genome.fa.s157.2.7.7.80.10.50.1000.37.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167982.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_24, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  18142777

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8621229--8621295	32	2.0	34	94	5	120	40	19	20	19	1.92
8622559--8622605	8	5.6	9	87	5	55	6	12	0	80	0.88
8622546--8622587	15	2.7	16	85	7	59	11	14	0	73	1.09
8622582--8622614	10	3.3	10	91	8	50	0	12	0	87	0.53
8622574--8622623	17	2.7	20	79	20	63	4	16	0	80	0.87
8622582--8622606	9	2.8	9	100	0	50	0	8	0	92	0.40
8626473--8626564	27	3.2	27	65	21	69	35	15	5	43	1.69
8626471--8626632	59	2.7	59	89	4	247	33	13	7	45	1.71
8626660--8626699	20	2.0	21	95	5	73	75	0	2	22	0.93
8626659--8626795	21	6.2	21	72	23	79	74	3	3	18	1.11
8626681--8626741	17	3.5	17	80	6	61	77	3	4	14	1.07
8626764--8626817	17	3.1	16	82	15	54	83	3	1	11	0.85
8626767--8626817	21	2.4	22	87	9	70	84	3	1	9	0.83
8626666--8626729	10	6.2	10	74	5	56	78	1	3	17	0.96
8627672--8627711	17	2.3	18	86	4	55	65	5	15	15	1.44
8627977--8628015	21	1.9	21	89	5	62	15	28	35	20	1.93
8634848--8634887	20	2.0	21	90	5	64	80	10	0	10	0.92
8636909--8636952	17	2.8	15	87	12	70	38	0	0	61	0.96
8638958--8639153	101	2.0	100	91	4	324	38	9	10	41	1.71
8641759--8641792	15	2.3	15	89	0	50	38	0	5	55	1.24
8641808--8641862	30	1.9	27	85	10	74	3	18	3	74	1.11
8641953--8641998	15	2.9	15	87	6	56	45	4	0	50	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8642069--8642116	25	1.9	25	95	0	87	64	2	14	18	1.38
8665412--8665496	27	3.1	27	75	3	89	40	0	4	55	1.21
8665412--8665551	56	2.5	56	77	11	142	44	0	2	52	1.21
8665524--8665563	17	2.4	16	84	12	53	55	0	0	45	0.99
8665745--8665849	12	9.2	12	74	14	62	42	0	0	55	1.12
8665799--8665849	8	6.9	8	82	17	74	37	0	0	62	0.95
8665787--8665841	20	2.8	20	91	0	92	40	0	0	60	0.97
8665969--8666006	14	2.7	14	87	0	58	0	7	2	89	0.57
8665974--8666005	7	4.7	7	96	3	57	0	9	0	90	0.45
8667474--8667502	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
8680923--8680947	11	2.3	11	100	0	50	28	8	28	36	1.85
8684785--8684816	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
8688721--8688829	52	2.1	52	92	0	182	47	5	16	30	1.69
8689409--8689456	25	1.9	25	86	0	69	41	4	29	25	1.74
8689752--8689796	11	4.2	11	83	13	58	24	0	24	51	1.49
8689807--8689932	52	2.4	52	84	3	157	45	7	19	27	1.78
8692898--8692956	28	2.1	29	83	3	75	44	8	5	42	1.57
8695293--8695321	2	15.0	2	92	7	51	51	0	0	48	1.00
8700933--8700966	16	2.1	17	88	5	52	50	0	0	50	1.00
8707700--8707725	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
8707774--8707798	12	2.1	12	100	0	50	72	0	0	28	0.86
8713028--8713099	36	2.0	35	91	2	117	33	12	12	41	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8714462--8714488	12	2.2	12	100	0	54	77	7	7	7	1.12
8715170--8715220	21	2.4	21	83	6	68	47	0	9	43	1.36
8715360--8715395	18	2.1	18	89	5	56	75	0	2	22	0.94
8715870--8715908	20	2.0	20	85	5	53	43	7	2	46	1.46
8716351--8716408	28	2.2	26	84	9	73	46	0	0	53	1.00
8728775--8728859	42	2.0	42	93	0	143	61	17	12	8	1.55
8730820--8730872	25	2.1	25	100	0	106	52	7	7	32	1.58
8730855--8730924	29	2.6	27	77	8	70	35	15	15	32	1.90
8730875--8730930	29	1.9	29	85	0	76	33	16	19	30	1.94
8742966--8743024	2	29.5	2	85	0	82	42	1	3	52	1.28
8744952--8744981	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
8756651--8756684	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
8756944--8756986	15	2.8	16	92	3	70	37	6	9	46	1.63
8758663--8758693	14	2.2	14	100	0	62	19	0	6	74	1.03
