genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.32.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56598092

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  32  of  185  ( 22116 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8778687--8778742	26	2.2	26	83	6	69	41	7	16	35	1.75
8782369--8782453	32	2.6	33	78	9	95	68	8	9	14	1.39
8795308--8795387	40	2.0	40	95	0	142	28	11	21	38	1.88
8809152--8809176	3	8.3	3	100	0	50	0	32	0	68	0.90
8816099--8816714	331	1.9	331	89	0	973	30	21	13	34	1.92
8820279--8820308	15	2.1	14	93	6	51	10	10	6	73	1.25
8821066--8821154	44	2.0	44	95	0	160	29	22	20	28	1.98
8821138--8821255	51	2.3	51	77	9	125	30	18	19	31	1.96
8823219--8823398	90	2.0	90	98	0	351	21	28	13	37	1.91
8826506--8826538	15	2.1	16	88	5	50	75	0	3	21	0.93
8836392--8836547	41	3.8	41	77	9	149	26	14	25	33	1.94
8836392--8836547	81	1.9	83	85	5	219	26	14	25	33	1.94
8837206--8837435	22	10.0	22	72	12	88	27	12	16	43	1.85
8837216--8837418	46	4.4	46	85	1	264	27	13	17	41	1.86
8837244--8837436	22	8.5	22	76	14	169	27	12	17	41	1.86
8847423--8847457	18	1.9	18	94	0	61	42	0	14	42	1.45
8848458--8848620	45	3.6	45	85	3	184	44	15	17	21	1.86
8848458--8848659	45	4.5	43	82	6	154	44	15	17	22	1.87
8850837--8851179	27	12.7	27	78	7	288	18	19	20	41	1.91
8850825--8851179	81	4.4	79	79	8	317	18	20	19	41	1.91
8854274--8854388	3	38.3	3	96	0	212	1	31	0	66	1.01
8863989--8864030	15	2.8	16	82	17	54	59	0	2	38	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8873812--8873904	9	10.4	9	72	13	50	66	2	1	30	1.10
8873859--8873937	8	9.4	8	83	8	50	58	0	2	39	1.12
8873813--8873911	44	2.2	44	80	7	112	64	2	1	32	1.11
8875398--8875422	5	5.0	5	100	0	50	60	0	0	40	0.97
8877546--8877603	29	2.0	29	89	0	89	25	20	8	44	1.80
8879281--8879331	5	10.2	5	75	8	50	0	23	1	74	0.92
8879288--8879339	15	3.3	15	73	7	50	0	23	1	75	0.91
8879281--8879339	20	2.8	21	79	5	66	0	23	1	74	0.91
8879281--8879341	12	5.2	11	78	20	54	0	22	1	75	0.89
8885573--8885621	20	2.5	20	86	0	62	32	6	8	53	1.55
8886045--8886093	22	2.2	23	85	10	66	38	2	0	59	1.09
8887127--8887232	52	2.0	52	100	0	212	28	13	7	50	1.68
8887349--8887392	22	2.0	22	86	4	63	54	0	2	43	1.12
8888998--8889023	7	3.7	7	100	0	52	26	0	0	73	0.84
8889099--8889146	20	2.3	21	85	3	71	16	4	6	72	1.20
8889238--8889294	28	2.0	28	82	3	69	31	3	3	61	1.30
8890165--8890193	14	2.0	15	93	6	51	51	13	6	27	1.66
8890457--8890502	22	2.1	22	84	15	60	50	4	0	45	1.21
8891028--8891087	30	2.1	29	81	12	70	58	10	0	31	1.31
8891335--8891597	43	6.1	42	86	4	339	27	31	17	24	1.97
8891335--8891577	86	2.8	86	91	1	373	27	30	17	25	1.97
8894002--8894101	49	2.1	49	90	1	157	28	19	14	39	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8899125--8899226	41	2.5	40	87	6	141	27	25	19	27	1.99
8899125--8899241	41	2.9	41	82	5	112	28	25	20	25	1.99
8902307--8902360	16	3.4	16	84	0	72	25	33	3	37	1.74
8903156--8903204	19	2.5	19	96	3	89	16	4	6	73	1.19
8903555--8903637	43	1.9	43	82	0	103	43	33	0	22	1.54
8903614--8903681	21	3.2	22	79	8	77	45	36	0	17	1.49
8903648--8903704	7	8.1	7	92	0	96	52	29	0	17	1.45
8904468--8904516	14	3.5	14	74	0	53	48	32	0	18	1.48
8904699--8904775	40	1.9	41	83	2	102	36	20	20	22	1.95
8904739--8904859	41	2.9	41	83	1	152	29	32	20	17	1.96
8904793--8904925	68	2.0	68	84	3	178	29	36	17	17	1.93
8904761--8904965	109	1.9	108	81	3	250	29	32	18	19	1.95
8904891--8904970	40	2.0	40	90	4	126	27	31	17	23	1.97
8911591--8911625	16	2.2	16	100	0	70	31	28	17	22	1.96
8911686--8911729	3	14.7	3	100	0	88	34	0	0	65	0.93
