genome.fa.s157.2.7.7.80.10.50.1000.14.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167982.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_24, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  18142777

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2683219--2683308	31	3.0	31	83	4	103	44	1	1	53	1.15
2683256--2683282	12	2.2	12	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2683265--2683309	19	2.3	20	81	11	58	48	0	0	51	1.00
2685015--2685475	249	1.8	250	83	5	619	32	21	18	27	1.96
2693876--2693935	27	2.2	28	77	11	72	58	13	3	25	1.50
2693859--2693942	29	3.0	29	72	13	75	59	10	3	26	1.47
2713527--2713621	49	1.9	49	89	0	145	56	14	3	25	1.53
2715092--2715155	28	2.3	27	76	12	67	57	0	1	40	1.08
2715438--2715472	17	2.1	17	88	0	52	28	0	5	65	1.15
2721653--2721679	2	13.5	2	100	0	54	48	0	51	0	1.00
2724316--2724348	2	16.5	2	100	0	66	48	51	0	0	1.00
2731225--2731292	35	1.9	35	90	0	109	52	7	4	35	1.49
2732556--2732601	3	15.3	3	95	0	83	65	0	2	32	1.05
2734928--2734975	3	16.0	3	95	0	87	64	0	2	33	1.05
2737051--2737096	16	2.9	16	71	15	51	52	26	0	21	1.47
2742140--2742164	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
2744681--2745121	218	2.0	217	91	3	708	37	14	9	38	1.79
2745264--2745320	22	2.6	21	78	10	62	49	7	0	43	1.29
2749119--2749395	137	2.0	138	85	3	380	48	9	7	34	1.64
2749392--2749426	17	2.1	17	89	5	54	60	0	2	37	1.12
2749909--2750006	44	2.2	45	83	3	117	39	4	9	46	1.55
2750645--2750677	6	5.7	6	92	3	50	72	9	0	18	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2750708--2751226	59	8.8	58	82	9	572	34	13	7	44	1.72
2750708--2751226	118	4.4	116	85	7	681	34	13	7	44	1.72
2750708--2751237	119	4.5	119	87	4	713	34	12	7	45	1.71
2753241--2753285	16	2.8	17	80	10	58	73	0	2	24	0.95
2753228--2753285	23	2.5	23	83	10	66	74	0	3	22	0.97
2763190--2763247	24	2.4	24	91	2	89	51	1	8	37	1.43
2763682--2763738	25	2.3	26	82	11	66	49	1	5	43	1.35
2764010--2764097	44	2.0	44	90	0	140	42	10	7	39	1.68
2766231--2766260	14	2.1	15	93	6	53	50	0	0	50	1.00
2766266--2766298	6	5.5	6	86	13	50	81	0	0	18	0.68
2768813--2768847	12	2.8	12	91	8	52	80	0	2	17	0.84
2768813--2768849	19	1.9	19	88	0	56	81	0	2	16	0.81
2773143--2773204	18	3.5	17	72	10	52	56	0	1	41	1.09
2773282--2774028	141	5.3	142	82	6	878	37	18	10	33	1.86
2775545--2775569	12	2.1	12	100	0	50	76	8	0	16	1.02
2775604--2776178	60	9.7	59	88	6	853	34	13	6	45	1.69
2775604--2776178	118	4.9	118	89	5	865	34	13	6	45	1.69
2775606--2776178	179	3.2	176	91	4	897	34	13	6	45	1.69
2776190--2776274	10	8.9	9	71	19	50	78	1	8	11	1.01
2776197--2776272	11	6.8	11	73	16	50	78	0	9	11	0.95
2776222--2776276	10	5.0	11	80	6	51	81	0	5	12	0.84
2776771--2776840	30	2.3	31	87	2	97	28	21	22	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2777320--2777448	3	41.0	3	68	22	52	63	5	1	29	1.26
2777320--2777352	17	1.9	17	93	0	57	63	0	3	33	1.10
2777635--2777687	8	6.0	9	79	16	58	1	1	16	79	0.92
2777635--2777681	17	2.7	18	87	9	62	2	2	14	80	0.89
2777649--2777700	9	5.7	9	82	8	61	0	0	15	84	0.62
2777640--2777697	17	3.5	17	86	11	68	1	0	15	82	0.74
2777707--2778299	41	14.1	41	91	4	943	35	23	17	23	1.95
2777707--2778299	213	2.8	206	93	3	972	35	23	17	23	1.95
2779521--2779557	10	3.7	10	96	0	65	0	13	0	86	0.57
2779512--2779558	20	2.3	20	81	0	58	0	19	0	80	0.70
2779521--2779566	20	2.3	20	85	7	58	2	15	0	82	0.76
2783416--2784048	60	10.7	59	88	6	926	34	13	7	45	1.70
2783416--2784050	118	5.4	118	88	5	966	34	13	7	45	1.70
2783416--2784048	178	3.6	178	92	3	1055	34	13	7	45	1.70
2784063--2784130	26	2.4	27	80	11	75	77	2	8	10	1.08
