genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.52.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56598092

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   

This is table  52  of  185  ( 22116 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14802377--14802417	19	2.1	20	90	4	66	2	14	2	80	0.92
14802367--14802412	15	3.0	15	84	12	58	4	17	2	76	1.06
14802421--14802493	5	14.6	5	76	20	64	56	4	0	39	1.19
14802422--14802464	19	2.3	19	92	8	70	58	0	0	41	0.98
14802428--14802492	24	2.6	25	80	9	71	58	4	0	36	1.19
14813720--14813930	110	1.9	110	100	0	422	37	19	11	31	1.88
14814124--14814163	13	2.9	14	82	17	57	67	5	5	22	1.30
14814373--14814422	20	2.5	20	80	0	64	54	0	8	38	1.30
14816100--14816179	41	2.0	41	87	0	115	23	21	26	28	1.99
14819164--14819272	55	2.0	55	100	0	218	31	11	12	44	1.79
14819642--14819916	23	12.0	23	75	11	226	30	5	23	41	1.76
14819642--14819916	114	2.4	114	84	4	324	30	5	23	41	1.76
14819642--14819916	137	2.0	137	88	4	412	30	5	23	41	1.76
14820773--14820934	43	3.8	43	85	4	204	23	13	27	35	1.92
14821121--14821453	50	6.7	50	84	3	395	22	28	21	27	1.99
14821121--14821453	150	2.2	148	86	3	436	22	28	21	27	1.99
14824894--14824958	32	2.1	31	82	2	76	49	6	13	30	1.67
14828289--14828358	35	2.0	35	86	8	97	41	21	5	31	1.76
14828617--14828696	41	2.0	41	84	0	106	28	25	18	27	1.98
14829308--14829351	21	2.1	21	95	0	79	43	13	11	31	1.80
14831301--14832131	414	2.0	414	98	0	1608	32	22	16	28	1.96
14836292--14836361	35	2.0	35	86	8	97	41	21	5	31	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14836600--14836685	41	2.1	41	86	0	118	29	24	18	27	1.98
14836621--14836700	41	2.0	41	84	0	106	28	25	18	27	1.98
14837310--14837353	21	2.1	21	91	0	70	45	13	9	31	1.75
14841411--14841444	16	2.1	16	100	0	68	17	0	11	70	1.16
14841657--14841698	16	2.6	16	92	0	66	42	7	2	47	1.43
14843351--14843380	5	5.8	5	92	7	51	40	0	0	60	0.97
14845533--14845571	3	13.0	3	100	0	78	33	0	0	66	0.92
14851091--14851137	21	2.2	21	85	7	60	23	23	17	36	1.95
14853626--14853676	21	2.4	21	90	0	75	31	35	7	25	1.85
14855323--14855354	16	2.0	16	93	0	55	28	0	18	53	1.45
14855326--14855363	20	1.9	20	94	0	67	28	0	21	50	1.49
14857898--14857994	45	2.2	45	83	3	115	18	16	41	23	1.90
14863058--14863083	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
14864291--14864343	26	2.0	26	100	0	106	32	22	15	30	1.94
14868152--14868182	6	5.2	6	96	0	53	32	35	3	29	1.73
14869355--14869414	23	2.6	23	79	12	61	35	0	3	61	1.12
14872632--14872828	98	2.0	98	96	0	367	38	24	9	27	1.86
14873254--14873468	107	2.0	108	96	0	396	50	7	6	34	1.57
14874941--14875461	132	3.9	132	94	0	871	24	24	20	30	1.99
14875160--14875367	44	4.7	44	67	13	131	24	25	19	30	1.98
14891842--14891873	15	2.1	16	94	5	57	43	0	12	43	1.42
14896319--14896345	13	2.1	13	100	0	54	40	29	7	22	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14899298--14899466	41	4.1	41	89	0	266	29	20	26	23	1.99
14899298--14899460	82	2.0	82	97	0	308	29	19	26	23	1.98
14899655--14899752	31	2.9	34	79	11	112	29	8	27	34	1.86
14899655--14899772	37	3.5	36	80	12	126	29	9	27	33	1.88
14907311--14907434	63	2.0	63	88	0	185	24	22	27	25	2.00
14909728--14909804	14	5.0	15	71	20	52	42	14	9	33	1.77
14909744--14909783	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
14909732--14909798	34	1.9	35	90	3	109	46	13	8	31	1.74
14911859--14911978	61	2.0	61	81	5	143	40	15	5	37	1.72
14914251--14914291	21	2.0	20	90	4	64	48	2	0	48	1.14
14914251--14914291	20	2.0	20	85	0	55	48	2	0	48	1.14
14915751--14915790	21	1.9	21	84	0	53	45	12	10	32	1.75
14949719--14949795	35	2.3	34	82	8	97	51	5	6	36	1.50
14952984--14953024	15	2.8	15	85	3	57	60	0	0	39	0.96
14953873--14953919	24	1.9	25	86	4	69	48	2	23	25	1.62
