genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.64.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56598092

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   

This is table  64  of  185  ( 22116 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18620951--18621012	29	2.1	29	85	11	83	17	8	17	56	1.64
18622940--18622972	17	2.0	17	88	5	50	45	21	0	33	1.52
18623943--18624229	32	9.0	32	76	5	260	39	14	11	34	1.82
18623962--18624229	64	4.2	64	93	0	419	38	14	11	35	1.83
18638226--18638271	19	2.4	18	79	10	56	19	15	21	43	1.87
18643753--18643807	22	2.5	22	96	0	101	49	12	10	27	1.74
18648864--18649020	73	2.2	73	95	2	289	33	33	7	25	1.83
18651065--18651101	18	2.1	18	100	0	74	27	21	21	29	1.99
18659576--18659620	19	2.4	19	100	0	90	17	20	0	62	1.33
18665119--18665157	17	2.2	19	86	9	55	23	7	20	48	1.75
18666485--18666529	19	2.4	19	100	0	90	17	20	0	62	1.33
18668277--18668414	63	2.2	63	97	1	258	28	5	28	36	1.80
18672468--18672603	50	2.7	51	86	4	186	25	15	28	30	1.96
18672616--18672702	45	1.9	45	92	0	147	25	16	24	34	1.95
18675575--18675638	4	15.8	4	98	1	119	26	0	25	48	1.51
18677842--18677899	17	3.3	18	72	18	68	60	15	0	24	1.35
18677851--18677914	17	3.7	17	78	17	78	59	14	0	26	1.35
18677848--18677915	34	2.0	34	100	0	136	58	14	0	26	1.36
18688400--18688435	17	2.1	17	94	0	63	33	30	0	36	1.58
18698124--18698227	42	2.5	42	84	3	120	17	19	15	48	1.82
18698159--18698241	21	4.0	21	76	6	69	15	20	18	45	1.85
18700941--18701009	28	2.4	29	78	7	79	30	21	18	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18700890--18701164	57	4.8	57	77	7	238	28	22	16	33	1.95
18701001--18701150	29	5.3	29	67	13	96	28	23	14	34	1.94
18701301--18701459	53	3.0	52	79	6	194	28	26	10	34	1.90
18708919--18708951	17	1.9	17	88	11	50	42	0	15	42	1.46
18711134--18711221	45	2.0	45	83	0	113	57	4	2	35	1.31
18711827--18711862	18	2.1	18	90	10	58	58	0	0	41	0.98
18717764--18717835	33	2.2	33	89	0	90	27	26	18	27	1.98
18717764--18717869	33	3.3	32	80	7	83	28	28	16	27	1.97
18732283--18732343	12	5.4	12	73	21	53	47	0	3	49	1.18
18732280--18732313	12	2.8	13	86	13	54	50	0	0	50	1.00
18732539--18732631	44	2.1	46	82	8	111	35	22	6	35	1.80
18732629--18732682	16	3.4	16	89	0	81	35	20	0	44	1.52
18732614--18732682	32	2.2	32	92	5	113	31	21	1	44	1.61
18733876--18733923	20	2.2	22	78	17	55	14	2	8	75	1.13
18733963--18734042	25	3.2	25	81	10	76	33	3	5	57	1.38
18733980--18734056	26	3.1	26	83	5	88	36	2	5	55	1.36
18734570--18734604	10	3.2	11	88	12	54	17	37	0	45	1.48
18734585--18734707	51	2.4	51	90	1	194	29	25	0	45	1.54
18736976--18737062	44	2.0	45	90	2	140	37	0	12	49	1.41
18737068--18737677	23	26.5	23	78	16	615	46	23	0	28	1.59
18737086--18737650	95	6.2	94	81	15	606	46	23	0	28	1.58
18737589--18737652	20	3.0	20	78	15	67	48	23	0	28	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18737598--18737700	49	2.1	50	90	3	163	47	28	0	24	1.52
18737708--18737925	116	1.9	116	94	0	382	37	9	8	44	1.67
18737901--18737942	18	2.4	17	84	7	57	45	9	0	45	1.36
18740955--18741306	126	2.8	125	87	2	528	32	22	15	29	1.95
18743403--18743453	24	2.1	24	82	7	59	33	1	13	50	1.53
18753292--18753379	29	3.0	29	75	5	88	42	3	20	34	1.69
18758594--18758726	40	3.3	40	88	2	187	23	27	23	25	2.00
18764727--18764841	61	1.9	60	85	5	162	48	6	4	40	1.50
18768095--18768185	43	2.1	43	87	2	130	35	10	9	43	1.73
18768459--18768815	43	8.3	43	86	2	468	21	17	30	30	1.96
18768503--18768825	173	1.9	174	90	1	524	22	16	30	30	1.96
18768907--18768951	22	2.1	21	91	4	72	42	28	17	11	1.84
18772589--18772629	10	4.0	10	87	3	55	36	2	21	39	1.67
18782463--18782493	5	6.2	5	100	0	62	19	0	0	80	0.71
18785977--18786017	20	2.0	21	85	4	57	36	12	7	43	1.70
