genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.31.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56598092

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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This is table  31  of  185  ( 22116 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8504081--8504126	23	2.0	23	83	8	58	47	6	2	43	1.41
8508611--8508646	18	2.0	18	94	0	63	22	0	52	25	1.47
8511710--8511765	27	2.1	27	100	0	112	50	10	14	25	1.75
8514820--8514848	8	3.6	8	100	0	58	65	0	0	34	0.93
8514908--8515018	16	6.2	17	69	18	57	59	3	0	36	1.15
8515505--8515595	9	10.0	9	73	17	64	36	2	2	59	1.22
8515717--8515831	9	12.2	9	67	17	56	34	3	2	59	1.28
8515774--8515820	21	2.2	22	81	11	62	38	2	0	59	1.09
8516096--8516154	31	1.9	30	86	10	84	42	0	6	50	1.28
8519799--8519839	21	2.0	21	85	0	55	31	2	9	56	1.45
8524121--8524173	3	17.7	3	100	0	106	33	0	0	66	0.92
8527009--8527038	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
8528297--8528329	17	2.0	17	88	5	50	18	9	18	54	1.69
8530515--8530566	27	2.0	27	88	3	79	26	21	9	42	1.83
8530515--8530574	27	2.3	26	85	2	75	30	20	8	41	1.81
8535648--8535722	26	2.8	26	81	2	78	24	20	10	45	1.82
8542312--8542343	2	16.0	2	100	0	64	0	50	0	50	1.00
8551082--8551156	18	4.2	18	85	0	105	28	21	16	34	1.94
8557324--8557509	73	2.5	73	98	0	354	41	24	5	27	1.78
8557510--8557535	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
8566758--8566795	16	2.5	15	84	16	51	81	5	0	13	0.85
8567898--8567933	10	3.8	10	89	10	58	33	0	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8568019--8568077	23	2.6	22	86	7	82	33	3	3	59	1.31
8570919--8570982	27	2.4	27	92	5	103	26	28	29	15	1.96
8571029--8571135	4	26.0	4	80	14	112	70	0	28	0	0.94
8571037--8571135	18	5.7	17	78	15	87	69	0	29	1	0.95
8571031--8571196	39	4.4	39	81	11	172	69	0	29	1	0.96
8571069--8571204	17	8.2	17	65	25	60	68	0	30	0	0.95
8571028--8571201	75	2.3	73	81	12	194	68	0	29	1	0.96
8572007--8572073	26	2.5	26	83	7	82	47	0	10	41	1.38
8576686--8576723	18	2.1	18	95	0	67	10	47	7	34	1.67
8577301--8577326	12	2.2	12	100	0	52	65	19	0	15	1.27
8577454--8577494	3	13.7	3	100	0	82	68	31	0	0	0.90
8577559--8577597	20	2.0	21	85	10	55	66	10	0	23	1.22
8577621--8577660	11	3.7	11	90	6	64	0	30	0	70	0.88
8577648--8577768	58	2.1	58	92	0	197	8	24	3	63	1.37
8577729--8577753	3	8.3	3	100	0	50	0	32	0	68	0.90
8577804--8577891	27	3.3	27	88	6	117	17	29	28	25	1.97
8577964--8578033	28	2.5	29	86	6	101	50	1	8	40	1.42
8584983--8585019	12	3.0	13	84	11	51	29	40	18	10	1.85
8586271--8586309	16	2.4	17	83	8	55	66	2	0	30	1.05
8594356--8594394	17	2.4	16	91	4	60	28	0	2	69	1.02
8594356--8594399	17	2.8	15	83	16	54	25	0	2	72	0.96
8601006--8601111	41	2.6	40	89	3	151	26	20	29	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8608455--8608488	16	2.1	16	89	10	52	67	0	0	32	0.91
8609283--8609308	9	2.9	9	100	0	52	46	0	11	42	1.40
8610227--8610500	75	3.7	74	79	6	259	34	21	21	22	1.97
8614088--8614118	5	6.2	5	96	0	53	45	19	19	16	1.86
8615140--8615176	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
8619026--8619080	13	4.0	13	77	11	56	21	32	20	25	1.97
8619024--8619093	14	5.0	14	76	13	63	21	31	22	24	1.98
8619026--8619109	42	2.0	41	83	6	105	21	33	21	23	1.97
8625548--8626794	422	3.0	418	76	6	1178	26	18	12	43	1.85
8626790--8626815	13	2.0	13	100	0	52	7	46	23	23	1.78
8626861--8626908	14	3.5	14	81	18	57	33	8	18	39	1.81
8626853--8626908	28	2.0	28	82	6	69	35	7	17	39	1.78
8636921--8636945	11	2.3	11	100	0	50	16	0	0	84	0.63
8643476--8643732	123	2.1	124	91	2	419	44	16	8	29	1.78
