genome.fa.s157.2.7.7.80.10.50.1000.36.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167982.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_24, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  18142777

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8477749--8477787	18	2.3	18	86	8	55	28	7	0	64	1.21
8477810--8477873	30	2.2	30	83	8	89	20	6	3	70	1.23
8477810--8477881	30	2.4	29	81	6	83	19	5	2	72	1.17
8477870--8477904	15	2.3	15	95	0	61	20	0	5	74	1.02
8477876--8477904	8	3.8	8	90	9	51	24	0	6	68	1.13
8478143--8478192	22	2.2	23	82	13	68	52	0	2	46	1.12
8478413--8478461	21	2.3	22	82	3	55	44	2	4	48	1.33
8491174--8491390	108	2.0	110	81	7	255	45	9	11	34	1.71
8492048--8492076	13	2.1	14	93	6	51	58	0	0	41	0.98
8495355--8495397	21	2.0	22	90	4	70	44	9	6	39	1.64
8504569--8504610	15	2.9	15	80	13	52	73	0	2	23	0.94
8504540--8504610	8	8.8	8	72	21	51	70	2	2	23	1.14
8505018--8505058	21	2.0	22	90	9	68	51	0	2	46	1.14
8505098--8505142	22	2.0	23	86	4	65	60	2	0	37	1.09
8505200--8505251	18	2.9	18	82	0	68	61	0	1	36	1.07
8505163--8505233	25	3.0	23	72	10	61	54	1	4	39	1.28
8507307--8507364	14	3.8	14	76	15	53	72	1	1	24	1.03
8507313--8507362	23	2.2	23	85	7	66	72	2	2	24	1.06
8507319--8507363	14	3.1	14	78	12	54	73	2	0	24	0.95
8507758--8507800	20	2.3	19	84	8	52	55	0	2	41	1.12
8508592--8508649	24	2.5	24	75	16	59	37	13	10	37	1.79
8515175--8515904	203	3.6	200	76	7	610	43	11	10	34	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8515210--8515927	205	3.5	200	75	8	533	42	11	11	34	1.77
8522881--8522936	29	2.0	28	85	3	76	75	8	0	16	1.05
8523389--8523655	120	2.2	121	79	11	269	40	5	2	52	1.38
8523828--8523884	27	2.1	27	83	0	69	56	3	3	36	1.34
8523799--8523883	27	3.5	24	71	15	68	54	2	4	38	1.34
8523871--8523899	9	3.3	9	90	9	51	68	0	10	20	1.18
8524043--8524086	20	2.2	20	84	4	54	22	2	11	63	1.38
8524918--8524962	20	2.2	20	84	7	56	64	15	2	17	1.39
8525107--8525133	13	2.1	13	100	0	54	55	7	22	14	1.64
8530352--8530819	57	7.8	58	82	10	545	33	14	8	43	1.75
8530352--8530792	116	3.7	118	90	4	651	33	15	8	43	1.76
8531282--8531326	20	2.3	20	80	3	56	26	20	24	28	1.99
8531379--8531449	31	2.3	31	80	0	88	26	23	22	26	2.00
8531458--8531511	25	2.2	24	83	6	63	40	18	5	35	1.74
8532010--8532036	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
8539067--8539128	23	2.8	22	73	9	63	29	8	11	51	1.66
8540823--8541539	203	3.5	200	76	6	563	42	10	11	34	1.76
8547133--8547211	36	2.2	36	82	12	101	63	2	3	30	1.25
8547601--8547675	34	2.2	34	78	4	80	50	1	2	45	1.24
8549100--8549158	22	2.8	22	77	10	70	40	3	0	55	1.16
8549483--8549511	9	3.3	9	90	9	51	68	0	10	20	1.18
8561225--8561355	70	1.9	70	95	0	235	38	13	10	37	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8565644--8565689	24	2.0	23	83	12	58	4	10	8	76	1.15
8567929--8568023	45	2.1	45	84	5	122	61	12	3	23	1.46
8568650--8568686	13	2.8	14	84	12	51	56	10	5	27	1.55
8568689--8568722	14	2.3	15	85	5	52	61	11	5	20	1.50
8569033--8569118	6	13.7	6	73	10	66	74	2	3	19	1.07
8569500--8569552	20	2.5	20	90	6	79	66	16	1	15	1.35
8570365--8570427	31	2.1	29	82	11	74	39	6	1	52	1.37
8571101--8571139	20	2.0	20	94	0	69	48	2	0	48	1.15
8574049--8574082	16	2.1	16	88	0	50	32	2	0	64	1.08
8574160--8574199	18	2.2	18	86	0	53	75	0	2	22	0.93
8574155--8574202	23	2.1	23	84	0	60	77	0	2	20	0.88
8575223--8575537	120	2.6	116	77	9	296	45	13	21	19	1.85
8575769--8576409	86	7.4	87	80	4	514	39	12	17	30	1.87
8575906--8576007	51	1.9	55	82	11	133	40	10	17	31	1.84
8575739--8576409	172	3.9	172	79	3	600	38	12	18	30	1.87
