genome.fa.s157.2.7.7.80.10.50.1000.67.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167982.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_24, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  18142777

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14785122--14785148	5	5.4	5	100	0	54	0	37	18	44	1.50
14785238--14785262	5	5.0	5	100	0	50	40	0	0	60	0.97
14785703--14785744	19	2.2	20	80	20	54	57	0	2	40	1.12
14785835--14785886	26	2.0	27	92	3	88	65	3	1	28	1.21
14785875--14785925	19	2.6	19	84	3	66	49	5	0	45	1.26
14785913--14785958	21	2.2	21	84	7	58	65	8	0	26	1.21
14786338--14786373	19	1.9	19	94	5	65	30	2	0	66	1.06
14786403--14786458	27	2.1	26	84	15	71	37	1	3	57	1.27
14787823--14787857	16	2.1	17	89	5	54	17	5	0	77	0.96
14787856--14787910	27	2.0	28	86	10	78	52	0	1	45	1.11
14787884--14787948	24	2.7	24	81	9	69	50	0	0	49	1.00
14788792--14789396	204	2.9	201	81	6	649	41	12	11	34	1.79
14789251--14789275	12	2.1	12	100	0	50	48	8	16	28	1.74
14792372--14792401	15	2.1	14	93	6	51	53	0	0	46	1.00
14794255--14805736	181	63.8	181	72	10	2275	41	9	8	40	1.69
14794149--14805806	362	32.4	359	74	8	6945	41	9	8	40	1.69
14795420--14795720	162	1.9	158	82	6	383	41	9	7	41	1.66
14795571--14805802	181	56.7	180	74	8	6291	41	9	8	40	1.69
14795578--14814563	361	52.7	356	70	12	5535	41	9	8	40	1.69
14800674--14800750	34	2.2	34	93	2	127	40	14	3	41	1.64
14800505--14800924	214	2.0	214	80	4	472	40	10	8	40	1.69
14794149--14805802	719	16.2	717	74	9	5539	41	9	8	40	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14795557--14805805	538	18.9	537	75	8	6180	41	9	8	40	1.69
14805759--14805791	18	1.9	17	88	11	50	39	6	6	48	1.53
14805919--14807189	181	7.1	180	75	8	962	41	10	9	39	1.71
14806259--14807130	363	2.4	361	79	3	876	41	10	8	39	1.71
14807647--14808321	360	1.9	355	80	6	788	43	8	7	40	1.63
14807442--14809753	181	12.9	178	71	11	730	41	9	8	40	1.67
14808861--14808914	17	3.0	19	73	15	60	38	9	5	46	1.59
14807724--14814555	538	12.8	523	71	12	2166	41	9	8	40	1.68
14808745--14809905	181	6.4	180	76	8	894	41	8	8	40	1.66
14810012--14811430	181	7.9	179	75	7	975	42	9	8	39	1.68
14811430--14814562	181	17.4	178	76	6	2209	40	9	8	40	1.69
14814494--14814664	89	1.9	91	96	2	319	50	1	7	40	1.37
14814678--14814736	16	3.6	16	71	24	59	37	11	5	45	1.63
14814663--14814739	34	2.2	34	93	2	127	38	12	5	42	1.66
14814711--14819258	181	25.4	181	77	7	3591	41	9	8	40	1.68
14814711--14819254	361	12.7	359	75	8	3347	41	9	8	40	1.68
14818488--14818826	170	2.0	171	82	3	416	44	10	6	38	1.64
14821515--14821557	20	2.1	20	83	12	52	51	0	18	30	1.47
14823770--14823804	10	3.5	10	96	0	61	40	11	17	31	1.85
14824713--14824738	12	2.2	12	100	0	52	30	15	0	53	1.42
14826405--14828429	180	11.3	179	76	6	1510	41	9	8	40	1.68
14826429--14828429	361	5.6	357	77	6	1469	41	9	8	40	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14828316--14828529	109	2.0	109	84	3	279	39	9	5	45	1.58
14828602--14830691	718	2.9	717	78	6	1675	41	9	8	40	1.68
14828501--14831058	539	4.8	536	76	8	1618	42	9	8	39	1.67
14828578--14831121	181	14.2	179	75	7	1809	41	9	8	40	1.68
14828416--14840983	362	35.4	343	70	13	2589	41	9	8	40	1.68
14828570--14839939	898	12.8	873	69	14	2399	41	9	8	40	1.67
14830997--14831236	115	2.1	115	96	0	444	46	4	10	38	1.57
14831119--14840988	181	55.2	180	74	9	6228	41	9	8	40	1.68
14831648--14837622	361	16.7	357	72	11	1303	41	9	8	40	1.67
14831112--14840617	717	13.3	719	73	10	2967	41	9	8	40	1.68
14835801--14835840	18	2.2	18	86	4	53	60	0	5	35	1.19
14838190--14838223	17	2.1	17	88	5	52	38	11	0	50	1.39
14838168--14838555	172	2.3	167	82	6	453	39	10	10	40	1.73
14839648--14839684	18	2.0	19	89	5	58	29	13	8	48	1.71
14842120--14842198	26	3.2	26	65	31	64	18	5	21	54	1.63