8913539--8913604	11	6.5	11	73	19	56	39	1	0	59	1.07
8913538--8913603	19	3.2	21	83	12	77	37	1	0	60	1.06
8913538--8913603	21	3.2	20	81	12	73	37	1	0	60	1.06
8913540--8913602	10	6.4	10	72	17	51	39	1	0	58	1.07
8913915--8913985	29	2.4	30	79	9	83	35	1	0	63	1.03
8916088--8916130	23	2.0	22	86	9	61	48	9	16	25	1.75
8920972--8921047	32	2.4	32	78	8	91	47	6	22	23	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8921056--8921143	39	2.3	38	84	7	108	38	14	14	31	1.87
8925570--8925656	39	2.3	39	86	5	117	39	14	13	32	1.86
8927317--8927366	26	1.9	26	100	0	100	50	10	12	28	1.71
8931540--8931836	126	2.4	126	88	0	443	32	19	21	26	1.97
8935345--8935387	18	2.4	18	88	0	59	44	9	27	18	1.80
8937820--8937883	30	2.1	30	94	0	110	28	28	3	40	1.71
8941130--8941401	126	2.2	126	86	2	377	29	15	18	36	1.92
8950980--8951009	15	2.1	14	93	6	51	90	0	10	0	0.47
8967393--8967465	19	3.9	19	75	20	73	43	4	2	49	1.36
8970506--8970562	26	2.2	26	100	0	114	26	10	17	45	1.81
8971552--8971604	17	3.1	17	83	5	70	60	0	24	15	1.35
8971552--8971604	18	3.1	18	83	8	74	60	0	24	15	1.35
8982106--8982168	3	21.0	3	100	0	126	0	0	33	66	0.92
8987259--8987301	22	2.0	22	90	0	68	44	23	4	27	1.73
8987271--8987371	5	19.8	5	93	4	175	41	20	0	37	1.53
8990920--8990946	14	1.9	14	100	0	54	37	0	0	62	0.95
8996010--8996043	13	2.5	13	95	4	59	55	0	0	44	0.99
8997729--8997788	29	2.1	29	81	6	68	26	0	5	68	1.10
8999935--9000027	18	5.2	18	86	0	132	31	21	13	33	1.93
9004795--9004830	15	2.5	15	95	4	65	19	19	13	47	1.83
9005982--9006050	3	24.0	3	79	8	54	56	0	8	34	1.30
9005990--9006040	15	3.5	15	84	10	70	52	0	11	35	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9007392--9007460	35	2.0	35	97	0	129	21	11	49	17	1.78
9007904--9007972	34	2.0	34	88	0	102	40	8	11	39	1.72
9016553--9016577	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
9039900--9039998	28	3.6	27	78	9	110	31	11	28	29	1.91
9040933--9041234	47	6.4	47	83	7	353	25	13	17	43	1.86
9040933--9041234	72	4.3	69	78	11	258	25	13	17	43	1.86
9040940--9041214	25	11.6	25	74	14	201	24	13	17	45	1.84
9047607--9047682	28	2.7	28	86	6	109	31	11	28	27	1.92
9048650--9048796	47	3.1	47	94	2	253	25	11	18	44	1.83
9048681--9048869	72	2.7	72	90	3	276	24	12	17	44	1.83
9048681--9048974	47	6.2	47	84	5	239	25	13	17	43	1.85
9048657--9048955	95	3.2	94	80	9	254	24	12	17	45	1.83
9048650--9048930	72	4.0	68	79	12	250	25	11	17	45	1.82
9055372--9055396	13	1.9	13	100	0	50	20	0	0	80	0.72
9058680--9058742	32	2.0	32	100	0	126	15	15	14	53	1.72
9059355--9059387	17	1.9	17	93	0	57	48	6	6	39	1.53
9061908--9061964	23	2.5	22	86	8	71	38	40	7	14	1.73
9064209--9064409	106	1.9	106	95	0	366	29	19	19	30	1.97
9081681--9081914	42	5.6	42	90	3	348	23	22	20	34	1.97
9082241--9082311	21	3.4	21	86	3	90	4	43	18	33	1.69
9087520--9087768	9	28.6	9	69	18	120	31	1	19	47	1.59
9087505--9087649	34	4.0	34	74	18	130	31	1	20	47	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9087525--9087698	77	2.3	77	93	0	303	32	2	18	45	1.62
9087655--9087738	34	2.3	38	78	15	99	36	0	15	47	1.46
9087509--9087768	16	16.6	16	64	25	92	31	1	19	47	1.59
9087989--9088083	33	3.2	32	65	30	84	46	11	6	35	1.66
9088002--9088050	22	2.2	22	85	0	62	51	10	4	34	1.55
9088012--9088060	22	2.2	22	89	7	73	48	6	6	38	1.53
9087989--9088104	55	2.1	55	96	0	214	46	10	6	36	1.65
9088069--9088167	22	4.6	22	72	19	59	50	6	4	39	1.46
9089359--9089396	19	2.0	19	100	0	76	21	5	10	63	1.46
9089725--9089775	16	3.2	16	70	8	50	21	25	41	11	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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