genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36364294

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36--187	11	14.3	11	68	12	50	28	2	15	53	1.55
36--87	21	2.5	20	84	3	68	25	0	21	53	1.45
585--657	20	3.7	19	76	5	65	27	2	8	61	1.38
697--761	31	2.1	30	86	11	87	26	6	12	55	1.60
710--815	21	5.2	19	70	12	59	28	2	16	51	1.59
1025--1080	21	2.7	21	77	0	58	21	7	17	53	1.67
1169--1215	11	4.6	10	80	19	53	31	2	10	55	1.46
1171--1216	21	2.2	21	88	7	67	30	2	10	56	1.46
1170--1216	10	4.6	10	81	5	58	29	2	10	57	1.44
1549--1627	10	7.6	10	71	14	54	24	6	16	53	1.66
1573--1627	21	2.7	19	78	13	56	25	7	16	50	1.70
1872--1954	32	2.5	32	79	16	82	27	1	12	59	1.41
2234--2280	21	2.2	22	81	11	53	29	8	10	51	1.66
2253--2294	22	1.9	22	85	0	57	23	9	14	52	1.71
2439--2567	10	12.9	10	65	18	54	29	3	15	51	1.58
2438--2496	21	2.8	21	77	10	66	27	6	15	50	1.68
2505--2568	21	3.1	21	84	2	76	34	1	15	48	1.55
2855--2899	21	2.2	20	81	11	56	22	4	22	51	1.66
3088--3126	21	1.9	20	89	5	60	25	2	10	61	1.41
3526--3633	52	2.1	52	82	6	130	28	5	13	51	1.64
3793--3839	20	2.4	19	82	10	58	29	0	0	70	0.88
3907--4034	10	12.5	10	74	14	66	28	1	14	55	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3917--3981	21	3.1	21	82	2	78	26	1	18	53	1.53
3895--4016	42	2.9	41	70	17	99	27	0	15	55	1.46
3890--4070	31	5.7	31	72	16	115	28	3	15	53	1.58
3907--3996	21	4.3	20	77	14	76	27	1	16	54	1.49
3907--4059	10	14.9	9	70	21	65	28	2	14	54	1.54
4314--4361	10	4.6	10	80	17	53	33	4	10	52	1.55
4314--4382	21	3.3	19	75	20	50	28	5	11	53	1.60
4706--4822	10	11.4	10	67	15	51	28	5	15	51	1.64
4727--4766	21	1.9	21	89	0	62	30	5	17	47	1.69
4726--4773	21	2.3	21	81	0	60	27	4	14	54	1.59
4797--4917	10	12.1	10	68	13	52	28	2	11	57	1.46
4876--4944	21	3.3	21	84	8	88	27	7	10	55	1.60
5151--5193	20	2.2	20	82	0	50	23	2	6	67	1.27
5227--5258	11	2.9	11	90	0	55	25	9	12	53	1.68
4528--5308	351	2.2	348	80	6	862	29	5	13	51	1.62
5359--5408	21	2.3	22	82	6	57	38	4	10	48	1.56
5540--5731	10	18.6	10	65	15	61	51	16	3	29	1.59
5588--5642	21	2.5	20	86	13	74	58	9	1	30	1.40
5540--5650	10	10.6	10	70	12	62	53	13	2	30	1.54
5664--5703	21	2.0	21	90	5	64	52	22	0	25	1.47
5757--5799	20	2.2	20	87	8	61	48	20	2	27	1.62
5695--5837	66	2.1	68	82	10	179	48	18	2	30	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5879--6045	34	4.7	33	67	17	84	39	3	5	50	1.44
6542--6569	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
9913--9939	12	2.2	12	100	0	54	44	11	14	29	1.80
10209--10255	16	3.0	16	78	3	51	70	21	0	8	1.14
10307--10380	16	4.7	16	73	9	71	58	20	0	21	1.40
10279--10324	24	1.9	24	95	0	83	58	23	2	15	1.48
10323--10386	32	2.1	31	88	5	94	59	18	0	21	1.38
10466--10525	22	2.6	22	86	5	75	63	11	1	23	1.37
10477--10562	21	4.1	20	71	11	64	61	11	1	25	1.37
10466--10525	23	2.6	23	84	5	68	63	11	1	23	1.37
10562--11470	50	18.2	49	70	14	221	48	18	1	30	1.59
10585--11470	20	45.0	20	69	11	328	49	18	1	30	1.59
10687--10722	11	3.4	11	84	7	56	61	13	5	19	1.52
10687--10732	21	2.2	21	88	7	67	63	13	4	19	1.46
10584--10868	51	5.6	50	70	17	137	50	17	1	29	1.56
10589--11468	10	89.4	9	67	18	147	49	18	1	30	1.59
10831--10983	21	7.7	21	72	14	92	54	17	1	26	1.51
10930--10961	15	2.1	15	94	0	55	46	25	0	28	1.53
