genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.89.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56598092

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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This is table  89  of  185  ( 22116 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27923653--27923691	20	2.0	19	90	5	60	15	10	15	58	1.62
27926847--27926911	32	2.0	32	100	0	130	35	15	18	30	1.92
27940370--27940473	52	2.0	53	84	1	138	23	24	24	28	1.99
27940515--27940577	24	2.6	24	85	5	83	15	23	33	26	1.95
27946838--27946948	42	2.6	42	84	5	136	24	28	25	21	1.99
27953035--27953119	37	2.3	37	89	0	125	36	27	1	35	1.65
27959760--27959799	20	2.0	20	85	0	53	65	0	27	7	1.20
27959900--27959934	16	2.2	16	89	0	52	37	8	0	54	1.31
27963198--27963256	23	2.6	23	76	7	57	50	23	11	13	1.74
27965564--27965614	23	2.2	23	82	0	57	27	15	21	35	1.94
27965615--27965659	23	2.0	23	100	0	90	48	22	13	15	1.79
27965617--27965666	23	2.2	23	92	0	82	52	22	10	16	1.73
27969902--27969939	16	2.3	16	86	13	51	44	36	2	15	1.61
27970363--27970442	36	2.2	36	79	0	97	5	27	3	63	1.32
27970414--27970520	6	17.7	6	78	5	117	5	16	0	76	1.02
27981416--27981446	12	2.6	12	100	0	62	35	35	0	29	1.58
27984227--27984347	57	2.1	58	81	4	147	28	19	22	29	1.98
27989895--27989979	40	2.2	39	95	2	152	32	2	0	64	1.06
27989953--27989992	21	1.9	21	89	0	62	32	2	0	65	1.06
27990754--27990803	24	2.1	24	96	0	91	26	0	22	52	1.48
27990831--27990861	11	2.8	11	90	0	53	67	0	0	32	0.91
27991062--27991123	26	2.2	30	83	11	78	37	0	4	58	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27995739--27995854	38	3.1	38	98	0	223	46	18	0	35	1.49
28000982--28001065	40	2.1	40	100	0	168	25	10	17	46	1.80
28002935--28003003	26	2.5	28	80	19	67	55	4	2	37	1.35
28006660--28006699	16	2.4	17	88	12	57	52	2	0	45	1.14
28011145--28011322	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
28011146--28011301	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
28011142--28011322	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
28015463--28015730	138	1.9	138	83	4	344	33	28	18	19	1.96
28018424--28018601	54	3.3	54	83	0	221	19	19	23	38	1.94
28018420--28018578	27	5.9	26	72	14	108	20	20	22	37	1.95
28018472--28018601	27	4.8	27	72	11	104	20	20	22	37	1.94
28035347--28035385	19	2.1	19	100	0	78	43	5	15	35	1.69
28045017--28045258	50	4.8	50	83	0	286	26	21	29	21	1.99
28045022--28045307	50	5.7	50	80	4	175	26	21	28	23	1.99
28048728--28048779	24	2.2	24	85	0	68	53	9	3	32	1.51
28049089--28049113	7	3.6	7	100	0	50	16	40	0	44	1.47
28054965--28055014	18	3.0	18	80	13	63	12	28	0	60	1.32
28056312--28056346	19	1.9	17	88	11	52	28	11	0	60	1.32
28061860--28061900	19	2.2	19	95	0	73	34	9	21	34	1.87
28065541--28065612	21	3.3	22	73	21	71	23	0	9	66	1.21
28065541--28065634	42	2.3	41	82	12	104	25	1	9	63	1.31
28065840--28065893	21	2.6	21	93	0	90	22	37	5	35	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28080242--28080286	22	2.0	22	91	0	72	33	2	15	48	1.57
28086358--28086389	16	1.9	17	93	6	57	15	0	3	81	0.82
28086534--28086594	25	2.4	26	75	10	63	59	9	8	22	1.56
28086860--28086900	19	2.1	19	86	4	55	7	17	0	75	1.02
28087408--28087439	16	2.0	17	88	11	50	12	6	12	68	1.37
28088843--28088897	25	2.2	25	86	0	74	25	18	27	29	1.98
28088893--28088947	25	2.2	25	90	0	83	34	18	25	21	1.96
28092590--28092633	23	1.9	22	82	17	54	36	27	0	36	1.57
28092766--28092904	51	2.7	51	83	4	181	33	28	15	23	1.95
28095456--28095488	17	1.9	18	88	11	52	48	0	9	42	1.35
28099391--28099429	14	2.8	14	92	0	60	33	23	7	35	1.83
28101195--28101237	20	2.2	20	82	0	50	39	6	4	48	1.51
28101399--28101488	41	2.2	41	83	0	117	51	4	21	23	1.66
28105449--28105538	24	3.8	23	82	1	81	22	14	18	44	1.86
