genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.80.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56598092

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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This is table  80  of  185  ( 22116 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24683079--24683117	20	1.9	21	89	5	62	66	2	5	25	1.25
24685753--24685952	100	2.0	100	90	0	310	36	19	10	33	1.86
24697154--24697179	10	2.6	10	100	0	52	73	7	0	19	1.07
24703706--24703752	20	2.3	20	85	0	67	29	36	12	21	1.91
24706488--24706530	16	2.7	16	85	0	59	81	4	6	6	0.98
24707524--24707628	6	17.2	6	66	14	54	71	3	18	6	1.23
24707571--24707617	14	3.3	15	82	14	55	72	0	19	8	1.10
24707524--24707628	12	8.6	12	74	15	65	71	3	18	6	1.23
24707519--24707618	18	5.6	18	68	16	64	72	4	17	7	1.23
24710642--24710683	21	2.0	22	90	4	68	78	2	11	7	1.04
24710653--24710791	6	22.8	6	67	13	61	71	2	17	9	1.23
24710658--24710791	18	7.6	18	73	10	80	70	2	17	9	1.24
24710721--24710809	27	3.1	27	76	17	92	69	0	17	12	1.18
24710749--24710790	19	2.2	19	86	0	57	73	0	14	11	1.09
24710806--24710868	33	1.9	33	84	12	85	53	6	26	12	1.62
24712647--24712720	30	2.5	30	86	8	98	20	20	18	40	1.92
24727044--24727069	6	4.3	6	100	0	52	84	0	0	15	0.62
24730878--24730996	47	2.5	47	86	2	148	32	8	31	27	1.86
24753593--24753635	16	2.7	16	92	0	68	27	11	32	27	1.92
24756038--24756089	20	2.6	20	84	0	68	46	11	11	30	1.76
24762900--24762977	30	2.6	30	91	0	129	30	25	25	17	1.97
24763344--24763604	27	9.7	27	84	6	316	25	16	18	40	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24763344--24763597	107	2.4	108	84	7	372	25	16	18	39	1.91
24764265--24764320	28	2.0	28	100	0	112	53	10	25	10	1.67
24766124--24766172	21	2.3	22	83	16	59	71	0	16	12	1.14
24769293--24769437	42	3.4	43	78	6	116	32	25	16	25	1.96
24769280--24769449	43	4.0	43	76	7	139	34	25	14	25	1.94
24769323--24769444	44	2.9	42	78	9	122	34	26	14	24	1.94
24770705--24770795	46	2.0	46	97	0	173	36	7	10	45	1.68
24776606--24776631	12	2.2	12	100	0	52	26	42	15	15	1.87
24779496--24779534	19	2.1	19	85	0	51	30	5	10	53	1.56
24784197--24784274	30	2.6	30	87	0	111	19	29	11	39	1.87
24785086--24785113	4	7.0	4	100	0	56	50	0	0	50	1.00
24785725--24785778	21	2.5	21	87	3	81	22	33	5	38	1.77
24807353--24807392	18	2.2	18	86	4	53	12	27	0	60	1.33
24808453--24808507	14	3.9	14	90	7	85	23	12	0	63	1.29
24808453--24808502	15	3.4	15	91	5	84	20	10	0	70	1.16
24808550--24808603	12	4.6	12	90	4	83	12	1	9	75	1.11
24808548--24808603	23	2.4	23	93	0	94	16	1	8	73	1.17
24808548--24808603	11	4.9	11	91	6	85	16	1	8	73	1.17
24812538--24812722	51	3.6	51	84	3	223	30	28	16	24	1.96
24812976--24813004	14	2.1	14	100	0	58	27	34	0	37	1.57
24820951--24820994	24	1.9	24	86	9	65	29	4	4	61	1.36
24825314--24825346	9	3.7	9	95	0	57	75	9	0	15	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24827837--24827921	44	1.9	44	97	0	161	35	21	3	40	1.70
24830949--24830978	14	2.1	14	100	0	60	23	33	0	43	1.54
24849583--24849622	20	2.0	21	90	5	64	5	25	0	70	1.08
24855207--24855272	21	3.0	22	86	4	80	30	4	30	34	1.78
24859809--24859845	12	2.8	13	88	12	58	18	8	0	72	1.08
24859813--24859870	12	4.8	12	81	14	66	12	10	1	75	1.11
24859825--24859867	22	2.0	22	85	0	59	11	11	2	74	1.17
24860171--24860236	21	3.0	22	84	4	71	30	3	30	36	1.73
24861972--24862014	21	2.0	21	86	8	61	23	34	6	34	1.82
24861965--24862019	18	3.1	18	83	0	56	20	34	7	38	1.80
24863381--24863429	10	4.9	10	78	9	55	26	30	16	26	1.97
24863381--24863427	20	2.3	20	89	7	69	25	31	17	25	1.97
24864974--24865010	11	3.4	11	100	0	74	75	8	0	16	1.02
24865022--24865047	9	2.9	9	100	0	52	92	0	7	0	0.39
24865021--24865051	10	3.2	10	90	9	55	90	0	9	0	0.46
