genome.fa.s157.2.7.7.80.10.50.1000.34.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167982.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_24, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  18142777

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7867722--7867765	23	1.9	23	86	9	63	25	25	6	43	1.79
7868638--7868689	9	5.6	9	86	13	70	9	9	0	80	0.90
7868627--7868709	19	4.4	19	80	17	93	8	14	0	77	0.99
7868634--7868707	27	2.7	26	82	15	96	9	13	0	77	1.00
7868626--7868698	11	7.3	10	85	13	89	8	12	0	79	0.93
7868626--7868707	38	2.1	39	86	6	114	8	13	0	78	0.97
7870851--7870969	61	1.9	63	84	3	161	24	15	4	56	1.57
7870817--7871034	114	1.9	111	85	6	296	26	14	5	53	1.63
7872271--7872301	9	3.4	9	95	0	53	9	3	0	87	0.66
7873733--7873790	28	2.0	28	90	3	89	34	10	0	55	1.34
7878045--7878076	16	2.0	16	100	0	64	43	6	6	43	1.54
7879748--7879780	17	1.9	17	88	11	50	42	3	3	51	1.32
7887193--7887220	14	2.0	14	100	0	56	21	14	21	42	1.88
7914991--7915025	2	16.5	2	88	11	52	48	0	5	45	1.26
7916364--7916957	299	2.0	298	85	2	807	35	12	19	32	1.89
7917229--7917274	21	2.2	20	88	11	67	52	2	0	45	1.13
7917226--7917277	21	2.7	18	78	21	61	50	1	0	48	1.12
7918577--7918620	23	2.0	22	90	4	70	59	0	0	40	0.98
7918577--7918615	11	3.5	11	79	6	51	58	0	0	41	0.98
7918631--7918666	18	2.0	18	100	0	72	55	0	5	38	1.23
7921733--7921860	64	2.0	64	92	0	211	32	15	24	27	1.95
7921914--7921963	23	2.2	23	92	0	82	26	20	12	42	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7923072--7923309	83	3.0	81	67	15	204	44	4	2	48	1.37
7922983--7923309	160	2.0	160	92	1	539	45	3	3	47	1.36
7923021--7923264	77	3.1	77	66	11	195	47	3	2	46	1.33
7932179--7932207	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
7933899--7933953	24	2.3	23	82	14	67	41	5	3	49	1.43
7935664--7935755	23	4.2	23	69	23	81	33	1	0	65	1.00
7935774--7935910	30	4.7	29	81	7	134	54	4	4	37	1.41
7935841--7935924	28	3.1	25	80	19	73	54	2	3	39	1.31
7946286--7946339	24	2.2	24	87	12	76	42	3	3	50	1.38
7957545--7957577	16	2.1	16	100	0	66	39	18	12	30	1.87
7966410--7966538	64	2.0	64	89	0	195	44	16	14	24	1.85
7969110--7969257	73	2.0	74	94	1	262	39	25	7	27	1.82
7969528--7969632	52	2.0	52	86	0	147	25	19	7	47	1.75
7970164--7970188	10	2.5	10	100	0	50	68	32	0	0	0.90
7970301--7970329	13	2.2	13	100	0	58	41	37	13	6	1.72
7970439--7970594	52	3.0	52	87	0	213	27	22	7	42	1.81
7975363--7975407	19	2.4	20	82	10	51	15	2	2	80	0.92
7976007--7976044	20	1.9	20	88	0	58	26	0	0	73	0.83
7976423--7976624	108	1.9	106	81	4	244	35	11	7	45	1.70
7977688--7977743	24	2.2	26	87	6	80	66	0	0	33	0.92
7977709--7977758	23	2.2	22	85	7	64	68	0	0	32	0.90
7977721--7977791	18	4.5	16	70	20	51	54	0	4	40	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7992128--7992160	16	2.1	16	94	0	57	84	0	6	9	0.76
7993248--7993281	15	2.3	15	90	5	52	61	8	23	5	1.47
7993481--7993633	81	1.9	80	84	6	202	41	5	6	45	1.54
7993668--7993772	21	5.0	21	68	17	65	34	8	11	45	1.71
7994189--7994344	22	7.1	22	74	9	77	41	8	5	44	1.58
7994298--7994356	22	2.7	21	74	10	64	38	6	1	52	1.38
7994472--7994629	22	7.2	21	69	14	88	35	9	6	48	1.61
7994506--7994628	44	2.8	45	74	12	119	35	11	6	46	1.66
7994649--7994732	11	7.7	11	67	7	55	40	4	4	50	1.45
7994640--7994708	21	3.2	21	76	12	68	42	4	2	50	1.37
7994676--7994746	22	3.2	22	77	0	70	38	5	5	50	1.49
7995019--7995177	22	7.3	22	76	4	117	41	6	6	44	1.58
7995106--7995166	11	5.5	11	68	0	50	40	4	8	45	1.55
7995038--7995177	44	3.2	44	79	5	149	40	7	6	45	1.57
7995019--7995157	66	2.1	66	82	0	170	41	7	7	44	1.59
