genome.fa.s157.2.7.7.80.10.50.1000.65.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167982.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_24, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  18142777

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14547126--14547209	24	3.7	23	75	10	82	42	14	7	35	1.73
14547162--14547209	21	2.2	22	88	7	71	43	14	6	35	1.71
14547114--14547209	24	4.2	23	73	7	79	44	12	6	36	1.67
14548375--14548419	22	2.2	20	88	8	63	17	15	0	66	1.25
14548376--14548428	19	2.7	20	75	11	56	18	15	0	66	1.26
14548396--14548438	17	2.5	17	77	7	52	16	11	0	72	1.13
14550213--14557029	316	21.5	313	71	12	1434	31	16	12	40	1.85
14550217--14557128	159	43.5	158	74	8	3908	31	16	12	39	1.85
14551870--14551924	28	2.0	28	88	0	83	23	9	21	45	1.80
14551707--14552048	187	1.8	187	80	7	417	30	15	13	40	1.86
14555377--14557128	158	11.0	157	76	7	1085	31	16	12	40	1.85
14555403--14556525	319	3.5	314	78	8	903	31	17	11	39	1.85
14551894--14557128	316	16.5	314	74	10	2891	31	16	12	39	1.85
14557216--14557427	114	1.9	114	87	3	311	37	5	15	41	1.69
14557329--14558133	131	6.2	131	77	7	675	37	9	15	37	1.80
14558903--14558971	20	3.4	20	80	7	68	20	21	23	34	1.96
14561825--14562016	93	2.1	93	97	0	366	28	8	21	41	1.82
14567379--14567448	20	3.5	20	74	14	63	22	20	24	32	1.97
14567854--14570907	130	23.5	128	77	6	2344	36	8	16	38	1.79
14571310--14571593	146	2.0	145	83	7	362	30	14	13	41	1.84
14572610--14573064	156	2.9	154	79	6	442	30	18	11	39	1.86
14572610--14574097	158	9.4	153	71	13	543	30	17	11	40	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14572617--14573192	315	1.9	306	79	8	664	29	18	11	40	1.85
14574366--14575171	130	6.2	132	76	8	647	38	9	15	37	1.79
14574366--14575194	261	3.2	254	77	10	702	38	9	15	37	1.79
14575937--14576005	20	3.4	19	78	11	66	21	20	24	33	1.97
14576217--14576272	20	2.8	20	88	2	85	17	32	21	28	1.96
14576290--14576333	23	1.9	23	81	9	54	25	6	15	52	1.68
14577026--14577081	28	2.0	28	100	0	112	17	25	17	39	1.92
14584320--14584368	21	2.4	20	86	10	64	20	18	24	36	1.94
14584774--14587825	130	23.5	127	75	9	2136	36	8	16	38	1.79
14588250--14588612	145	2.5	145	82	3	394	31	12	12	42	1.80
14589816--14589851	3	11.7	3	94	5	63	36	0	0	63	0.94
14595105--14595143	11	3.5	11	85	3	51	74	5	20	0	1.01
14595118--14595378	138	1.9	140	80	11	309	52	12	20	14	1.73
14596937--14597075	71	2.0	71	89	2	217	17	25	12	43	1.85
14596917--14597121	36	5.8	35	75	5	144	17	22	14	45	1.85
14597070--14597164	35	2.7	35	81	1	91	16	14	10	57	1.64
14597185--14597273	35	2.6	34	82	7	90	17	19	12	50	1.77
14597213--14597447	107	2.2	105	78	6	249	15	16	15	52	1.75
14597208--14597491	106	2.7	108	77	6	292	15	16	16	51	1.77
14597572--14598120	35	15.4	35	72	9	200	17	16	13	52	1.74
14597889--14598073	75	2.5	73	84	7	234	20	15	12	51	1.75
14597571--14598244	36	18.9	36	70	7	266	17	16	13	52	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14598299--14599967	130	12.9	130	74	7	972	38	7	14	39	1.76
14598299--14599967	260	6.5	257	74	8	1091	38	7	14	39	1.76
14599103--14599967	387	2.2	391	77	10	846	38	6	14	39	1.73
14598599--14599931	516	2.6	515	78	7	1226	38	7	14	39	1.73
14600274--14601577	130	10.1	128	72	8	636	39	14	6	39	1.73
14600273--14601577	259	5.1	257	74	10	755	39	14	6	39	1.73
14601778--14601878	45	2.2	46	84	5	125	35	14	3	45	1.64
14601845--14603234	130	10.7	130	75	7	934	39	15	7	37	1.75
14601845--14603234	259	5.4	255	75	7	869	39	15	7	37	1.75
14601833--14603234	389	3.6	388	77	7	943	39	15	7	37	1.75
14604400--14604452	3	17.7	3	100	0	106	33	0	0	66	0.92
14606947--14608805	130	14.4	128	71	9	922	39	16	7	37	1.77
14606947--14616504	259	36.8	259	71	11	2308	38	16	7	36	1.78
14606947--14608441	517	2.9	517	75	8	1169	39	16	6	37	1.76
14606931--14616248	389	23.9	383	70	13	1752	38	16	7	36	1.78
