genome.fa.s157.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167982.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_24, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  18142777

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
206170--207100	182	5.2	181	78	5	868	41	9	7	40	1.67
206146--207109	362	2.7	357	79	5	976	41	9	7	40	1.67
207029--207186	86	1.8	86	80	2	192	46	10	10	32	1.72
207873--208388	59	8.7	58	84	7	605	35	12	8	44	1.72
207873--208388	117	4.4	117	88	4	700	35	12	8	44	1.72
207873--208389	178	2.9	174	88	6	738	35	11	8	44	1.72
208422--208480	6	9.7	6	77	14	59	77	0	5	16	0.93
208417--208479	11	5.8	11	78	17	69	77	1	4	15	1.01
208826--208864	19	2.0	19	90	5	60	20	15	23	41	1.90
209331--209519	22	8.5	22	67	17	90	69	2	5	22	1.21
209345--209469	47	2.9	42	75	17	112	67	2	4	25	1.23
209361--209469	47	2.4	45	82	10	125	65	2	5	26	1.28
209343--209447	25	4.5	24	78	12	87	67	2	5	23	1.26
209343--209491	22	6.6	23	73	17	102	67	2	4	24	1.23
209546--209602	25	2.3	25	81	0	69	66	3	7	22	1.31
209570--209631	11	5.4	12	77	13	51	74	4	1	19	1.09
209581--209631	16	3.1	17	77	11	61	76	3	1	17	1.03
209778--209808	12	2.5	12	94	5	53	0	0	9	90	0.46
209839--210245	42	9.6	42	85	5	518	36	21	17	24	1.94
209901--210245	83	4.1	83	90	2	530	35	21	18	24	1.95
215416--215854	55	7.8	56	93	5	716	35	11	6	46	1.66
216830--216878	20	2.5	20	83	6	55	67	4	4	24	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
216953--217014	25	2.5	25	73	5	63	67	3	6	22	1.28
216981--217043	11	5.4	12	81	9	60	74	4	1	19	1.08
217403--220921	178	19.7	178	72	11	1774	41	10	8	39	1.69
217403--220944	180	19.9	180	73	9	2078	41	10	8	39	1.69
220980--222905	179	10.9	179	72	10	931	40	8	9	41	1.68
223011--225903	180	16.3	179	73	9	1824	40	8	10	41	1.69
224148--224188	20	2.0	20	86	9	57	48	9	7	34	1.64
225501--226398	497	1.8	497	83	1	1192	41	8	9	40	1.68
225933--226595	180	3.7	176	74	8	452	38	7	10	44	1.67
226859--227638	182	4.3	175	74	13	486	39	8	9	42	1.68
227131--227462	181	1.8	181	81	7	413	41	9	9	40	1.68
227715--228900	177	6.7	177	73	10	631	40	9	9	40	1.70
227711--228925	181	6.8	178	74	10	816	40	9	9	41	1.69
229001--230868	181	10.3	178	73	11	1044	40	8	10	40	1.69
229027--233087	522	7.6	523	73	12	1687	40	8	10	41	1.69
229663--231153	181	8.4	180	71	12	533	40	8	10	40	1.69
231181--233146	181	11.0	178	73	11	1107	39	8	9	41	1.69
233412--233904	161	3.0	161	73	13	435	39	11	8	40	1.72
233236--233904	335	2.0	338	85	3	911	40	10	8	41	1.69
233885--233921	18	2.1	18	90	5	58	54	10	0	35	1.36
233574--240102	181	36.4	181	74	7	4215	41	10	8	39	1.69
236084--236126	20	2.2	20	91	0	68	46	18	9	25	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
236695--237001	169	1.8	169	85	4	440	41	11	7	39	1.70
235359--238772	537	6.3	532	74	9	1440	41	10	8	40	1.69
233574--244206	531	19.8	534	72	10	5103	41	10	8	39	1.69
240088--240118	16	1.9	16	93	0	53	38	12	0	48	1.42
240302--244225	181	22.0	179	75	8	2595	41	10	8	39	1.69
241315--241635	170	1.9	168	82	6	398	41	10	9	38	1.72
240290--244111	538	7.1	536	74	9	2407	41	9	8	39	1.68
244146--244380	127	1.9	127	79	3	267	35	13	10	40	1.79
244438--245429	361	2.7	359	78	5	1057	41	8	8	41	1.66
244438--245429	181	5.5	181	77	5	902	41	8	8	41	1.66
245522--245554	16	2.1	16	88	11	50	51	6	9	33	1.58
245561--247020	181	8.2	181	76	7	1146	42	9	8	39	1.68
246668--246700	18	1.9	17	88	11	50	42	6	3	48	1.43
245698--247014	705	1.8	715	80	6	1578	42	9	7	39	1.66
245543--248584	355	8.6	359	74	8	2247	42	9	8	40	1.67