7996581--7996618	17	2.2	17	95	0	67	44	0	2	52	1.14
7997665--7997691	6	4.5	6	100	0	54	14	0	0	85	0.61
8004240--8004278	20	2.0	20	85	10	53	53	0	5	41	1.23
8005410--8005497	31	2.8	31	93	6	144	28	17	18	36	1.93
8005420--8005552	31	4.3	31	82	0	131	30	19	15	35	1.92
8006373--8006486	31	3.6	31	83	2	138	29	24	15	29	1.96
8006625--8006812	96	2.0	96	91	0	304	42	22	5	29	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8007094--8007128	15	2.2	17	90	10	56	31	11	0	57	1.34
8007302--8007335	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
8007766--8007795	2	14.5	2	93	6	51	46	3	0	50	1.18
8024026--8024052	7	3.9	7	100	0	54	59	0	0	40	0.98
8026236--8026326	18	4.9	18	71	16	62	36	2	1	60	1.16
8026295--8026344	25	2.2	22	86	13	66	42	0	0	58	0.98
8032084--8032120	18	2.0	20	84	10	51	2	16	8	72	1.19
8046981--8047042	32	1.9	32	100	0	124	53	4	19	22	1.64
8051890--8051950	33	1.9	31	83	6	77	65	0	3	31	1.09
8061041--8061287	123	2.0	123	98	0	476	17	43	5	33	1.72
8062124--8062185	19	3.4	17	76	13	52	25	0	3	70	1.02
8074560--8074586	2	13.5	2	100	0	54	0	48	0	51	1.00
8075742--8075958	110	2.0	108	93	1	371	18	23	15	41	1.89
8082925--8083014	37	2.5	37	85	1	110	46	1	1	51	1.15
8083015--8083090	36	2.1	37	83	9	95	35	5	3	55	1.41
8083128--8083190	20	3.2	20	70	20	53	44	4	0	50	1.23
8083160--8083231	20	3.6	19	75	17	67	47	4	0	48	1.21
8083103--8083192	19	4.3	20	72	18	60	44	4	0	51	1.21
8083120--8083222	40	2.5	40	84	3	116	42	5	0	51	1.26
8085629--8085662	9	4.0	8	88	11	50	82	2	0	14	0.79
8086562--8086665	49	2.2	47	83	8	122	59	6	5	27	1.46
8090670--8090716	9	5.3	9	85	10	53	74	0	6	19	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8090675--8090714	18	2.3	18	91	4	64	75	0	7	17	1.03
8091226--8091273	25	1.9	25	83	8	62	45	2	8	43	1.45
8097767--8097834	24	2.9	24	82	4	86	55	0	2	41	1.15
8107957--8107989	3	11.0	3	100	0	66	66	0	33	0	0.92
8111082--8111111	13	2.2	14	94	5	53	46	0	0	53	1.00
8114619--8114649	2	15.5	2	93	0	53	48	0	3	48	1.17
8117992--8118094	42	2.5	40	89	6	161	45	10	24	19	1.82
8122493--8122519	5	5.4	5	100	0	54	59	0	0	40	0.98
8126282--8126383	30	3.4	30	68	25	74	40	10	3	45	1.58
8126174--8126390	61	3.7	58	76	11	183	37	10	4	48	1.56
8130633--8130697	29	2.2	29	83	2	85	49	3	1	46	1.27
8131005--8131055	11	4.9	11	85	7	63	86	9	0	3	0.70
8131006--8131061	16	3.5	16	81	16	71	85	10	0	3	0.71
8130998--8131062	16	4.1	16	75	18	64	83	9	0	7	0.82
8131253--8131559	104	2.9	103	82	4	339	35	32	12	20	1.90
8132396--8132439	21	2.1	21	82	0	52	25	2	2	70	1.10
8133691--8133735	19	2.3	20	81	11	58	28	4	2	64	1.25
8139944--8139970	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
8142044--8142104	22	2.8	22	94	0	104	26	16	8	49	1.73
8144876--8144934	10	6.4	10	75	16	56	52	0	0	47	1.00
8144873--8144931	26	2.3	27	85	5	77	57	0	0	42	0.98
8144879--8144933	18	2.9	19	84	7	69	54	0	0	45	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8159837--8159902	26	2.6	25	77	15	80	48	1	3	46	1.26
8159877--8159910	15	2.2	15	89	5	50	52	0	0	47	1.00
8159877--8159993	16	6.9	16	68	18	58	52	0	0	45	1.12
8159877--8159968	19	5.2	17	78	12	71	53	0	1	45	1.07
8159894--8159973	20	4.2	20	68	16	64	55	0	1	43	1.08
8159881--8159974	18	5.4	18	75	16	74	53	0	1	45	1.07
8159997--8160096	12	7.6	13	68	23	59	43	1	2	54	1.18
8159996--8160105	8	14.2	8	66	12	52	42	0	1	54	1.17
8159998--8160108	36	2.8	38	76	16	111	43	0	1	54	1.17
8160072--8160110	12	3.3	12	80	20	55	46	0	2	51	1.14

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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