genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56598092

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  9  of  185  ( 22116 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2520155--2520185	11	2.8	11	100	0	62	45	9	29	16	1.79
2522471--2522690	57	3.8	57	83	2	262	29	45	3	21	1.69
2523542--2523698	29	5.4	29	74	6	120	51	31	3	14	1.57
2523578--2523699	28	4.2	29	77	10	97	50	32	2	13	1.55
2523579--2523654	15	5.1	15	71	9	57	52	34	2	10	1.50
2525921--2525949	14	2.0	15	93	6	51	48	0	10	41	1.37
2526227--2526284	29	2.0	29	96	0	107	36	22	3	37	1.71
2534906--2535160	127	2.0	128	93	0	440	38	12	16	31	1.86
2536614--2536934	68	4.7	67	73	10	208	42	9	21	26	1.84
2538949--2539066	21	5.6	21	80	0	128	33	32	29	4	1.77
2538949--2539042	42	2.2	42	90	0	143	31	30	31	5	1.80
2544311--2544378	27	2.5	27	83	4	84	29	35	1	33	1.67
2550725--2550772	18	2.7	18	96	0	87	12	4	25	58	1.52
2559189--2559233	22	2.0	22	91	0	72	48	15	2	33	1.57
2562964--2563008	22	2.0	22	91	0	72	48	15	2	33	1.57
2562971--2563014	11	3.7	13	77	22	51	45	18	4	31	1.69
2571736--2572152	205	2.0	205	96	0	771	28	22	19	29	1.98
2573509--2573538	12	2.5	12	94	0	51	6	23	40	30	1.80
2574392--2574580	36	5.2	36	90	0	288	38	37	9	14	1.79
2578241--2578378	65	2.1	64	85	4	179	50	13	7	27	1.69
2588997--2589203	103	2.0	104	96	0	380	31	20	14	32	1.93
2594031--2594092	31	2.0	31	100	0	124	41	22	12	22	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2594062--2594430	67	5.5	66	80	3	380	34	18	23	23	1.96
2594062--2594424	201	1.8	201	83	2	487	34	18	23	23	1.96
2594062--2594430	134	2.8	132	81	4	425	34	18	23	23	1.96
2615334--2615378	14	3.1	14	78	15	56	33	2	0	64	1.06
2619881--2619954	38	1.9	39	91	2	123	25	6	18	48	1.73
2629855--2630010	43	3.7	43	81	6	156	30	26	15	28	1.96
2640611--2640640	5	5.8	5	92	7	51	40	0	20	40	1.52
2641271--2641332	25	2.6	23	82	10	79	19	22	19	38	1.93
2644084--2644468	109	3.5	110	88	3	571	33	20	16	29	1.95
2644594--2644650	26	2.2	26	84	6	71	66	12	3	17	1.37
2644681--2644761	34	2.5	32	76	7	85	56	0	3	39	1.17
2653063--2653098	17	2.2	17	90	5	56	47	13	0	38	1.44
2657200--2657236	4	9.8	4	85	11	51	51	0	2	45	1.15
2668510--2668567	30	1.9	30	86	10	82	37	0	0	62	0.96
2668489--2668567	32	2.5	31	80	11	90	34	1	0	64	1.02
2676789--2677079	131	2.3	131	90	4	459	33	18	20	27	1.96
2682994--2683024	15	2.1	15	100	0	62	38	25	12	22	1.90
2683033--2683074	20	2.1	20	90	0	66	30	16	11	40	1.85
2686442--2686476	18	1.9	18	88	0	52	20	20	28	31	1.97
2687718--2687748	15	2.1	15	100	0	62	38	25	12	22	1.90
2687757--2687798	20	2.1	20	90	0	66	30	16	11	40	1.85
2688470--2688508	16	2.4	16	87	8	53	48	2	25	23	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2688559--2688658	36	2.7	37	80	11	107	47	1	21	31	1.58
2688805--2688891	21	4.1	21	80	4	95	19	19	24	36	1.95
2689907--2689949	22	1.9	23	85	4	61	58	4	4	32	1.39
2699596--2699728	66	2.0	66	98	0	257	32	16	26	24	1.96
2701354--2701398	17	2.6	17	82	3	54	62	0	0	37	0.96
2703536--2703565	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
2705070--2705116	21	2.2	21	84	3	58	29	14	10	44	1.79
2705518--2705557	19	2.1	19	100	0	80	20	15	50	15	1.79
2705635--2705686	21	2.5	21	83	0	68	34	7	25	32	1.84
2705951--2705989	19	2.0	20	90	9	64	46	2	5	46	1.38
2717904--2717945	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
2717913--2717954	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
2718023--2718074	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
2718263--2718314	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
2718383--2718434	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
