genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.65.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56598092

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   

This is table  65  of  185  ( 22116 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18996746--18996789	22	2.0	22	86	0	61	36	15	11	36	1.84
18997862--18997900	7	5.6	7	84	0	51	48	15	2	33	1.58
18997862--18997900	14	2.8	14	92	0	60	48	15	2	33	1.58
19004474--19004559	45	1.9	45	87	0	127	36	22	19	22	1.96
19010626--19010650	3	8.3	3	100	0	50	32	0	32	36	1.58
19015206--19015248	3	14.3	3	100	0	86	32	0	0	67	0.91
19016795--19016887	46	2.1	45	84	11	120	37	26	4	31	1.76
19016869--19016919	16	3.2	16	86	5	68	33	25	0	41	1.56
19019330--19019521	96	2.0	96	89	2	296	39	12	8	39	1.74
19023527--19024573	525	2.0	525	91	1	1679	33	17	14	34	1.90
19029962--19030000	20	2.0	20	85	10	53	17	23	5	53	1.63
19030293--19030393	50	2.0	50	86	0	139	20	30	21	26	1.98
19033304--19033515	113	1.9	113	82	2	264	26	24	22	26	2.00
19034138--19034173	17	2.1	17	89	0	54	75	2	13	8	1.15
19035592--19035689	48	2.0	48	100	0	196	35	22	12	29	1.91
19057133--19057440	43	7.3	42	72	12	220	23	16	24	36	1.94
19057133--19057401	43	6.3	43	75	8	248	23	15	24	36	1.94
19057164--19057448	85	3.4	85	89	1	430	23	16	24	35	1.95
19062601--19062650	26	2.0	24	88	7	73	24	30	0	46	1.53
19062867--19063161	51	5.8	51	73	7	235	29	27	17	25	1.97
19062875--19063159	101	2.8	101	91	1	437	30	26	17	25	1.97
19065741--19065811	29	2.6	27	82	8	83	16	8	9	64	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19065984--19066008	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
19067136--19067251	43	2.7	42	76	11	110	25	17	24	33	1.96
19072830--19073076	40	6.2	40	89	1	327	29	28	19	22	1.98
19090738--19090771	15	2.3	15	100	0	68	38	0	26	35	1.57
19091775--19091812	19	2.0	19	94	0	67	36	10	2	50	1.51
19095362--19095403	21	2.0	21	81	9	50	69	4	2	23	1.20
19096931--19096982	16	3.2	16	94	0	86	21	11	15	51	1.74
19099557--19099620	15	4.3	15	83	15	80	67	1	0	31	1.00
19099564--19099689	36	3.3	37	71	18	105	61	0	3	33	1.20
19099629--19099691	21	2.9	22	81	11	69	60	0	4	34	1.18
19099535--19099683	21	6.7	22	69	21	80	61	1	4	32	1.25
19099651--19099698	14	3.1	17	69	25	52	62	0	2	35	1.07
19100075--19100102	13	2.2	13	100	0	56	46	0	7	46	1.30
19100267--19100340	21	3.5	20	77	14	53	29	5	0	64	1.15
19100381--19100419	17	2.3	17	86	8	53	23	2	5	69	1.21
19100549--19100580	15	2.0	17	88	11	50	31	3	6	59	1.38
19101236--19101273	11	3.5	11	85	7	51	44	0	55	0	0.99
19102136--19102176	10	4.0	10	87	3	55	34	0	19	46	1.50
19105064--19105093	15	1.9	16	93	6	53	33	6	13	46	1.69
19105700--19105738	16	2.4	17	91	8	71	23	10	12	53	1.69
19106067--19106110	22	1.9	22	86	9	61	38	13	4	43	1.65
19106270--19106332	24	2.6	25	82	2	74	23	23	28	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19110112--19110142	14	2.2	14	100	0	62	32	6	6	54	1.51
19113740--19113842	26	4.0	26	93	0	170	51	1	6	39	1.40
19114202--19114283	40	2.0	40	83	4	103	14	18	24	42	1.87
19117916--19118125	104	2.0	103	96	0	384	30	21	10	37	1.87
19118150--19118302	42	3.6	42	78	7	123	32	26	17	23	1.97
19129956--19130005	22	2.4	20	75	18	57	66	14	4	16	1.40
19135917--19135946	10	3.0	10	100	0	60	70	0	30	0	0.88
19137357--19137384	6	4.7	6	100	0	56	85	0	14	0	0.59
19138766--19139047	142	2.0	142	100	0	564	41	12	9	37	1.74
19139022--19139109	27	3.3	27	98	0	167	42	12	11	34	1.79
19141301--19141344	22	1.9	24	81	9	56	27	15	13	43	1.85
19142736--19142778	13	3.2	13	80	6	50	62	6	0	30	1.21
19142736--19142785	14	3.7	14	76	7	50	66	6	0	28	1.15
19144656--19144722	30	2.2	31	81	2	82	71	2	4	20	1.17
19146427--19146983	44	12.8	44	70	11	292	27	21	20	30	1.98