14954157--14954193	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
14954407--14954466	30	2.0	31	86	3	86	20	40	0	40	1.52
14957046--14957091	21	2.2	20	85	14	58	32	2	8	56	1.42
14957819--14957843	4	6.2	4	100	0	50	24	52	0	24	1.48
14959335--14959359	6	4.2	6	100	0	50	16	16	0	68	1.22
14961691--14961718	5	5.6	5	100	0	56	0	17	17	64	1.30
14968489--14968793	161	1.9	160	82	3	389	31	15	12	40	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14979795--14979824	14	2.1	14	93	0	51	46	6	10	36	1.64
14980077--14980272	85	2.3	83	87	4	286	50	15	7	26	1.71
14980349--14980809	159	2.9	157	82	4	523	33	13	16	36	1.87
14985903--14985978	24	3.1	24	76	1	80	34	17	28	19	1.94
14985882--14985978	24	4.0	24	72	7	79	32	17	27	21	1.96
14989684--14989788	25	4.2	25	77	9	99	31	19	27	21	1.97
14989684--14989779	50	1.9	51	82	6	124	31	19	26	22	1.98
14989813--14989892	25	3.1	25	79	10	90	33	21	22	22	1.97
14989965--14990046	24	3.4	25	75	11	73	31	15	31	20	1.94
14991819--14991848	15	2.0	15	100	0	60	26	6	0	66	1.16
14992366--14992404	13	3.2	13	82	10	55	76	12	7	2	1.09
14992491--14992742	131	1.9	131	95	0	450	41	25	11	22	1.86
14993021--14993067	18	2.5	19	86	13	71	31	2	0	65	1.04
14994590--14994649	26	2.3	26	97	2	113	38	8	16	36	1.79
14995641--14995743	36	2.8	37	83	2	145	30	27	17	25	1.97
14995641--14995751	37	3.0	37	85	2	161	28	27	18	24	1.98
14996080--14996126	22	2.3	20	82	13	60	65	0	2	31	1.04
14996082--14996128	21	2.2	22	88	3	69	70	0	2	27	0.99
14999953--14999990	13	2.8	14	80	19	53	65	5	5	23	1.34
15000367--15000423	30	1.9	30	85	7	80	56	3	5	35	1.39
15000578--15000612	17	2.1	17	88	0	52	54	0	8	37	1.31
15001072--15001118	23	2.0	24	87	4	69	38	17	6	38	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15001095--15001151	21	2.7	21	94	0	96	38	12	8	40	1.74
15002070--15002191	44	2.8	44	86	7	167	27	22	19	30	1.98
15002202--15002323	44	2.8	43	69	16	108	19	25	27	27	1.99
15002191--15002679	88	5.6	88	86	0	690	21	23	26	28	1.99
15003886--15003926	14	2.6	16	81	18	50	2	21	0	75	0.92
15003886--15003926	16	2.6	15	88	7	55	2	21	0	75	0.92
15004832--15004892	26	2.3	26	83	5	70	59	4	14	21	1.55
15008587--15008624	13	2.8	14	80	19	53	65	5	5	23	1.34
15008835--15008885	20	2.5	20	78	12	59	62	3	1	31	1.24
15009015--15009055	20	2.0	22	85	9	59	63	0	7	29	1.21
15009722--15009768	23	2.0	24	87	4	69	38	17	6	38	1.75
15009745--15009801	21	2.7	21	88	0	87	38	12	7	42	1.70
15010196--15010356	44	3.8	44	70	8	127	27	21	21	29	1.99
15010732--15010841	44	2.5	43	89	2	157	27	21	21	29	1.99
15010841--15011330	88	5.6	88	86	0	667	21	22	27	28	1.99
15012535--15012577	15	2.6	17	85	10	63	0	18	2	79	0.85
15013481--15013541	26	2.3	26	83	5	70	59	4	14	21	1.55
15017232--15017269	13	2.8	14	80	19	53	65	5	5	23	1.34
15017662--15017702	20	2.0	22	85	9	59	63	0	7	29	1.21
15017862--15017896	17	2.1	17	88	0	52	54	0	8	37	1.31
15018366--15018412	23	2.0	24	87	4	69	38	17	6	38	1.75
15018389--15018464	21	3.7	21	87	7	120	38	13	9	39	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15018366--15018458	21	4.4	20	86	8	107	38	13	8	38	1.76
15018402--15018465	19	3.3	19	84	4	83	39	14	7	39	1.74
15018833--15018865	17	1.9	17	88	11	50	39	0	0	60	0.97
15035563--15035603	21	1.9	22	90	5	66	9	26	14	48	1.75
15042576--15042611	18	2.0	18	100	0	72	33	0	27	38	1.57
15049008--15049136	68	1.9	68	91	3	215	50	5	17	27	1.67
15050205--15050288	24	3.4	24	77	6	71	15	26	23	34	1.95
15050255--15050310	23	2.4	24	87	3	78	21	26	23	28	1.99
15055279--15055304	13	2.0	13	100	0	52	23	15	23	38	1.92
15056610--15056677	3	22.7	3	71	16	52	60	2	4	32	1.32

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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