genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.51.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56598092

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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This is table  51  of  185  ( 22116 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14477792--14477838	20	2.3	20	78	7	51	46	6	4	42	1.48
14478670--14478798	70	1.9	67	84	7	170	33	11	10	44	1.74
14484531--14484587	28	1.9	28	82	10	69	36	15	26	21	1.93
14487114--14487159	13	3.5	13	75	0	56	26	8	26	39	1.85
14494707--14494740	11	3.1	11	91	8	52	5	0	2	91	0.51
14494710--14494740	16	1.9	16	93	0	53	6	0	3	90	0.55
14498681--14498722	22	2.0	21	85	4	57	50	2	2	45	1.27
14501764--14501825	32	1.9	32	86	0	88	54	11	6	27	1.60
14519374--14519583	31	6.8	31	78	2	98	38	16	15	29	1.90
14519382--14519583	62	3.3	62	77	5	183	38	15	15	30	1.89
14524316--14524349	17	1.9	18	94	5	61	2	29	35	32	1.73
14526134--14526176	13	3.1	14	84	12	54	60	0	0	39	0.97
14528651--14528693	3	14.3	3	90	0	68	60	0	4	34	1.17
14536745--14536790	18	2.6	17	83	10	56	43	2	19	34	1.63
14536889--14536953	21	3.1	21	77	6	78	20	16	23	40	1.92
14544705--14544772	16	4.2	16	96	0	118	27	0	36	35	1.58
14544753--14544847	45	2.1	44	88	1	136	34	5	27	32	1.79
14544985--14545039	25	2.2	25	84	9	69	52	1	0	45	1.11
14545170--14545330	47	3.6	46	69	18	140	48	3	3	45	1.34
14557997--14558183	50	3.8	50	78	3	182	27	22	27	22	1.99
14560974--14561011	19	2.0	19	100	0	76	36	10	21	31	1.87
14561019--14561045	9	3.0	9	100	0	54	44	0	0	55	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14561530--14561567	10	3.5	11	86	13	53	34	0	2	63	1.09
14564838--14565480	323	2.0	323	91	1	1047	37	22	15	24	1.93
14569510--14569553	22	2.0	21	83	12	54	40	0	0	59	0.98
14577987--14578026	3	13.3	3	100	0	80	32	0	0	67	0.91
14581080--14581115	18	2.0	18	94	0	63	33	2	0	63	1.08
14601335--14601360	8	3.2	8	100	0	52	38	15	0	46	1.46
14609262--14609300	3	13.0	3	94	0	69	30	0	2	66	1.05
14615608--14616395	173	4.5	174	86	4	968	28	23	23	24	2.00
14615608--14616399	88	9.1	87	87	3	929	28	23	23	24	1.99
14623551--14623689	39	3.6	39	85	1	172	47	19	2	30	1.64
14625780--14625805	2	13.0	2	100	0	52	50	50	0	0	1.00
14630939--14631118	95	1.9	95	87	2	263	27	12	14	45	1.80
14632929--14633026	28	3.6	26	86	9	133	31	12	26	29	1.92
14634019--14634304	71	4.0	71	78	13	286	24	12	17	44	1.84
14634031--14634300	47	5.8	47	86	5	257	24	13	18	43	1.86
14634019--14634234	118	1.8	117	87	4	319	24	12	18	44	1.84
14634106--14634324	94	2.3	94	83	3	253	25	13	17	43	1.86
14640740--14640837	28	3.6	26	86	9	133	31	12	26	29	1.92
14641824--14642134	47	6.7	47	89	1	394	24	13	17	44	1.85
14643503--14643527	13	1.9	13	100	0	50	40	4	8	48	1.51
14643837--14643861	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
14644605--14644690	43	2.0	43	100	0	172	34	18	20	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14652101--14652565	233	2.0	233	98	0	894	27	12	16	42	1.85
14653632--14653697	35	1.9	34	90	6	107	48	9	6	36	1.60
14654811--14654841	16	1.9	16	93	0	53	51	0	0	48	1.00
14658081--14658105	9	2.8	9	100	0	50	68	0	0	32	0.90
14658622--14658646	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
14663155--14663209	20	2.8	20	80	2	67	41	9	18	30	1.81
14664457--14664519	29	2.2	29	94	0	108	31	14	11	42	1.80
14664817--14664881	11	5.8	12	77	12	75	24	29	1	44	1.63
14664841--14664940	51	2.0	51	88	4	148	25	27	2	46	1.64
14665126--14665181	19	2.8	19	89	5	85	41	10	12	35	1.78
14665128--14665204	19	3.6	23	77	16	69	40	9	11	38	1.73
14665158--14665204	23	2.0	24	87	4	69	42	6	12	38	1.69
14665380--14665418	19	2.0	21	85	10	55	15	10	5	69	1.34
14668955--14669830	22	41.0	21	74	9	569	45	26	1	26	1.60