19146319--19146987	217	3.1	215	90	2	1007	27	21	20	30	1.98
19147238--19147322	44	1.9	44	97	0	161	30	29	16	23	1.96
19147328--19147593	88	3.0	88	92	0	442	24	25	23	27	2.00
19147328--19147555	44	5.2	45	69	8	171	23	25	23	28	2.00
19155375--19155533	87	1.8	87	93	2	275	54	7	7	30	1.57
19155600--19155634	18	1.9	18	94	0	61	65	8	0	25	1.21
19157887--19157936	18	2.7	19	72	12	50	46	8	2	44	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19159438--19159563	51	2.5	51	82	0	162	40	6	13	39	1.70
19162240--19162376	51	2.7	51	79	0	166	40	6	13	40	1.70
19165226--19165260	13	2.8	12	83	8	52	31	11	0	57	1.34
19165627--19165727	44	2.4	40	75	19	98	35	25	5	32	1.80
19165711--19165780	16	4.4	16	77	0	68	27	22	2	47	1.66
19165711--19165780	32	2.2	32	84	0	86	27	22	2	47	1.66
19167172--19167227	24	2.3	24	96	0	103	66	7	8	17	1.42
19167334--19167400	19	3.3	20	84	12	84	34	0	1	64	1.03
19167336--19167400	20	3.3	18	81	14	76	33	0	1	64	1.03
19174893--19174949	27	2.1	27	96	0	105	35	21	12	31	1.90
19179438--19179475	18	2.1	18	90	0	58	36	2	31	28	1.71
19179476--19179545	35	2.0	35	100	0	140	25	0	34	40	1.56
19184091--19184124	13	2.5	14	90	4	52	32	0	0	67	0.91
19190101--19190300	62	3.2	59	75	17	188	52	3	3	40	1.35
19190149--19190303	68	2.2	70	74	7	163	52	4	3	40	1.38
19192022--19192192	43	4.0	43	70	14	145	22	16	27	33	1.95
19192759--19192790	2	16.0	2	100	0	64	0	0	50	50	1.00
19200229--19200277	23	2.1	23	84	0	62	22	22	34	20	1.97
19200700--19200736	19	1.9	19	88	0	56	37	0	2	59	1.12
19201042--19201167	64	2.0	64	100	0	252	42	12	4	39	1.64
19201062--19201165	33	3.2	33	62	24	85	47	9	2	40	1.51
19203387--19203439	20	2.7	20	88	5	72	41	30	16	11	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19204085--19204112	13	2.2	13	100	0	56	50	21	7	21	1.72
19206850--19206876	14	1.9	14	100	0	54	48	0	0	51	1.00
19210551--19210583	17	1.9	17	93	0	57	30	24	24	21	1.99
19211941--19212025	25	3.4	25	86	0	116	29	20	25	24	1.99
19213665--19213715	21	2.4	21	78	12	52	15	1	9	72	1.19
19221236--19221335	44	2.3	43	81	3	103	25	17	27	31	1.97
19226088--19226144	20	2.8	20	94	0	96	42	22	28	7	1.80
19229131--19229598	232	2.0	232	98	0	909	34	18	13	32	1.90
19259452--19259503	22	2.4	22	84	9	63	32	5	5	55	1.47
19259463--19259519	21	2.7	21	86	2	69	22	5	5	66	1.32
19260186--19260225	13	2.7	16	81	14	50	50	0	0	50	1.00
19260186--19260250	31	2.2	30	86	10	89	46	0	0	53	1.00
19264721--19264769	9	5.4	9	76	9	55	42	20	8	28	1.80
19264720--19264775	18	3.1	18	81	2	76	44	19	8	26	1.80
19264828--19264872	6	6.6	7	89	10	51	24	2	13	60	1.45
19264835--19264865	6	5.0	6	96	4	53	19	0	16	64	1.29
19264835--19264878	12	3.4	13	87	9	63	22	0	11	65	1.24
19267381--19267452	28	2.6	28	84	0	90	31	11	27	29	1.91
19277971--19278011	13	2.9	14	85	10	57	68	9	0	21	1.18
19278447--19278484	17	2.2	17	100	0	76	44	5	0	50	1.24
19287933--19287986	18	2.7	21	72	19	60	29	18	11	40	1.85
19287945--19287979	18	1.9	18	100	0	70	28	17	14	40	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19294251--19294278	14	2.0	14	100	0	56	50	7	21	21	1.72
19296739--19296768	15	1.9	16	93	6	53	60	0	0	40	0.97
19296727--19296770	22	2.0	21	87	12	63	61	0	0	38	0.96
19302862--19302889	14	2.0	14	100	0	56	50	7	21	21	1.72
19304391--19304435	19	2.3	20	82	17	60	33	2	2	62	1.20
19310232--19310406	30	5.9	29	70	11	104	23	24	13	38	1.91
19310237--19310440	29	6.9	30	71	12	136	24	25	13	37	1.91
19310247--19310440	59	3.3	59	85	2	273	24	24	12	38	1.90
19322950--19322985	17	2.0	17	89	10	54	52	8	0	38	1.32
19325812--19326021	40	5.3	39	87	5	233	24	21	28	25	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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