10899--10985	46	1.9	44	88	4	129	52	22	2	21	1.58
11100--11159	19	3.1	19	80	9	59	46	18	6	28	1.74
10563--11468	30	30.6	30	69	14	212	48	18	1	30	1.59
12199--12240	19	2.2	19	83	8	50	50	19	0	30	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12199--12261	29	2.1	30	82	8	76	50	20	0	28	1.48
12608--12640	16	2.1	16	94	0	57	51	15	0	33	1.43
12623--12843	10	22.4	10	67	17	70	50	14	3	31	1.61
12750--12825	40	1.9	40	81	10	93	47	18	2	31	1.62
12871--12921	19	2.5	20	78	9	59	58	11	0	29	1.33
12805--12956	65	2.3	65	84	8	193	51	15	2	30	1.57
12903--12973	35	2.0	36	83	8	92	49	15	1	33	1.54
13336--13360	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
13612--15374	10	177.8	10	67	14	612	51	18	2	28	1.58
13612--13729	21	5.8	21	76	13	88	52	16	0	30	1.49
13612--13726	41	2.8	40	76	7	115	51	16	0	31	1.51
14025--14179	79	1.9	81	83	5	199	54	17	1	26	1.50
14163--14275	39	2.8	39	77	15	97	58	15	1	24	1.47
14289--14329	22	1.9	21	90	5	64	63	7	0	29	1.21
14302--14348	22	2.2	20	85	7	58	65	10	2	21	1.33
14996--15122	55	2.3	56	80	4	141	48	19	0	30	1.54
15033--15120	45	1.9	46	84	11	119	50	18	1	30	1.54
15098--15183	29	2.9	29	80	10	86	59	15	1	24	1.43
15159--15204	23	2.0	22	87	4	65	58	10	2	28	1.43
16091--16133	20	2.2	20	86	0	59	20	16	13	48	1.80
16166--16352	72	2.6	72	94	0	320	21	19	20	38	1.94
24668--24928	72	3.6	71	84	3	299	20	18	21	39	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25193--25240	10	4.8	10	80	10	53	56	8	4	31	1.48
25269--25435	10	17.2	10	69	15	84	53	17	0	27	1.48
25645--25701	20	2.9	19	74	5	60	54	17	1	26	1.53
25692--25732	12	3.6	12	83	9	50	51	17	0	31	1.46
25687--25741	10	5.2	10	81	14	58	50	18	0	30	1.47
25646--25791	20	7.2	20	66	14	57	52	16	0	30	1.49
25845--30490	10	472.9	10	66	15	910	51	15	3	29	1.60
26455--26498	18	2.3	19	84	7	54	56	18	0	25	1.41
26445--26508	19	3.3	19	80	6	58	57	15	0	26	1.38
26829--26915	25	3.3	24	75	16	75	45	14	2	36	1.58
26790--27031	55	4.3	55	73	12	154	48	16	2	32	1.61
27109--27175	19	3.4	19	82	10	64	55	14	1	28	1.49
27337--27410	28	2.6	28	82	6	87	62	12	2	22	1.42
27338--27557	39	5.6	37	71	14	149	56	12	2	28	1.48
27470--27542	37	2.0	37	91	0	119	52	17	0	30	1.46
27701--27764	29	2.2	28	86	10	85	43	18	0	37	1.51
27872--27930	22	2.8	22	73	16	63	54	13	1	30	1.49
27905--28049	31	4.8	29	71	23	88	55	15	0	28	1.45
27960--28047	21	4.2	21	72	5	63	51	17	1	30	1.53
28142--28220	21	3.8	22	75	11	76	54	17	1	26	1.51
28164--28243	19	4.1	19	78	12	72	51	15	1	32	1.51
29034--29079	22	2.1	22	83	0	56	60	10	2	26	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29053--29120	33	2.1	33	83	2	84	58	13	0	27	1.35
30216--30409	105	1.8	105	85	4	275	52	17	1	29	1.54
34446--35683	251	5.0	249	79	6	1271	36	10	6	47	1.63
34442--35680	503	2.5	498	82	5	1284	36	10	6	46	1.63
51259--51323	26	2.5	26	87	2	85	56	3	0	40	1.15
51259--51336	27	2.9	25	75	17	68	58	2	0	38	1.12
56579--56651	31	2.4	31	79	11	87	21	19	36	21	1.95
56580--57011	118	3.7	118	86	0	578	22	19	29	28	1.98
57357--57394	19	2.0	19	89	0	58	31	0	26	42	1.56
63707--63972	31	8.6	31	88	0	388	39	18	14	27	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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