genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.68.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36364294

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   

This is table  68  of  91  ( 10898 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24490785--24490840	21	2.7	21	82	0	67	39	21	14	25	1.91
24491180--24491342	81	2.0	81	97	0	308	40	36	6	16	1.75
24492093--24492295	31	6.5	31	83	1	237	36	18	15	29	1.92
24493006--24493133	23	5.5	23	71	3	103	24	29	19	26	1.98
24492974--24493187	47	4.6	47	82	1	241	24	28	19	27	1.99
24492948--24493202	47	5.5	47	78	6	225	25	28	18	27	1.98
24493125--24493258	71	1.9	71	84	3	180	26	27	18	27	1.98
24493172--24493226	24	2.3	24	87	0	74	27	23	21	27	1.99
24493075--24493305	118	2.0	118	86	0	327	25	28	19	27	1.99
24493193--24493332	47	3.0	47	81	0	172	24	30	18	27	1.98
24493075--24493422	118	3.0	118	80	1	322	25	28	18	27	1.98
24493031--24493422	165	2.4	163	82	4	423	25	28	18	27	1.98
24493313--24493366	23	2.3	23	90	6	83	22	29	16	31	1.96
24493336--24493486	47	3.2	47	81	3	187	24	25	19	31	1.98
24492988--24493390	212	1.9	212	82	2	504	24	28	19	27	1.98
24493101--24493458	117	3.1	117	79	2	299	23	28	18	28	1.98
24493268--24493413	70	2.1	70	88	2	213	23	28	18	28	1.98
24493452--24493508	24	2.4	24	84	0	69	24	24	19	31	1.98
24495791--24495866	22	3.3	22	73	12	71	39	2	1	56	1.21
24495785--24495839	26	2.1	27	93	3	94	40	0	0	60	0.97
24495780--24495984	112	1.8	112	80	10	249	39	1	1	57	1.19
24495973--24496101	18	7.2	18	70	21	67	41	1	1	55	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24495942--24496007	25	2.6	27	80	11	93	43	1	0	54	1.09
24496041--24496118	22	3.5	20	70	21	57	44	2	0	52	1.14
24496075--24496204	42	3.1	42	85	4	167	42	3	2	51	1.32
24496317--24496383	26	2.6	26	88	9	109	44	1	0	53	1.09
24502619--24502742	42	3.0	42	87	0	176	26	18	32	22	1.97
24507443--24507506	26	2.5	26	97	0	119	32	40	3	23	1.70
24507583--24507781	99	2.0	99	91	1	319	26	29	21	23	1.99
24512266--24512303	3	13.0	3	88	5	60	63	0	2	34	1.09
24516126--24516164	3	12.7	3	89	5	60	69	2	0	28	1.02
24516132--24516167	16	2.2	16	95	0	63	69	2	0	27	1.02
24527644--24528120	59	8.1	59	86	3	645	33	13	18	35	1.89
24538516--24538698	91	2.0	91	98	0	357	24	21	10	43	1.85
24540224--24540287	30	2.1	30	100	0	128	23	17	6	53	1.66
24545880--24545929	23	2.2	22	85	3	64	28	8	42	22	1.81
24545893--24545956	22	2.8	22	81	9	67	28	7	39	25	1.83
24545922--24546172	81	3.2	79	79	5	247	27	12	35	24	1.91
24545983--24546033	23	2.2	23	86	6	68	25	9	35	29	1.88
24546248--24546321	23	3.2	23	73	7	69	31	17	33	17	1.93
24546063--24546344	104	2.8	102	77	5	286	30	14	33	21	1.93
24546348--24546401	23	2.3	23	81	6	65	31	14	29	24	1.95
24546141--24546516	184	2.0	183	85	3	506	29	14	33	22	1.94
24546324--24546664	104	3.3	103	76	4	353	28	13	34	24	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24546721--24546800	23	3.5	23	87	1	108	28	22	27	21	1.99
24547165--24547374	55	3.8	55	86	0	294	11	12	31	43	1.79
24547406--24547464	23	2.6	23	88	0	82	23	22	28	25	1.99
24547490--24547550	31	2.0	31	90	0	95	29	13	19	37	1.90
24549827--24549978	81	1.9	81	83	5	200	23	20	31	25	1.98
24551436--24551760	86	3.8	85	82	2	323	24	29	21	24	1.99
24551436--24551760	172	1.9	169	81	1	389	24	29	21	24	1.99
24551723--24551825	31	3.3	30	76	13	102	22	29	19	29	1.98
24577942--24577976	18	1.9	18	88	0	52	8	17	0	74	1.06
24580739--24580970	119	1.9	119	82	6	283	26	31	16	25	1.96
24584548--24584677	31	4.2	31	91	0	197	43	16	16	23	1.88
24584548--24584806	62	4.0	62	80	11	284	42	16	15	25	1.88
24584579--24584782	105	1.9	105	90	0	327	42	16	15	25	1.87
24584684--24584806	31	4.0	31	89	0	183	42	18	14	24	1.88
24584610--24584751	74	1.9	74	94	2	250	42	16	15	24	1.87
