genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.74.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56598092

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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This is table  74  of  185  ( 22116 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22725552--22725586	16	2.3	15	90	5	52	31	2	2	62	1.24
22733039--22733102	29	2.2	29	88	5	94	28	3	10	57	1.48
22733790--22733824	17	2.1	17	94	0	61	45	11	17	25	1.81
22741175--22741237	22	2.9	22	92	0	108	36	52	0	11	1.37
22741193--22741261	35	2.0	35	94	0	120	34	53	1	10	1.44
22741624--22741672	3	16.0	3	78	4	53	28	2	2	67	1.13
22741624--22741665	19	2.3	18	87	4	57	26	2	2	69	1.13
22741697--22741768	23	3.1	23	72	6	65	27	8	2	61	1.39
22747503--22748377	203	4.3	206	91	5	1396	29	18	23	28	1.98
22748475--22748566	45	2.0	45	89	4	141	30	13	29	27	1.94
22750555--22750733	27	6.6	27	92	2	268	26	13	28	30	1.95
22750555--22750733	55	3.3	54	94	1	295	26	13	28	30	1.95
22750555--22750733	82	2.2	82	93	0	304	26	13	28	30	1.95
22758626--22758831	27	7.5	28	92	3	323	26	14	28	31	1.95
22758626--22758831	55	3.8	55	96	0	351	26	14	28	31	1.95
22763425--22763719	63	4.7	62	83	3	358	36	8	25	29	1.86
22763425--22763701	125	2.2	126	83	3	353	37	8	24	29	1.85
22776570--22776664	42	2.3	42	81	3	111	27	24	27	21	1.99
22778053--22778120	34	2.0	35	85	8	95	13	5	30	50	1.65
22792850--22793072	80	2.8	79	82	3	232	24	21	28	26	1.99
22792903--22793072	40	4.3	40	90	0	234	23	21	28	26	1.99
22792925--22793107	79	2.3	80	82	1	226	25	20	28	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22800764--22800986	80	2.8	79	82	3	232	24	21	28	26	1.99
22800817--22800986	40	4.3	40	90	0	234	23	21	28	26	1.99
22800839--22801021	79	2.3	80	82	1	226	25	20	28	25	1.99
22803334--22803386	27	2.0	27	85	7	72	16	22	20	39	1.92
22805642--22805675	16	2.1	16	88	0	50	26	2	20	50	1.63
22806497--22806537	4	9.8	4	84	10	55	48	2	0	48	1.14
22806497--22806537	13	3.2	12	86	10	55	48	2	0	48	1.14
22806497--22806537	9	4.9	8	85	5	55	48	2	0	48	1.14
22826097--22826137	20	2.1	19	86	4	55	41	4	7	46	1.53
22847634--22847666	15	2.2	15	100	0	66	48	6	6	39	1.53
22849100--22849160	9	6.8	9	96	0	104	37	29	9	22	1.87
22873660--22873689	12	2.5	12	94	0	51	36	6	0	56	1.26
22879056--22879093	20	1.9	20	94	0	67	23	28	2	44	1.67
22883865--22884100	50	4.6	50	80	4	197	27	21	27	22	1.99
22890594--22890835	50	4.7	50	78	7	177	26	21	28	23	1.99
22891049--22891164	58	2.0	58	100	0	232	51	6	18	22	1.70
22897763--22897869	19	5.8	18	70	18	60	51	2	2	42	1.31
22901471--22901737	137	1.9	137	80	1	311	32	24	22	19	1.97
22904761--22905015	28	9.3	28	80	6	290	29	23	23	23	1.99
22904816--22905035	109	2.0	109	92	0	368	31	22	22	23	1.98
22904872--22905035	53	3.0	53	75	11	188	32	21	21	23	1.98
22908169--22908353	101	1.8	101	87	5	275	24	16	27	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22908168--22908355	51	3.7	49	80	3	198	23	15	28	31	1.96
22910472--22910520	25	2.0	23	84	7	62	30	0	6	63	1.19
22913875--22914192	120	2.7	120	99	0	627	42	0	6	50	1.32
22913957--22914144	57	3.1	61	69	22	196	40	1	7	50	1.37
22914128--22914435	157	2.0	157	95	0	553	47	4	3	43	1.41
22914565--22914616	16	3.2	16	97	0	95	38	34	0	26	1.57
22916080--22916186	26	4.1	26	84	4	135	38	22	19	19	1.94
22916438--22916753	27	11.7	27	81	5	275	19	19	18	41	1.90
22916438--22916753	81	3.9	81	82	2	357	19	19	18	41	1.90
22916420--22916776	27	13.3	27	81	5	234	20	18	18	42	1.89
22916420--22916776	81	4.4	80	78	6	285	20	18	18	42	1.89
22923166--22923714	47	11.6	47	91	2	855	32	8	29	29	1.86
22923166--22923714	143	3.9	143	93	1	872	32	8	29	29	1.86
22925943--22926321	40	9.6	40	91	2	586	24	22	27	25	2.00
22929660--22930259	47	12.6	47	93	2	932	32	8	29	29	1.86