2718504--2718554	15	3.5	15	82	12	54	52	1	0	45	1.12
2717907--2718679	120	6.4	120	97	0	1440	49	5	2	41	1.41
2718720--2718780	28	2.2	28	85	5	81	50	3	0	45	1.17
2718727--2718870	47	3.1	46	65	23	113	49	4	2	44	1.33
2718620--2718902	91	3.0	93	83	8	315	48	3	3	44	1.34
2718695--2718902	91	2.3	90	89	4	317	47	3	3	45	1.37
2718720--2718862	44	3.2	43	68	16	119	48	3	2	46	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2718745--2718883	47	3.0	47	68	17	137	49	4	2	43	1.34
2720311--2720337	11	2.5	11	100	0	54	51	18	7	22	1.70
2721913--2721948	15	2.4	15	100	0	72	44	11	8	36	1.70
2722477--2722540	21	3.1	21	66	20	62	45	3	10	40	1.55
2736611--2736659	18	2.7	18	84	6	55	10	4	6	79	1.03
2737342--2737375	6	5.7	6	100	0	68	32	0	0	67	0.91
2741980--2742071	47	1.9	48	93	2	159	29	3	10	56	1.49
2745386--2745417	6	5.3	6	96	0	55	31	12	37	18	1.88
2745638--2745759	23	5.2	24	76	14	89	50	0	0	49	1.06
2745679--2745763	23	3.4	25	81	14	95	51	0	0	48	1.00
2745691--2745750	16	3.7	17	73	8	54	50	0	0	50	1.00
2745701--2745793	32	2.9	32	81	10	86	53	1	1	44	1.14
2745728--2745793	32	2.1	32	86	8	91	54	1	1	42	1.18
2746551--2746909	51	7.4	50	67	21	205	43	1	18	36	1.59
2746487--2746952	95	4.9	94	79	11	465	43	1	17	37	1.57
2753927--2753968	12	3.5	12	81	12	50	71	4	7	16	1.26
2753835--2754328	114	4.4	112	86	10	659	45	14	16	23	1.84
2754275--2754304	11	2.6	11	94	5	51	83	0	10	6	0.81
2754275--2754305	12	2.6	12	94	0	53	83	0	9	6	0.79
2754374--2754410	12	3.3	12	89	10	53	13	5	0	81	0.86
2754381--2754793	112	3.6	114	90	6	665	27	14	12	45	1.82
2754381--2754802	117	3.7	114	90	6	657	27	14	13	45	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2754730--2754863	73	1.9	71	93	4	234	26	7	7	58	1.52
2754617--2754967	184	1.9	189	92	4	597	26	13	11	47	1.78
2754502--2755048	301	1.8	300	90	6	892	26	14	13	45	1.81
2754802--2755048	118	2.1	115	89	5	383	25	15	13	46	1.82
2755498--2755567	22	3.2	21	75	18	63	62	4	0	32	1.14
2755947--2755993	10	4.7	10	74	10	51	31	0	2	65	1.04
2756862--2756910	22	2.2	22	82	10	55	42	0	0	57	0.99
2767840--2767900	20	3.0	20	75	0	68	44	11	6	37	1.67
2767976--2768020	19	2.3	20	88	3	65	46	20	11	22	1.81
2768560--2768590	14	2.3	13	94	5	53	74	0	0	25	0.82
2774836--2774865	4	7.5	4	100	0	60	0	26	0	73	0.84
2792484--2792516	4	8.2	4	100	0	66	0	27	0	72	0.85
2793217--2793418	42	4.9	41	83	4	237	27	19	25	26	1.99
2795639--2795665	11	2.5	11	100	0	54	37	11	0	51	1.37
2796051--2796131	27	2.9	28	94	3	146	33	20	16	29	1.94
2798975--2799008	6	5.5	6	89	3	50	35	29	20	14	1.93
2801759--2801895	40	3.5	39	76	8	136	32	23	16	27	1.96
2802056--2802102	24	2.0	24	84	16	62	51	14	0	34	1.43
2804836--2804861	5	5.2	5	100	0	52	42	19	19	19	1.90
2805888--2805924	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
2805978--2806008	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
2807186--2807230	18	2.5	18	81	0	54	20	24	17	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2807945--2808110	42	4.0	42	83	2	217	28	21	26	23	1.99
2812023--2812189	42	4.0	42	85	0	217	25	23	22	28	1.99
2816707--2816735	2	14.5	2	100	0	58	51	0	48	0	1.00
2816757--2816967	108	2.0	104	90	8	336	34	19	13	31	1.91
2818406--2818463	27	2.1	27	83	0	71	15	27	27	29	1.96
2818495--2818852	106	3.5	104	81	9	462	55	15	0	28	1.46
2819062--2819103	17	2.4	17	92	8	66	26	0	4	69	1.08
2819167--2819209	21	2.1	21	91	4	70	72	0	0	27	0.85
2820297--2820507	105	2.0	105	98	0	404	41	21	22	14	1.89
2828079--2828103	13	1.9	13	100	0	50	40	16	8	36	1.77

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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