14669086--14669141	7	7.7	7	73	15	51	46	35	0	17	1.49
14668955--14669830	43	20.5	43	72	13	501	45	26	1	26	1.60
14668956--14669121	91	1.8	91	90	2	271	41	32	0	25	1.56
14669086--14669141	15	3.9	14	73	15	51	46	35	0	17	1.49
14669107--14669176	7	9.4	8	77	12	51	48	30	0	21	1.50
14669115--14669193	37	2.1	37	83	4	106	49	27	0	22	1.50
14669383--14669460	37	2.1	36	83	6	95	51	23	0	25	1.49
14669412--14669474	16	4.1	16	74	15	53	52	25	0	22	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14669185--14669827	65	10.0	64	77	9	492	46	25	1	27	1.61
14672969--14673633	126	5.3	126	86	3	817	30	21	15	32	1.95
14672944--14673633	253	2.7	249	85	4	863	29	21	16	31	1.95
14677437--14677496	32	1.9	33	83	12	83	65	5	1	28	1.23
14686933--14686971	18	2.0	20	85	9	55	64	2	0	33	1.08
14690195--14690235	8	5.0	8	90	3	64	0	0	12	87	0.53
14690496--14690785	55	5.2	56	81	6	302	50	14	8	26	1.70
14690496--14690785	110	2.6	113	82	6	356	50	14	8	26	1.70
14692268--14692327	30	2.0	31	83	9	79	45	0	35	20	1.51
14692511--14692547	9	4.1	9	89	0	56	29	13	10	45	1.77
14692947--14692988	20	2.2	19	86	4	57	42	7	7	42	1.59
14693713--14693748	6	6.0	6	100	0	72	16	0	0	83	0.65
14694373--14694430	21	2.9	21	82	10	68	22	0	6	70	1.10
14694453--14694519	29	2.3	29	78	0	71	22	16	17	43	1.88
14694669--14694783	51	2.3	51	93	0	194	26	30	0	43	1.55
14694785--14694850	31	2.1	33	94	5	118	33	0	0	66	0.92
14695932--14695956	7	3.6	7	100	0	50	28	0	12	60	1.32
14696608--14696642	18	1.9	18	88	0	52	25	34	8	31	1.86
14697046--14697231	25	7.7	25	64	22	85	38	3	14	44	1.62
14697044--14697228	71	2.6	71	95	0	334	37	3	14	44	1.62
14697231--14697272	20	2.1	20	100	0	84	23	14	38	23	1.92
14702406--14702546	33	4.2	32	69	8	102	31	14	23	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14702319--14702549	101	2.3	101	92	0	372	31	15	22	30	1.95
14705766--14705806	16	2.5	17	92	4	66	36	34	4	24	1.77
14706706--14706739	16	2.1	16	94	0	59	41	0	8	50	1.34
14709804--14709862	24	2.5	24	88	0	91	44	0	25	30	1.55
14709928--14709992	20	3.4	19	69	14	62	35	4	15	44	1.67
14709903--14710015	37	3.1	37	94	1	192	32	4	15	47	1.65
14709915--14710009	17	5.2	17	65	14	55	33	3	13	49	1.58
14710016--14710143	9	13.6	9	90	6	184	21	9	31	37	1.85
14710674--14711144	187	2.5	187	86	2	642	34	17	21	26	1.96
14717250--14717291	20	2.1	20	86	0	57	73	9	7	9	1.24
14721170--14721360	42	4.5	43	87	2	244	27	15	24	32	1.96
14721174--14721348	85	2.1	83	85	3	233	26	15	25	32	1.96
14729980--14730027	23	2.1	23	88	0	69	60	6	4	29	1.40
14731673--14732095	44	9.7	44	72	16	224	27	24	20	28	1.99
14731633--14732187	216	2.6	216	92	0	905	27	23	20	28	1.99
14731721--14732097	44	8.7	44	73	14	259	27	24	20	27	1.99
14742323--14742396	37	2.0	37	100	0	148	35	27	13	24	1.93
14744153--14744208	20	2.8	20	76	10	60	75	5	3	16	1.13
14744410--14744457	23	2.1	23	88	0	69	60	6	4	29	1.40
14745606--14745650	23	2.0	23	83	8	58	13	13	17	55	1.69
14752866--14752906	21	1.9	22	85	5	57	36	12	12	39	1.80
14755656--14755704	24	2.0	25	88	4	73	34	0	2	63	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14768947--14769006	26	2.3	26	88	2	86	35	3	1	60	1.23
14769284--14769340	30	1.9	30	82	10	73	49	3	3	43	1.36
14775271--14775449	88	2.0	88	96	0	331	18	18	15	46	1.84
14791176--14791217	21	2.0	21	100	0	84	38	4	28	28	1.77
14793668--14793716	20	2.4	20	86	10	64	12	28	18	40	1.86
14796126--14796345	109	2.0	110	94	3	390	38	19	10	31	1.85
14796797--14796845	20	2.5	20	79	0	62	53	0	8	38	1.31
14798633--14798753	44	2.8	43	83	3	152	29	19	19	31	1.96
14798547--14798834	44	6.6	44	72	12	143	26	22	21	29	1.99
14801393--14801500	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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