717--27159836	59	2.0	59	100	0	240	29	20	23	27	1.98
27166185--27166243	30	2.0	30	96	0	109	40	13	10	35	1.78
27167058--27167094	19	1.9	19	88	0	56	67	2	27	2	1.17
27168536--27168566	9	3.4	9	95	0	53	48	12	9	29	1.73
27171169--27171195	9	3.0	9	100	0	54	22	11	44	22	1.84
27171409--27171481	27	2.7	27	85	6	87	36	24	19	19	1.94
27171896--27171961	28	2.4	27	84	2	78	24	21	22	31	1.98
27190627--27190985	148	2.4	150	90	3	582	35	14	12	37	1.85
27192098--27192130	15	2.3	15	89	5	50	36	30	0	33	1.58
27192183--27192224	21	2.0	20	90	4	66	47	19	0	33	1.49
27192537--27192760	41	5.5	41	85	5	240	29	29	21	19	1.98
27192537--27192760	81	2.8	81	82	4	256	29	29	21	19	1.98
27192689--27192770	41	2.0	41	83	4	103	35	29	18	17	1.93
27221830--27221927	49	2.0	51	89	4	155	24	12	28	34	1.91
27224209--27224239	13	2.3	14	94	5	55	45	19	3	32	1.66
27237876--27237908	17	2.1	17	88	11	52	12	24	33	30	1.91
27245238--27245284	21	2.2	22	88	3	69	42	6	31	19	1.76
27245238--27245291	21	2.7	20	83	11	65	40	5	33	20	1.76
27276500--27276895	50	7.8	50	83	4	422	23	28	20	28	1.99
27276500--27276890	149	2.6	149	85	3	460	23	27	20	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27292811--27292943	45	3.0	45	83	4	144	42	11	23	22	1.85
27293230--27293347	39	3.2	39	62	30	94	38	6	27	27	1.81
27293200--27293350	72	2.1	72	98	0	293	38	7	27	26	1.83
27294289--27294372	42	2.0	42	83	0	105	20	29	20	29	1.97
27298467--27298688	40	5.6	40	84	7	242	24	26	22	27	2.00
27298467--27298684	79	2.7	78	79	10	235	24	25	22	27	2.00
27306260--27306484	79	2.8	78	81	10	267	24	26	22	26	2.00
27306260--27306484	119	1.9	120	82	9	291	24	26	22	26	2.00
27306260--27306484	40	5.7	39	84	8	244	24	26	22	26	2.00
27309750--27309800	9	5.4	9	77	9	57	64	3	0	31	1.11
27309732--27309811	28	2.8	29	73	21	78	65	5	2	27	1.27
27309732--27309814	19	4.4	19	77	11	82	63	4	2	28	1.27
27309750--27309810	28	2.2	28	85	5	79	63	4	1	29	1.24
27309732--27309812	29	2.9	27	75	18	76	64	4	2	28	1.27
27309917--27309947	16	2.0	16	93	6	55	70	3	6	19	1.22
27309981--27310136	9	16.2	9	66	22	52	30	5	1	62	1.24
27310257--27310429	88	2.0	89	81	3	206	34	8	17	38	1.81
27312607--27312652	9	4.9	9	84	7	56	28	10	0	60	1.30
27312608--27312651	19	2.3	19	100	0	88	29	11	0	59	1.32
27315700--27315756	24	2.4	24	87	0	78	49	8	5	36	1.57
27315712--27315763	24	2.2	24	85	0	68	53	5	3	36	1.43
27315856--27315912	29	2.0	29	89	0	87	33	31	12	22	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27319064--27319120	24	2.4	24	87	0	78	49	8	5	36	1.57
27319076--27319127	24	2.2	24	85	0	68	53	5	3	36	1.43
27329371--27329430	21	3.1	21	71	24	69	33	3	6	56	1.42
27332267--27332354	42	2.1	41	95	2	158	23	13	28	34	1.93
27333583--27333632	25	2.0	25	92	0	82	24	10	22	44	1.83
27333818--27333867	25	2.0	25	100	0	100	64	0	12	24	1.27
27333822--27333880	25	2.4	25	91	0	91	64	0	10	25	1.25
27335465--27335562	30	3.3	30	68	21	96	50	21	5	23	1.69
27335452--27335579	60	2.1	60	98	0	247	48	23	5	22	1.71
27349331--27349404	37	2.0	37	100	0	148	32	13	10	43	1.79
27358845--27359068	79	2.8	77	82	8	254	25	27	21	25	1.99
27358845--27359068	40	5.7	40	85	6	253	25	27	21	25	1.99
27368281--27368540	61	4.3	60	74	4	182	27	23	13	35	1.92
27375320--27375371	26	2.0	26	81	7	61	34	17	7	40	1.78
27387019--27387093	38	1.9	39	91	2	125	48	28	6	17	1.72
27387226--27387300	37	2.0	37	89	5	116	38	4	13	44	1.62
27387299--27387347	9	5.4	9	92	0	71	26	12	24	36	1.91
27387513--27387543	12	2.6	12	94	0	53	19	22	29	29	1.98
