genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.77.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36364294

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28245204--28245243	2	20.0	2	100	0	80	0	50	0	50	1.00
28263630--28263661	6	5.3	6	100	0	64	15	15	34	34	1.90
28274492--28274667	27	6.4	27	84	2	181	45	11	6	36	1.67
28274492--28274716	54	4.1	54	77	2	202	44	11	8	36	1.69
28283631--28283676	21	2.3	20	82	14	51	60	6	4	28	1.40
28287740--28287795	29	1.9	29	85	0	76	32	3	0	64	1.11
28293047--28293092	22	2.1	22	100	0	92	41	4	13	41	1.63
28293052--28293100	22	2.2	22	92	0	80	46	4	10	38	1.57
28296499--28296553	25	2.2	25	86	0	74	58	14	0	27	1.37
28296507--28296559	25	2.1	25	96	0	97	52	13	0	33	1.40
28297390--28297720	82	4.1	82	89	2	481	41	10	6	40	1.66
28297978--28298021	18	2.4	18	100	0	88	29	9	38	22	1.85
28298082--28298280	25	8.8	24	79	14	194	34	16	24	25	1.95
28298082--28298299	20	9.8	22	78	15	168	33	16	24	26	1.95
28298103--28298255	43	3.5	43	75	16	179	33	16	25	24	1.96
28298082--28298299	68	3.3	66	84	8	248	33	16	24	26	1.95
28298109--28298299	88	2.2	88	96	0	346	31	16	25	26	1.96
28298282--28298502	49	4.5	49	91	1	343	33	18	23	25	1.97
28299468--28299518	8	6.2	8	78	13	50	19	3	0	76	0.94
28299464--28299521	18	3.3	18	83	13	68	20	3	0	75	0.94
28299464--28299551	18	5.2	16	72	20	63	22	3	2	71	1.12
28300051--28300088	19	2.0	19	85	10	51	23	0	0	76	0.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28301411--28301457	11	4.5	10	79	10	58	10	8	2	78	1.04
28301411--28301457	21	2.2	21	85	7	60	10	8	2	78	1.04
28302496--28302562	30	2.2	30	89	0	98	31	17	23	26	1.97
28304616--28304682	3	21.7	3	93	6	116	64	0	1	34	1.03
28314788--28314819	15	2.1	15	100	0	64	18	40	28	12	1.87
28317254--28317287	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
28322380--28322536	54	2.9	55	76	5	142	23	22	33	19	1.97
28322705--28322813	54	2.0	54	84	7	141	31	23	25	19	1.98
28324083--28324108	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
28325677--28325771	2	47.0	2	95	2	127	49	6	0	43	1.28
28326209--28326278	34	2.0	37	91	8	119	60	17	0	22	1.37
28326420--28326456	16	2.4	16	86	13	51	45	0	0	54	1.00
28326515--28326546	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
28334898--28334927	2	15.5	2	93	6	53	50	0	0	50	1.00
28337189--28337218	3	10.0	3	92	0	51	33	3	0	63	1.11
28351509--28351569	2	31.5	2	93	6	108	49	0	0	50	1.00
28351572--28351666	51	2.0	46	86	12	129	50	2	9	37	1.47
28356385--28356427	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
28366516--28366566	1	51.0	1	100	0	102	100	0	0	0	0.00
28368063--28368166	30	3.5	30	85	6	122	51	2	7	37	1.45
28390759--28390788	1	30.0	1	100	0	60	0	0	0	100	0.00
28399708--28399740	17	2.0	17	94	5	59	45	12	0	42	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28427141--28427202	27	2.3	26	79	15	74	51	1	3	43	1.27
28427189--28427577	188	2.0	192	88	4	570	40	8	4	45	1.56
28427591--28427635	21	2.3	19	80	7	54	44	4	0	51	1.21
28430190--28430249	31	1.9	32	89	3	95	48	8	11	31	1.69
28432243--28432272	15	2.0	15	93	0	51	83	0	16	0	0.65
28433018--28433068	2	27.0	2	88	11	81	52	0	47	0	1.00
28443316--28443358	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
28465794--28465834	21	2.0	21	90	4	66	34	9	24	31	1.88
28474457--28474608	82	1.8	83	83	4	200	38	18	2	40	1.65
28481100--28481140	16	2.5	17	76	11	50	78	0	9	12	0.98
28486191--28486240	24	2.1	24	96	0	91	36	18	16	30	1.92
28505154--28505242	36	2.4	36	88	1	133	32	35	8	22	1.85
28505810--28505890	24	3.3	23	77	16	65	19	1	0	79	0.81
28505824--28505879	13	3.7	16	86	13	75	19	0	0	80	0.71
28505823--28505890	28	2.4	29	90	7	106	20	0	0	79	0.73
