genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.82.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56598092

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   

This is table  82  of  185  ( 22116 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25369732--25369801	26	2.8	25	71	20	67	28	0	22	48	1.51
25371912--25371949	19	2.0	19	85	10	51	21	42	0	36	1.53
25379843--25379868	3	8.7	3	100	0	52	69	30	0	0	0.89
25381147--25381184	19	2.0	19	85	10	51	21	42	0	36	1.53
25383868--25383945	29	2.7	28	84	11	104	25	14	30	29	1.94
25384066--25384121	29	1.9	29	85	7	78	26	14	30	28	1.95
25383898--25384225	174	1.9	174	94	0	575	30	14	24	31	1.94
25389473--25389512	20	2.0	21	85	5	55	40	2	10	47	1.50
25390584--25390616	14	2.4	14	90	5	50	12	9	0	78	0.95
25397121--25397161	11	3.9	11	81	9	50	29	0	12	58	1.34
25418078--25418225	47	3.2	46	78	3	161	22	11	20	45	1.82
25419611--25419694	32	2.5	34	86	3	109	27	11	26	34	1.91
25426233--25426279	23	2.0	24	88	12	71	63	14	10	10	1.51
25427484--25427519	16	2.2	16	100	0	72	25	0	36	38	1.56
25427510--25427597	44	2.0	45	86	2	124	31	6	27	34	1.83
25427505--25427613	44	2.6	40	74	17	112	32	6	27	33	1.82
25427735--25427789	15	3.4	16	80	16	53	54	1	0	43	1.10
25427741--25427789	16	2.9	18	80	20	61	55	0	0	44	0.99
25427642--25428112	156	3.0	156	94	0	798	43	3	5	47	1.44
25427911--25427945	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
25432048--25432231	79	2.3	81	82	11	222	25	27	22	25	2.00
25432048--25432231	40	4.6	41	83	12	199	25	27	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25439986--25440168	40	4.6	41	81	13	190	25	26	22	25	2.00
25439986--25440168	79	2.3	80	81	12	211	25	26	22	25	2.00
25467393--25467433	14	2.9	14	96	0	73	19	14	4	60	1.51
25472894--25473007	45	2.6	44	83	4	122	45	14	16	23	1.84
25485511--25485636	50	2.5	50	75	5	130	35	22	14	27	1.93
25492042--25492464	40	10.6	40	88	3	566	17	31	18	32	1.94
25492042--25492464	80	5.3	80	90	0	641	17	31	18	32	1.94
25492042--25492464	120	3.5	120	90	0	639	17	31	18	32	1.94
25496307--25496373	26	2.5	26	78	2	71	22	29	19	28	1.98
25500450--25500519	25	2.8	25	73	16	72	30	21	20	28	1.98
25508554--25508726	50	3.5	49	79	5	152	28	24	26	20	1.99
25510148--25510332	40	4.7	40	83	6	225	25	27	22	24	2.00
25510148--25510332	79	2.3	82	83	7	229	25	27	22	24	2.00
25518360--25518544	40	4.7	40	83	6	225	25	27	22	24	2.00
25518360--25518544	79	2.3	82	83	7	229	25	27	22	24	2.00
25533775--25534134	29	12.7	27	72	8	93	26	16	20	36	1.94
25533807--25534089	29	9.9	28	76	7	180	26	15	20	37	1.92
25535843--25535872	12	2.5	12	94	0	51	6	30	40	23	1.80
25536831--25536931	19	5.2	19	64	13	53	34	19	31	13	1.91
25536825--25536941	39	3.0	39	82	0	153	32	19	33	14	1.92
25544424--25544456	10	3.1	11	86	8	50	0	21	0	78	0.75
25544423--25544452	13	2.2	14	94	5	53	0	20	0	80	0.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25545430--25545482	26	2.0	26	82	10	63	37	7	3	50	1.49
25545827--25545871	3	15.0	3	86	9	65	66	2	0	31	1.04
25549702--25549734	17	1.9	17	93	0	57	36	9	3	51	1.49
25562376--25562448	23	3.2	22	68	14	58	34	27	17	20	1.95
25562359--25562469	46	2.4	46	86	0	159	33	29	18	18	1.95
25562384--25562457	23	3.2	23	68	21	64	31	32	17	18	1.95
25567245--25567330	9	9.4	9	69	14	52	32	1	2	63	1.14
25575920--25576189	47	5.7	47	93	0	425	32	8	30	28	1.87
25576308--25576386	37	2.1	37	88	0	113	25	18	30	25	1.98
25579132--25579191	27	2.2	27	82	8	68	48	1	0	50	1.11
25579501--25579531	12	2.7	12	95	5	55	54	9	0	35	1.33
25580648--25580672	12	2.1	12	100	0	50	0	0	92	8	0.40
25585467--25585500	13	2.6	13	85	0	50	64	0	14	20	1.28
25586387--25586430	12	3.7	12	79	8	54	70	2	25	2	1.10
25593603--25593636	9	3.7	9	88	4	50	29	14	23	32	1.94