27391015--27391195	93	2.0	92	94	1	317	37	21	16	24	1.93
27391149--27391222	28	2.6	28	95	0	130	36	14	24	24	1.93
27393931--27394037	41	2.6	41	89	0	160	29	18	24	27	1.98
27394040--27394179	43	3.3	42	72	10	115	24	15	24	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27398106--27398156	20	2.5	21	90	6	79	23	23	17	35	1.95
27400436--27400488	26	2.0	26	85	0	70	43	16	15	24	1.87
27408421--27408489	31	2.2	30	82	12	86	34	14	11	39	1.82
27423623--27423681	26	2.2	28	82	14	79	61	1	0	37	1.07
27426949--27427059	29	3.8	29	79	3	107	35	24	18	21	1.96
27427035--27427104	26	2.7	26	84	8	97	41	25	18	14	1.88
27427142--27428692	774	2.0	774	100	0	3102	30	24	13	32	1.93
27431340--27431439	29	3.4	29	81	0	110	35	21	15	29	1.93
27433497--27433540	23	1.9	23	95	0	79	70	9	6	13	1.33
27433607--27433639	11	2.9	12	82	17	52	69	6	0	24	1.10
27433607--27433648	22	1.9	22	85	9	59	69	4	2	23	1.20
27433672--27433775	19	5.4	18	70	19	68	75	0	4	18	1.02
27433677--27433775	41	2.6	37	76	16	103	76	1	4	18	0.99
27433683--27433770	25	3.5	26	70	20	53	76	1	3	19	1.00
27433672--27433767	10	9.7	9	81	11	75	76	1	4	18	1.01
27434421--27434496	20	3.8	20	82	0	89	25	34	28	11	1.91
27436023--27436065	21	2.0	21	95	0	77	34	6	13	44	1.72
27437692--27437734	18	2.4	18	80	7	52	69	4	2	23	1.18
27440102--27440338	29	8.1	29	76	9	196	35	23	14	26	1.93
27442189--27442275	42	2.0	43	88	2	131	24	12	16	47	1.81
27446512--27446538	13	2.1	13	100	0	54	25	0	29	44	1.54
27454706--27454745	20	2.0	20	85	9	55	55	0	0	45	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27458296--27458332	5	7.6	5	90	3	58	16	2	18	62	1.45
27459162--27459497	44	7.7	45	68	14	114	28	23	18	28	1.98
27459011--27459493	216	2.2	217	88	0	689	28	23	18	29	1.98
27459380--27459497	44	2.7	44	83	13	145	28	26	17	27	1.98
27467711--27467748	19	2.0	20	84	5	51	39	13	10	36	1.79
27476295--27476337	21	2.0	21	86	0	59	23	37	6	32	1.82
27480625--27480655	15	2.1	15	94	5	55	25	6	6	61	1.45
27488909--27488993	28	3.1	28	70	3	82	29	22	15	32	1.94
27488904--27489011	55	2.0	55	83	0	135	30	23	14	31	1.94
27501737--27501769	6	5.7	6	96	3	59	15	0	0	84	0.61
27508982--27509240	120	2.2	120	81	7	287	26	21	26	25	1.99
27508982--27509207	40	5.7	40	87	4	280	25	21	26	26	2.00
27517137--27517362	40	5.7	40	88	4	289	25	21	26	26	1.99
27526655--27526703	20	2.5	20	86	0	62	22	22	0	55	1.44
27532789--27532853	29	2.2	29	88	0	94	32	20	16	30	1.95
27532818--27533012	61	3.2	61	80	2	223	30	22	13	32	1.93
27541007--27541040	16	2.2	15	89	5	50	44	0	0	55	0.99
27541706--27541764	25	2.4	23	83	13	73	37	1	1	59	1.18
27544289--27544360	35	2.1	35	91	0	117	22	12	13	51	1.75
27565990--27566041	26	2.0	26	100	0	104	34	0	19	46	1.50
27575165--27575389	50	4.4	50	79	6	186	24	25	20	29	1.99
27575197--27575394	50	3.8	50	81	4	189	24	27	19	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27577605--27577639	12	2.9	12	100	0	70	8	51	5	34	1.56
27578140--27578200	30	2.0	30	90	0	95	50	9	18	21	1.75
27582894--27582968	25	3.0	25	73	23	77	32	17	24	26	1.97
27590190--27590265	25	3.0	25	79	11	93	27	21	26	25	1.99
27593053--27593101	25	1.9	26	87	4	73	65	2	4	28	1.22
27600239--27600294	26	2.2	26	83	0	67	28	1	5	64	1.26
27600965--27601033	34	2.1	33	86	7	97	42	8	10	39	1.70
27602785--27602821	19	1.9	19	88	0	56	54	8	0	37	1.30
27603022--27603077	14	3.9	14	73	13	51	53	7	0	39	1.28
27603546--27603586	16	2.6	16	80	0	55	68	2	4	24	1.22

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185