genome.fa.s157.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167982.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_24, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  18142777

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2084272--2084315	18	2.6	17	83	16	56	75	6	2	15	1.12
2084431--2084472	18	2.2	19	87	8	59	61	0	4	33	1.17
2092766--2092795	15	2.0	15	93	0	51	26	3	6	63	1.35
2099227--2099263	2	18.5	2	89	10	58	2	45	0	51	1.15
2099263--2099292	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2099350--2099382	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
2105020--2105051	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2108735--2108767	14	2.4	14	90	5	50	9	0	12	78	0.95
2111072--2111152	40	2.2	38	84	10	105	39	8	7	44	1.63
2111249--2111303	2	27.5	2	100	0	110	50	0	49	0	1.00
2120188--2120234	21	2.1	21	84	11	58	46	0	4	48	1.21
2136739--2136781	2	22.0	2	90	4	70	48	2	0	48	1.14
2145755--2145834	40	2.0	40	90	0	124	23	26	12	37	1.90
2146361--2146411	25	2.1	25	82	10	61	33	7	15	43	1.76
2164155--2164216	18	3.3	18	76	13	54	46	1	3	48	1.28
2171551--2171575	11	2.3	11	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2172389--2172416	1	28.0	1	100	0	56	0	0	0	100	0.00
2184246--2184285	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
2192162--2192193	11	2.9	11	90	0	55	25	0	28	46	1.53
2192218--2192374	52	3.0	52	90	1	217	40	8	24	26	1.84
2192465--2192662	108	1.8	108	98	0	387	20	7	36	35	1.80
2197025--2197081	30	2.0	28	82	6	69	29	5	19	45	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2203520--2203679	55	2.9	55	86	0	212	33	7	19	39	1.80
2204833--2204880	18	2.7	18	78	12	55	60	0	0	39	0.97
2211732--2211778	17	2.9	16	81	12	60	70	0	29	0	0.88
2216761--2216858	8	12.4	8	81	12	114	78	1	11	9	1.01
2218223--2218392	40	4.2	40	83	8	182	24	10	18	46	1.81
2218251--2218397	40	3.5	42	82	9	185	24	8	19	46	1.78
2218839--2218896	12	4.8	13	77	12	61	60	22	13	3	1.49
2218839--2218895	24	2.4	23	80	8	69	61	21	14	3	1.47
2219491--2219524	16	2.1	16	89	10	52	20	0	2	76	0.92
2221300--2221354	28	2.0	28	82	7	67	76	3	12	7	1.12
2231014--2231181	94	1.8	90	83	7	221	17	18	9	54	1.69
2231017--2231210	93	2.1	93	80	10	220	19	15	9	55	1.68
2231241--2231265	13	1.9	13	100	0	50	80	4	0	16	0.87
2237901--2238182	95	2.9	95	82	10	317	19	18	10	51	1.75
2240324--2240384	16	3.8	17	75	16	51	70	1	3	24	1.11
2251407--2251457	16	3.2	16	77	8	50	25	7	15	50	1.71
2264412--2264455	14	3.1	14	90	0	70	40	4	6	47	1.50
2271417--2271473	28	2.0	28	89	0	87	33	17	14	35	1.90
2271527--2271580	23	2.3	23	93	0	90	27	18	16	37	1.93
2271527--2271579	12	4.6	11	76	15	54	28	16	16	37	1.91
2277488--2277535	21	2.3	21	82	3	53	8	8	6	77	1.14
2293452--2293489	19	2.0	19	90	10	60	28	10	47	13	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2300634--2300678	22	2.0	22	100	0	90	48	0	4	46	1.22
2300634--2300688	22	2.4	23	90	9	78	49	1	3	45	1.30
2302156--2302203	24	2.0	25	91	4	80	56	2	0	41	1.11
2303003--2303073	33	2.2	33	84	0	88	29	9	5	54	1.56
2303023--2303080	16	3.6	15	71	15	53	27	6	3	62	1.37
2303019--2303082	33	1.9	33	96	0	119	26	9	4	59	1.48
2308118--2308143	9	2.9	9	100	0	52	92	0	7	0	0.39
2308118--2308147	10	3.1	10	95	4	53	90	0	10	0	0.47
2311641--2311676	2	18.0	2	100	0	72	0	50	0	50	1.00
2323070--2323103	12	2.8	12	86	0	50	32	0	2	64	1.08
2326445--2326547	18	5.9	18	74	11	79	35	28	5	30	1.81
2326449--2326547	33	2.9	33	75	14	94	36	26	6	31	1.81
2342686--2342710	8	3.1	8	100	0	50	40	0	0	60	0.97
2357351--2357425	36	2.1	37	89	2	116	20	20	13	46	1.83
