genome.fa.s157.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167982.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_24, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  18142777

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
106--490	176	2.2	175	78	9	415	41	9	7	41	1.65
106--537	176	2.4	172	74	12	401	42	8	8	40	1.66
961--1287	180	1.8	180	86	5	482	39	8	9	41	1.69
1557--1598	21	2.0	21	81	9	50	54	4	7	33	1.49
1500--1903	181	2.2	182	80	5	428	39	9	8	42	1.67
1601--1942	181	1.9	181	81	3	420	37	10	8	42	1.71
3838--3875	20	1.9	20	89	10	60	50	7	5	36	1.54
2911--5334	180	13.5	181	76	5	1915	39	8	10	41	1.69
2911--5328	538	4.5	540	79	5	2077	39	8	10	41	1.69
6223--6261	19	1.9	20	85	15	53	43	5	12	38	1.65
6228--7386	179	6.5	180	79	6	1088	39	8	10	41	1.70
7854--8725	355	2.4	357	79	9	875	41	7	8	42	1.63
7851--8725	181	4.9	175	73	10	594	41	7	8	42	1.63
8894--13764	181	27.2	178	74	9	2227	40	8	9	41	1.68
9650--9950	162	1.9	162	83	6	394	37	7	9	44	1.66
9788--13778	181	22.2	179	74	8	2692	40	8	9	41	1.68
13794--14450	181	3.7	178	77	7	665	39	10	7	42	1.68
14482--16984	179	14.2	179	76	7	1776	40	10	8	40	1.70
14482--16985	351	7.1	358	75	8	1834	40	10	8	40	1.70
14780--16721	695	2.8	699	79	6	1678	40	10	8	40	1.70
16173--16984	181	4.6	178	76	7	615	39	9	9	41	1.70
14545--16977	876	2.8	869	76	10	2295	40	10	8	40	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16984--18111	177	6.5	176	72	12	577	39	8	9	42	1.68
17431--17746	157	2.0	157	81	3	368	41	6	10	41	1.65
17096--18409	689	1.9	690	80	6	1525	39	7	10	42	1.68
18098--18406	155	2.0	152	79	4	325	37	7	10	44	1.67
18289--18590	153	2.0	154	79	5	335	40	8	11	39	1.72
18443--28848	181	57.9	181	72	10	5319	40	8	10	41	1.69
19827--20145	163	2.0	163	83	2	408	41	8	11	39	1.71
20556--20869	172	1.8	172	81	5	393	41	8	8	41	1.67
21235--21281	24	2.0	24	87	8	69	40	8	2	48	1.45
19990--22367	360	6.6	359	75	7	1695	40	8	9	41	1.69
22296--22459	88	1.9	88	90	1	267	40	9	4	45	1.57
22891--22932	18	2.4	18	84	15	61	45	2	9	42	1.49
22397--34941	362	35.1	356	72	10	5455	39	8	10	41	1.69
23470--23494	13	1.9	13	100	0	50	44	8	8	40	1.63
25725--25757	18	1.9	17	88	11	50	48	6	6	39	1.53
24878--34869	894	11.1	888	73	10	4539	39	8	10	41	1.69
28863--31321	180	13.8	179	74	7	1545	39	7	10	42	1.69
29365--31321	361	5.5	351	70	10	853	39	7	10	42	1.68
29184--31157	532	3.7	529	74	10	1234	39	7	10	42	1.68
28896--34376	181	30.3	178	69	12	1538	39	8	10	41	1.69
31361--31689	182	1.8	182	82	5	423	37	7	11	42	1.70
31356--31733	182	2.1	181	79	7	408	37	8	10	42	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31376--34833	363	9.7	352	72	11	1182	40	8	9	41	1.69
31444--34939	544	6.5	536	75	9	1946	40	8	9	40	1.69
31349--34379	181	16.8	181	75	8	2178	40	8	10	40	1.69
34231--34715	164	2.9	159	78	6	447	40	8	9	40	1.70
35070--36323	180	7.0	178	73	12	669	41	9	8	40	1.67
35068--35986	182	5.1	180	76	7	743	41	9	9	40	1.68
36186--36463	147	1.9	141	82	8	337	44	8	7	39	1.63
36454--36738	157	1.8	157	80	6	344	40	10	7	41	1.69
36611--38069	177	8.2	180	74	8	1084	41	10	7	39	1.69
36586--39763	181	17.6	182	71	12	1683	40	10	8	40	1.70
38108--39809	539	3.2	537	77	8	1434	39	9	9	41	1.70
39834--41133	181	7.2	179	75	6	933	42	10	8	38	1.70
39834--41133	356	3.6	352	76	8	1094	42	10	8	38	1.70
39809--41074	540	2.4	535	80	6	1412	43	10	8	38	1.69
41206--43186	181	11.0	181	72	8	916	41	10	7	40	1.68
42221--43075	359	2.4	358	77	7	781	42	10	7	39	1.67