14608898--14609519	130	4.8	128	75	9	462	37	17	8	36	1.79
14608901--14609644	130	5.8	128	73	8	449	38	17	7	36	1.78
14609688--14612515	130	21.6	129	71	12	850	38	16	8	36	1.79
14610367--14610443	35	2.2	35	83	0	91	44	16	10	28	1.81
14610402--14616579	516	12.0	511	74	9	3622	38	16	7	37	1.78
14610402--14616512	647	9.5	642	73	10	2762	38	16	7	37	1.78
14610499--14616513	776	7.8	768	72	12	2121	38	16	7	37	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14612414--14612624	109	1.9	110	86	2	300	40	15	7	36	1.75
14612516--14612979	130	3.6	129	81	5	483	39	15	7	37	1.76
14612964--14612998	18	1.9	18	94	0	61	54	20	0	25	1.45
14612834--14613127	148	2.0	148	85	4	396	39	17	6	37	1.74
14612982--14616579	129	27.9	128	73	9	1990	38	16	7	37	1.78
14610403--14616559	258	23.9	256	71	11	2456	38	16	7	37	1.78
14616623--14617739	130	8.7	128	73	10	749	39	16	7	36	1.77
14619695--14619763	3	23.3	3	97	2	131	66	0	0	33	0.92
14620963--14623240	130	17.7	127	74	11	1375	39	15	7	36	1.76
14620998--14624346	259	13.2	255	71	12	1345	39	15	7	37	1.77
14620918--14623245	642	3.6	631	76	9	1594	39	15	7	36	1.76
14622118--14622709	251	2.3	252	81	8	644	39	16	6	37	1.73
14623555--14624346	128	6.2	127	73	8	401	38	15	7	38	1.77
14624859--14625335	130	3.7	130	77	3	453	37	18	7	35	1.80
14625346--14625802	130	3.5	127	76	8	388	39	16	7	37	1.76
14625346--14626023	260	2.6	257	79	5	681	38	16	8	36	1.78
14626227--14626377	76	2.0	75	93	1	257	37	13	3	45	1.61
14626319--14626776	129	3.6	127	76	7	379	38	16	8	36	1.80
14626508--14626834	129	2.5	129	79	7	337	37	19	9	33	1.83
14626834--14627409	130	4.4	128	79	6	545	36	17	9	36	1.81
14627442--14628127	129	5.3	128	79	6	595	40	17	7	35	1.77
14629169--14630314	130	8.9	130	74	7	804	39	16	7	36	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14629156--14630314	260	4.5	258	77	4	989	39	16	7	36	1.78
14630590--14630834	130	1.9	130	80	3	287	37	8	17	36	1.80
14630752--14630929	95	1.9	96	82	5	227	37	9	16	36	1.82
14630841--14631586	262	2.9	260	78	6	636	37	7	17	37	1.78
14630841--14631592	130	5.8	130	77	6	666	37	7	17	38	1.78
14631505--14631675	83	2.1	83	85	4	229	35	10	16	37	1.83
14631378--14631802	213	2.0	210	80	5	473	34	9	18	37	1.82
14631706--14631943	131	1.8	131	80	3	291	35	10	16	36	1.84
14631781--14632170	200	2.0	200	81	3	462	35	10	15	38	1.82
14631981--14632319	129	2.6	130	81	3	344	37	8	16	37	1.80
14632038--14632463	132	3.3	129	79	7	355	38	8	16	37	1.79
14632387--14632598	112	1.9	112	83	5	277	38	3	17	40	1.67
14632852--14633147	132	2.3	130	80	6	321	34	8	17	39	1.81
14633213--14635811	130	20.0	128	76	9	1965	35	8	16	38	1.80
14633213--14635811	389	6.7	384	76	8	2092	35	8	16	38	1.80
14635814--14636385	129	4.4	129	78	5	530	36	8	16	38	1.80
14635877--14636385	130	3.9	130	80	5	514	36	8	17	37	1.81
14636296--14636438	77	1.9	76	83	1	187	32	11	15	40	1.82
14636366--14637741	130	10.6	129	77	5	1099	35	8	16	38	1.80
14636366--14637741	390	3.5	383	78	5	1307	35	8	16	38	1.80
14638280--14640562	130	17.7	128	70	12	937	35	9	17	38	1.81
14638280--14638985	129	5.4	129	78	6	692	37	8	16	37	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14638772--14639214	238	1.9	238	81	4	545	34	9	17	38	1.81
14638990--14640562	130	12.1	128	76	8	1197	34	9	17	38	1.82
14639290--14640562	261	4.9	257	78	5	1111	34	9	17	37	1.82
14640557--14640601	20	2.2	20	96	0	81	40	4	24	31	1.75
14640598--14641808	130	9.4	130	76	6	918	35	8	17	38	1.79
14640838--14641810	129	7.5	131	74	7	351	35	8	17	38	1.79
14641766--14641853	43	2.0	43	100	0	176	45	9	13	31	1.75
14641816--14644571	130	21.5	130	76	7	2101	35	8	17	38	1.80
14641816--14644571	258	10.7	257	75	8	1964	35	8	17	38	1.80
14641816--14647233	388	14.2	378	71	13	2155	36	8	16	38	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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