24584547--24584805	136	1.9	136	91	0	419	42	16	15	25	1.87
24585038--24585157	63	1.9	63	82	3	152	34	12	30	22	1.91
24585688--24585735	21	2.3	21	96	0	87	52	8	16	22	1.71
24585797--24585825	15	2.0	15	93	6	51	68	0	20	10	1.18
24585896--24585940	21	2.1	21	87	0	63	44	6	4	44	1.50
24586958--24586987	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
24595428--24595532	26	4.0	26	72	10	90	41	10	15	32	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24595545--24595616	36	2.0	35	81	2	81	41	20	16	20	1.90
24595677--24595706	14	2.1	15	93	6	53	76	0	10	13	1.01
24609119--24609148	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
24611039--24611064	4	6.5	4	100	0	52	0	23	0	76	0.78
24618158--24618187	11	2.7	11	89	0	51	30	23	16	30	1.96
24618778--24618827	26	1.9	26	84	8	66	32	16	12	40	1.84
24619345--24619381	2	18.5	2	88	0	56	51	0	0	48	1.00
24643265--24643323	30	2.0	30	93	0	100	25	16	23	33	1.96
24643342--24643470	44	3.0	42	80	5	109	28	13	17	39	1.89
24652589--24652625	15	2.6	15	87	8	51	51	0	0	48	1.00
24656529--24656560	10	3.2	10	90	0	55	6	12	0	81	0.87
24660373--24660408	7	5.1	7	96	0	54	44	22	19	13	1.86
24664643--24664811	90	1.9	90	92	2	286	37	16	19	26	1.93
24674443--24674500	23	2.5	23	88	2	80	39	8	12	39	1.73
24674456--24674501	23	2.0	23	95	0	83	34	8	15	41	1.78
24677742--24677799	23	2.5	23	88	2	80	39	10	12	37	1.77
24677755--24677800	23	2.0	23	95	0	83	34	10	15	39	1.82
24680838--24680871	15	2.3	15	89	0	50	47	0	11	41	1.40
24694926--24695012	33	2.6	33	85	1	111	66	1	3	28	1.15
24695228--24695266	14	2.7	15	84	4	53	35	17	7	38	1.79
24703424--24703459	19	1.9	19	88	5	56	36	0	0	63	0.94
24703859--24703931	21	3.5	21	71	14	69	42	1	5	50	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24704407--24704499	45	2.1	45	93	0	159	26	5	7	60	1.46
24708594--24708658	28	2.3	29	83	2	78	44	21	6	27	1.76
24714610--24714834	112	2.0	112	98	0	432	24	14	29	31	1.94
24715107--24715136	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
24715136--24715164	2	14.5	2	100	0	58	0	0	48	51	1.00
24716508--24716533	13	2.0	13	100	0	52	53	0	15	30	1.42
24717892--24717921	16	1.9	16	93	6	53	30	0	6	63	1.20
24720376--24720439	32	2.0	32	100	0	128	18	34	6	40	1.76
24722954--24722986	15	2.1	17	88	11	52	27	33	12	27	1.92
24728093--24728133	21	2.0	21	85	0	55	60	2	2	34	1.23
24736708--24736773	29	2.3	30	81	7	82	30	1	12	56	1.45
24750651--24750675	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
24751976--24752156	63	2.9	63	84	4	240	35	12	14	37	1.84
24752396--24752504	49	2.2	49	88	6	159	33	6	27	32	1.82
24752396--24752506	25	4.5	24	76	8	109	33	6	27	32	1.82
24752548--24752633	35	2.4	35	82	5	102	38	12	24	24	1.90
24752675--24752742	17	3.9	18	74	12	54	36	5	27	29	1.80
24752616--24752732	61	1.9	61	85	0	162	35	6	28	29	1.83
24753094--24753209	58	2.0	58	94	0	205	50	21	13	14	1.78
24753339--24753474	33	4.1	34	71	11	104	36	6	27	29	1.82
24760190--24760218	8	3.8	8	90	9	51	10	0	0	89	0.48
24760190--24760219	15	2.0	15	100	0	60	13	0	0	86	0.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24765174--24765211	16	2.2	18	86	9	53	36	2	2	57	1.26
24780561--24780652	47	2.0	47	86	4	132	40	14	15	30	1.86
24783529--24783574	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
24786016--24786155	70	2.0	71	81	1	165	12	26	10	50	1.72
24789783--24789850	6	10.8	6	82	7	73	17	1	2	77	0.96
24789788--24789850	18	3.4	18	85	8	81	19	0	3	77	0.90
24789806--24789851	14	3.5	14	80	14	62	21	0	0	78	0.76
24791383--24791422	17	2.4	17	91	0	62	5	15	0	80	0.88
24792940--24792983	18	2.4	18	85	7	54	20	4	2	72	1.13
24793170--24793199	2	15.5	2	93	6	53	46	0	0	53	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91