2358380--2358429	23	2.1	23	88	7	73	24	16	0	60	1.36
2362977--2363040	16	3.9	16	71	21	53	34	4	0	60	1.17
2363008--2363040	15	2.3	15	89	5	50	30	0	0	69	0.88
2362983--2363040	30	1.9	30	83	13	75	31	5	0	63	1.16
2367922--2367960	19	2.1	19	100	0	78	48	15	20	15	1.81
2369560--2369690	64	2.0	65	94	1	228	34	15	12	38	1.84
2373328--2373374	2	23.5	2	91	0	76	55	0	0	44	0.99
2373670--2373715	8	5.8	8	76	19	51	45	0	2	52	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2381960--2382041	30	2.7	30	78	10	78	45	2	14	37	1.58
2382854--2382959	36	3.2	36	65	29	88	39	8	5	46	1.58
2382832--2382959	64	2.0	64	95	0	229	39	8	4	47	1.55
2384140--2384178	21	1.9	20	89	5	60	53	2	2	41	1.28
2386720--2386784	30	2.2	30	85	0	94	55	0	0	44	0.99
2388100--2388130	16	1.9	16	93	0	53	41	22	6	29	1.78
2388526--2388550	12	2.1	12	100	0	50	60	0	0	40	0.97
2395851--2395891	20	2.2	18	86	8	55	53	2	7	36	1.42
2396355--2396387	13	2.6	13	95	4	59	57	0	0	42	0.98
2396355--2396416	31	2.1	31	82	17	78	54	1	1	41	1.19
2396355--2396416	7	8.2	8	78	20	55	54	1	1	41	1.19
2412665--2412703	21	1.9	21	89	5	62	17	12	12	56	1.67
2412665--2412708	20	2.2	20	84	8	54	15	13	13	56	1.67
2413371--2413436	19	3.5	19	85	0	69	45	10	15	28	1.79
2413695--2413737	16	2.6	17	88	3	61	39	9	16	34	1.80
2414058--2414327	109	2.5	107	86	5	364	36	15	9	38	1.80
2414276--2414380	52	2.0	52	100	0	210	36	17	13	33	1.88
2414167--2414488	161	2.0	162	84	4	418	37	14	11	36	1.83
2414328--2414565	109	2.2	109	80	2	289	37	13	10	38	1.79
2414547--2414820	24	12.3	22	72	12	116	43	16	5	35	1.71
2414547--2414812	45	6.0	45	74	8	229	42	15	5	36	1.70
2414633--2414815	69	2.7	70	82	7	205	41	17	3	37	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2414634--2414814	93	2.0	92	89	1	281	41	16	3	37	1.67
2415781--2415809	15	1.9	15	100	0	58	48	13	10	27	1.75
2416023--2416101	18	4.6	17	86	7	99	11	8	0	79	0.93
2416023--2416101	8	9.4	8	85	13	79	11	8	0	79	0.93
2416035--2416107	7	10.1	7	80	14	53	13	6	0	79	0.92
2416007--2416104	26	3.6	26	78	14	92	11	10	0	78	0.96
2420728--2420781	4	13.2	4	77	11	56	72	7	0	20	1.08
2421388--2421481	49	1.9	48	89	6	145	58	10	5	25	1.52
2421856--2421885	15	2.0	15	100	0	60	46	20	0	33	1.51
2423746--2423808	29	2.2	28	85	5	81	34	19	14	31	1.91
2425712--2425793	36	2.3	36	86	0	110	30	9	17	42	1.81
2426741--2426799	29	2.0	30	90	3	93	49	0	1	49	1.11
2426819--2426859	21	1.9	22	85	5	57	48	2	2	46	1.28
2426874--2426925	21	2.5	20	81	12	59	50	1	0	48	1.12
2443756--2443787	2	16.5	2	93	6	57	46	0	0	53	1.00
2459102--2459179	2	41.5	2	80	12	94	55	0	0	44	0.99
2462455--2462505	21	2.4	21	86	3	66	52	1	5	39	1.37
2471116--2471141	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2473309--2473338	6	5.0	6	91	0	51	16	20	33	30	1.94
2479358--2479402	24	1.9	23	86	4	63	22	13	11	53	1.71
2484408--2484501	39	2.4	39	92	0	152	13	1	63	21	1.35
2487130--2487171	13	3.2	13	83	12	50	47	2	0	50	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2488847--2488971	18	6.9	18	72	13	105	32	35	4	27	1.78
2488851--2488893	21	2.0	21	95	0	77	25	44	2	27	1.66
2488871--2488972	33	3.0	34	81	5	134	35	32	4	27	1.78
2498245--2498309	32	2.0	32	100	0	130	40	12	23	24	1.89
2501599--2501632	17	2.0	17	88	0	50	64	5	2	26	1.30
2502935--2502984	22	2.3	21	83	10	64	60	4	2	34	1.27
2503322--2503377	24	2.4	23	85	8	78	67	12	0	19	1.22
2504648--2504843	62	3.1	62	76	9	175	37	11	16	34	1.86
2504563--2504843	126	2.2	125	80	5	316	37	12	17	32	1.88
2504578--2504816	64	3.8	61	73	13	164	37	13	17	31	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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