2784165--2784218	23	2.3	23	83	3	63	79	5	3	11	1.02
2785190--2785360	3	56.0	3	69	22	56	66	4	1	26	1.21
2785270--2785325	16	3.3	17	76	19	55	64	5	0	30	1.16
2785209--2785360	42	3.5	41	70	16	103	67	5	1	25	1.19
2797358--2797434	21	3.4	22	75	24	72	80	1	7	10	0.96
2797358--2797437	10	8.1	10	75	20	71	78	1	8	11	1.01
2797359--2797423	34	1.9	34	84	6	87	80	1	7	10	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2797377--2797433	25	2.2	25	87	9	78	77	1	8	12	1.07
2798470--2799383	73	12.7	73	81	4	933	20	22	13	43	1.87
2798479--2799375	215	4.1	215	85	4	1047	20	21	13	43	1.87
2798504--2799384	288	3.1	289	84	3	1134	20	22	13	43	1.86
2799178--2799288	35	2.9	40	70	14	99	20	23	13	42	1.88
2799669--2799707	17	2.4	16	83	8	51	69	0	0	30	0.89
2799648--2799722	19	4.1	19	76	11	68	70	0	1	28	0.95
2799664--2799710	25	1.9	25	86	4	69	70	0	0	29	0.88
2799632--2799673	3	14.0	3	94	0	75	64	2	0	33	1.07
2801243--2801309	17	4.0	17	75	9	57	47	28	2	20	1.65
2801426--2801464	11	3.2	12	86	10	53	61	0	2	35	1.10
2803217--2803256	20	2.0	20	85	9	55	47	0	0	52	1.00
2803292--2803333	21	2.0	21	100	0	84	42	14	9	33	1.78
2803391--2803436	20	2.4	19	77	3	56	15	6	4	73	1.19
2804748--2804778	3	10.3	3	100	0	62	35	0	0	64	0.94
2808134--2808166	14	2.5	13	90	9	57	66	0	33	0	0.92
2810852--2811047	30	6.2	29	71	17	101	18	1	31	48	1.55
2810889--2810963	14	5.2	14	72	20	57	14	0	32	53	1.42
2810852--2811052	16	12.7	15	71	17	106	18	0	30	49	1.54
2810916--2811051	32	4.4	31	77	11	134	19	1	30	49	1.57
2812488--2812516	11	2.5	12	88	11	51	6	0	13	79	0.93
2812487--2812533	18	2.5	19	83	12	62	12	0	8	78	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2812733--2812791	22	2.6	22	84	7	66	30	20	22	27	1.98
2812865--2812923	22	2.8	21	75	14	66	28	18	25	27	1.98
2812723--2813294	131	4.3	132	79	5	577	37	17	20	24	1.94
2812981--2813050	22	3.1	22	83	4	86	31	15	24	28	1.96
2813136--2813185	23	2.2	23	89	7	75	30	18	24	28	1.97
2813168--2813403	109	2.2	110	80	4	264	39	17	20	22	1.92
2813654--2813752	40	2.5	40	86	5	128	35	17	12	35	1.87
2813976--2814022	24	1.9	25	82	4	60	29	12	19	38	1.89
2815422--2815464	11	3.8	11	87	9	52	6	6	0	86	0.72
2820564--2820759	30	6.2	30	71	15	103	19	1	31	47	1.59
2820562--2820670	51	2.1	51	81	11	134	16	0	34	48	1.46
2820627--2820695	16	4.6	15	79	12	70	21	1	30	46	1.60
2820628--2820763	15	8.7	15	71	10	85	20	2	30	47	1.62
2820620--2820763	32	4.7	31	73	14	120	20	2	29	47	1.62
2820636--2820764	16	8.2	16	69	10	95	20	2	29	48	1.62
2821957--2822000	16	2.8	16	82	0	52	61	2	0	36	1.09
2822949--2822979	14	2.2	14	100	0	62	38	6	32	22	1.80
2824422--2824487	33	2.0	33	90	0	105	37	42	6	13	1.69
2824639--2824685	23	2.1	23	84	7	62	55	2	4	38	1.31
2824915--2824950	3	12.0	3	93	0	63	63	2	0	33	1.08
2826168--2826211	22	2.0	23	86	4	63	40	0	11	47	1.39
2826560--2826613	17	3.2	16	79	10	63	50	25	1	22	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2837678--2837757	8	9.9	8	78	17	69	83	1	5	10	0.84
2837677--2837748	14	4.8	14	76	20	65	83	1	5	9	0.86
2837690--2837765	40	1.9	39	89	7	118	82	1	5	10	0.87
2837676--2837765	10	9.7	9	71	19	69	82	1	5	11	0.89
2837689--2837756	7	9.9	7	73	17	54	83	1	4	10	0.84
2838846--2838937	35	2.7	34	77	3	94	16	22	16	44	1.86
2838909--2839016	38	3.0	36	72	10	103	17	18	15	48	1.82
2838795--2839710	73	12.7	73	80	5	880	19	21	13	44	1.86
2838995--2839113	38	3.2	38	69	11	111	20	21	13	44	1.85
2838821--2839710	215	4.1	215	84	3	988	19	21	13	44	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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