18789382--18789422	20	2.0	21	85	4	57	43	7	12	36	1.70
18794299--18794375	35	2.2	36	83	2	102	33	11	18	36	1.87
18797387--18797415	5	5.8	5	100	0	58	17	0	41	41	1.49
18798517--18798565	24	2.0	24	96	0	89	34	20	4	40	1.71
18802235--18802271	18	2.0	19	85	15	51	48	13	16	21	1.80
18810957--18811206	121	2.1	121	98	0	482	34	23	8	33	1.86
18813785--18814069	78	3.7	76	81	9	292	31	12	11	43	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18813785--18814086	156	1.9	154	78	7	324	32	13	11	42	1.81
18813785--18814095	79	4.0	79	82	4	213	32	13	11	42	1.80
18814077--18814137	27	2.3	27	88	0	86	36	13	8	42	1.74
18826080--18826118	18	2.1	19	85	4	53	35	0	7	56	1.28
18829650--18829684	11	3.1	11	88	8	52	17	22	17	42	1.88
18829634--18829686	23	2.4	22	83	3	70	18	28	15	37	1.91
18829647--18829684	12	3.2	12	88	7	60	15	26	15	42	1.87
18830619--18830926	114	2.7	112	79	8	318	29	13	17	38	1.89
18835138--18835170	6	5.5	6	86	13	50	0	15	0	84	0.61
18835133--18835170	18	2.2	17	90	9	60	0	15	0	84	0.63
18839528--18839842	174	1.8	174	82	5	404	25	10	35	28	1.89
18844114--18844185	33	2.2	33	85	5	92	34	23	22	19	1.96
18844458--18844577	33	3.6	33	74	6	91	31	28	16	23	1.96
18852253--18852330	38	2.1	38	87	0	111	55	12	5	26	1.58
18854667--18854734	25	2.7	25	83	2	91	30	4	2	61	1.30
18854661--18854737	11	6.6	11	71	11	55	29	5	2	62	1.30
18856206--18856250	23	2.0	23	95	0	81	44	0	6	48	1.29
18858930--18859046	59	2.0	59	100	0	234	22	5	22	49	1.71
18858955--18859048	30	3.2	30	60	19	70	22	6	19	52	1.68
18859456--18859480	6	4.2	6	100	0	50	84	0	0	16	0.63
18862986--18863100	20	6.2	18	68	17	67	29	10	0	59	1.37
18881801--18881870	27	2.6	27	84	4	79	31	18	10	40	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18887048--18887079	13	2.6	13	85	14	50	56	9	12	21	1.64
18893241--18893280	20	2.1	19	90	9	64	57	5	2	35	1.34
18893488--18893530	20	2.2	20	86	0	59	41	9	9	39	1.69
18898401--18898441	19	2.2	19	86	8	57	78	2	4	14	1.03
18899574--18899601	6	4.7	6	100	0	56	71	0	14	14	1.15
18901334--18901384	20	2.5	20	93	0	84	33	21	17	27	1.96
18916659--18916711	23	2.3	23	83	0	70	22	18	28	30	1.98
18922887--18922943	19	2.7	22	84	10	66	36	8	15	38	1.79
18923147--18923191	23	2.0	23	81	0	54	22	0	15	62	1.33
18923877--18923902	3	8.7	3	100	0	52	0	0	30	69	0.89
18932077--18932167	23	4.0	23	94	0	164	34	24	26	15	1.95
18932073--18932178	46	2.3	46	84	9	155	33	24	24	16	1.96
18932171--18932256	23	3.7	23	95	0	154	33	22	23	20	1.97
18935149--18935207	28	2.1	28	81	6	66	64	1	1	32	1.13
18935144--18935189	23	2.0	23	86	0	65	65	2	2	30	1.16
18951088--18951151	32	2.0	32	100	0	128	21	18	21	37	1.94
18951403--18951611	92	2.3	91	85	5	260	44	3	4	46	1.42
18951665--18952233	66	9.4	61	66	23	305	43	2	5	48	1.40
18951748--18951781	17	2.0	17	88	0	50	47	0	0	52	1.00
18951634--18952277	120	5.4	120	96	1	1154	44	2	4	48	1.38
18952106--18952140	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
18952226--18952260	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18952425--18952515	45	2.0	45	85	2	121	37	28	6	27	1.82
18952496--18952581	16	5.2	16	94	2	145	36	38	1	24	1.63
18962701--18962731	13	2.4	13	94	0	53	45	3	0	51	1.17
18979318--18979384	33	2.0	33	94	0	116	35	10	10	43	1.73
18987514--18987542	6	4.8	6	100	0	58	86	13	0	0	0.58
18987799--18987850	21	2.5	20	76	14	61	40	13	21	25	1.89
18988074--18988115	19	2.3	19	87	4	59	52	0	0	47	1.00
18988121--18988157	19	2.0	19	89	5	58	40	0	5	54	1.24
18994635--18994673	21	1.9	19	90	10	60	10	2	10	76	1.10
18996416--18996462	23	2.0	23	83	0	58	29	6	19	44	1.75

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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