22929660--22930259	96	6.3	96	92	3	957	32	8	29	29	1.86
22929660--22930259	145	4.2	144	93	1	976	32	8	29	29	1.86
22937896--22937925	14	2.1	14	93	0	51	10	6	13	70	1.34
22939680--22939739	16	3.8	16	76	12	61	41	5	1	51	1.33
22939666--22939740	16	4.7	16	71	12	55	44	4	1	50	1.29
22944063--22944241	51	3.5	51	79	3	225	29	13	27	29	1.95
22944060--22944257	102	1.9	102	95	0	360	29	14	27	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22944256--22944376	50	2.4	50	92	0	206	30	19	23	26	1.98
22944574--22944646	37	1.9	38	86	2	103	42	2	23	31	1.68
22948449--22948654	27	7.6	27	93	2	340	30	28	14	26	1.95
22948449--22948654	55	3.8	55	96	0	351	30	28	14	26	1.95
22948449--22948654	82	2.5	82	92	2	342	30	28	14	26	1.95
22969341--22969371	16	1.9	16	93	0	53	70	29	0	0	0.87
22971928--22971961	17	2.0	17	100	0	68	23	23	17	35	1.95
22991112--22991213	39	2.7	38	76	10	109	25	31	14	28	1.95
22992612--22992655	23	1.9	22	82	17	54	38	22	0	38	1.55
22992754--22992898	23	6.3	23	91	0	245	32	24	21	21	1.98
22993124--22993162	18	2.2	17	86	13	53	46	20	0	33	1.51
22997798--22997907	54	2.0	54	87	7	157	43	6	20	29	1.77
22997808--22997923	54	2.1	57	80	4	130	50	5	19	25	1.68
23003082--23003108	10	2.7	10	100	0	54	29	7	0	62	1.22
23006498--23006591	47	2.0	47	97	0	179	25	13	20	40	1.89
23008295--23008341	23	2.0	23	100	0	94	48	17	12	21	1.79
23008700--23008737	20	1.9	20	84	10	51	57	0	10	31	1.32
23028674--23028703	9	3.3	9	90	0	51	56	6	0	36	1.26
23028691--23028746	29	1.9	29	85	0	76	44	14	8	32	1.76
23030850--23031026	50	3.4	50	82	6	185	27	22	28	21	1.99
23035522--23035761	50	4.7	49	76	6	169	27	22	27	22	1.99
23038367--23038544	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23038388--23038543	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
23063459--23063603	50	2.9	50	78	2	155	21	26	21	31	1.98
23065636--23065705	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
23065636--23065733	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
23073715--23073783	27	2.6	27	93	4	104	31	28	13	26	1.93
23073714--23073811	27	3.6	27	86	5	99	31	29	13	25	1.93
23075684--23075708	11	2.3	11	100	0	50	76	8	0	16	1.02
23082141--23082189	20	2.5	20	81	15	66	12	24	6	57	1.58
23082392--23082570	50	3.6	50	82	3	184	21	27	21	29	1.99
23082444--23082586	50	2.9	50	84	0	187	20	27	22	28	1.99
23082975--23083033	30	2.0	30	83	6	75	30	22	6	40	1.79
23083343--23083367	11	2.3	11	100	0	50	76	8	0	16	1.02
23089279--23089345	21	3.3	21	74	18	70	26	35	4	32	1.77
23097787--23097895	55	2.0	55	85	0	146	33	20	21	24	1.97
23098939--23098976	19	2.0	19	85	10	51	21	42	0	36	1.53
23108638--23108675	19	2.0	19	85	10	51	21	42	0	36	1.53
23110630--23110807	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
23110651--23110806	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
23116007--23116061	27	2.0	27	85	0	74	34	25	16	23	1.95
23122154--23122194	11	3.7	11	93	0	73	41	51	0	7	1.30
23122144--23122195	22	2.3	23	87	9	81	38	51	0	9	1.35
23122154--23122218	25	2.7	25	83	6	73	38	50	3	7	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23126435--23126481	14	3.3	14	85	5	58	48	2	4	44	1.34
23131542--23131599	29	2.0	28	86	3	80	31	6	8	53	1.58
23132440--23132504	3	22.3	3	87	6	98	1	30	1	66	1.10
23137880--23137987	43	2.6	43	81	10	125	33	25	21	20	1.97
23137994--23138101	40	2.7	41	94	2	191	23	25	19	32	1.97
23138148--23138186	20	2.0	20	85	10	53	33	20	0	46	1.51
23139350--23139426	23	3.3	23	92	0	118	48	9	1	41	1.43
23148067--23148104	15	2.7	15	84	12	53	60	13	0	26	1.33
23151057--23151118	16	3.9	16	85	8	90	41	4	32	20	1.74
23151056--23151120	32	2.0	32	93	0	112	41	4	33	20	1.72

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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