genome.fa.s157.2.7.7.80.10.50.1000.68.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167982.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_24, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  18142777

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14884525--14885758	180	6.9	177	77	7	863	39	8	10	41	1.71
14884534--14885758	361	3.4	357	78	6	1073	39	8	10	41	1.71
14885771--14891632	181	32.7	180	77	7	4233	40	8	9	41	1.67
14885764--14892223	361	18.1	361	75	8	4436	40	8	9	41	1.67
14891466--14891778	146	2.1	146	80	5	337	40	8	7	42	1.64
14891613--14892222	182	3.4	177	75	10	490	39	8	9	42	1.68
14892560--14892598	17	2.4	17	91	4	62	43	0	0	56	0.99
14893015--14893056	15	2.6	16	82	17	52	50	2	0	47	1.14
14893479--14893512	13	2.6	13	95	0	59	52	5	2	38	1.41
14893503--14893542	14	2.9	14	85	11	55	37	0	2	60	1.11
14893683--14893713	3	10.3	3	100	0	62	67	0	0	32	0.91
14893804--14893891	17	5.1	17	75	17	74	22	1	1	75	0.94
14893807--14893918	22	5.0	22	76	14	88	23	0	2	73	1.02
14893807--14893919	4	28.5	4	74	19	87	23	0	2	73	1.01
14893966--14894067	42	2.5	41	79	9	109	28	5	0	64	1.23
14893940--14894051	36	3.0	35	75	17	93	29	3	3	63	1.28
14893998--14894076	41	2.0	39	85	5	104	26	7	1	64	1.28
14894602--14894644	9	4.7	9	80	5	50	62	0	37	0	0.95
14894887--14894986	4	25.5	4	77	11	52	21	0	4	75	0.97
14894940--14894991	5	10.8	5	88	10	65	13	0	0	86	0.57
14894938--14895010	10	7.8	9	80	11	76	13	1	1	83	0.78
14894938--14894994	1	57.0	1	75	0	51	12	0	0	87	0.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14894938--14895000	15	4.6	14	81	16	71	12	0	1	85	0.66
14895023--14895355	58	5.7	58	85	6	451	42	6	13	37	1.70
14895010--14895355	117	3.0	116	86	5	459	42	6	13	37	1.69
14895023--14895344	175	1.8	173	86	6	463	43	5	13	37	1.69
14897507--14897890	43	9.0	43	79	10	371	24	14	20	40	1.90
14897507--14897890	84	4.5	86	80	9	359	24	14	20	40	1.90
14897526--14897890	127	2.9	127	82	8	427	24	14	21	39	1.91
14898081--14898207	13	9.0	14	71	14	73	21	0	3	74	1.03
14898081--14898317	27	8.7	27	69	19	120	26	1	2	69	1.12
14898083--14898335	4	63.8	4	67	19	106	26	1	2	69	1.13
14898083--14898325	7	33.7	7	73	21	113	25	1	2	69	1.11
14898169--14898322	31	5.0	31	73	14	52	29	2	1	66	1.16
14898158--14898351	22	9.1	22	73	18	135	28	3	1	66	1.17
14898276--14898365	42	2.1	42	83	4	110	28	6	0	64	1.19
14899161--14899334	13	14.8	12	70	20	59	18	4	2	74	1.08
14899217--14899338	36	3.3	35	79	17	129	14	5	0	79	0.91
14899222--14899326	41	2.6	40	92	4	174	14	6	0	79	0.93
14899368--14899522	58	2.7	58	92	0	274	44	7	12	35	1.71
14899452--14899595	73	2.0	73	97	0	270	40	9	12	38	1.75
14899394--14899654	131	2.0	130	91	2	425	40	9	12	36	1.76
14899525--14899652	58	2.2	58	91	1	204	40	8	14	36	1.76
14900431--14900532	23	4.3	24	69	17	79	48	0	1	49	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14900466--14900494	8	3.8	8	95	4	51	51	0	6	41	1.28
14900689--14900741	15	3.3	16	76	12	56	54	0	0	45	0.99
14901436--14901483	17	3.0	15	84	9	51	54	4	0	41	1.20
14901771--14901814	23	1.9	22	82	17	54	43	2	6	47	1.42
14902279--14902327	18	2.5	19	78	21	57	48	4	0	46	1.20
14902277--14902328	21	2.5	22	81	12	65	48	3	0	48	1.20
14902294--14902347	17	3.4	16	78	21	60	46	1	0	51	1.11
14902443--14902606	10	15.5	10	66	23	52	50	1	1	46	1.23
14902686--14902730	22	2.0	22	86	0	63	42	4	0	53	1.21
14902807--14902873	23	3.0	22	72	10	66	46	0	1	52	1.09
14903327--14903905	180	3.2	177	79	7	569	41	8	8	40	1.67
14904326--14904372	16	2.8	17	84	12	62	51	6	0	42	1.27
14904588--14904632	21	2.1	22	84	12	58	48	2	0	48	1.13
14905342--14905395	20	2.8	19	76	17	58	50	0	1	48	1.11
14905352--14905390	20	1.9	21	89	5	62	51	0	2	46	1.14
14905572--14905662	32	2.9	30	76	12	87	53	1	3	41	1.24
14906132--14906162	16	1.9	16	100	0	62	58	6	6	29	1.48