14842103--14842199	48	2.0	48	97	0	185	18	5	23	52	1.65
14846160--14853994	181	43.2	177	71	11	2840	40	8	9	41	1.67
14846160--14853994	361	21.6	361	72	10	4162	40	8	9	41	1.67
14847972--14848287	169	1.9	169	86	1	454	40	7	9	42	1.66
14849223--14849267	23	2.0	23	82	4	56	33	2	2	62	1.20
14846160--14855903	718	13.6	708	71	12	3316	40	8	9	42	1.67
14851173--14851646	249	1.9	249	88	0	716	39	8	7	44	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14851422--14855903	359	12.7	357	71	12	1798	39	8	9	42	1.67
14851408--14853993	539	4.8	536	75	7	1906	40	8	9	42	1.67
14847970--14853993	540	11.1	531	69	14	1711	40	8	9	42	1.66
14854249--14855902	176	9.3	177	74	9	1060	38	7	10	43	1.67
14854249--14855903	527	3.1	523	80	7	1672	38	7	10	43	1.67
14854294--14855829	351	4.3	349	75	8	1003	38	7	10	42	1.68
14855901--14855933	8	4.1	8	85	14	50	60	0	0	39	0.97
14856002--14856337	171	2.0	171	81	4	401	40	7	9	42	1.66
14856957--14857607	182	3.6	180	77	5	643	41	6	11	40	1.67
14857695--14857830	65	2.1	66	87	2	193	43	5	13	36	1.69
14857790--14859666	181	10.5	179	76	6	1486	40	8	9	42	1.67
14857790--14859671	719	2.6	714	78	6	1748	40	8	9	42	1.67
14861002--14861034	18	1.9	17	88	11	50	42	6	3	48	1.43
14860471--14863915	363	9.6	360	77	7	2782	41	9	8	40	1.67
14862520--14862548	14	2.0	15	93	6	51	55	0	0	44	0.99
14862616--14862664	18	2.8	17	84	9	55	40	6	4	48	1.47
14863192--14863523	171	1.9	171	83	4	420	40	9	8	41	1.67
14863708--14863740	17	2.0	17	88	5	50	39	12	0	48	1.40
14860411--14863922	181	19.5	181	76	7	2695	41	9	8	40	1.67
14863807--14864059	138	1.8	138	80	6	307	45	9	9	36	1.68
14863945--14865539	181	9.0	178	76	8	1195	41	10	8	40	1.69
14864031--14865539	542	2.8	535	80	7	1568	40	10	7	40	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14863944--14865539	361	4.5	356	76	7	1339	41	10	8	40	1.69
14865568--14866336	180	4.3	178	74	8	580	42	10	9	38	1.70
14866674--14866837	68	2.5	65	78	10	170	35	6	17	40	1.76
14866938--14867038	17	5.9	17	71	11	62	37	19	11	30	1.88
14867122--14867220	17	5.7	17	67	4	63	42	20	8	29	1.80
14867110--14867214	35	3.0	35	77	1	111	41	18	8	31	1.80
14867312--14867367	18	3.0	18	77	15	60	28	17	16	37	1.91
14867568--14867768	43	4.6	43	82	4	244	29	13	13	42	1.83
14868685--14868723	20	1.9	21	89	5	62	25	5	0	69	1.09
14869578--14873226	181	20.3	180	74	9	2058	40	8	10	40	1.69
14869578--14873226	362	10.2	360	76	8	2841	40	8	10	40	1.69
14869578--14880800	539	20.7	540	71	11	4548	40	8	9	41	1.68
14873086--14873370	148	1.9	149	80	8	330	38	7	10	43	1.66
14873474--14873711	122	2.0	119	86	2	332	44	7	13	35	1.72
14873592--14875327	181	9.8	175	73	10	794	40	8	10	40	1.70
14874243--14874296	24	2.3	23	78	9	56	35	3	0	61	1.14
14874529--14874576	19	2.7	19	75	12	57	41	2	10	45	1.50
14874491--14875595	181	6.1	180	78	6	968	40	7	10	42	1.67
14874455--14875549	358	3.0	358	79	4	948	40	7	9	42	1.67
14875606--14882186	181	36.3	179	70	11	2359	40	8	9	41	1.69
14875606--14880776	361	14.3	359	72	11	2160	40	8	9	41	1.68
14877798--14877855	29	2.0	29	100	0	116	31	10	3	55	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14878902--14880261	182	7.6	180	76	7	676	40	8	8	42	1.67
14877832--14880800	358	8.3	354	73	8	1513	40	8	9	41	1.68
14874368--14880800	720	8.9	714	74	9	3105	40	8	9	41	1.68
14878981--14880681	182	9.5	181	74	9	489	40	8	9	41	1.67
14881897--14882515	330	1.9	333	78	6	693	40	8	10	40	1.70
14882185--14884200	181	11.3	179	77	6	1591	40	7	10	41	1.69
14881670--14882695	511	2.0	511	82	3	1260	39	7	10	41	1.70
14882185--14884207	360	5.6	361	77	6	1684	40	7	10	41	1.69
14882344--14883906	180	8.7	176	75	11	664	41	8	9	41	1.67
14884570--14885575	181	5.6	181	75	8	419	39	8	11	41	1.70

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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