8651916--8651980	31	2.1	31	85	2	87	41	7	10	40	1.69
8653354--8653435	25	3.3	25	81	10	105	28	24	23	24	2.00
8664222--8664257	14	2.6	14	90	0	54	38	2	0	58	1.13
8672695--8672750	23	2.4	23	79	5	60	60	0	0	39	0.97
8675128--8675159	16	2.0	16	100	0	64	18	12	18	50	1.78
8675639--8675699	30	2.0	30	90	6	97	31	36	19	13	1.90
8675669--8675809	44	3.2	44	82	1	167	27	31	19	21	1.98
8681724--8681792	16	4.1	16	85	5	84	31	0	20	47	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8681714--8681777	9	7.6	9	78	18	75	31	0	23	45	1.53
8681829--8681870	22	1.9	22	85	0	57	33	7	14	45	1.72
8681851--8681945	9	10.6	9	73	17	81	34	1	17	46	1.56
8681851--8681945	16	5.3	18	74	15	81	34	1	17	46	1.56
8681896--8681970	22	3.6	21	76	23	79	36	1	17	45	1.57
8681972--8682166	69	2.8	69	89	0	293	45	4	6	44	1.47
8684250--8684290	19	2.1	20	82	13	50	46	0	4	48	1.23
8685011--8685106	7	12.9	7	74	12	84	32	47	0	19	1.50
8685011--8685107	22	4.6	22	82	12	132	32	47	0	19	1.50
8685032--8685107	15	4.9	16	75	12	63	32	47	0	19	1.50
8685011--8685099	39	2.4	37	88	3	133	32	47	0	20	1.50
8685743--8685874	41	3.2	41	72	13	119	38	27	17	16	1.91
8685720--8685874	41	3.8	40	72	16	111	39	29	16	15	1.89
8688099--8688177	38	2.1	38	93	4	135	35	24	11	29	1.90
8690260--8690308	22	2.2	22	92	0	80	28	20	14	36	1.92
8694216--8694567	115	3.1	116	90	3	559	49	21	8	21	1.75
8697212--8697253	21	2.0	22	86	13	61	33	21	4	40	1.74
8698644--8698706	21	3.0	22	77	13	69	42	3	1	52	1.27
8698925--8698964	19	2.1	19	85	0	53	47	0	2	50	1.14
8699658--8699696	20	2.0	20	84	0	51	69	0	10	20	1.17
8700200--8700249	22	2.3	22	89	0	73	36	16	18	30	1.92
8700621--8700662	14	3.1	14	83	16	61	30	0	0	69	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8701320--8701371	24	2.2	24	85	0	68	50	7	5	36	1.55
8706593--8706629	19	1.9	19	94	0	65	27	21	10	40	1.86
8708130--8708372	66	3.7	67	78	6	253	24	25	18	31	1.97
8708130--8708372	132	1.8	133	84	2	337	24	25	18	31	1.97
8714127--8714170	21	2.1	21	95	0	79	34	9	11	45	1.72
8714981--8715025	10	4.5	10	83	10	65	77	2	11	8	1.07
8714981--8715025	21	2.2	20	88	7	65	77	2	11	8	1.07
8714981--8715028	15	3.2	15	74	11	53	77	2	12	8	1.08
8721837--8721885	25	2.0	24	92	4	80	55	0	0	44	0.99
8723314--8723412	26	3.8	26	86	1	128	38	12	19	30	1.88
8723314--8723425	52	2.2	51	85	1	143	41	11	16	30	1.84
8723314--8723425	26	4.4	25	82	5	116	41	11	16	30	1.84
8723327--8723434	51	2.1	52	82	1	128	43	10	16	29	1.81
8729282--8729385	36	2.9	36	97	0	190	30	20	10	38	1.86
8729238--8729365	36	3.1	42	77	15	128	29	21	11	36	1.89
8735031--8735129	49	2.0	49	96	0	180	47	16	3	33	1.62
8738467--8738560	20	4.7	20	83	7	111	43	21	25	9	1.82
8738467--8738564	40	2.5	40	93	0	160	43	21	25	9	1.82
8738486--8738566	20	4.1	20	88	6	128	44	22	24	8	1.81
8745753--8745806	17	3.0	18	86	8	83	40	1	0	57	1.09
8752247--8752276	8	3.8	8	100	0	60	63	0	0	36	0.95
8757428--8757458	7	4.3	7	95	4	53	29	0	0	70	0.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8757459--8757502	19	2.4	18	84	3	52	65	6	0	27	1.17
8757733--8757959	117	1.9	117	81	5	271	44	13	12	29	1.81
8759072--8759108	15	2.5	15	91	4	58	48	0	5	45	1.25
8761797--8761839	18	2.4	19	84	11	63	51	0	0	48	1.00
8761861--8761886	8	3.2	8	100	0	52	57	0	0	42	0.98
8767671--8767700	10	3.0	10	90	0	51	76	0	23	0	0.78
8767672--8767715	16	2.8	16	86	6	54	70	0	27	2	0.99
8768151--8768193	13	3.3	13	75	12	52	32	2	23	41	1.67
8768143--8768194	26	2.0	26	100	0	104	34	3	19	42	1.69
8777892--8777952	30	2.0	30	100	0	122	26	13	19	40	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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