genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.83.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56598092

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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This is table  83  of  185  ( 22116 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25753474--25753866	40	9.8	40	94	0	642	29	19	27	23	1.98
25759036--25759076	10	3.9	10	84	12	55	34	0	4	60	1.18
25765115--25765209	28	3.0	33	82	8	101	30	23	23	23	1.99
25765157--25765223	28	2.4	28	92	0	107	28	19	25	26	1.99
25765584--25765643	27	2.2	27	84	0	75	21	16	18	43	1.88
25765596--25765804	54	3.9	54	76	8	178	20	18	19	41	1.90
25765595--25765753	27	5.9	27	81	2	142	21	18	18	42	1.90
25765596--25765828	27	8.7	26	72	16	136	19	18	19	41	1.90
25765562--25765828	81	3.3	79	74	9	227	20	19	19	40	1.92
25767325--25767385	24	2.5	24	78	0	68	18	18	21	42	1.89
25767380--25767443	19	3.3	20	72	14	62	14	15	25	45	1.83
25774323--25774363	20	2.0	20	95	0	73	48	7	4	39	1.52
25777758--25777892	25	5.5	25	72	17	95	35	20	20	23	1.96
25777758--25777883	50	2.6	48	85	7	148	34	19	21	23	1.96
25777791--25777893	24	4.2	24	76	8	109	37	18	22	21	1.94
25792053--25792102	25	2.0	25	96	0	91	34	12	14	40	1.82
25794162--25794211	22	2.4	22	83	9	70	36	0	28	36	1.58
25808375--25808458	28	2.9	28	66	16	64	38	26	17	17	1.92
25817873--25817939	20	3.3	20	63	0	53	23	28	16	31	1.96
25817844--25818055	80	2.6	79	84	1	271	21	27	17	33	1.96
25817865--25818087	120	1.9	120	83	0	293	21	26	17	34	1.95
25817833--25818091	40	6.5	40	82	0	241	20	26	18	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25819855--25819920	26	2.5	24	75	15	60	15	13	39	31	1.86
25828032--25828196	29	5.9	28	74	9	131	32	28	14	24	1.95
25834792--25834818	14	1.9	14	100	0	54	29	25	29	14	1.95
25841430--25841458	14	2.0	15	93	6	51	34	20	20	24	1.97
25846676--25846710	15	2.2	16	90	10	54	60	0	0	40	0.97
25846736--25846800	17	3.8	17	67	15	53	56	1	0	41	1.08
25846729--25846793	15	4.2	15	76	17	62	56	1	0	41	1.08
25846728--25846765	14	2.8	13	88	11	58	57	0	0	42	0.98
25847250--25847302	14	3.8	14	94	0	97	33	20	7	37	1.81
25847828--25847952	65	1.9	65	93	0	214	21	23	8	47	1.77
25852926--25852951	9	2.9	9	100	0	52	19	0	11	69	1.18
25853029--25853124	33	3.2	33	65	27	93	30	9	15	44	1.78
25865935--25866112	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
25865956--25866111	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
25872099--25872161	9	6.8	9	82	13	65	36	3	38	22	1.70
25872107--25872160	19	2.8	19	81	10	65	35	1	38	24	1.66
25874246--25874305	28	2.1	29	81	9	70	51	0	8	40	1.32
25874259--25874297	20	2.0	20	84	0	51	46	0	10	43	1.37
25874292--25874411	10	12.6	10	79	7	83	65	2	5	27	1.27
25874291--25874389	27	3.6	27	78	8	110	66	3	3	27	1.21
25874291--25874388	9	10.7	9	77	12	92	66	3	3	27	1.21
25875026--25875060	17	2.1	17	94	0	61	31	11	0	57	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25875660--25875699	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
25875639--25875715	14	5.0	15	71	20	52	32	10	15	41	1.81
25877021--25877091	3	23.0	3	72	16	56	32	1	2	63	1.18
25877015--25877079	16	4.1	16	75	18	64	32	1	1	64	1.12
25877007--25877091	31	2.8	30	75	19	88	31	2	2	63	1.20
25881983--25882034	7	7.4	7	85	14	72	67	0	17	15	1.24
25883369--25883693	44	7.4	43	64	12	131	29	19	25	25	1.99
25883404--25883650	44	5.6	44	67	8	144	28	19	26	25	1.98
25883929--25884782	44	19.4	43	63	13	141	28	18	24	27	1.98
25885613--25885794	44	4.2	43	64	19	106	28	18	24	28	1.98
25883349--25885806	132	18.6	132	89	0	3379	28	18	24	28	1.98
25885901--25886020	44	2.7	44	79	8	129	30	19	21	28	1.97
25887412--25887491	3	26.0	3	75	14	74	32	1	2	63	1.15