28505824--28505879	17	3.4	16	83	9	69	19	0	0	80	0.71
28506665--28506760	15	5.6	18	71	19	64	51	2	0	46	1.12
28506702--28506755	25	2.2	25	87	9	76	46	3	0	50	1.19
28506826--28506901	25	3.2	24	76	16	77	55	1	0	43	1.08
28506909--28506965	28	2.0	28	80	12	64	50	1	1	45	1.22
28510277--28510505	35	6.5	35	80	2	226	34	7	13	43	1.73
28510277--28510505	107	2.2	106	81	3	273	34	7	13	43	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28516987--28517235	35	7.1	35	79	4	236	34	8	12	43	1.73
28519857--28520189	163	2.0	162	88	1	497	33	30	15	21	1.94
28528422--28528601	62	3.0	60	91	2	281	35	21	13	29	1.92
28531027--28531275	35	7.1	35	80	4	236	34	7	14	43	1.72
28531020--28531296	35	7.9	36	78	6	196	35	6	14	43	1.72
28531047--28531275	107	2.2	106	81	3	273	34	7	13	43	1.73
28531085--28531298	71	3.0	70	78	6	243	36	5	13	44	1.67
28537529--28537773	35	7.0	35	81	3	246	35	7	13	44	1.72
28537564--28537768	107	1.9	106	82	3	250	33	7	14	44	1.73
28537710--28537773	18	3.6	17	73	21	60	34	3	14	48	1.59
28537579--28537796	35	6.1	35	78	1	112	35	7	14	43	1.73
28541517--28543223	855	2.0	852	98	0	3310	40	10	16	32	1.83
28544297--28544325	6	4.8	6	100	0	58	51	0	13	34	1.42
28548916--28549028	33	3.3	33	83	11	154	31	10	47	9	1.71
28548946--28549037	38	2.5	38	91	3	152	32	11	47	7	1.69
28559376--28559706	163	2.0	162	89	1	502	33	29	15	22	1.94
28565672--28565743	8	8.8	8	82	8	74	19	1	0	79	0.81
28565673--28565773	10	9.5	10	70	12	67	14	3	1	79	0.97
28565673--28565743	9	7.4	9	83	10	70	18	1	0	80	0.79
28566045--28566693	59	10.6	59	82	8	685	36	20	12	30	1.89
28580387--28580430	22	2.0	23	86	4	63	40	9	0	50	1.34
28580386--28580438	23	2.3	23	80	6	63	41	11	0	47	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28585390--28585622	119	1.9	121	89	2	362	36	24	12	27	1.91
28590879--28590921	18	2.3	19	88	4	61	0	23	0	76	0.78
28590879--28590921	19	2.3	18	84	11	52	0	23	0	76	0.78
28591136--28591220	42	2.0	42	100	0	170	22	44	7	25	1.78
28591567--28591616	9	5.3	9	79	9	55	2	18	0	80	0.82
28591572--28591616	19	2.4	19	88	7	65	2	20	0	77	0.87
28598806--28599293	163	3.0	162	84	2	638	31	28	15	24	1.96
28600389--28600505	58	2.0	59	93	1	200	44	9	8	37	1.67
28609396--28609634	122	2.0	121	82	4	297	36	23	15	25	1.93
28612710--28612749	11	3.5	11	80	6	53	82	0	2	15	0.77
28626874--28626932	27	2.1	28	90	3	93	1	20	0	77	0.85
28626874--28626932	28	2.1	27	87	9	84	1	20	0	77	0.85
28649215--28649266	27	1.9	27	92	0	86	23	9	25	42	1.84
28666993--28667369	205	1.8	205	85	5	528	38	22	14	25	1.91
28668480--28668516	9	4.1	9	89	10	58	35	21	0	43	1.53
28668741--28668799	26	2.2	28	87	6	86	81	1	10	6	0.94
28669296--28669452	74	2.1	75	85	3	219	47	7	4	40	1.52
28670626--28670687	29	2.1	29	85	5	81	38	0	1	59	1.07
28670632--28670689	28	2.0	29	90	3	91	37	0	0	62	0.96
28690142--28690188	19	2.3	21	89	7	71	38	2	2	57	1.23
28711995--28712031	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
28724128--28724169	21	2.0	20	82	13	50	52	4	4	38	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28724391--28724425	16	2.2	16	90	5	54	60	0	0	40	0.97
28724663--28724705	19	2.2	20	84	12	54	34	0	4	60	1.17
28726232--28726265	18	1.9	17	88	5	50	61	0	0	38	0.96
28727801--28727898	51	1.9	52	81	10	121	44	2	5	47	1.36
28730635--28730694	28	2.1	29	81	3	68	61	5	0	33	1.17
28753547--28753574	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
28761414--28761517	12	8.7	12	87	4	111	0	33	0	66	0.92
28761411--28761517	24	4.5	24	83	0	124	0	33	0	66	0.92
28764389--28764435	20	2.5	20	89	6	71	51	4	0	44	1.21
28775387--28775467	40	2.0	40	95	0	144	33	27	20	18	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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