246903--247182	150	1.9	150	88	3	429	46	6	7	39	1.59
247053--248584	181	8.6	181	76	6	1273	41	9	8	41	1.67
248868--248915	23	2.0	25	84	8	64	52	18	8	20	1.71
252093--252135	20	2.1	20	87	12	61	32	18	0	48	1.48
254622--255076	178	2.5	176	78	7	416	41	8	9	40	1.68
254951--255242	146	2.0	146	88	0	433	40	12	11	35	1.79
255098--255528	178	2.4	179	79	6	424	40	8	11	39	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
255374--255713	185	1.8	185	86	6	501	39	5	11	42	1.66
255630--256281	334	1.9	334	80	6	737	40	7	11	40	1.69
255978--256266	156	1.9	155	83	7	379	41	5	11	41	1.62
256700--257624	181	5.1	178	75	7	580	38	7	11	42	1.70
259239--259623	179	2.1	181	80	6	433	42	11	7	38	1.69
258699--260828	360	6.0	355	74	10	1290	41	10	8	40	1.69
258971--260828	180	10.3	179	76	8	1460	41	10	8	40	1.69
258971--260828	540	3.4	532	80	8	1762	41	10	8	40	1.69
260903--261366	181	2.6	177	79	3	457	40	9	9	41	1.70
260943--262155	527	2.3	528	80	7	1253	41	9	9	39	1.69
262086--262257	94	1.8	92	84	7	231	45	7	9	36	1.66
262181--262949	181	4.3	180	76	7	498	41	9	8	40	1.68
263025--263296	148	1.8	147	85	3	377	44	10	6	37	1.66
263224--263906	180	3.8	178	77	5	592	43	10	7	38	1.67
263924--266885	181	16.6	181	72	10	1654	41	10	8	40	1.69
263924--268874	357	13.7	359	71	11	2556	41	10	8	40	1.69
265647--265687	20	2.0	20	86	9	57	34	7	9	48	1.64
265466--268875	180	18.8	179	69	11	1206	41	10	8	40	1.69
265557--266826	537	2.4	536	82	5	1447	42	10	8	39	1.69
267028--268842	181	10.1	180	73	8	855	41	9	8	40	1.68
266951--268811	895	2.1	896	79	5	1933	41	9	8	40	1.68
268883--272770	181	21.7	178	73	10	2131	39	8	10	41	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
268914--272770	361	10.8	358	75	8	2519	39	8	10	41	1.69
268914--272743	711	5.4	702	73	10	2297	39	8	10	41	1.69
272855--272884	11	2.6	11	94	5	51	20	0	0	80	0.72
272867--272923	25	2.3	25	75	3	62	22	7	3	66	1.31
272995--273133	22	6.1	22	69	21	67	23	5	3	66	1.29
274085--274536	58	7.7	58	88	6	664	45	8	11	34	1.71
279720--280133	41	10.1	41	95	2	710	22	17	24	35	1.95
279720--280133	163	2.5	163	94	2	717	22	17	24	35	1.95
280141--280174	8	4.5	8	85	14	54	88	11	0	0	0.52
280142--280174	14	2.4	14	100	0	66	87	12	0	0	0.53
280320--280457	5	23.7	6	67	19	53	21	0	1	76	0.92
280343--280457	5	23.6	5	77	15	68	23	0	1	74	0.91
280320--280457	16	8.2	16	67	18	68	21	0	1	76	0.92
280358--280413	21	2.6	21	85	2	67	26	0	3	69	1.04
280344--280495	4	37.2	4	72	16	75	25	0	1	71	1.01
280330--280510	92	1.9	95	82	11	232	24	1	2	71	1.06
280329--280602	22	12.5	22	70	22	113	23	2	2	71	1.11
280358--280519	36	4.5	36	74	13	120	25	1	2	70	1.06
280376--280514	72	1.9	72	83	11	178	24	1	2	71	1.05
280345--280554	92	2.3	92	78	12	207	25	1	2	70	1.09
281441--281511	21	3.3	21	78	3	70	19	4	0	76	0.96
281455--281485	16	1.9	16	93	0	53	16	3	0	80	0.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
281454--281512	6	9.7	6	80	10	59	16	5	0	77	0.93
281455--281517	11	5.8	11	74	20	53	15	4	1	77	1.01
282936--283338	178	2.3	176	80	7	426	38	7	9	44	1.65
282936--283516	178	3.3	175	75	10	412	39	7	9	43	1.66
282872--289875	181	39.2	178	73	10	2078	40	8	9	41	1.69
283576--283609	18	2.0	17	88	11	52	41	0	11	47	1.40
283094--290504	538	13.8	535	75	9	4535	39	8	9	41	1.69
283552--290423	887	7.7	885	74	10	2681	40	8	10	41	1.69
288017--290530	181	14.0	181	76	8	1859	40	8	9	41	1.67
282872--290530	362	21.4	358	74	10	4284	39	8	9	41	1.69

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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