28111237--28111510	145	1.9	145	96	0	503	31	23	14	29	1.95
28111493--28111560	29	2.3	29	82	5	84	27	29	13	29	1.94
28111350--28111709	174	2.1	174	99	0	711	31	25	14	29	1.94
28111669--28111740	29	2.5	30	82	13	96	30	29	12	27	1.93
28120891--28120982	24	3.8	24	79	1	94	28	25	21	25	1.99
28134344--28134645	27	11.2	27	86	4	396	19	19	18	42	1.89
28145488--28145536	24	2.0	24	96	0	89	22	8	22	46	1.77
28145635--28145669	3	11.7	3	100	0	70	68	0	0	31	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28147371--28147433	31	2.0	31	96	0	117	34	23	19	22	1.96
28151069--28151129	26	2.3	28	88	11	101	40	6	0	52	1.27
28151503--28151577	3	25.0	3	100	0	150	33	0	0	66	0.92
28152429--28152466	18	2.1	18	95	0	67	34	7	47	10	1.67
28155428--28155483	27	2.1	27	93	0	94	8	33	12	44	1.73
28156210--28156348	41	3.9	36	75	19	114	1	28	0	70	0.96
28156264--28156391	4	32.2	4	74	17	74	2	27	0	70	1.00
28156332--28156391	22	2.8	22	85	5	70	1	30	0	68	0.99
28156227--28156376	79	1.9	78	85	10	205	2	28	0	70	0.99
28156426--28156477	27	1.9	27	92	0	86	17	28	23	30	1.97
28156526--28156589	27	2.4	27	97	0	119	48	0	10	40	1.38
28158044--28158119	11	6.8	12	70	18	56	26	25	2	46	1.66
28158081--28158178	51	1.9	51	87	4	144	26	24	3	45	1.67
28158176--28158224	13	3.6	13	84	10	71	40	0	0	59	0.98
28158181--28158221	15	2.7	15	88	7	57	41	0	0	58	0.98
28164135--28164243	54	2.0	54	87	0	155	22	22	12	41	1.88
28171398--28171451	24	2.2	25	78	15	60	11	22	3	62	1.43
28178772--28178824	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
28182714--28182766	14	3.7	14	73	14	54	62	3	1	32	1.24
28192110--28192140	14	2.2	14	100	0	62	29	12	0	58	1.35
28198088--28198150	26	2.7	22	80	17	81	57	17	17	7	1.63
28198094--28198147	26	2.1	26	96	0	99	57	18	16	7	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28199421--28199472	20	2.4	23	72	24	58	17	7	34	40	1.78
28199430--28199472	20	2.1	21	91	4	70	16	6	37	39	1.75
28200531--28200581	22	2.3	21	90	6	75	17	52	9	19	1.72
28202703--28202805	48	2.2	47	82	3	125	19	19	34	26	1.95
28203107--28203163	15	4.0	15	77	13	66	7	0	29	63	1.21
28203118--28203169	27	1.9	27	96	0	95	5	0	32	61	1.20
28206670--28206737	34	2.0	34	85	5	93	32	23	23	20	1.98
28209840--28209870	14	2.2	14	100	0	62	51	29	0	19	1.47
28212355--28212452	20	4.9	20	72	5	81	41	21	26	10	1.85
28219018--28219146	29	4.5	28	82	4	127	37	22	18	21	1.94
28224389--28224413	8	3.1	8	100	0	50	40	24	0	36	1.55
28229881--28229934	18	3.0	18	100	0	108	0	61	0	38	0.96
28229879--28229934	6	9.2	6	90	2	85	0	60	0	39	0.97
28233044--28233242	59	3.3	58	71	12	195	41	1	3	53	1.24
28233022--28233192	59	2.8	59	71	12	159	43	1	5	49	1.35
28233164--28233298	18	8.0	17	70	19	95	40	0	1	57	1.13
28233022--28233264	120	2.0	120	97	0	459	43	1	4	51	1.31
28233179--28233237	26	2.3	25	85	8	82	40	0	1	57	1.09
28233192--28233247	15	4.0	15	73	17	57	44	0	0	55	0.99
28233043--28233283	41	5.9	40	68	22	121	41	1	3	53	1.25
28233266--28233326	28	2.3	25	83	10	77	44	0	0	55	0.99
28233462--28233516	21	2.6	21	88	8	85	27	38	9	25	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28233580--28233606	7	3.9	7	100	0	54	44	0	44	11	1.39
28236427--28236488	7	8.7	7	72	10	54	17	0	38	43	1.49
28236426--28236468	20	2.2	20	86	0	59	13	0	44	41	1.44
28236656--28236944	125	2.3	125	90	0	443	31	19	21	28	1.97
28242428--28242485	12	5.2	11	79	12	57	8	12	6	72	1.28
28242454--28242492	11	3.2	13	86	13	57	12	5	7	74	1.20
28247365--28247407	18	2.4	18	88	0	59	44	9	27	18	1.80
28248062--28248087	7	3.7	7	100	0	52	57	15	0	26	1.38
28249186--28249244	29	2.1	28	84	6	75	61	5	0	33	1.18
28250943--28250985	23	1.9	23	90	4	70	32	6	23	37	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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