8575797--8576409	258	2.4	257	82	4	689	39	12	17	30	1.86
8576303--8576340	17	2.3	17	86	4	51	36	7	21	34	1.82
8577414--8577504	41	2.3	38	81	11	101	6	9	5	78	1.10
8577820--8577853	18	1.9	17	94	5	59	0	11	5	82	0.83
8577843--8577929	40	2.1	41	85	4	113	17	14	18	49	1.80
8581786--8581820	18	2.1	16	89	10	52	17	11	0	71	1.14
8585278--8585321	19	2.4	17	85	11	52	84	2	11	2	0.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8586172--8586442	114	2.4	113	76	4	258	32	11	15	40	1.83
8586396--8586489	48	2.0	48	86	0	134	28	10	11	48	1.73
8587917--8587991	3	25.7	3	73	20	61	69	1	4	25	1.14
8587917--8587991	33	2.2	33	86	6	98	69	1	4	25	1.14
8588092--8588131	19	2.2	18	91	8	64	77	5	2	15	1.04
8588439--8588521	12	6.9	12	88	0	76	68	13	0	18	1.20
8588460--8588491	3	10.7	3	100	0	64	68	31	0	0	0.90
8588490--8588525	3	12.0	3	100	0	72	66	0	0	33	0.92
8588524--8588571	3	16.0	3	100	0	96	33	0	0	66	0.92
8588815--8588848	16	2.1	16	88	5	50	64	0	5	29	1.17
8588818--8588854	14	2.6	15	83	8	51	67	0	2	29	1.04
8589744--8589777	14	2.3	15	85	5	52	61	11	5	20	1.50
8589772--8589819	24	2.0	25	83	4	62	58	12	0	29	1.35
8589828--8589955	58	2.2	58	82	13	140	54	10	7	27	1.61
8589844--8589955	58	1.9	58	85	12	158	53	9	8	28	1.62
8590074--8590165	7	13.1	7	77	17	77	79	3	1	16	0.92
8590066--8590164	12	7.8	12	77	17	85	78	3	1	17	0.93
8590548--8590601	20	2.7	20	82	2	72	66	14	3	14	1.38
8593491--8593524	17	2.0	17	88	11	52	47	0	2	50	1.16
8597709--8597742	17	2.0	17	88	11	52	35	11	20	32	1.89
8602811--8602968	60	2.7	58	88	6	230	35	13	5	45	1.66
8602996--8603139	4	34.8	4	67	23	52	73	3	2	20	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8602996--8603066	17	3.8	19	78	14	69	76	2	2	18	1.04
8602992--8603145	9	14.9	10	68	24	56	74	3	2	19	1.07
8602992--8603127	18	7.1	18	70	16	89	74	2	2	19	1.08
8604448--8604510	10	6.4	9	77	15	63	6	0	11	82	0.83
8604441--8604511	19	3.7	19	78	14	83	7	0	11	81	0.86
8604543--8605430	41	22.1	40	86	10	1189	38	20	18	22	1.94
8604521--8605430	81	11.3	81	88	7	1241	38	20	18	22	1.94
8604521--8605430	122	7.6	121	90	6	1285	38	20	18	22	1.94
8605287--8605353	32	2.0	34	91	5	111	40	17	20	20	1.92
8606647--8606687	15	2.8	15	85	3	57	9	12	0	78	0.98
8606666--8606722	19	3.2	17	76	11	60	5	15	0	78	0.91
8606647--8606722	37	2.0	38	87	5	109	6	14	0	78	0.93
8606674--8606722	18	2.7	18	83	3	71	4	16	0	79	0.88
8610633--8610724	27	3.2	27	64	21	69	35	16	5	42	1.71
8610574--8610792	59	3.7	57	89	7	325	34	13	7	45	1.71
8610574--8610808	60	3.9	58	86	8	314	34	12	7	45	1.70
8610574--8610792	119	1.9	117	91	5	361	34	13	7	45	1.71
8610922--8610970	23	2.1	24	84	3	64	81	4	2	12	0.91
8611814--8611852	17	2.3	17	86	0	51	64	5	15	15	1.46
8611907--8611936	14	2.1	14	93	6	51	63	3	0	33	1.11
8611911--8611965	25	2.2	25	76	20	62	60	5	0	34	1.20
8612119--8612157	21	1.9	21	89	5	62	15	28	35	20	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8618549--8618702	59	2.7	56	89	6	229	35	14	5	44	1.67
8618728--8618768	15	2.5	17	88	11	59	78	0	0	21	0.76
8618731--8618894	21	7.8	20	72	17	88	74	4	3	18	1.11
8618727--8618875	17	8.3	17	70	18	67	74	4	2	18	1.10
8619390--8619446	25	2.3	24	85	8	78	38	15	3	42	1.65
8620181--8620243	10	6.4	9	77	15	63	6	0	11	82	0.83
8620174--8620243	19	3.7	19	80	12	81	7	0	10	82	0.83
8620276--8621331	41	26.1	39	87	9	1420	38	21	18	22	1.94
8620276--8621331	81	13.1	81	90	6	1547	38	21	18	22	1.94
8620276--8621331	122	8.7	121	89	7	1543	38	21	18	22	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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