8761009--8761051	11	3.9	11	81	0	50	72	0	2	25	0.97
8761335--8761382	20	2.3	20	82	13	53	39	6	2	52	1.39
8761420--8761477	26	2.3	25	80	13	66	36	0	0	63	0.94
8761645--8761706	22	2.8	22	85	0	88	41	8	4	45	1.55
8764557--8764608	15	2.9	19	72	21	58	38	3	0	57	1.17
8764564--8764658	37	2.5	38	81	6	113	33	6	2	57	1.35
8764564--8764621	19	3.1	19	73	9	55	36	3	0	60	1.14
8765412--8765463	3	17.3	3	95	0	95	32	1	0	65	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8765566--8765651	45	1.9	45	87	0	127	37	13	11	37	1.82
8765800--8765867	22	3.2	21	82	10	75	19	1	30	48	1.58
8765850--8765893	19	2.3	19	84	0	52	27	4	22	45	1.72
8767091--8767124	17	2.0	17	94	0	59	64	5	8	20	1.43
8778030--8778172	60	2.4	60	77	4	137	20	25	13	39	1.90
8778297--8778334	3	12.7	3	94	0	67	0	2	31	65	1.06
8778461--8778551	45	2.0	45	82	0	110	30	23	17	28	1.97
8778523--8778573	21	2.4	21	90	0	75	27	21	15	35	1.94
8780797--8780851	29	2.0	28	85	7	67	50	1	1	45	1.22
8787667--8787724	29	2.0	30	86	3	82	65	0	0	34	0.93
8787749--8787899	49	3.2	48	66	13	123	45	2	1	49	1.27
8787762--8787952	94	2.0	94	100	0	382	43	3	2	50	1.29
8787776--8787926	49	3.2	49	68	21	156	46	3	2	47	1.35
8787791--8787939	45	3.2	45	69	17	142	43	4	2	49	1.35
8787801--8787950	47	3.1	49	69	18	161	42	4	2	50	1.35
8788348--8788376	2	15.0	2	92	7	51	48	0	0	51	1.00
8798163--8798215	2	26.5	2	100	0	106	50	0	49	0	1.00
8798837--8798878	1	42.0	1	100	0	84	0	0	0	100	0.00
8799167--8799207	2	20.5	2	84	0	55	46	4	2	46	1.37
8801736--8801779	13	3.4	12	81	12	52	38	0	2	59	1.10
8801753--8801796	23	1.9	23	85	0	61	43	2	0	54	1.12
8821847--8821991	73	2.0	73	94	0	254	44	13	19	22	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8823563--8823597	18	1.9	18	88	0	52	45	11	20	22	1.82
8834665--8834703	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
8837062--8837160	52	1.9	52	91	0	162	22	11	8	58	1.58
8844909--8844966	27	2.1	27	84	6	73	75	3	12	8	1.14
8855239--8855301	31	2.0	32	93	3	110	30	17	11	41	1.84
8862231--8862262	12	2.7	12	90	0	55	0	53	21	25	1.46
8865433--8865485	27	2.0	27	88	0	79	39	13	28	18	1.88
8875698--8875736	20	2.0	19	85	5	51	43	0	5	51	1.24
8876420--8876464	23	2.0	23	90	0	72	44	11	17	26	1.82
8876459--8876505	16	2.9	16	80	20	62	40	12	21	25	1.89
8887096--8887123	6	4.7	6	100	0	56	17	0	67	14	1.22
8888104--8888129	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
8889349--8889382	15	2.4	14	85	9	50	67	0	23	8	1.18
8889985--8890033	24	2.0	24	84	0	62	55	2	0	42	1.11
8896223--8896258	16	2.2	16	85	0	54	30	2	19	47	1.64
8896548--8896609	32	1.9	32	90	0	97	46	0	0	53	1.00
8896696--8896745	25	2.0	26	88	4	75	30	4	2	64	1.23
8897809--8897864	23	2.5	22	88	8	78	66	0	1	32	1.03
8906149--8906182	12	2.8	12	90	0	50	41	11	8	38	1.73
8906709--8906739	15	2.0	16	93	6	55	54	0	0	45	0.99
8907878--8907951	17	4.1	17	72	11	51	52	1	1	44	1.17
8908142--8908177	17	2.1	17	89	0	54	50	2	2	44	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8910554--8910583	13	2.3	13	100	0	60	23	23	33	20	1.97
8919701--8919735	18	1.9	18	88	0	52	34	14	0	51	1.42
8920419--8920463	15	2.9	16	83	9	58	55	0	2	42	1.12
8922980--8923009	2	15.0	2	100	0	60	50	0	50	0	1.00
8927206--8927239	16	2.1	16	89	10	52	52	0	2	44	1.16
8937071--8937113	21	2.1	21	86	4	61	65	0	2	32	1.06
8948631--8948683	26	2.0	26	89	7	81	18	24	18	37	1.94
8951430--8951461	15	2.1	15	100	0	64	28	18	34	18	1.95
8960208--8960236	15	1.9	15	100	0	58	34	0	10	55	1.34
8960274--8960328	21	2.5	23	82	8	69	43	1	0	54	1.10

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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