genome.fa.s157.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167982.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_24, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  18142777

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
114277--115218	478	2.0	482	83	1	1203	41	9	11	37	1.73
115362--115394	18	1.9	17	88	11	50	48	6	6	39	1.53
115847--115891	23	2.0	23	90	0	72	57	2	4	35	1.31
115437--117300	355	5.3	356	74	11	1011	42	9	7	40	1.66
115567--117300	181	9.8	179	72	12	913	42	9	7	40	1.66
116953--117300	182	1.9	180	80	5	407	42	8	8	41	1.64
115651--117284	875	1.8	884	78	7	1839	42	9	7	40	1.65
117309--117353	18	2.6	17	93	6	74	42	11	6	40	1.67
117477--117560	28	3.0	27	64	29	68	48	7	13	30	1.68
117477--117590	56	2.0	56	100	0	228	49	7	14	29	1.69
117499--117587	28	3.2	28	66	28	80	49	6	14	29	1.69
117965--118434	181	2.6	180	77	8	415	41	7	8	41	1.65
118889--119708	181	4.6	180	77	6	716	41	8	9	40	1.68
118889--119967	362	3.0	353	78	7	1018	41	7	9	40	1.67
120109--132802	181	71.2	178	73	10	6662	40	8	9	41	1.68
120100--132798	361	35.6	360	75	8	8527	40	8	9	41	1.68
127866--132557	180	26.1	179	76	7	3280	39	8	9	41	1.69
126433--130487	180	22.8	173	71	13	805	40	8	9	41	1.68
132813--133793	181	5.5	179	79	7	871	39	9	8	41	1.69
133111--133437	168	1.9	168	84	6	439	39	11	8	40	1.72
132930--133633	349	2.0	349	83	1	894	40	10	8	41	1.69
133838--140050	181	34.5	181	75	7	4106	42	10	7	39	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
134926--136032	373	3.0	373	76	7	886	42	9	7	40	1.66
135687--137082	540	2.6	536	79	7	1316	42	10	7	39	1.68
136929--136960	16	1.9	17	93	6	57	37	15	3	43	1.63
136922--136969	17	2.8	18	73	23	57	37	14	4	43	1.65
137129--140050	180	16.3	180	73	9	1232	41	9	7	40	1.67
133855--140050	719	8.6	714	74	9	3513	42	10	7	39	1.68
133907--140043	539	11.4	541	74	10	2101	42	9	7	39	1.67
139774--139810	18	2.0	19	89	5	58	45	5	5	43	1.49
139983--140103	64	1.9	65	86	5	174	33	10	7	48	1.66
140430--141335	181	5.1	176	77	9	694	40	9	8	40	1.69
140430--141298	360	2.4	356	79	6	878	40	9	8	41	1.69
141237--141484	124	2.0	124	88	0	370	42	12	7	37	1.72
141373--142318	177	5.3	180	76	7	748	41	10	7	40	1.69
144183--145080	182	5.0	178	78	6	865	40	8	9	41	1.68
145742--145784	21	2.0	22	86	13	63	11	18	18	51	1.76
146752--146798	16	3.1	15	82	8	60	31	6	6	55	1.51
146780--148732	181	10.8	180	75	9	1311	39	8	10	42	1.69
146793--149238	361	6.8	359	73	10	1286	39	8	9	42	1.69
148730--149195	178	2.6	178	79	8	441	39	8	8	43	1.65
148750--149730	492	2.0	493	84	5	1284	39	8	8	42	1.67
150220--150271	18	2.9	18	69	13	54	42	7	11	38	1.70
149245--152351	181	17.4	179	75	8	2040	40	8	9	41	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
149245--153020	357	10.6	353	74	10	2134	40	8	9	41	1.68
150298--151138	179	4.7	180	75	10	432	41	7	9	41	1.67
149305--153013	538	6.9	534	74	9	1822	40	8	9	41	1.69
152339--153020	181	3.8	179	81	5	662	40	8	10	41	1.69
151654--152996	702	1.9	701	81	6	1619	39	8	10	41	1.70
153052--153686	180	3.6	176	77	4	569	40	11	8	39	1.71
154138--157279	181	17.6	180	74	8	1924	42	9	7	40	1.66
154969--157286	182	12.9	180	74	8	1158	42	9	7	40	1.67
155357--157082	538	3.2	538	76	9	1277	42	9	7	39	1.67
157832--158791	177	5.4	177	75	11	740	39	7	10	42	1.68
158235--158827	175	3.3	179	77	8	483	38	7	10	42	1.69
157890--158758	349	2.5	344	77	9	814	39	7	10	42	1.68
158706--158951	124	2.0	124	92	1	413	36	8	11	43	1.71
158236--159468	661	1.9	663	81	5	1512	39	8	10	42	1.68
158830--159954	181	6.2	180	79	7	1014	40	8	9	41	1.68