25593712--25593898	54	3.5	53	88	2	257	33	16	25	24	1.96
25594035--25594133	29	3.3	29	90	2	153	18	15	25	41	1.89
25594035--25594158	29	4.2	29	84	7	106	16	16	24	42	1.88
25594151--25594226	30	2.6	29	78	10	75	23	11	26	38	1.89
25596742--25596859	41	3.1	39	71	22	108	25	2	27	44	1.67
25601632--25601663	10	2.8	12	81	18	50	37	9	9	43	1.69
25619313--25619362	25	2.0	25	88	3	75	40	20	18	22	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25619327--25619408	25	3.3	25	81	3	85	32	17	23	26	1.96
25619365--25619419	25	2.2	25	90	0	83	27	21	21	29	1.99
25625939--25626039	29	3.5	29	78	5	105	27	13	23	34	1.93
25632670--25632722	22	2.4	22	90	0	88	39	20	13	26	1.89
25636469--25636504	18	2.1	17	89	5	54	5	52	41	0	1.24
25636786--25636810	6	4.2	6	100	0	50	0	52	48	0	1.00
25637514--25637539	5	5.2	5	100	0	52	42	19	19	19	1.90
25638297--25638356	30	2.0	31	83	9	79	40	1	38	20	1.62
25638650--25638680	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
25639209--25639267	30	2.0	30	96	0	109	28	5	11	54	1.58
25641293--25641328	18	2.0	18	100	0	72	38	11	22	27	1.88
25641288--25641334	18	2.4	21	75	20	64	36	10	19	34	1.86
25653010--25653066	20	2.9	21	79	10	75	28	17	29	24	1.97
25654800--25654839	18	2.3	18	86	4	55	12	17	0	70	1.18
25654849--25654982	6	22.0	6	68	4	72	8	18	2	70	1.26
25658292--25658631	51	6.7	51	75	10	281	28	14	26	30	1.95
25658292--25658630	102	3.4	100	80	7	366	28	14	26	30	1.95
25665908--25666193	51	5.7	50	73	8	240	27	13	27	31	1.94
25665909--25665991	26	3.2	26	65	21	66	28	10	26	33	1.90
25665908--25666187	102	2.8	102	82	6	338	28	13	27	31	1.94
25668690--25668746	20	2.9	20	71	2	62	29	15	28	26	1.96
25672396--25672642	50	4.8	50	80	3	235	23	27	21	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25691087--25691162	24	3.1	24	73	12	66	38	21	23	17	1.93
25691177--25691231	25	2.2	25	96	0	101	34	18	25	21	1.96
25693908--25693941	11	3.2	11	83	8	52	26	32	11	29	1.92
25696672--25696718	24	1.9	24	82	4	58	36	21	25	17	1.94
25696722--25696791	25	2.8	25	91	0	95	32	18	25	22	1.97
25704493--25704621	68	1.9	69	91	1	215	27	14	10	47	1.78
25707625--25707667	22	2.0	22	90	0	68	30	9	4	55	1.52
25712680--25712761	37	2.2	37	93	0	137	34	24	4	36	1.77
25712683--25712746	21	3.3	21	66	28	59	35	23	6	34	1.80
25721966--25722082	57	2.1	57	93	0	198	27	23	25	23	2.00
25723104--25723173	13	5.3	13	82	1	86	35	22	2	38	1.69
25723103--25723199	39	2.5	38	80	6	104	37	18	3	41	1.66
25723944--25723968	13	1.9	13	100	0	50	72	0	20	8	1.10
25723988--25724026	18	2.2	18	86	9	53	28	5	2	64	1.28
25724342--25724379	14	2.7	14	95	0	67	28	23	7	39	1.83
25725412--25725483	28	2.6	28	84	0	90	33	23	20	22	1.97
25725823--25726056	27	8.7	27	81	6	215	18	19	20	41	1.91
25728725--25729021	43	6.9	42	89	2	360	28	29	17	24	1.98
25728725--25729021	128	2.3	128	86	2	389	28	29	17	24	1.98
25731052--25731272	86	2.6	86	82	5	241	42	13	9	33	1.78
25731120--25731304	86	2.2	86	86	2	255	42	15	8	34	1.76
25731381--25731447	30	2.2	30	94	0	116	52	16	1	29	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25731534--25731855	168	1.9	168	85	2	450	46	15	10	27	1.79
25734032--25734088	28	2.0	28	83	6	71	35	42	1	21	1.63
25734031--25734108	15	5.3	14	69	15	50	34	39	2	23	1.68
25734094--25734139	21	2.1	22	88	4	67	39	41	0	19	1.52
25734121--25734168	15	3.3	15	82	5	62	45	35	0	18	1.50
25734376--25734423	15	3.3	15	79	5	53	43	35	2	18	1.62
25734777--25735044	41	6.5	41	81	4	155	32	27	19	21	1.97
25734764--25735044	82	3.4	81	78	5	255	30	27	19	22	1.98
25734811--25735039	123	1.9	123	84	0	314	30	26	19	23	1.98
25744688--25745080	40	9.8	40	94	0	642	29	19	27	23	1.98

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