25887412--25887492	25	3.3	25	84	6	103	32	1	2	64	1.15
25890545--25890577	6	5.5	6	96	0	57	36	0	63	0	0.95
25891188--25891258	28	2.7	25	83	14	74	38	2	7	52	1.44
25891196--25891258	12	4.8	13	70	26	53	39	1	7	50	1.41
25891820--25891865	17	2.6	18	82	6	58	43	4	0	52	1.21
25901052--25901260	106	2.0	106	89	5	325	37	11	22	28	1.89
25901052--25901262	53	4.0	53	84	2	282	36	11	22	28	1.90
25902539--25902578	20	2.0	20	90	0	62	25	5	20	50	1.68
25904676--25904728	3	17.3	3	88	3	70	33	5	0	60	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25905222--25905403	96	1.9	97	86	5	260	41	3	12	42	1.58
25905312--25905617	158	2.0	154	88	5	454	43	4	11	40	1.60
25907601--25907646	23	1.9	24	86	8	67	21	6	15	56	1.61
25908805--25908889	34	2.5	35	81	5	104	45	0	4	49	1.23
25910188--25910238	6	8.5	6	86	0	57	37	0	9	52	1.34
25910188--25910238	12	4.2	12	84	0	66	37	0	9	52	1.34
25910547--25910593	23	2.0	23	83	4	58	59	12	0	27	1.34
25913834--25913996	46	3.5	46	70	8	134	29	16	24	29	1.97
25914789--25914844	27	2.1	27	89	0	85	44	23	3	28	1.70
25915998--25916022	13	1.9	13	100	0	50	40	28	8	24	1.83
25917292--25917356	25	2.6	25	76	9	69	29	18	23	29	1.98
25917362--25917412	24	2.1	24	88	0	75	35	19	21	23	1.96
25919344--25919432	44	2.0	44	93	0	151	43	14	4	37	1.66
25923411--25923440	14	2.1	14	93	0	51	40	0	43	16	1.48
25923990--25924037	22	2.3	22	85	7	64	60	8	4	27	1.44
25924061--25924100	18	2.1	20	90	9	66	47	0	2	50	1.14
25929266--25929389	62	2.0	62	100	0	248	20	25	17	35	1.95
25933755--25933802	5	9.6	5	100	0	96	81	0	0	18	0.70
25934761--25934790	14	2.1	14	93	0	51	40	0	43	16	1.48
25935166--25935215	22	2.4	22	86	6	68	64	6	4	26	1.35
25936774--25936799	12	2.2	12	100	0	52	23	23	19	34	1.96
25945576--25946605	40	25.8	40	83	2	1059	30	16	30	21	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25945625--25945689	20	3.2	20	68	8	51	26	15	35	23	1.94
25945764--25945905	20	7.1	20	59	9	56	30	19	30	19	1.96
25949593--25949618	13	2.0	13	100	0	52	38	0	7	53	1.30
25961791--25961898	39	2.7	39	84	1	144	25	25	20	28	1.99
25967276--25967300	12	2.1	12	100	0	50	52	8	24	16	1.70
25976441--25976937	247	2.0	247	99	0	985	41	17	11	29	1.85
25977720--25977750	15	2.1	15	93	0	53	16	0	58	25	1.38
25984069--25984105	18	2.1	18	100	0	74	45	5	16	32	1.70
25986180--25986255	20	3.8	20	86	6	109	50	0	27	22	1.50
25988569--25988600	16	2.0	16	100	0	64	56	18	0	25	1.42
25990320--25990426	43	2.4	45	79	3	128	30	25	14	28	1.95
25990401--25991125	132	5.5	132	93	0	1243	29	23	18	28	1.98
25990433--25990778	44	7.9	44	64	16	126	28	24	18	27	1.98
25997967--25998062	19	4.7	21	79	10	74	40	15	6	37	1.73
25997967--25998024	22	2.6	22	81	7	64	41	17	5	36	1.72
25998003--25998075	19	3.8	19	92	0	128	36	15	9	38	1.80
25998312--25998368	22	2.4	24	82	11	64	63	7	1	28	1.30
25999038--25999070	13	2.5	13	100	0	66	30	9	21	39	1.84
26007127--26007282	33	4.6	33	68	23	90	16	19	28	36	1.93
26007198--26007251	27	2.0	28	85	3	74	14	24	31	29	1.95
26007123--26007388	102	2.6	103	90	0	417	17	19	29	33	1.95
26014258--26014310	17	3.2	17	71	15	56	39	16	3	39	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26030888--26030912	12	2.1	12	100	0	50	44	0	24	32	1.54
26039168--26039407	85	2.8	85	85	0	311	35	24	16	24	1.95
26039206--26039366	43	3.8	43	73	9	132	36	25	15	22	1.94
26039176--26039400	42	5.3	41	72	10	152	36	24	15	23	1.93
26046837--26046946	54	2.0	54	96	0	202	49	8	8	34	1.62
26052480--26052632	27	5.7	27	78	3	155	33	15	26	25	1.95
26052478--26052632	54	2.9	54	83	6	197	33	14	26	25	1.95
26052503--26052662	27	5.9	26	74	7	106	35	13	25	26	1.92
26052500--26052662	81	2.0	81	80	3	184	34	13	24	26	1.93
26064505--26064634	42	3.1	42	94	2	226	30	21	18	29	1.97

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