14906324--14906369	23	2.0	24	87	12	69	52	6	2	39	1.40
14906633--14906678	19	2.6	17	86	13	58	50	2	0	47	1.13
14906640--14906714	11	5.8	13	71	25	54	46	1	1	50	1.18
14906642--14906713	16	4.5	16	71	21	53	45	1	1	51	1.18
14906993--14909821	181	15.8	178	72	10	1324	40	8	9	41	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14907667--14907996	164	2.0	163	81	2	385	38	8	8	44	1.66
14907832--14909821	181	11.0	179	76	6	1482	40	8	9	41	1.67
14908823--14908876	27	2.0	27	82	7	65	37	5	14	42	1.69
14909863--14913028	181	17.7	179	75	6	1630	40	8	9	42	1.67
14909851--14913040	362	8.9	362	76	6	2400	40	8	9	42	1.67
14909957--14913042	543	5.7	538	77	7	2330	40	8	9	42	1.67
14912434--14912737	166	1.8	165	83	4	409	41	9	8	39	1.70
14912594--14913042	180	2.5	180	84	3	546	40	9	9	41	1.69
14913052--14914841	181	9.9	180	76	7	1403	41	9	7	41	1.67
14913052--14914805	719	2.4	711	79	5	1830	41	9	7	41	1.67
14915638--14915768	67	2.0	66	84	1	172	45	7	11	35	1.69
14915704--14918003	177	12.8	179	73	11	1404	38	8	10	42	1.70
14915704--14917947	357	6.2	355	74	11	1283	38	8	9	42	1.69
14915704--14918003	535	4.3	532	78	9	1842	38	8	10	42	1.70
14916721--14916752	15	2.1	15	100	0	64	37	0	0	62	0.95
14917883--14918174	146	2.0	146	90	0	458	41	12	11	34	1.80
14918044--14919077	181	5.7	181	76	9	836	41	8	9	40	1.68
14918930--14919232	155	2.0	153	86	3	430	41	5	10	41	1.64
14918559--14919544	515	1.9	514	81	5	1177	41	8	10	39	1.69
14919638--14919686	25	2.0	25	91	0	80	44	6	14	34	1.70
14919068--14920420	181	7.4	181	75	6	940	39	8	10	41	1.70
14920319--14920519	99	2.0	99	92	1	332	42	6	9	40	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14920138--14920692	280	2.0	279	81	4	654	41	7	10	39	1.69
14919957--14920871	461	2.0	460	80	4	1020	41	7	10	40	1.68
14920418--14922262	181	10.4	178	72	10	948	41	7	9	41	1.67
14919777--14921063	642	2.0	640	80	5	1472	40	8	10	40	1.69
14920430--14922257	362	5.1	353	74	11	1110	41	8	9	41	1.68
14924682--14925347	130	5.2	128	72	12	401	39	15	7	37	1.77
14924681--14925045	128	2.8	129	80	6	398	39	16	7	36	1.78
14926363--14926446	34	2.5	34	82	5	100	41	16	11	29	1.84
14930939--14930995	27	2.1	28	86	3	80	28	0	5	66	1.13
14931876--14931902	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
14932148--14932422	135	2.0	135	100	0	550	33	9	26	30	1.89
14933355--14933398	21	2.1	21	87	8	63	54	0	11	34	1.36
14934292--14934316	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
14944870--14944909	16	2.5	16	88	8	55	42	15	12	30	1.83
14948918--14948946	2	15.0	2	92	7	51	51	0	0	48	1.00
14949177--14949204	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
14957794--14957833	2	21.0	2	85	10	57	0	52	0	47	1.00
14957833--14957857	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
14957992--14958020	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
14957833--14958157	165	2.0	164	96	1	607	26	14	11	47	1.78
14972051--14972095	21	2.1	21	100	0	90	55	17	8	17	1.67
14974105--14974144	12	3.4	12	82	6	55	80	0	17	2	0.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14974100--14974146	23	2.0	23	91	0	76	78	0	17	4	0.90
14974106--14974146	11	3.6	11	83	6	55	78	0	19	2	0.87
14977488--14977542	2	28.5	2	92	7	96	50	0	0	49	1.00
14977542--14977571	2	15.5	2	93	6	53	0	0	46	53	1.00
14977801--14978076	137	2.0	137	99	0	543	32	9	27	30	1.89
14979010--14979053	21	2.1	21	87	8	63	54	0	11	34	1.36
14986587--14986623	10	3.6	10	96	3	65	45	0	0	54	1.00
14987375--14987414	16	2.5	16	87	0	62	75	5	0	20	0.99
14988337--14988364	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
14988606--14988659	26	2.1	26	100	0	108	11	31	3	53	1.53

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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