42820--43631	446	1.8	443	81	5	1019	41	7	9	41	1.65
43200--44203	181	5.6	179	76	7	734	41	8	9	40	1.67
44529--44948	180	2.3	181	84	4	508	42	8	9	40	1.67
45678--48970	181	18.3	181	72	10	1687	41	9	8	40	1.67
46574--46896	171	1.9	170	85	6	449	42	7	9	41	1.64
45166--78397	361	92.6	361	73	9	17919	41	9	8	39	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49027--85931	181	203.9	179	69	12	10012	41	9	8	40	1.69
52081--52114	18	2.0	17	88	11	52	47	11	0	41	1.40
52664--52964	163	1.8	163	82	4	392	44	7	7	39	1.62
54392--54424	18	1.9	17	88	11	50	39	6	6	48	1.53
59066--67903	721	12.3	717	79	6	5242	41	10	8	39	1.69
67249--67925	169	3.9	169	74	11	447	42	10	6	39	1.65
68117--68169	18	3.0	18	78	10	56	39	9	7	43	1.65
68341--68669	159	2.1	159	80	6	353	39	8	9	42	1.68
71471--71503	18	1.9	17	88	11	50	39	6	6	48	1.53
72000--72035	16	2.1	17	90	10	56	41	5	8	44	1.58
78243--78557	160	2.0	159	80	7	352	39	9	8	43	1.67
78949--79264	171	1.8	171	85	0	443	41	11	9	38	1.73
79326--79358	18	1.9	17	88	11	50	36	9	3	51	1.49
78448--87960	180	53.2	176	72	10	3580	41	9	8	40	1.68
81236--81279	22	2.0	22	86	13	63	61	0	0	38	0.96
87029--87062	17	2.1	17	88	5	52	35	11	0	52	1.38
86168--87961	181	10.0	181	78	5	1643	41	10	7	40	1.68
86164--87955	718	2.5	721	79	6	1751	41	10	7	40	1.68
87963--87988	13	2.0	13	100	0	52	30	23	7	38	1.83
88891--89343	171	2.6	175	75	12	405	41	9	8	40	1.68
89697--92911	181	17.9	178	75	9	2210	41	8	9	41	1.67
89697--102433	543	23.6	536	69	13	3264	40	8	9	41	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91267--91308	17	2.6	17	81	7	52	47	7	7	38	1.58
92927--97148	181	23.5	180	75	7	2834	40	8	9	41	1.67
93567--93599	18	1.9	17	88	11	50	48	3	6	42	1.43
94523--94561	20	2.0	20	85	9	55	38	5	2	53	1.37
92927--97756	361	13.5	357	75	8	3105	40	8	9	41	1.67
97148--97774	180	3.5	179	73	7	475	39	8	9	43	1.66
97820--98699	180	4.9	179	80	7	926	41	8	8	41	1.66
98412--98944	292	1.8	286	82	4	676	40	9	7	42	1.65
98223--99163	464	2.0	469	80	5	1057	40	8	8	41	1.67
98693--102367	181	20.5	181	73	9	795	40	8	9	42	1.67
99403--102589	181	17.8	180	74	7	2110	40	8	9	42	1.67
102588--104375	181	9.9	180	79	5	1535	40	8	10	41	1.69
104143--104611	237	2.0	238	81	4	561	37	8	10	42	1.71
103972--104788	417	1.9	419	82	4	1024	38	7	11	43	1.68
104391--105816	181	8.0	180	77	6	1177	39	7	10	42	1.67
105740--105927	94	2.0	97	89	3	292	44	9	12	34	1.74
105837--109419	181	19.9	181	74	8	2330	39	8	9	42	1.68
105837--113301	543	13.9	537	72	11	2637	40	8	10	41	1.69
105837--114737	724	12.4	713	73	11	3823	40	8	10	41	1.69
105837--113108	361	20.2	359	73	10	2660	40	8	10	41	1.69
109535--113305	181	20.9	176	72	12	1838	40	8	10	40	1.70
109535--114734	361	14.3	353	71	12	2254	40	8	10	41	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
109535--110912	537	2.6	535	79	7	1409	40	7	10	41	1.69
111613--111661	16	2.8	18	72	15	57	44	10	8	36	1.68
110970--113093	721	3.0	713	78	6	1773	40	9	9	40	1.70
113310--113383	36	2.1	36	94	5	132	40	5	5	48	1.49
113323--113392	36	2.0	35	89	8	108	42	2	7	47	1.45
113353--113698	183	1.9	184	81	5	423	36	6	12	44	1.68
110927--114737	181	21.1	181	71	11	1525	40	8	9	40	1.69
114639--114857	120	1.8	120	87	2	323	47	8	12	31	1.72
114998--115030	18	1.9	17	88	11	50	42	6	12	39	1.67
114759--115398	182	3.6	176	80	4	683	41	8	11	38	1.72

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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