24865002--24865058	19	3.0	20	77	7	66	75	3	17	3	1.09
24866094--24866140	15	3.1	15	84	9	60	70	0	17	12	1.17
24866170--24866230	12	5.3	12	71	11	56	59	1	24	14	1.45
24866172--24866221	21	2.3	22	89	6	84	60	0	26	14	1.34
24867902--24867950	10	4.9	10	78	9	55	26	30	16	26	1.97
24867902--24867948	20	2.3	20	89	7	69	25	31	17	25	1.97
24869865--24869931	33	2.0	33	94	0	116	40	17	14	26	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24884116--24884164	12	3.8	14	84	15	70	22	14	0	63	1.30
24884202--24884244	12	3.6	12	87	9	61	11	6	6	74	1.21
24887175--24887706	265	2.0	265	98	0	1019	32	15	24	28	1.95
24900075--24900129	21	2.7	20	83	8	74	29	34	9	27	1.87
24900369--24900457	40	2.2	40	85	2	124	32	10	13	43	1.77
24900593--24900699	54	2.0	54	80	7	119	37	14	20	28	1.91
24900687--24900747	24	2.5	24	91	0	95	40	14	13	31	1.84
24902510--24902560	17	2.7	19	79	14	61	64	0	21	13	1.28
24904782--24904867	40	2.2	40	93	0	145	30	11	11	46	1.76
24905088--24905162	24	3.2	24	78	17	104	41	14	16	28	1.87
24905078--24905169	45	2.0	45	95	0	166	39	14	18	28	1.89
24905078--24905149	21	3.3	21	76	17	83	38	12	22	26	1.89
24907069--24907102	12	2.8	12	95	0	59	14	23	0	61	1.33
24907062--24907130	24	2.8	25	71	8	61	11	20	1	66	1.31
24917994--24918112	50	2.3	52	91	2	188	32	15	13	37	1.87
24927350--24927521	40	4.3	40	88	2	222	25	27	21	25	1.99
24927352--24927574	40	5.6	39	83	5	216	25	27	21	25	1.99
24927350--24927574	80	2.8	79	80	7	240	25	27	21	25	1.99
24927506--24927583	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
24931096--24931204	10	10.9	10	66	27	54	22	15	33	28	1.94
24931096--24931204	20	5.4	20	92	0	164	22	15	33	28	1.94
24932847--24933111	103	2.6	104	91	0	424	29	30	20	19	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24933439--24933503	30	2.2	29	81	8	76	30	27	6	35	1.81
24933446--24933503	30	1.9	30	85	0	80	31	24	6	37	1.82
24940334--24940598	103	2.6	104	91	0	424	29	30	20	19	1.97
24940925--24940989	30	2.2	29	81	8	76	30	27	6	35	1.81
24940932--24940989	30	1.9	30	85	0	80	31	24	6	37	1.82
24946407--24946456	20	2.4	22	87	9	70	56	16	6	22	1.62
24950043--24950083	20	2.0	20	100	0	82	36	9	29	24	1.87
24958938--24959053	58	2.0	58	100	0	232	34	10	25	29	1.89
24959068--24959094	7	3.9	7	100	0	54	29	25	44	0	1.54
24962559--24962634	26	2.9	26	86	9	109	38	11	23	26	1.89
24962560--24962651	27	3.4	27	82	11	109	34	13	25	27	1.92
24964366--24964493	35	3.6	35	80	7	125	14	9	32	42	1.78
24966730--24966769	21	1.9	21	89	0	62	55	0	7	37	1.29
24967961--24967990	11	2.7	11	94	0	51	20	10	20	50	1.76
24971484--24971562	25	3.2	25	83	3	97	34	21	15	29	1.94
24983471--24983516	21	2.1	22	84	4	58	67	0	23	8	1.18
24983550--24983616	34	1.9	33	82	8	80	46	8	32	11	1.72
24992431--24992477	20	2.3	20	81	0	58	29	34	12	23	1.92
24994752--24994815	24	2.7	23	81	9	67	7	17	1	73	1.14
24998688--24998739	27	1.9	27	92	0	86	40	15	21	23	1.91
25000409--25000465	12	4.9	11	81	12	69	68	5	1	24	1.20
25000409--25000465	23	2.4	23	91	8	89	68	5	1	24	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25000503--25000540	15	2.6	15	95	4	69	60	5	13	21	1.52
25004275--25004367	46	2.0	46	93	4	161	24	18	21	35	1.95
25006096--25006133	10	3.8	10	89	10	60	84	5	0	10	0.77
25006095--25006133	20	2.0	20	94	0	69	84	5	0	10	0.76
25006172--25006210	15	2.6	15	84	8	53	66	7	10	15	1.43
25009865--25009958	46	2.0	46	95	4	172	24	19	22	34	1.97
25010313--25010441	50	2.5	51	83	1	161	25	19	26	28	1.99
25010313--25010479	51	3.3	50	78	4	165	26	17	26	29	1.97
25010500--25010587	46	2.0	46	82	8	110	26	19	22	31	1.98
25010755--25010786	16	2.0	16	93	0	55	53	0	21	25	1.46

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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