158890--159953	360	2.9	357	81	6	1143	41	8	9	41	1.67
158903--160112	181	6.7	180	78	7	968	41	8	8	41	1.67
160056--160178	65	1.9	65	86	3	176	47	8	11	32	1.69
160109--162155	182	11.4	181	74	8	1362	40	8	9	41	1.68
160120--162155	354	5.7	357	76	8	1340	40	8	9	40	1.69
160211--162071	543	3.5	539	78	7	1479	40	8	9	41	1.67
161377--161700	174	1.9	174	82	4	411	41	8	7	42	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
161377--161717	175	2.0	174	81	4	400	39	8	8	43	1.64
162178--163008	181	4.6	179	76	7	730	43	10	6	39	1.66
162178--163010	361	2.3	358	79	6	817	42	10	6	39	1.66
163304--164897	361	4.5	353	75	9	1164	42	9	7	40	1.67
163304--164891	181	8.9	181	75	7	1215	42	9	7	40	1.67
164835--165006	87	2.0	87	81	4	204	46	7	6	39	1.58
164964--165398	182	2.4	180	82	2	480	40	9	8	41	1.69
165424--165755	167	2.0	168	82	4	402	44	10	8	36	1.69
165592--172871	181	40.1	176	70	12	2750	40	10	8	40	1.69
165592--167019	177	8.0	177	75	9	1120	40	10	8	40	1.70
166971--167068	49	2.0	49	93	0	169	27	12	9	51	1.70
167187--167682	180	2.7	180	80	7	494	40	9	6	42	1.65
168094--172910	361	13.4	360	74	8	3229	40	10	8	40	1.69
168123--172910	181	26.6	178	74	8	2903	40	10	8	40	1.69
172931--173725	181	4.4	182	77	5	716	42	9	9	38	1.69
173184--174644	521	2.8	507	76	10	1289	41	8	8	40	1.68
174258--175134	179	4.9	180	74	8	663	41	7	8	42	1.63
174307--175169	359	2.4	359	77	6	829	41	8	7	41	1.64
175175--176281	181	6.2	180	74	6	776	40	10	8	40	1.70
175295--176281	356	2.7	355	78	6	959	41	9	8	39	1.69
176055--176555	270	1.9	270	82	3	632	44	7	7	39	1.62
176615--177069	180	2.5	176	79	10	460	41	8	8	41	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
177808--177862	18	3.1	18	74	12	60	45	10	7	36	1.67
177139--179967	181	15.8	181	75	5	1975	41	8	9	41	1.67
180161--180844	178	3.8	175	76	11	521	40	7	10	40	1.68
180861--183618	181	15.5	180	74	9	1184	40	8	10	41	1.69
183615--184746	181	6.3	177	73	9	435	42	9	8	39	1.68
184156--184758	176	3.4	175	77	7	448	43	9	8	38	1.67
184690--184903	106	2.0	106	87	3	306	48	7	8	35	1.63
184514--185045	286	1.9	282	82	5	678	43	7	8	39	1.64
184796--190434	180	31.5	181	75	7	3953	42	9	7	39	1.67
184896--190385	538	10.2	529	74	10	2278	42	9	7	39	1.67
184796--190434	358	15.8	355	74	8	3524	42	9	7	39	1.67
187201--187233	17	2.0	17	88	5	50	39	9	0	51	1.34
190504--191560	180	5.9	177	75	10	828	41	9	8	41	1.66
190486--191559	361	3.0	356	77	9	848	42	9	8	40	1.66
191593--191940	176	2.0	174	80	7	391	41	12	6	39	1.69
191904--191940	18	2.1	18	90	5	58	54	10	0	35	1.36
193401--193522	65	1.9	65	84	3	165	33	11	7	47	1.67
193806--193872	34	2.0	34	96	0	125	40	11	2	44	1.56
193845--194757	180	5.1	181	79	9	882	41	9	8	40	1.68
193496--194233	395	1.9	387	80	5	858	41	9	8	40	1.68
193845--194757	181	5.1	180	79	8	892	41	9	8	40	1.68
193845--194723	361	2.4	361	81	5	1010	41	9	8	40	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
194662--194905	124	2.0	124	91	3	402	44	10	7	37	1.67
194786--195712	177	5.2	176	78	9	706	42	10	6	40	1.65
195608--195860	124	2.0	124	96	0	472	45	8	5	40	1.56
198886--198920	16	2.2	16	89	0	52	40	11	14	34	1.82
202754--203306	180	3.1	177	79	6	535	40	9	8	41	1.68
203337--204133	180	4.4	180	75	7	648	41	8	10	39	1.69
203337--204133	360	2.2	360	80	6	846	41	8	10	39	1.69
204311--205489	181	6.6	181	78	6	945	40	8	9	41	1.68
204209--205489	542	2.4	534	80	5	1370	40	8	9	41	1.68
205506--205552	18	2.7	18	80	12	62	40	10	4	44	1.59

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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